Стабільність коротких шпилькових структур нуклеїнових кислот і їх комплексів з ароматичними сполуками
Аналіз умов утворення шпилькових форм у коротких дезоксирібоолігонуклеотидах. Структурні та термодинамічні характеристики утворення шпилькових структур на рівні гекса- та гептамеру ДНК, їх комплексоутворення з ароматичними біологічно активними сполуками.
| Рубрика | Биология и естествознание |
| Вид | автореферат |
| Язык | украинский |
| Дата добавления | 24.07.2014 |
| Размер файла | 96,1 K |
Отправить свою хорошую работу в базу знаний просто. Используйте форму, расположенную ниже
Студенты, аспиранты, молодые ученые, использующие базу знаний в своей учебе и работе, будут вам очень благодарны.
Comparative analysis of the hairpin forms of d(GCGAAGC) and r(GCGAAGC) hexamers was carried out by molecular dynamics simulation. It was found that the lower thermal stability of r(GCGAAGC) hairpin as compared to d(GCGAAGC) is due to its irregular structure conditioned by lesser conformational flexibility of riboheptameric backbone. The structural and energetic analysis of the complex of the hairpin form of d(GCGAAGC) deoxyheptanucleotide with daunomycin shows that major changes in the structure of the hairpin during ligand intercalation occur mainly due to conformational alterations of the terminal base pair. At the same time the loop is characterized by high stability during insertion of the antibiotic chromophore to the hairpin stem.
Interactions of d(GCGAAGC) heptamer with antitumor antibiotic novantrone have been studied by 1Н NMR spectroscopy and molecular modeling. Structural and thermodynamic parameters of the complexation were obtained. It was found that NOV binding to all forms of d(GCGAAGC) heptamer in solution occurs by intercalation. A complex being formed under the antibiotic insertion to the hairpin stem is stabilized by intermolecular hydrogen bond additional to stacking of bases and the chromophore.
Investigation of thermal stability of the hairpin structure of d(GCGAAGC) deoxyheptanucleotide upon binding with aromatic ligands (antibiotics daunomycin and novantrone and mutagens proflavine and ethidium bromide) was carried out by molecular dynamics simulation. For the first time it was shown that the most probable reason of the melting temperature fall of the hairpin d(GCGAAGC) upon binding with BAC is a decrease in a total number of intramolecular water bridges stabilizing the structure of the heptamer in solution.
Keywords: DNA hairpin form, aromatic ligand, complexation, thermodynamic and structural parameters, NMR spectroscopy, molecular dynamics simulation.
Размещено на Allbest.ru
...Подобные документы
Первинна структура ланцюгів нуклеїнових кислот. Посттрансляційна модифікація білка: відщеплення метіоніну, утворення дисульфідних зв'язків та модифікація амінокислотних залишків. Інгібітори транскрипції та антибіотики, що пригнічують синтез білка.
презентация [11,0 M], добавлен 23.12.2012Електрофоретичне розділення нуклеїнових кислот в агарозних гелях. Основні параметри, від яких залежить швидкість міграції нуклеїнових кислот в агарозному гелі. Прилади та буферні розчини для проведення горизонтального електрофорезу, забарвлення ДНК.
лабораторная работа [251,8 K], добавлен 03.12.2011Основі регуляції різноманітної діяльності організму. Функції нервової та ендокринної систем. Реакція організму на будь-яке подразнення. Механізм утворення умовних рефлексів. Роль підкіркових структур та кори великого мозку. Гальмування умовних рефлексів.
реферат [30,7 K], добавлен 30.03.2012Кросинговер як явище обміну ділянками гомологічних хромосом після кон’югації у профазі-1 мейозу. Аналіз проміжних структур в сумчастих грибів. Основні способи розділення структур Холлідея. Розгляд особливостей молекулярних механізмів кросинговеру.
курсовая работа [1,8 M], добавлен 12.03.2013Структурні та функціональні характеристики фітопланктону ставка Грабарка (м. Бердичів). Таксономічна структура та частота трапляння водоростевих угруповань і планктонних комплексів. Еколого-географічна характеристика фітопланктону, оцінка якості вод.
курсовая работа [2,6 M], добавлен 13.03.2015Изучение химических основ наследственности. Характеристика строения, функций и процесса репликации рибонуклеиновой и дезоксирибонуклеиновой кислот. Рассмотрение особенностей распределение генов. Ознакомление с основными свойствами генетического кода.
контрольная работа [38,4 K], добавлен 30.07.2010Фотоповреждение нуклеиновых кислот ультрафиолетовым излучением. Нуклеотид-эксцизионная репарация повреждений ДНК. Фотоповреждение аминокислот и белков ультрафиолетовым излучением. Влияние ультрафиолетового излучения на биомембраны и клетки организма.
контрольная работа [1,2 M], добавлен 19.08.2015Полимеризация и тканевая субституция биологических структур. Исследования генетических основ редукции органов. Ослабление функций, редукция и исчезновение органов в филогенезе. Генетические механизмы сохранения рудиментарных образований в организме.
реферат [325,7 K], добавлен 31.01.2015В сложной системе биоритмов, от коротких – на молекулярном уровне – с периодом в несколько секунд, до глобальных, связанным с годовыми изменениями солнечной активности живет и человек. важные достижения хронобиологии. Классификация. Теория "трех ритмов".
реферат [8,3 K], добавлен 26.11.2002Дихальний ланцюг та його компоненти. Неповні окиснення. Утворення оцтової кислоти. Аналіз основних способів вирощування оцтовокислих бактерій. Окиснення одновуглецевих сполук. Біолюмінесценція. Особливості нітратного, сульфатного та карбонатного дихання.
курсовая работа [1,3 M], добавлен 15.01.2015Нуклеотиды как мономеры нуклеиновых кислот, их функции в клетке и методы исследования. Азотистые основания, не входящие в состав нуклеиновых кислот. Строение и формы дезоксирибонуклеиновых кислот (ДНК). Виды и функции рибонуклеиновых кислот (РНК).
презентация [2,4 M], добавлен 14.04.2014Назначение и суточные ритмы птичьего пения как способа коммуникации. Особенности избегания акустической конкуренции у животных на коротких отрезках времени. Ознакомление с неголосовыми звуковыми сигналами, которые используют птицы для разных целей.
реферат [22,7 K], добавлен 19.07.2011Термины в алфавитном порядке (м-с) на тему "животные и человек". Моллюски - тип беспозвоночных мягкотелых животных с раковинами различной формы. Нейрон - нервная клетка из тела и отростков: одного длинного и нескольких ветвящихся коротких - дендритов.
шпаргалка [28,8 K], добавлен 15.03.2009Основные законы биологического развития. Морфогенез, формообразование, возникновение новых форм и структур, как в онтогенезе, так и в филогенезе организмов. Клетки и клеточные комплексы. Концепция физиологических градиентов, морфогенетических полей.
курсовая работа [106,8 K], добавлен 16.09.2015Общая характеристика пищевых кислот. Биолого-химическая характеристика растений. Подготовка растительного материала. Определение содержания органических кислот в сахарной свекле, картофеле, репчатом луке и моркови. Рекомендуемые регионы возделывания.
курсовая работа [45,9 K], добавлен 21.04.2015Особенности применения метода ядерного магнитного резонанса (ЯМР) для исследования нуклеиновых кислот, полисахаридов и липидов. Исследование методом ЯМР комплексов нуклеиновых кислот с протеинами и биологических мембран. Состав и структура полисахаридов.
курсовая работа [3,5 M], добавлен 26.08.2009Імуноглобуліни як найважливіші молекули імунологічної системи, їх здатність специфічно з'єднуватись з антигеном. Розуміння імунологічних механізмів, вивчення будови, властивостей, утворення антитіл. Універсальність, специфічність, гетерогенність антитіл.
реферат [646,3 K], добавлен 14.09.2010Види молочнокислого бродіння в залежності від утворення метаболітів. Хімізм даного процесу. Характеристика збудників та середовище їх існування. Процес розмноження молочнокислих бактерій. Приклади їх практичного застосування в народному господарстві.
презентация [5,2 M], добавлен 13.02.2016Клітина як структурно-функціональна одиниця всіх живих організмів. Елементи цитоскелету: мікротрубочки та мікрофіламенти. Прогрес в розумінні механізму руху клітин. Схема утворення псевдоподій у амеби. Метахрональні хвилі на поверхні війчастого епітелію.
реферат [3,4 M], добавлен 26.11.2014Організація бактеріальних біоплівок та процес їх утворення. Використання атомно силової мікроскопії для дослідження біоплівок, поширення їх у природі та методи штучного вирощування. Стійкість біоплівкових бактерій до дії антибіотиків і стресових чинників.
реферат [1,7 M], добавлен 25.01.2015
