Восстановление кода дезоксирибонуклеиновой кислоты из библиотеки клонов sequence tagged site
Поиск способов оптимизации алгоритмов реконструкции слов в целях восстановления кода дезоксирибонуклеиновой кислоты с использованием генетической диагностики. Реконструкция слов с запретами в гипотезе сдвига, измерение погрешности в работе алгоритмов.
| Рубрика | Биология и естествознание |
| Вид | дипломная работа |
| Язык | русский |
| Дата добавления | 30.06.2017 |
| Размер файла | 1,4 M |
Отправить свою хорошую работу в базу знаний просто. Используйте форму, расположенную ниже
Студенты, аспиранты, молодые ученые, использующие базу знаний в своей учебе и работе, будут вам очень благодарны.
Список использованных источников
Abu bakar S, Kumar S, Loke KK, Goh HH, Mohd noor N. DNA shotgun sequencing analysis of Garcinia mangostana L. variety Mesta. Genom Data. 2017/12, p. 118-119.
A new method to extract and purify DNA from allophanic soils and paleosols, and potential for paleoenvironmental reconstruction and other applications [Электронный ресурс]. -- Электрон. текстовые дан. и граф. дан. -- Geoderma Volume 274. -- Yu-Tuan Huanga et al.-- Режим доступа: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016706116301501, свободный. (дата обращения: 28.05.17);
ANI [Электронный ресурс]. -- Электрон. текстовые дан. и граф. дан. -- Режим доступа: http://gall-id.cgrb.oregonstate.edu/wgs-ani.html, свободный. (дата обращения: 28.05.17);
Bernhard O. Palsson Systems Biology. Constraint-based Reconstruction and Analysis. -- New York: Cambridge University press, 2015. -- ISBN: 9781107038851;
Douglas Lind, Brian Marcus, An introduction to symbolic dynamics and coding. -- New York: Cambridge University Press, 1995;
Drmanac R, Drmanac S, Chui G, et al. Sequencing by hybridization (SBH): advantages, achievements, and opportunities. Adv Biochem Eng Biotechnol. 2002/77, p. 75-101;
Enno Ohlebusch. Bioinformatics Algorithms -- Sequence Analysis, Genome Rearrangements, and Phylogenetic Reconstruction. -- Oldenbusch Verlag, 2013;
Expressed sequence tags [Электронный ресурс]. -- Электрон. текстовые дан. -- Режим доступа: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19277571, свободный. (дата обращения: 28.05.17);
Frequently Asked Questions about Genetic testing [Электронный ресурс]. -- Электрон. текстовые дан. и граф. дан. -- Режим доступа: https://www.genome.gov/19516567/, свободный. (дата обращения: 28.05.17);
GenBank [Электронный ресурс]: Материал из Википедии -- свободной энциклопедии : Версия 59480684, сохранённая в 12:09 UTC 28 мая 2017 / Авторы Википедии // Википедия, свободная энциклопедия. -- Электрон. дан. -- Сан-Франциско: Фонд Викимедиа, 2017. -- Режим доступа: http://ru.wikipedia.org/?oldid=59480684;
Genetic testing [Электронный ресурс]. -- Электрон. текстовые дан. и граф. дан. -- Режим доступа: https://ghr.nlm.nih.gov/primer/testing/genetictesting, свободный. (дата обращения: 28.05.17);
Goris J, Konstantinidis KT, Klappenbach JA, Coenye T, Vandamme P, Tiedje JM. DNA-DNA hybridization values and their relationship to whole-genome sequence similarities. Int J Syst Evol Microbiol. 57 (pt. 1), p. 81-91;
L. Allison, L. Stern, T. Edgoose, and T. I. Dix. Sequence Complexity for Biological Sequence Analysis. Computers and Chemistry, 24(1), p. 43-55;
Markus Hsi-Yang Fritz, Rasko Leinonen, Guy Cochrane, et al. Efficient storage of high throughput DNA sequencing data using reference-based compression. -- Genome Res, 2011;
Mitchell L Model. Bioinformatics Programming Using Python. Practical Programming for Biological Data. -- O'Reilly Media, 2009.
Peter Ligeti, Combinatorics on words and its applications [Электронный ресурс]. -- Электрон. текстовые дан. и граф. дан. -- Режим доступа: http://www.cs.elte.hu/~turul/ligeti_tezisek_angol.pdf, свободный. (дата обращения: 28.05.17)
Peter Ligeti, Peter Sziklai, Reconstruction from subwords [Электронный ресурс]. -- Электрон. текстовые дан. и граф. дан. -- Режим доступа: http://www.cs.elte.hu/~sziklai/cikk/icai.pdf, свободный. (дата обращения: 28.05.17);
Preparation of Yeast DNA Sequencing Libraries [Электронный ресурс]. -- Электрон. текстовые дан. и граф. дан. -- Katja Schwartz and Gavin Sherlock. -- Режим доступа: http://cshprotocols.cshlp.org/content/2016/10/pdb.prot088930.full.pdf, свободный. (дата обращения: 28.05.17);
Study on the Super Eulerian Path and the Sequence Reconstruction [Электронный ресурс]. -- Электрон. текстовые дан. и граф. дан. -- Jia Xingui, Xiao Xiang, Jiang Kaizhong. -- Global Journal of Mathematics Vol. 7, No. 1. -- Режим доступа: http://www.gpcpublishing.org/index.php/gjm/article/view/438/pdf_75, свободный. (дата обрашения: 28.05.17);
V. I. Levenshtein, Reconstruction of objects from a minimum number of distorted specimens, Dokl. Ross. Akad. Nauk, 1997, 354, No. 5, 593-596;
V. K. Leont'ev, Yu. G. Smetanin, Problems of information on the set of words, J. Math. Sci., 2000, 108, No. 1, 49-70, Kluwer Acad./Consult. Bureau, New York;
Yoon SH, Ha SM, Lim J, Kwon S, Chun J. A large-scale evaluation of algorithms to calculate average nucleotide identity. Antonie Van Leeuwenhoek. 2017;
What is DNA? [Электронный ресурс]. -- Электрон. текстовые дан. и граф. дан. -- Режим доступа: http://www.livescience.com/37247-dna.html, свободный. (дата обращения: 28.05.17)
Алгоритм Ахо-Корасик [Электронный ресурс]. -- Электрон. текстовые дан. и граф. дан. -- Режим доступа: https://neerc.ifmo.ru/wiki/index.php?title=Алгоритм_Ахо-Корасик, свободный. (дата обращения: 28.05.17);
Гамильтонов граф [Электронный ресурс] : Материал из Википедии -- свободной энциклопедии : Версия 82104143, сохранённая в 05:00 UTC 25 ноября 2016 / Авторы Википедии // Википедия, свободная энциклопедия. -- Электрон. дан. -- Сан-Франциско: Фонд Викимедиа, 2016. -- Режим доступа: http://ru.wikipedia.org/?oldid=82104143;
Гасфилд Д.. Строки, деревья и последовательности в алгоритмах: Информатика и вычислительная биология / Пер. с англ. И. В. Романовского. -- 2-е изд. -- СПб.: Невский Диалект, 2003. -- 654 с.;
Дворкин М.Э Методы минимизации необходимого числа цепей для секвенирования ДНК. -- Спб.: СПбГУ ИТМО, кафедра компьютерных технологий, 2010.
Дезоксирибонуклеиновая кислота [Электронный ресурс] : Материал из Википедии -- свободной энциклопедии : Версия 70073698, сохранённая в 20:56 UTC 28 мая 2017 / Авторы Википедии // Википедия, свободная энциклопедия. -- Электрон. дан. -- Сан-Франциско: Фонд Викимедиа, 2017. -- Режим доступа: http://ru.wikipedia.org/?oldid=70073698;
Задача коммивояжёра [Электронный ресурс] : Материал из Википедии -- свободной энциклопедии : Версия 84128691, сохранённая в 03:46 UTC 8 марта 2017 / Авторы Википедии // Википедия, свободная энциклопедия. -- Электрон. дан. -- Сан-Франциско: Фонд Викимедиа, 2017. -- Режим доступа: http://ru.wikipedia.org/?oldid=84128691;
Интервальный граф [Электронный ресурс] : Материал из Википедии -- свободной энциклопедии : Версия 67251501, сохранённая в 20:31 UTC 9 декабря 2016 / Авторы Википедии // Википедия, свободная энциклопедия. -- Электрон. дан. -- Сан-Франциско: Фонд Викимедиа, 2016. -- Режим доступа: http://ru.wikipedia.org/?oldid=67251501;
Исследование алгоритмов восстановления слов в целях восстановления кода ДНК [Электронный ресурс]: Вадим Дробинин. -- Электрон. текстовые дан. и граф. дан. -- Режим доступа: https://www.hse.ru/data/2015/07/09/1082887252/Презентация_Дробинин.pdf, свободный. (дата обращения: 28.05.17);
Контиг [Электронный ресурс] : Материал из Википедии -- свободной энциклопедии : Версия 53534044, сохранённая в 14:48 UTC 14 марта 2017 / Авторы Википедии // Википедия, свободная энциклопедия. -- Электрон. дан. -- Сан-Франциско: Фонд Викимедиа, 2017. -- Режим доступа: http://ru.wikipedia.org/?oldid=53534044;
Лексикографический поиск в ширину [Электронный ресурс] : Материал из Википедии -- свободной энциклопедии : Версия 78836559, сохранённая в 21:47 UTC 7 октября 2016 / Авторы Википедии // Википедия, свободная энциклопедия. -- Электрон. дан. -- Сан-Франциско: Фонд Викимедиа, 2016. -- Режим доступа: http://ru.wikipedia.org/?oldid=78836559;
Локус [Электронный ресурс] : Материал из Википедии -- свободной энциклопедии : Версия 68906992, сохранённая в 19:58 UTC 27 февраля 2017 / Авторы Википедии // Википедия, свободная энциклопедия. -- Электрон. дан. -- Сан-Франциско: Фонд Викимедиа, 2017. -- Режим доступа: http://ru.wikipedia.org/?oldid=68906992;
"Матрица" матричных РНК, Метрополь [Электронный ресурс]. -- Электрон. текстовые дан. и граф. дан. -- Режим доступа: http://mtrpl.ru/journal-club-XXIX, свободный. (дата обращения: 28.05.17).
Мультиграф [Электронный ресурс] : Материал из Википедии -- свободной энциклопедии : Версия 69710690, сохранённая в 11:18 UTC 1 апреля 2017 / Авторы Википедии // Википедия, свободная энциклопедия. -- Электрон. дан. -- Сан-Франциско: Фонд Викимедиа, 2017. -- Режим доступа: http://ru.wikipedia.org/?oldid=69710690;
Нормальные числа. Эпизод II: атака де Брёйна [Электронный ресурс]. -- Электрон. текстовые дан. и граф. дан. -- Режим доступа: http://www.pvsm.ru/matematika/48400, свободный. (дата обращения: 28.05.17);
Преимплантационная генетическая диагностика [Электронный ресурс] : Материал из Википедии -- свободной энциклопедии : Версия 76567466, сохранённая в 04:50 UTC 20 февраля 2016 / Авторы Википедии // Википедия, свободная энциклопедия. -- Электрон. дан. -- Сан-Франциско: Фонд Викимедиа, 2016. -- Режим доступа: http://ru.wikipedia.org/?oldid=7656746;
Расстояние Левенштейна [Электронный ресурс] : Материал из Википедии -- свободной энциклопедии : Версия 84432190, сохранённая в 17:49 UTC 22 марта 2017 / Авторы Википедии // Википедия, свободная энциклопедия. -- Электрон. дан. -- Сан-Франциско: Фонд Викимедиа, 2017. -- Режим доступа: http://ru.wikipedia.org/?oldid=8443219;
Рибонуклеиновая кислота [Электронный ресурс] : Материал из Википедии -- свободной энциклопедии : Версия 68394333, сохранённая в 15:09 UTC 5 февраля 2017 / Авторы Википедии // Википедия, свободная энциклопедия. -- Электрон. дан. -- Сан-Франциско: Фонд Викимедиа, 2017. -- Режим доступа: http://ru.wikipedia.org/?oldid=68394333;
Сметанин Ю.Г., Ульянов М.В. Реконструкция слов по конечному мультимножеству подслов в гипотезе сдвига 1. I. Реконструкция без запретов. -- Кибернетика и системный анализ. 2014. № 1. с. 168-177;
Сметанин Ю.Г., Ульянов М.В. Реконструкция слов по конечному мультимножеству подслов в гипотезе сдвига 1. II. Реконструкция при наличии запрещенного блока. -- Кибернетика и системный анализ. 2015;
Снова о биоинформатике: сборка бактериальных геномов [Электронный ресурс]. -- Электрон. текстовые дан. и граф. дан. -- Режим доступа: https://habrahabr.ru/company/spbau/blog/186492/, свободный. (дата обращения: 28.05.17).
Размещено на Allbest.ru
...Подобные документы
Основная роль дезоксирибонуклеиновой кислоты. Ученые, создавшие в 1953 г. модель структуры молекулы. Система выделения и очистки нуклеинов. Схематичное изображение отрезка дезоксирибонуклеиновой кислоты в окружении различных белковых структур человека.
презентация [1,9 M], добавлен 02.02.2014Сшивка фрагментов дезоксирибонуклеиновой кислоты по одноименным и разноименным "липким концам" и коннекторным методом. Организация генов про- и эукариот. Определение нуклеотидной последовательности (секвенирование) ДНК. Подходы к клонированию ДНК.
реферат [33,4 K], добавлен 01.12.2016Сущность, состав нуклеотидов, их физические характеристики. Механизм редупликации дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК), транскрипция ее с переносом наследственной информации на РНК и механизм трансляции — синтез белка, направляемый этой информацией.
реферат [461,8 K], добавлен 11.12.2009Создание генетически модифицированного или трансгенного организма. Выделение гена из дезоксирибонуклеиновой кислоты с помощью химико-ферментного или ферментного синтезов. Значение генно-инженерных манипуляций. Изготовление и применение пищевых добавок.
презентация [6,2 M], добавлен 31.10.2016Первоначальные способы не автоматизированного секвенирования ДНК, его недостатки. Сущность и принцип автоматического секвенирования, механизм проведения, особенности и проблемы, синтез праймера для начала реакции, использование бактериофага М13.
реферат [24,3 K], добавлен 11.12.2009Изучение химических основ наследственности. Характеристика строения, функций и процесса репликации рибонуклеиновой и дезоксирибонуклеиновой кислот. Рассмотрение особенностей распределение генов. Ознакомление с основными свойствами генетического кода.
контрольная работа [38,4 K], добавлен 30.07.2010История изучения нуклеиновых кислот. Состав, структура и свойства дезоксирибонуклеиновой кислоты. Представление о гене и генетическом коде. Изучение мутаций и их последствий в отношении организма. Обнаружение нуклеиновых кислот в растительных клетках.
контрольная работа [23,2 K], добавлен 18.03.2012Принципиальные черты устройства автоматических секвенаторов, основные элементы прибора ABI Prism 377, его конструкция и этапы реакции. Ультрацентрифуги как главная часть приборного оснащения биохимической лаборатории, рабочие параметры и применение.
реферат [71,0 K], добавлен 11.12.2009История открытия дезоксирибонуклеиновой кислоты - биологического полимера, состоящего из двух спирально закрученных цепочек. Первичная структура и конформации компонентов нуклеиновых кислот. Макромолекулярная структура ДНК, полиморфизм двойной спирали.
презентация [1,1 M], добавлен 07.11.2013Описание процесса онтогенеза как индивидуального развития организма. Ген как элементарная единица наследственности, строение хромосом и дезоксирибонуклеиновой кислоты. Раскрытие содержания учения В. Вернадского о биосфере. Характеристика типов личности.
контрольная работа [34,6 K], добавлен 10.08.2015Структура дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК). Секвенирование как метод исследования нуклеиновых кислот. Определение нуклеотидовой последовательности модифицированным методом Максама и Гилберта. Новейшие методы определения последовательности ДНК.
курсовая работа [385,7 K], добавлен 10.03.2016Партеногенетические виды позвоночных и их особенности размножения. Структура микросателлитных повторов эукариотических геномов. Монолокусный анализ микросателлитсодержащих локусов. Электрофорез дезоксирибонуклеиновой кислоты в полиакриламидном геле.
дипломная работа [706,2 K], добавлен 27.01.2018Анализ стадий и типов фотохимических реакций. Исследование механизма действия ультрафиолетового излучения на белки и нуклеиновую кислоту. Люминесцентная микроскопия. Описание микроскопов серии "Люмам". Применение люминесцентных меток и зондов в медицине.
презентация [1009,8 K], добавлен 10.04.2015- Эффективность и качество использования полимеразной цепной реакции в лабораторной диагностике гриппа
Рассмотрение сути метода полимеразной цепной реакции. Понятие амплификации как процесса увеличения числа копий дезоксирибонуклеиновой кислоты. Основные принципы подбора праймеров при создании тест-системы. Подготовка пробы биологического материала.
курсовая работа [610,8 K], добавлен 14.11.2014 Организация генома и кодируемые белки вируса иммунодефицита человека. Транскрипция провирусной дезоксирибонуклеиновой кислоты и синтез вирусных веществ. Анализ получения сыворотки и плазмы крови. Характеристика референсных сиквенсов и электрофореграмм.
дипломная работа [1,3 M], добавлен 04.06.2017Картирование генома для построения физической и генетической карты. Клонирование известных генов и способствование поиску в геноме интересующих клонов, сравнение клонов. Картирование путем подбора пар по методу "отпечатков пальцев" с лигазной обработкой.
контрольная работа [15,1 K], добавлен 11.08.2009Первичная, вторичная и третичная структуры ДНК. Свойства генетического кода. История открытия нуклеиновых кислот, их биохимические и физико-химические свойства. Матричная, рибосомальная, транспортная РНК. Процесс репликации, транскрипции и трансляции.
реферат [4,1 M], добавлен 19.05.2015Система зашифровки наследственной информации в молекулах нуклеиновых кислот в виде генетического кода. Сущность процессов деления клеток: митоза и мейоза, их фазы. Передача генетической информации. Строение хромосом ДНК, РНК. Хромосомные заболевания.
контрольная работа [28,4 K], добавлен 23.04.2013Экспрессия генов - способность контролировать синтез белка. Структура и свойства генетического кода, его универсальность и просхождение. Передача генетической информации, транскрипция и трансляция. Митохондриальный и хлоропластный генетические коды.
реферат [41,5 K], добавлен 27.01.2010Трансляция клетки как процесс биосинтеза белка, определяемый матричной РНК. Понятие генетического кода, его свойства. Отклонения от универсального генетического кода. Строение рибосом, механизм элонгации и терминации. Белки в эволюции и онтогенезе.
презентация [2,2 M], добавлен 21.02.2014
