Молекулярная филогеография коренного населения Северной Азии по данным об изменчивости митохондриальной ДНК

Размещено на http://www.allbest.ru/

Молекулярная филогеография коренного населения Северной Азии по данным об изменчивости митохондриальной ДНК

1.Общая характеристика работы

митохондриальный генофонд население азия

Актуальность проблемы. Последние десятилетия XX века ознаменовали собой начало быстрого прогресса в исследованиях высокополиморфных генетических систем, наследуемых по одной из родительских линий - митохондриальной ДНК (мтДНК) и нерекомбинирующих участков Y-хромосомы, наследуемых, соответственно, по материнской и отцовской линиям. Комплексное использование этих генетических систем показало высокую информативность такого подхода для характеристики генетической структуры популяций человека, а также предоставило исследователям очень существенную для этногенетических исследований информацию об истории формирования генофондов с учетом вклада мужских и женских линий. Популяционные исследования изменчивости мтДНК и Y-хромосомы развиваются в русле филогеографического подхода, позволяющего с помощью методов филогенетического анализа классифицировать монофилетические кластеры ДНК и оценивать степень и время дивергенции последовательностей ДНК внутри кластеров (Avise, 1989; Richards et al., 1998). Этот подход одинаково хорошо применим как для реконструкции основных этапов формирования популяций человека в далеком прошлом, так и для исследования генетической истории современных этнорасовых групп (Torroni et al., 1998; 2001; Helgason et al., 2000; Renfrew, 2000; Richards et al., 2000). Филогеографический анализ находит широкое применение и в исследованиях митохондриальных болезней, поскольку на основе знаний о распределении мутаций мтДНК в популяциях человека (т.е. в норме) можно более адекватно оценить степень патогенности мутаций, наблюдаемых у больных, а также исследовать предпосылки возникновения патологических мутаций на фоне различных филогенетических групп мтДНК (Wallace, 1995; Сукерник и др., 2002; Kong et al., 2006; Achilli et al., 2008).

Для реконструкции процессов формирования генофондов популяций, этнических групп и этнорасовых общностей и их пространственной дифференциации используются большие массивы данных об изменчивости ДНК в различных популяциях мира. Если говорить о населении Евразии, то современные филогеографические исследования изменчивости ДНК базируются на представительных (многотысячных) выборках населения из различных стран и регионов. Использование комбинированного подхода для анализа изменчивости мтДНК человека, т.е. анализа, направленного на выявление группо-специфических мутаций как в кодирующих участках, так и в главной некодирующей области, позволило классифицировать мтДНК в виде монофилетических групп и подгрупп и реконструировать последовательность эволюционных изменений мтДНК (Macaulay et al., 1999; Richards et al., 2000). В достаточно полном виде на сегодняшний день уже классифицированы митохондриальные гаплотипы у населения Западной и Восточной Евразии, Африки, Австралии и Америки (Richards et al., 2000; Malyarchuk et al., 2002; Salas et al., 2002; Bandelt et al., 2003; Kong et al., 2003; Metspalu et al., 2004; Palanichamy et al., 2004; Quintana-Murci et al., 2004; Macaulay et al., 2005; Thangaraj et al., 2005; Hill et al., 2007; Hudjashov et al., 2007).

Согласно современным представлениям, все евразийские группы мтДНК входят в состав трех макрогрупп - M, N и R, которые произошли примерно 65 тыс. лет назад из африканской митохондриальной группы L3 (Macaulay et al., 2005). Важно отметить, что в распределении митохондриальных линий ДНК наблюдается выраженная региональная специфичность. Генофонды популяций Западной Евразии характеризуются присутствием набора линий мтДНК, относящихся к группам HV, H, V, J, T, U, R1, N1a, N1b, N1c, W, X, а в генофондах популяций Восточной Евразии распространены мтДНК других групп - A, B, C, D, E, F, G, Y, Z, M7-M13, R9 и N9a (Wallace, 1995; Torroni et al., 1996; Macaulay et al., 1999; Schurr et al., 1999; Finnila et al., 2001; Herrnstadt et al., 2002; Kivisild et al., 2002; Yao et al., 2002; Kong et al., 2003). Таким образом, данные о полиморфизме мтДНК могут быть использованы для точной идентификации женских линий, что позволяет, в свою очередь, определять соотношения генетических компонентов различного происхождения в смешанных популяциях.

Надежность классификации зависит от количества имеющейся информации об изменчивости мтДНК и, естественно, в идеале необходима информация о нуклеотидных последовательностях целых митохондриальных геномов, относящихся к разным филогенетическим группам. Накопленные к настоящему времени данные в области популяционной митохондриальной геномики (секвенировано уже более 5400 митохондриальных геномов) позволили существенно улучшить представления о топологии филогенетического дерева мтДНК человека и детализировать классификацию мтДНК, опираясь на данные о региональных особенностях эволюции митохондриального генома (Ingman et al., 2000; Finnila et al., 2001; Derbeneva et al., 2002; Herrnstadt et al., 2002; Kong et al., 2003; 2006; Palanichamy et al. 2004; Tanaka et al., 2004; Kivisild et al. 2005; Starikovskaya et al., 2005; Derenko et al., 2007; Achilli et al., 2008; Behar et al., 2008; Malyarchuk et al., 2008; Quintana-Murci et al., 2008; Shlush et al., 2008; Soares et al., 2008; Volodko et al., 2008; Perego et al., 2009). Тем не менее, одним из существенных пробелов в полногеномной филогении мтДНК является недостаточная изученность митохондриальных генофондов населения Северной Азии. Работы в области полногеномной изменчивости мтДНК затрагивали лишь небольшое число линий мтДНК, распространенных в Сибири, и были ориентированы, главным образом, на исследование вопросов происхождения коренного населения Америки и причастности к этим процессам этнических групп Сибири (Derbeneva et al., 2002; Starikovskaya et al., 2005; Volodko et al., 2008).

Интерес к изучению коренного населения Северной Азии обусловлен сложностью истории заселения этого региона человеком в палеолите-неолите, географической близостью к предполагаемым очагам расообразования монголоидов и богатым материалом по палеоантропологии. Кроме того, древнейшее население этого региона проживало на территориях, на которых происходили основные наиболее древние контакты европеоидной и монголоидной рас, существенно повлиявшие на формирование расового типа значительной части населения Евразии, а также принимало участие в миграциях, сопровождавших заселение Америки. Несмотря на детальную изученность генофондов народов Северной Азии по системам иммуногенетического, генетико-биохимического и физиолого-генетического полиморфизма (Генофонд и геногеография народонаселения, 2000), население этого обширного региона практически не было затронуто масштабными и комплексными исследованиями, базирующимися на изучении ДНК-маркеров. Хотя некоторые группы популяций изучены по отдельным молекулярно-генетическим системам достаточно полно (Derenko et al. 2000; 2003; 2006; Дербенева и др., 2002; Степанов, 2002; Karafet et al., 2002; Starikovskaya et al., 2005; Volodko et al., 2008), в настоящее время все еще отсутствуют целостные представления о генетических взаимоотношениях между популяциями Северной Азии. Между тем, возможности молекулярной филогеографии позволяют охарактеризовать не только современное состояние генофондов, но и реконструировать историю их становления.

Цель и задачи исследования. Целью настоящего исследования является анализ структуры и разнообразия митохондриальных генофондов этнических групп коренного населения Северной Азии.

Для достижения этой цели были поставлены следующие задачи:

1) на основании данных об изменчивости нуклеотидных последовательностей ГВС1/2 главной некодирующей области и полиморфизме группо-специфических сайтов кодирующей области мтДНК охарактеризовать структуру митохондриальных генофондов этнических групп Западной (персы, курды), Центральной (таджики), Восточной (монголы, баргуты, корейцы), Северной (буряты, хамнигане, сойоты, тувинцы, тоджинцы, тофалары, западные эвенки, восточные эвенки, якуты, шорцы, хакасы, алтайцы, алтай-кижи, телеуты, теленгиты, алтайские казахи, эвены, коряки, чукчи) Азии и Восточной Европы (калмыки, русские);

2) по данным об изменчивости мтДНК оценить параметры генетического разнообразия и степень генетической дифференциации населения Западной, Центральной, Восточной и Северной Азии на уровне этнических, регионально-географических и лингвистических групп; исследовать связь между генетической дифференциацией исследованных этнических групп и их географическим положением, антропологической и лингвистической принадлежностью;

3) с помощью методов статистического и филогенетического анализа данных об изменчивости мтДНК реконструировать генетические взаимоотношения между этническими группами Северной, Центральной, Восточной и Западной Азии;

4) на основании данных об изменчивости целых митохондриальных геномов реконструировать филогению основных западно- и восточноевразийских групп мтДНК, распространенных в генофондах этнических групп Северной Азии, оценить генетическое разнообразие и эволюционный возраст кластеров мтДНК;

5) с помощью филогеографического анализа мтДНК идентифицировать по происхождению основные компоненты генофондов этнических групп Северной Азии, а также восточноевразийские линии мтДНК, присутствующие в генофондах некоторых этнических групп Европы;

6) на основании данных о полногеномной изменчивости мтДНК исследовать характер накопления мутаций в митохондриальных генах с учетом филогенетической структуры анализируемых кластеров;

7) на основании сравнительного анализа данных об изменчивости мтДНК, лингвистики, антропологии и археологии реконструировать ранние этапы генетической истории народов Северной Азии.

Научная новизна. Впервые на основании данных об изменчивости нуклеотидных последовательностей ГВС1/2 главной некодирующей области и полиморфизме кодирующих участков мтДНК получены наиболее детальные представления о структуре митохондриальных генофондов этнических групп Северной Азии (буряты, хамнигане, сойоты, тувинцы, тоджинцы, тофалары, западные эвенки, восточные эвенки, якуты, шорцы, хакасы, алтайцы, алтай-кижи, телеуты, теленгиты, алтайские казахи, эвены, коряки, чукчи). Впервые проведен комплексный статистический и филогенетический анализ данных об изменчивости мтДНК, получены оценки параметров генетического разнообразия и степени генетической дифференциации населения Западной, Центральной, Восточной и Северной Азии на уровне этнических, регионально-географических и лингвистических групп; исследована связь между антропологическими, лингвистическими, географическими факторами и генетической дифференциацией населения.

Впервые на основании данных об изменчивости целых митохондриальных геномов реконструирована филогения основных западно- и восточноевразийских групп мтДНК, распространенных в генофондах этнических групп Северной Азии, оценено генетическое разнообразие и эволюционный возраст монофилетических кластеров мтДНК. С помощью филогеографического анализа впервые идентифицированы по происхождению основные компоненты генофондов этнических групп Северной Азии, а также восточноевразийские линии мтДНК, присутствующие в генофондах некоторых этнических групп Европы. Установлено, что формирование этнических групп Северной Азии происходило на основе гетерогенного генетического субстрата, представленного как монголоидными линиями восточноазиатского происхождения, так и европеоидными линиями мтДНК западноазиатского и восточноевропейского происхождения.

Впервые на основании данных об изменчивости мтДНК получены датировки появления европеоидных групп населения в Северной Азии, верхняя граница которых не превышает 14 тыс. лет назад. Появление же монголоидного компонента датируется с помощью митохондриальных молекулярных часов уже 40 тыс. лет назад.

Впервые в генофондах некоторых этнических групп Южной Сибири выявлены линии мтДНК, предковые по отношению к линиям-основательницам генофондов коренного населения Америки, и сделан вывод об участии древнейшего населения Алтае-Саянского и Байкальского регионов в процессах заселения Америки.

Впервые на репрезентативном наборе данных протестирована гипотеза «северного пути» (через Центральную Азию и Южную Сибирь) первичного заселения Восточной Азии человеком современного анатомического типа. Установлено, что в исследованных этнических группах Северной Азии отсутствуют автохтонные кластеры мтДНК, имеющие эволюционный возраст более 60 тыс. лет, достаточный для того, чтобы свидетельствовать в пользу этой гипотезы.

В целом, проведенные исследования полногеномной изменчивости мтДНК у населения Северной Евразии позволили существенно улучшить классификацию североевразийского фрагмента митохондриального дерева человека, а также определить эволюционный возраст ряда филогенетических кластеров мтДНК, важных в плане познания истории расселения человека в Евразии и процесса формирования этнорасовых общностей.

Научно-практическое значение. Данные, представленные в настоящей работе, являются важным вкладом в сумму знаний об особенностях генофондов коренного населения Северной Евразии. Полученные результаты имеют междисциплинарное значение и могут быть использованы как в генетике человека, так и в этнологии, лингвистике, антропологии, истории и археологии. Полученная информация имеет медицинское значение и важна для планирования исследований в области медицинской генетики, особенно для скрининга наследственных митохондриальных заболеваний. Данные об изменчивости мтДНК в региональных группах коренного населения Северной Азии могут быть использованы в качестве референтной базы данных, необходимой для проведения судебно-медицинской экспертизы. Результаты настоящего исследования могут быть использованы в научно-образовательном процессе при подготовке специалистов биологического и медицинского профиля.

Положения, выносимые на защиту:

1. Митохондриальные генофонды этнических групп Северной Азии представлены различным соотношением восточноевразийских и западноевразийских линий ДНК. В исследованных популяциях наблюдается снижение частоты западноевразийского компонента в направлении запад-восток. Западноевразийский компонент генофондов этнических групп Северной Азии характеризуется примерно равным вкладом западноазиатских и восточноевропейских типов мтДНК.

2. Этнические группы Северной Азии характеризуются высоким уровнем генетического разнообразия, сопоставимым с таковым у населения Центральной, Восточной и Западной Азии. Этнические группы Алтае-Саянского и Байкальского регионов Южной Сибири демонстрируют признаки демографических экспансий, временной интервал которых соответствует верхнему палеолиту. Коренное население Северной Азии характеризуется высокой степенью межэтнической дифференциации, превышающей аналогичные значения в других регионах Азии. Существует достоверная связь между генетической дифференциацией этнических групп Северной Азии, их географическим положением, лингвистической и антропологической принадлежностью.

3. Монголоязычные народы Южной Сибири и Восточной Азии (буряты, хамнигане, калмыки, монголы, баргуты) характеризуются выраженным генетическим сходством друг с другом и тюркоязычными сойотами; этнические группы Центральной Сибири (якуты, восточные и западные эвенки) проявляют максимальное генетическое сходство с восточно-саянскими популяциями тувинцев, тоджинцев и тофаларов; теленгиты и алтайские казахи - с этническими группами Центральной Азии.

4. Митохондриальные генофонды этнических групп коренного населения Северной Азии сформировались в результате разнообразных и разновременных миграций населения как Восточной и Западной Азии, так и Восточной Европы. Территории Южной Сибири были главным источником послеледникового распространения некоторых групп мтДНК на Северо-Востоке Азии с их последующей экспансией в популяциях Берингии.

5. В генофондах этнических групп Северной Азии отсутствуют автохтонные кластеры мтДНК, имеющие эволюционный возраст достаточный для того, чтобы свидетельствовать в пользу модели «северного пути» первичного заселения Восточной Азии человеком современного анатомического типа.

6. Анализ полногеномной изменчивости мтДНК гаплогрупп A, C и D дает основания считать, что несинонимичные замены накапливаются преимущественно в эволюционно «молодых» ветвях азиатского филогенетического дерева мтДНК. Влияние адаптации (положительного отбора) на характер изменчивости мтДНК в пределах исследованных гаплогрупп не прослеживается.

Апробация работы. Основные положения диссертации представлены на научных сессиях Института биологических проблем Севера ДВО РАН (Магадан, 1995; 2000; 2002); на семинаре по молекулярной эволюции в Институте арктической биологии Университета штата Аляска (Фэрбэнкс, США, 1996); 9-м Международном конгрессе по генетике человека (Рио-де-Жанейро, Бразилия, 1996); Международной научной конференции «Современные концепции эволюционной генетики» (Новосибирск, 1997); XVIII и XX Международных генетических конгрессах (Пекин, 1998; Берлин, 2008); Международном симпозиуме «Геохимия ландшафтов, палеоэкология человека и этногенез» (Улан Уде, 1999); Первом международном рабочем совещании «Биоразнообразие и динамика экосистем Северной Евразии: информационные технологии и моделирование» (WITA'2001) (Новосибирск, 2001); Второй Европейско-Американской конференции по клинической и судебной генетике (Дубровник, Хорватия, 2001); Европейской конференции по генетике человека (Страсбург, 2002); Российско-Иранской научной конференции (Москва, 2002); межинститутском научном семинаре при Университете им. Н. Коперника (Быдгощ, Польша, 2003); 49-м, 50-м, 51-м, 52-м, 53-м, 54-м, 56-м ежегодных совещаниях Американского общества генетики человека (Сан-Франциско, 1999; Филадельфия, 2000; Сан-Диего, 2001; Балтимор, 2002; Лос-Анджелес, 2003; Торонто, 2004; Новый Орлеан, 2006); отчетных конференциях по Программе фундаментальных исследований Президиума РАН «Биоразнообразие и динамика генофондов» (Москва, 2007; 2008); V Диковских чтениях, посвященных 80-летию Первой Колымской экспедиции и 55-летию образования Магаданской области (Магадан, 2008); научном семинаре «Популяционная и эволюционная генетика» ИОГен им. Н.И. Вавилова РАН (Москва, 2009).

Декларация личного участия автора. В диссертационной работе использованы экспериментальные и аналитические материалы, полученные лично автором. Автор являлся организатором и участником ряда экспедиционных работ по сбору образцов биологических тканей у представителей различных этнотерриториальных групп коренного населения Северной Азии; самостоятельно осуществлял выделение ДНК из образцов крови и волосяных луковиц; проводил молекулярно-генетический анализ ДНК, включающий постановку полимеразной цепной реакции, изучение рестрикционного полиморфизма участков мтДНК, определение нуклеотидных последовательностей ГВС1/2 и полноразмерных молекул мтДНК; выполнял статистический и филогенетический анализ полученных данных; оформлял результаты исследования в виде статей. Суммарно личное участие автора составило около 75 %.

Благодарности. Значительная часть работы, связанной с секвенированием нуклеотидных последовательностей мтДНК, была выполнена на базе Института судебной медицины Медицинской академии им. Рыдыгера (г. Быдгощ, Польша). Автор выражает свою искреннюю признательность польским коллегам, прежде всего, профессору Каролу Шливке, доктору Томашу Гржибовскому, Еве Левандовской и Анете Якубовской за плодотворное многолетнее сотрудничество, которое продолжается и по сей день. Автор благодарен сотрудникам лаборатории генетики ИБПС ДВО РАН Галине Алексеевне Денисовой и Марии Александровне Перковой, принимавшим участие в выполнении экспериментальной части работы, а также Борису Аркадьевичу Малярчуку, который оказывал всестороннюю помощь на всех этапах выполнения данной работы, с самого ее начала. Автор благодарен профессору Джералду Шилдсу (Институт арктической биологии Университета штата Аляска, г. Фэрбэнкс), лекции и семинары которого в рамках курса «Молекулярная эволюция» в Университете штата Аляска (г. Фэрбэнкс, США) инициировали интерес к проблемам митохондриальной генетики и молекулярной эволюции, а работа в его лаборатории (1995, 1996 г.г.) позволила получить первые навыки в секвенировании ДНК и последующем анализе молекулярных данных. Автор выражает особую благодарность Ирине Кимовне Дамбуевой (Институт общей и экспериментальной биологии СО РАН, г. Улан-Удэ), Чодураа Михайловне Доржу (Тывинский государственный университет, г. Кызыл) и Фаине Анисимовне Лузиной (Институт комплексных проблем гигиены и профессиональных заболеваний СО РАМН, г. Новокузнецк) за многолетнюю помощь в экспедиционных сборах материала, а также представителям различных этнических групп Азии за безвозмездное предоставление образцов для генетического анализа. Автор выражает большую признательность и благодарность своему научному консультанту профессору Илье Артемьевичу Захарову-Гезехусу, без участия которого эта работа не смогла бы состояться.

Работа получила финансовую поддержку ФЦНТП «Приоритетные направления генетики» (6-602; 99-4-30), Российского фонда фундаментальных исследований (гранты 99-06-80430-а; 99-06-88049-к; 00-06-88007-к; 01-06-88033-к; 04-04-48746-а; 04-04-63115-к; 07-04-00445-а); Дальневосточного отделения РАН (гранты 03-3-A-06-047; 04-3-Г-06-009; 05-III-А-06-036; 06-III-А-06-175; 06-I-П11-032; 09-III-А-06-220; 09- I-П23-10); ФЦНТП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники», раздел «Технология живых систем», подраздел «Биология», тема «Базы данных о генофондах человека, животных, растений и микроорганизмов» (2002-2004 г.г.); Программы фундаментальных исследований Президиума РАН «Биологическое разнообразие и динамика генофондов», подпрограмма II «Динамика генофондов» (2005-2008 г.г.); Программы фундаментальных исследований Президиума РАН «Биологическое разнообразие», подпрограмма II «Генофонды и генетическое разнообразие» (2009-2011 г.г.).

Публикации. По теме диссертации опубликовано 58 работ.

Структура и объем работы. Диссертация изложена на 423 страницах машинописного текста и включает 42 таблицы и 30 рисунков. Диссертация состоит из введения, обзора литературы (1 глава), описания материалов и методов исследования (1 глава), результатов и их обсуждения (3 главы), заключения, выводов, списка литературы, состоящего из 539 источников, в том числе 131 публикации на русском языке, и приложения.

2. Материалы и методы исследования

Материалом для исследования служила тотальная ДНК, выделенная из биологических тканей (кровь, волосяные луковицы, плацентарная ткань), полученных от 2922 представителей 33 популяций 27 этнических групп Западной, Центральной, Восточной, Северной Азии и Восточной Европы (табл. 1). Сбор биологических образцов осуществлялся от здоровых индивидуумов, не имеющих очевидного родства, по крайней мере, в трех поколениях, на основании данных предварительного анкетирования и получения информированного согласия.

Анализ изменчивости мтДНК проводился с использованием как комбинированного анализа, т.е. анализа рестрикционного полиморфизма кодирующих участков и изменчивости нуклеотидных последовательностей некодирующих гипервариабельных сегментов мтДНК, так и анализа нуклеотидных последовательностей целых митохондриальных геномов. Всего в исследовании проанализирован ПДРФ мтДНК у 2922 человек, нуклеотидные последовательности ГВС1 и ГВС2 определены у 2843 и 1786 человек, соответственно. Нуклеотидные последовательности полноразмерных молекул мтДНК определены у 286 человек.

Для анализа изменчивости мтДНК использованы стандартные методы выделения и очистки ДНК, полимеразной цепной реакции, рестрикционного анализа ДНК, несколько вариантов секвенирования ДНК. Выделение ДНК из плацентарной ткани, крови и волосяных луковиц выполняли с помощью стандартных методов (Маниатис и др., 1984; Walsh et al., 1991). Для амплификации участков мтДНК и их последующего рестрикционного анализа или секвенирования использовали набор олигонуклеотидных праймеров и условия реакций, описанные в ряде работ (Wrischnik et al., 1987; Sullivan et al., 1992; Torroni et al., 1996; Finnila et al., 2000; Brandstatter et al., 2004; Loogvali et al., 2004). Для определения нуклеотидных последовательностей целых молекул мтДНК применялась стратегия полногеномного секвенирования, включающая амплификацию исследуемой ДНК в виде одиннадцати перекрывающихся фрагментов с

Таблица 1. Этногеографическая характеристика и размеры исследованных выборок

последующим их секвенированием с помощью 32 внутренних праймеров (Torroni et al., 2001).

Индексы разнообразия мтДНК в популяциях и тестов на нейтральность (D Таджимы и FS Фу), параметры демографических экспансий, значения F-статистик и анализ молекулярной изменчивости (AMOVA) (Excoffier et al., 1992) рассчитывали с помощью пакета программ ARLEQUIN 3.01 (Schneider et al., 2000). Корреляции между генетическими, географическими, лингвистическими и антропологическими дистанциями оценивались с использованием теста Мантела (1000 пермутаций).

Генетические взаимоотношения между популяциями реконструировали с помощью методов многомерного анализа (метод главных компонент и многомерное шкалирование), реализованных в пакете программ STATISTICA 6.0 (StatSoft, Inc., Tulsa, OK, USA) и филогенетического анализа. Для факторного анализа использовали данные о распределении частот 75 групп и подгрупп мтДНК в исследованных популяциях, для многомерного шкалирования использована матрица Fst-дистанций, рассчитанных по данным об изменчивости нуклеотидных последовательностей ГВС1 мтДНК. Филогенетический анализ, основанный на алгоритме NJ (neigbour-joining) (Saitou, Nei, 1987), проводили с помощью программы SENDBS, любезно предоставленной Dr. Naoko Takezaki (Институт молекулярной эволюционной генетики, Университет штата Пенсильвания, США).

Филогенетические взаимоотношения между нуклеотидными последовательностями целых молекул мтДНК реконструировали с помощью метода медианных сетей (Bandelt et al., 1995; 1999), реализованного в пакете программ Network 4.1.0.9. Генетические дистанции (и их стандартные ошибки) между последовательностями мтДНК рассчитывались как среднее число мутаций между генотипами-основателями и производными типами ДНК, входящими в состав соответствующих филогенетических кластеров ДНК (Forster et al., 1996; Saillard et al., 2000). При определении эволюционного возраста монофилетических кластеров мтДНК использовали значение скорости, соответствующее одной замене в кодирующей области мтДНК за 5140 лет (Mishmar et al., 2003). Для реконструкции полногеномной филогении мтДНК использовали информацию об изменчивости целых молекул мтДНК, опубликованную ранее (Ingman et al., 2000; Maca-Meyer et al., 2001; Derbeneva et al., 2002; Herrnstadt et al., 2002; Kong et al., 2003b; Reidla et al., 2003; Achilli et al., 2004; Palanichamy et al., 2004; Tanaka et al., 2004; Starikovskaya et al., 2005; Kivisild et al., 2006; Kong et al., 2006; Ingman, Gyllensten, 2007; Tamm et al., 2007; Shlush et al., 2008; Soares et al., 2008; Volodko et al., 2008). В филогенетических сетях для этих последовательностей перед оригинальным номером образца приведены префиксы MI, NMM, OD, CH, QK, MR, AA, MP, MT, ES, TK, QP, IG, ET, LS, PS, NV, соответствующие инициалам авторов указанных работ.

Для оценки действия естественного отбора на изменчивость мтДНК исследовали распределение несинонимичных (NS) и синонимичных мутаций (S) в группах замен, ассоциированных с гаплогруппами, и уникальных замен в концевых ветвях филогенетического дерева согласно подходам, предложенным в работах Elson et al. (2004) и Ruiz-Pesini et al. (2004) и реализованным в программе mtPhyl, любезно предоставленной Н.П. Ельцовым (Институт цитологии и генетики СО РАН, г. Новосибирск).

3. Результаты и обсуждение

Структура и разнообразие митохондриальных генофондов этнических групп Западной, Центральной, Восточной и Северной Азии

Структура митохондриальных генофондов этнических групп Западной, Центральной, Восточной и Северной Азии

На основании данных об изменчивости нуклеотидных последовательностей ГВС1/2 мтДНК и рестрикционного анализа 53 полиморфных сайтов, определяющих группы и подгруппы мтДНК, детально охарактеризована структура генофондов этнических групп Западной (курды, персы), Центральной (таджики), Восточной (монголы, корейцы, баргуты) и Северной Азии, (тувинцы, тоджинцы, алтайцы, алтай-кижи, телеуты, теленгиты, шорцы, хакасы, алтайские казахи, якуты, тофалары, буряты, хамнигане, сойоты, эвенки западные, эвенки восточные, эвены, коряки, чукчи), а также монголоязычных калмыков, родственных по происхождению ойратам Западной Монголии. Суммарный размер исследованной выборки составил 2380 индивидуумов.

Показано, что за исключением корейцев, коряков и восточных эвенков, генофонды которых представлены исключительно восточноевразийскими линиями мтДНК, остальные популяции характеризуются различным соотношением восточноевразийских и западноевразийских линий мтДНК. При этом в генофондах этнических групп Восточной и Северной Азии восточноевразийские линии мтДНК являются преобладающими, в то время как их содержание в генофондах ираноязычных популяций Центральной и Западной Азии не превышает 34% (табл. 2).

Восточноевразийский компонент генофондов исследованных этнических групп представлен гаплогруппами A, N9 и Y, относящимися к макрогруппе N, гаплогруппами B, F, R9, R11, R*, принадлежащими к макрогруппе R, и различными гаплогруппами в составе макрогруппы M - C, D, G, M*, M7-M11, M13 и Z, с суммарными частотами, изменяющимися от 59.2% у алтайских казахов до 100% у корейцев, восточных эвенков и коряков. При этом от 45% до 89% линий мтДНК практически во всех исследованных популяциях Восточной и Северной Азии (за исключением шорцев и чукчей) принадлежат к различным группам азиатской макрогруппы M. На долю типов мтДНК групп A, N9a и Y, в популяциях Восточной и Северной Азии приходится от 1.2% у шорцев до 73.3% у чукчей. Из восточноевразийских гаплогрупп мтДНК, входящих в состав макрогруппы R, наиболее распространенными в исследованных популяциях являются группы B и F.

Как следует из результатов настоящего исследования, в генофондах большинства этнических групп Северной и Восточной Азии (за исключением коряков, восточных эвенков и корейцев) прослеживается существенный вклад западноевразийских линий мтДНК, представленных гаплогруппами H, U, J, T, HV, I, N1a, N1e, R2, V, W и X2e. Доля этого компонента максимальна (20.9%-40.8%) в популяциях Алтае-Саянского региона (хакасы, шорцы, телеуты, алтай-кижи, теленгиты, алтайцы, алтайские казахи). Минимальный вклад западноевразийских линий мтДНК (4.1%-7%) зафиксирован в генофондах этнических групп Байкальского (сойоты, буряты), Центральносибирского (западные эвенки) и Северо-Восточназиатского (чукчи, эвены) регионов Северной Азии. Из западноевразийских групп мтДНК самыми частыми в генофондах этнических групп Северной Азии являются группы H и U.

Таблица 2. Доля континентспецифических типов мтДНК в генофондах исследованных этнических групп

Примечание. ¹В генофонде персов с частотой 1.2% выявлена африканская линия мтДНК, представленная гаплогруппой L2a.

Митохондриальные генофонды ираноязычных таджиков, иранцев и курдов характеризуются другим составом западноевразийских групп мтДНК, большинство из которых не обнаруживаются (или крайне редки) в популяциях Северной и Восточной Азии (W, N2а, R0a, R2, HV0a, HV2, U1, U2b, U7a), но являются характерными для популяций Индо-Пакистанского региона (Kivisild et al., 1999; Metspalu et al., 2004; Quintana-Murci et al., 2004). В целом, западноевразийские линии мтДНК в генофондах этнических групп Центральной и Западной Азии преобладают, и их доля в каждой из исследованных популяций составляет более 65%. Восточноевразийский компонент генофондов этих этнических групп представлен гаплогруппами A4, B4, B5, C4, D4, D5, G2a, G3, M10, Y и Z. В генофондах таджиков и персов прослеживается существенный вклад южноазиатских линий мтДНК, представленных подгруппой M3a и неклассифицированными линиями мтДНК, входящими в макрогруппу M (M*).

Структура митохондриального генофонда русского населения европейской части России

Для характеристики структуры митохондриального генофонда русского населения Восточной Европы проведен анализ изменчивости нуклеотидных последовательностей ГВС1 и ГВС1/2 и рестрикционный анализ группо-специфических сайтов кодирующих участков мтДНК в суммарной выборке из 482 индивидуумов, представляющих семь популяций русского населения европейской части России: Новгородской, Тульской, Калужской, Владимирской, Ярославской и Псковской областей. В результате анализа выявлено 322 гаплотипа, относящихся к гаплогруппам H, HV, V, R*, R1, U1, U2, U3, U4, U5, U7, U8, K, J, T, I, N1a, N1b, N*, X, W, A4, C4, D4, D5, G2a, M10, Z, M1, L1b и L3b. Изученные популяции характеризуются в целом сходной композицией групп и подгрупп мтДНК, которая характерна и для других популяций русского населения Восточной Европы (Малярчук и др., 2001; 2002; Malyarchuk et al., 2002). Подавляющее большинство выявленных линий мтДНК (96.9%) относятся к западноевразийскому кластеру мтДНК, а наиболее распространенными в генофонде русского населения являются группы H, U, T и J, частота которых в суммарной выборке составляет 43.4%, 22%, 10% и 7.1%, соответственно.

Одной из особенностей митохондриального генофонда русского населения является присутствие гаплотипов мтДНК, распространенных преимущественно в монголоидных популяциях Азии. Максимальный вклад монголоидного компонента, представленного гаплогруппами A, Z, D4, D5, и M10, зарегистрирован у русских Великого Новгорода и Волота с частотами 3.7% и 6.3%, соответственно.

Разнообразие митохондриальных генофондов этнических групп Западной, Центральной, Восточной и Северной Азии

На основании данных об изменчивости нуклеотидных последовательностей ГВС1 и ГВС2 мтДНК были рассчитаны параметры генетического разнообразия и проведены тесты на нейтральность генетической изменчивости в 26 этнических группах Западной, Центральной, Восточной и Северной Азии (табл. 3). Установлено, что для ГВС1 мтДНК характерны более высокие значения гаплотипического разнообразия, числа выявленных гаплотипов, сегрегирующих сайтов и среднего числа попарных нуклеотидных различий в сравнении с ГВС2. Минимальный в ряду исследованных популяций уровень генетического разнообразия зарегистрирован у шорцев, тофаларов, восточных эвенков и чукчей, что может быть обусловлено их малочисленностью, изоляцией, инбридингом, а также эффектом основателя. Одним из свидетельств того, что генофонды тофаларов, чукчей и шорцев основаны небольшим числом митохондриальных линий, являются высокие частоты некоторых вариантов мтДНК - С4a1b у тофаларов (32.7%), A2 у чукчей (73.3%) и F1b у шорцев (40.2%).

Персы Западной Азии, таджики Центральной Азии, монголы, корейцы и баргуты Восточной Азии, а также калмыки, буряты, хамнигане, тувинцы, тоджинцы, алтайцы, алтай-кижи, теленгиты и алтайские казахи демонстрируют признаки демографических экспансий (унимодальный характер распределения попарных нуклеотидных различий и достоверно отрицательные значения индексов D и F_S тестов на нейтральность), временной интервал которых составляет 12-20 тыс. лет при использовании скорости накопления мутаций в ГВС1 мтДНК, соответствующей 95% дивергенции за 1 млн. лет (Howell et al., 2003), или 31-52 тыс. лет при использовании скорости, соответствующей 36% дивергенции за 1 млн. лет (Forster et al., 1996). Таким образом, генетический субстрат, на котором сформировалось наблюдаемое разнообразие линий мтДНК в современных популяциях Северной Азии, имеет верхнепалеолитическое происхождение.

Генетическая дифференциация этнических групп Северной Азии

Результаты исследования генетической структуры населения Азии с помощью анализа молекулярной изменчивости AMOVA показали, что коренное население Северной Азии характеризуется высокой степенью межэтнической дифференциации (Fst = 7.5%), существенно превышающей аналогичные значения в Центральной (0.38%), Восточной (2.06%) и Западной (1.57%) Азии.

Необходимо отметить, что наибольший вклад в межэтническую дифференциацию населения Северной Азии вносит Северо-Восточноазиатская региональная группа (чукчи, коряки и эвены), для которой характерны самые высокие различия (21.2%). Примерно одинаковым уровнем генетической дифференциации характеризуются Западно-Саянская (6.57%) и Восточно-Саянская группы популяций (4.74%). В свою очередь, этнические группы Алтайского, Центральносибирского и Байкальского регионов Северной Азии демонстрируют менее значительные генетические различия (1.43%, 2.08% и 0.21%, соответственно).

Уровень дифференциации в лингвистических группах сопоставим со степенью дифференциации в региональных группах. Для этнических групп чукотско-камчатской языковой семьи доля межэтнических различий в общем генетическом разнообразии составляет 27.77%, для алтайской - 4.85%, а для индо-европейской - 1.86%. Практически одинаковым уровнем генетической дифференциации характеризуются народы, говорящие на языках тюркской (5.51%) и тунгусо-маньчжурской (5.14%) групп алтайской языковой семьи. В свою очередь, в монгольской языковой группе зафиксирован самый низкий уровень межэтнических различий (0.43%).

Таблица 3. Индексы генетического разнообразия и тестов на нейтральность в исследованных этнических группах Азии по данным об изменчивости нуклеотидных последовательностей ГВС1 мтДНК

Примечание. ¹ размер выборки; ² генетическое разнообразие (H) и стандартная ошибка (SE); ³ количество выявленных гаплотипов и % от размера выборки (в скобках); ⁴ число полиморфных сайтов; ⁵ среднее число нуклеотидных различий при попарных сравнениях (Pi) и стандартная ошибка (SE); ⁶ P < 0.05 для теста на нейтральность Таджимы (Tajima's D) и ⁷ P < 0.02 для теста на нейтральность Фу (Fu's F_S).

Результаты AMOVA свидетельствуют о существовании достоверной связи между генетической дифференциацией этнических групп Северной Азии, их географическим положением, лингвистической и антропологической принадлежностью.

Генетические взаимоотношения между этническими группами Северной Азии

Полученные нами данные об изменчивости мтДНК в популяциях Западной, Центральной, Восточной и Северной Азии были использованы для исследования эволюционных взаимоотношений этнических групп этого региона Азии. На рис. 1 представлены результаты многомерного шкалирования матрицы Fst-значений, рассчитанных по данным об изменчивости нуклеотидных последовательностей ГВС1 мтДНК в исследованных этнических группах Азии.

Рисунок 1. Расположение исследованных этнических групп Азии в плоскостях первого и второго измерения.

Как видно, в расположении этнических групп достаточно четко прослеживаются географические закономерности. Так, чукчи Северо-Восточной Азии (на плоте не показаны) наиболее удалены от массива остальных исследованных популяций. Краевое положение в пространстве двух измерений занимают и коряки. Этнические группы Байкальского региона - хамнигане, сойоты, буряты, а также наиболее близкие к ним генетически баргуты, калмыки и монголы формируют отдельный кластер, находящийся в непосредственной близости от восточноазиатских популяций корейцев, северных и южных ханей. В свою очередь, тувинцы и тоджинцы Восточно-Саянского региона кластеризуются вместе с этническими группами Центральной Сибири - якутами, восточными и западными эвенками. К этому же кластеру тяготеют и тофалары. Популяции Алтайского региона (алтайцы, алтай-кижи, телеуты, теленгиты, алтайские казахи) и хакасы группируются вместе с этническими группами Центральной Азии - туркменами, казахами, узбеками, уйгурами, таджиками и киргизами. К этому же кластеру примыкают курды и персы, расположенные несколько обособленно относительно остальных популяций. Сходные закономерности в расположении этнических групп Западной, Центральной, Восточной и Северной Азии наблюдаются и по результатам филогенетического анализа.

Филогеография линий мтДНК генофондов этнических групп Северной Азии

Идентификация западноевразийских линий генофондов этнических групп Северной Азии по данным об изменчивости контрольного региона мтДНК

В распределении западноевразийских линий мтДНК, зарегистрированных в генофондах народов Северной Азии, наблюдаются межрегиональные различия. Так, в группе алтайских популяций наиболее выраженным является компонент, представленный гаплогруппами H2a1, H11a, HV, I, J1b2, N1a, U2e, U4, K и X2e, в западно-саянских популяциях - H8, J1b1 и U4, в восточно-саянских - J1b1, J1c и U3. Байкальские популяции характеризуются присутствием линий мтДНК групп H20, HV, U5a, K, а отличительной особенностью генофондов эт...