Молекулярно-генетические и клинико-генотипические особенности муковисцидоза в российских популяциях
Исследование и характеристика распространенности некоторых мутаций гена CFTR в разных этнических группах коренного населения России. Изучение и анализ возможного модифицирующего влияния ряда генов на клинические проявления муковисцидоза у больных.
Рубрика | Биология и естествознание |
Вид | автореферат |
Язык | русский |
Дата добавления | 26.12.2017 |
Размер файла | 671,8 K |
Отправить свою хорошую работу в базу знаний просто. Используйте форму, расположенную ниже
Студенты, аспиранты, молодые ученые, использующие базу знаний в своей учебе и работе, будут вам очень благодарны.
Анализ частоты некоторых мутаций в гене CFTR в ряде популяций России.
Для определения популяционных частот CFTR мутаций проанализированы выборки здоровых индивидов, проживающих в европейских регионах России и относящихся к пяти этносам: русские, марийцы, удмурты, чуваши, башкиры. Для каждого этноса проскринировано не менее 1000 хромосом. Методом мультиплексной ПЦР проанализированы семь CFTR мутаций: F508del, CFTRdele2,3(21kb), 1677delTA, 2143delT, 2184insA, 394delTT, 3821delT, суммарная доля которых у российских больных МВ составляет 67,3%. Регионы происхождения индивидов, размеры выборок и результаты исследования представлены в табл. 1.
Таблица 1. CFTR мутации, обнаруженные в популяционных выборках.
Этнос |
Регион |
Объем выборки (чел.) |
Мутации |
|
Русские |
Кировская область |
354 |
4 - F508del |
|
Тверская область |
182 |
1 - F508del 1 - CFTRdele2,3(21kb) |
||
Псковская область |
140 |
1 - F508del |
||
Ростовская область |
648 |
9 - F508del 1 - 1677delTA |
||
Чуваши |
Чувашия |
780 |
3 - F508del 1 - CFTRdele2,3(21kb) |
|
Удмурты |
Удмуртия |
613 |
2 - F508del |
|
Марийцы |
Марий Эл |
505 |
не обнаружены |
|
Башкиры |
Башкирия |
517 |
1 - CFTRdele2,3(21kb) |
В выборках русских из четырех регионов были обнаружены три разные мутации в гене CFTR: F508del, CFTRdele2,3(21kb) и 1677delTA, но только мутация F508del встретилась во всех регионах, поэтому у русских европейской части России возможно было оценить популяционную частоту только мутации F508del.
Частоты мутации F508del в выборках русских представлены в табл. 2. При попарном сравнении частот мутации F508del во всех выборках, а также в выборках из г. Санкт-Петербурга (8/1000 хромосом) (Потапова, 1994) и г. Москвы (22/5046 хромосом) (Петрова Н.В., Гинтер Е.К., 1997) достоверные различия не выявлены. Отсутствие различий в частотах мутации F508del позволило объединить все выборки для получения более точного значения частоты мутации F508del у русских европейской части России, составившего 0,00518 (0,00398ч0,00663, при 95%-ом доверительном интервале) (табл. 2), что достоверно ниже, чем в ряде европейских популяций. Так, наибольшие значения частоты мутации F508del наблюдаются на северо-западе Западной Европы, достигая в Шотландии (Brock D.J. et al., 1998) и Дании (Brandt N.J. et al., 1994) 0,015 и 0,013, соответственно; в странах средиземноморского бассейна частота мутации F508del снижается, составляя, например, в Италии - 0,010 (Gasparini P. et al., 1999), а в Израиле (среди евреев-ашкенази) - 0,0089 (Kalman Y.M. et al., 1994). В Эстонии частота мутации F508del составила 0,0059 (Teder M. et al., 2001), это значение достоверно не отличается от полученного нами для русских европейской части России. Согласно данным Международного консорциума по муковисцидозу в Европе относительная частота мутации F508del снижается в направлении с севера-запада на юго-восток (WHO, 2004). По-видимому, так же изменяется и популяционная частота мутации F508del. Этому соответствует и значение частоты мутации F508del, полученное для коренного населения Индии (0,00209), что достоверно ниже, чем для обследованных русских популяций.
Таблица 2. Частота мутации F508del в выборках русских.
Регион |
Частота мутации F508del |
Границы значения частоты F508del (min max) при 95%-ом доверительном интервале |
|
Ростовская область |
0,00694 |
0,00363<…<0,01209 |
|
Кировская область |
0,00565 |
0,00193<…<0,01288 |
|
Тверская область |
0,00275 |
0,00014<…<0,01296 |
|
Псковская область |
0,00357 |
0,00012<…<0,01683 |
|
С.-Петербург |
0,00800 |
0,00398<…<0,01439 |
|
Москва |
0,00436 |
0,00295<…<0,00622 |
|
Всего (русские) |
0,00518 |
0,00398<…<0,00663 |
В табл. 3 представлены значения частоты мутации F508del у четырех народов Волго-Уральского региона (марийцы, чуваши, удмурты, башкиры) в сравнении с русскими европейской части России.
Таблица 3. Различие в частоте мутации F508del между пятью этническими группами.
Этническая группа |
Частота мутации F508del (minmax при 95%-ом д.и.) |
Р (уровень значимости - %) |
|
марийцы |
…<0,00296 |
Рр-м=96,15 (5%) |
|
чуваши |
0,00192 (0,000520,00496) |
Рр-ч=94,98 (5%) |
|
удмурты |
0,00112 (0,000060,00530) |
Рр-у=94,37 (10%) |
|
башкиры |
<0,00458 |
Рр-б=96,49 (5%) |
|
русские |
0,00518 (0,003980,00663) |
Примечания: р - русские; м - марийцы; ч - чуваши; у - удмурты; б - башкиры
Частота мутации F508del в выборках удмуртов, чувашей, башкир и марийцев не должна превышать 0,00530, 0,00496, 0,00458 и 0,00296, соответственно (при 95% доверительном интервале). Различия в частоте этой мутации между выборками русских и марийцев, русских и чувашей, русских и башкир достоверны (p=0,05), а русских и удмуртов достоверны только на 10%-ом уровне значимости. Таким образом, популяционная частота мутации F508del у народов Волго-Уральского региона ниже, чем у русских европейской части России и в ряде западноевропейских популяций (Brandt N.J. et al., 1994; Brock D.J. et al., 1998; Gasparini P. et al., 1999; Kalman Y.M. et al., 1994). Это может быть связано как с более низкой частотой муковисцидоза, так и различием в спектрах приводящих к муковисцидозу мутаций у автохтонного населения Волго-Уральского региона и русских европейской части России. Косвенным свидетельством в пользу этого может служить тот факт, что в работе Г.Ф. Корытиной с соавторами при обследовании больных МВ у 4 башкир, 1 чуваша и 1 удмурта мутация F508del не была обнаружена (Корытина Г.Ф. и др., 2002).
Поскольку частоты выявленных мутаций в выборках Волго-Уральского региона малы, дальнейший расчет частоты МВ проведен только для популяций русских европейской части России.
Расчет частоты муковисцидоза в популяциях русских европейской части России.
Впервые оценка частоты муковисцидоза была получена нами в 1997 году в результате скрининга 2523 новорожденных г. Москвы на мутацию F508del и составила 1:12300 (Петрова Н.В., Гинтер Е.К., 1997). Для получения более точной оценки МВ данные по частоте мутации F508del в Ростовской, Кировской, Тверской и Псковской областях, г. Москве и г. С.-Петербурге (Потапова О.Ю., 1994) были объединены: в выборке 4347 человек (8694 хромосомы) обнаружено 45 носителей мутации F508del. Частота мутации F508del составила 0,00518 (0,00398ч0,00663, при 95%-ом доверительном интервале) (табл. 2). Относительная доля мутации F508del среди больных МВ из европейской части России равна 54,4% (0,544=708/1302). Таким образом, число всех мутантных аллелей гена CFTR в изученной выборке 8694 хромосом должно быть 83 (45/0,544), а частота всех мутантных аллелей гена CFTR (q) - 0,00955 (0,00789ч0,01145, при 95%-ом доверительном интервале; 83/8694). Тогда частота МВ (q2) в популяциях русских в Европейской части России составит 0,0000912, или 1:10965.
Полученная нами оценка согласуется с предварительными результатами скрининга новорожденных на МВ в Российской Федерации, проведенного с января 2007 года по июль 2008 года (Tolstova V.D. et al, 2008): частота МВ в европейских регионах России составляет 0,0000966 (0,0000819ч0,0001145), или 1:10352 новорожденного.
По-видимому, частота МВ в популяциях европейской части России ниже, чем во многих популяциях Западной Европы (1:2500-4500), но сравнима с частотами МВ в некоторых популяциях северо-восточной Европы (например, в Швеции и Финляндии, 1:7000 и 1:26000, соответственно) и в Турции (1 : 10000 новорожденных).
Молекулярно-генетическая диагностика в российских семьях с муковисцидозом. Следующим этапом работы явилась разработка протокола комплексной ДНК-диагностики МВ в российских семьях на основе полученных результатов по анализу частых мутаций и анализу полиморфизма внутригенных и внегенных маркеров гена CFTR. Он заключается в использовании методов прямой и косвенной идентификации мутантных аллелей у больных, родителей и других членов семей (рис. 2). При прямой диагностике частых мутаций идентифицируют 77% мутантных аллелей. При этом в 58% семей с МВ идентифицированы обе мутации, в 33% - одна мутация, в 9% - на обеих хромосомах мутация не определена. В двух последних ситуациях проводим косвенную диагностику с использованием внутригенных и внегенных полиморфизмов, позволяющую повысить число информативных семей не менее, чем до 95%.
Рис. 2. Схема проведения комплексной ДНК-диагностики в семьях с МВ.
А). Анализ частот аллелей и гаплотипов внутригенных полиморфизмов в выборках нормальных и мутантных хромосом.
С целью выяснения эффективности использования внутригенных полиморфизмов для диагностики МВ в семьях, где один или оба мутантных аллеля неизвестны, проведен анализ сцепления аллелей четырех внутригенных полиморфизмов IVS1CA, IVS8CA, IVS6aGATT, IVS17bCA в семьях с МВ (344 больных и 488 их родителей). Выявлено достоверное различие частот аллелей в выборках нормальных и мутантных хромосом и неравновесие по сцеплению для определенных аллелей для всех изученных внутригенных маркеров.
Анализ гаплотипов также выявил достоверное различие частот гаплотипов в выборках нормальных и мутантных хромосом и неравновесие по сцеплению для определенных гаплотипов внутригенных маркеров. Наиболее частым в выборке нормальных хромосом является гаплотип 22-7-16-13 (22,5%), в выборке мутантных хромосом самыми частыми являются 21-6-17-13 (29,5%) и 21-6-23-13 (27,5%), среди нормальных хромосом обнаруженные менее чем в 3%; и гаплотип 22-7-16-13 (15,2%).
В результате анализа сцепления CFTR мутаций с гаплотипами четырех внутригенных маркеров выявлены три группы мутаций, ассоциированные с определенными гаплотипами: мутации F508del, N1303K, G542X, 2143del и 394delTT - с гаплотипом 21-6-23-13; мутации CFTRdele2,3(21kb), 1677delTA, L138ins - с гаплотипом 22-7-16-13 и мутации W1282X, R334W - с гаплотипом 26-7-17-17. Мутацию F508del считают самой древней мутацией в гене CFTR: в зависимости от используемых для расчетов ДНК-маркеров ее возраст оценивают от 6000 до 35000-52000 лет назад. Большинство хромосом с мутацией F508del ассоциированы с двумя группами гаплотипов, имеющих аллели 23 и 17 маркера IVS8CA в своем составе. В исследованной нами выборке это гаплотипы 21-6-23-13 и 21-6-17-13. Предполагают, что гаплотип, ассоциированный с аллелем 23, является более древним по сравнению с гаплотипом с аллелем 17 и, возможно, исходным, на котором произошла мутация F508del. Вероятно, что появление гаплотипа, ассоциированного с аллелем 17, произошло вследствие неравного кроссинговера (Morral N. et al., 1994; Kaplan N.L. et al., 1994). Мутации N1303K и G542X также считают древними в истории человечества и произошедшими в той же исходной популяции с одинаковым генетическим составом, что и мутация F508del (Claustres M. et al., 1996; Mateu E. et al., 2002). Об этом свидетельствует и их ассоциация с древним гаплотипом 21-6-23-13. С этим гаплотипом сцеплены мутации 2143del и 394delTT, о времени происхождения которых данные в литературе отсутствуют. Но их сцепление с древним гаплотипом 21-6-23-13 может указывать на то, что источником проникновения этих мутаций на территорию Восточной Европы могла быть та же исходная популяция, с которой связано и распространение мутации F508del. Появление мутации W1282X произошло на территории Ближнего Востока относительно недавно, а проникновение и распространение ее на территорию Европы связано с миграцией популяции евреев-ашкенази (Claustres M. et al., 1996; Bobadilla J.L. et la., 2002). В большем числе случаев мутация W1282X у российских больных МВ сцеплена с гаплотипом 26-7-17-17, относительно редким как среди мутантных, так и среди нормальных хромосом. С этим же гаплотипом сцеплена и мутация R334W, что может говорить о ее проникновении на территорию России одновременно с мутацией W1282X и из одной исходной популяции. Мутация 3849+10kbC>T ассоциирована с двумя гаплотипами, различающимися по аллелям всех четырех полиморфизмов 21-6-23-13 и 26-7-17-17, что может говорить о неоднократности ее происхождения и возможном проникновении ее на территорию России из разных исходных популяций. Ассоциация мутаций CFTRdele2,3(21kb), 1677delTA, L138ins - с гаплотипом 22-7-16-13, наиболее частым среди нормальных хромосом, возможно свидетельствует об относительно недавнем происхождении данных мутаций. Мутация 2184insA сцеплена с гаплотипом 21-7-16-17, редким и на мутантных, и на нормальных хромосомах.
Определение гаплотипа, сцепленного с конкретной мутацией, позволяет прояснить источник происхождения и распространения мутации в популяции, что важно при изучении спектров мутаций в разных этнических группах больных МВ, а также является дополнительным контролем при проведении ДНК-диагностики, что особенно важно для пренатальной диагностики.
Б). Эффективность комплексной ДНК-диагностики МВ.
Гетерозиготность среди носителей мутантных МВ аллелей и число информативных семей определяют эффективность полиморфизма, используемого при косвенной ДНК-диагностики в семьях с МВ (табл. 4).
Таблица 4. Гетерозиготность облигатных носителей CFTR мутаций и информативность семей, отягощенных муковисцидозом, по внутригенным и внегенным ДНК-маркерам.
Маркеры |
IVS1CA |
IVS6aGATT |
IVS8CA |
IVS17bCA |
XV2c |
KM19 |
CS7 |
J3.11 |
W30 |
|
H |
0,79 |
0,625 |
0,68 |
0,46 |
0,62 |
0,59 |
0,73 |
0,42 |
0,42 |
|
N |
387 |
632 |
389 |
369 |
225 |
330 |
63 |
128 |
74 |
|
100% - I |
0,47 |
0,44 |
0,40 |
0,23 |
0,24 |
0,27 |
0,31 |
0,10 |
0,33 |
|
50% - I |
0,51 |
0,46 |
0,52 |
0,60 |
0,67 |
0,58 |
0,61 |
0,65 |
0,44 |
|
n |
148 |
219 |
156 |
119 |
79 |
117 |
26 |
48 |
30 |
Примечание: H - гетерозиготность; N - число обследованных родителей; I - информативность; n - число обследованных семей.
В результате анализа гетерозиготности облигатных носителей мутантных аллелей (родителей) и информативности семей по четырем внутригенным IVS1CA, IVS8CA, IVS6aGATT, IVS17bCA и пяти внегенным XV-2c, KM19, CS7, J3.11, W30 полиморфным ДНК-маркерам показано, что наиболее эффективным для косвенной диагностики МВ является полиморфизм динуклеотидных CA повторов в 1 интроне гена CFTR (IVS1CA): Для этой системы характерна максимальная гетерозиготность облигатных носителей мутантных МВ аллелей (0,79) и самое высокое число полностью информативных семей (47%) по сравнению с другими ДНК-маркерами как внутригенными, так и внегенными (табл. 4).
Использование всех изученных маркерных систем наряду с типированием частых мутаций (комплексная диагностика) позволяет достигнуть полной информативности практически во всех семьях, которым необходима пренатальная диагностика МВ (табл. 5). Так при прямой ДНК-диагностике в 237 полных семьях полностью информативными оказались 151 (64%), частично информативными - 66 (28%), а неинформативными - 20 (8%) семей. Анализ полиморфных маркеров позволил достичь полной информативности во всех семьях с двумя не идентифицированными мутациями, и лишь в одной семье с одним не идентифицированным аллелем не удалось подобрать информативную систему. Т.е. в результате использованного нами протокола комплексной ДНК-диагностики полностью информативными оказались 99,5% семей.
Таблица 5. Результат комплексной ДНК-диагностики в семьях с МВ.
прямая |
косвенная |
комплексная |
||||
I |
n |
I |
n |
I |
n |
|
100% |
151 |
100% |
107 |
100% |
151 |
|
50% |
33 |
|||||
0% |
11 |
|||||
50% |
66 |
100% |
51 |
100% |
51 |
|
50% |
15 |
100% |
14 |
|||
50% |
1 |
|||||
0% |
20 |
100% |
20 |
100% |
20 |
Примечание: I - информативность; n- число семей
Взаимосвязь CFTR генотипа и фенотипа у российских больных МВ.
Одним из вопросов, возникающих при консультировании семей, выявленных при пресимптоматической диагностике, либо при диагностике МВ у плода является прогноз течения заболевания, в связи с этим исследование гено-фенотипических корреляций у российских больных МВ представляет значительный интерес. Большое число мутаций в гене CFTR, а, следовательно, и широкое разнообразие генотипов предопределяет трудности в выявлении гено-фенотипических корреляций. Многочисленными исследованиями показана четкая зависимость между тяжестью поражения функции поджелудочной железы и CFTR генотипом больного МВ. Мутации I, II, III классов, при которых функция хлорного канала CFTR полностью нарушена, ассоциируют с панкреатической недостаточностью, их относят к «тяжелым». Наличие в генотипе больного, хотя бы одной мутации IV, V, VI классов, при которых частично сохраняется функция белка CFTR, ассоциировано с сохранением остаточной функции поджелудочной железы, их называют «мягкими». «Мягкие» мутации доминируют над «тяжелыми» в отношении функции поджелудочной железы. Взаимосвязь же CFTR мутаций с другими клиническими симптомами МВ не столь очевидна (Zielenski J., 2000; Parad R.B. et al., 1999; Mekus F. et al., 2000).
У 280 российских пациентов с двумя идентифицированными CFTR аллелями определены 22 разные мутации (две из них: 1898+1G>A и R668C выявлены в совместном исследовании (Verlingue C. et al., 1995)): 16 из них относятся к «тяжелым»; 6 - к «мягким» в соответствии с тяжестью поражения поджелудочной железы. Группу больных МВ с «тяжелыми» генотипами составили 257 пациентов с двумя «тяжелыми» мутациями - мутациями I и/или II классов; в группе с «мягкими» генотипами - 23 пациента, имеющих, по крайней мере, одну «мягкую» мутацию - мутации IV или V классов. В этих группах проведена оценка ряда клинических параметров и симптомов, характеризующих степень вовлеченности органов системы пищеварения и органов дыхания в патологический процесс.
Заболевание начинается достоверно раньше у больных с «тяжелыми» генотипами (0,18±0,03 года против 1,87±0,98 года; p=0,000), и начало кишечного синдрома отмечается у этих пациентов также в более раннем возрасте (0,30±0,07 года против 3,20±1,66 года; p=0,029).
Моносимптоматический дебют заболевания отмечен у 79% пациентов в группе с «тяжелыми» генотипами и у 71% больных в группе с «мягкими» генотипами (p=0,52). Но у больных с тяжелыми генотипами заболевание достоверно чаще дебютирует кишечным синдромом (66% в группе «тяжелые» против 29% в группе «мягкие»; p=0,008), тогда как у больных с «мягкими» генотипами достоверно чаще дебютом являются поражения бронхолегочной системы (42% в группе «мягкие» против 13% в группе «тяжелые»; p=0,0095).
Показано, что легочные симптомы преобладают в клинической картине больных с «мягкими» генотипами: так частота больных с изолированной легочной формой заболевания достоверно выше в этой группе (24% против 1,6%; p=0,0002), тогда как такие осложнения органов пищеварения, как мекониальный илеус и синдром дистальной интестинальной обструкции (синдром непроходимости дистального отдела кишечника) наблюдаются только в группе с «тяжелыми» генотипами (6,5% и 7,4%, соответственно), а поражения печени являются более частыми у больных с «тяжелыми» генотипами по сравнению с пациентами с «мягкими» генотипами (30,8% против 9,1%; p=0,056).
Бронхолегочные нарушения, приводящие к снижению показателей функции внешнего дыхания (ФВД), начинаются раньше у больных с «тяжелыми» генотипами в связи с более ранней колонизацией органов дыхания патогенной микрофлорой (P.aeruginosa), что в свою очередь обусловливает значительно более раннее ухудшение нутритивного статуса по сравнению с больными, имеющими, по крайней мере, одну мягкую мутацию (табл. 6).
Таблица 6. Средний возраст клинических проявлений МВ у больных с «тяжелыми» и «мягкими» генотипами.
Средний возраст (в годах) |
Группа |
|||
«тяжелые» |
«мягкие» |
|||
при первом высеве Ps.aeruginosa |
5,95±0,31 (0,50-18,00) |
10,96±0,73 (6,0-14,00) |
z=-4,06; p=0,000048 |
|
183 |
13 |
|||
с тяжелым течением |
9,50±0,44 (0,16-18,00) |
14,26±1,05 (3,25-18,66) |
z=-2,95;p=0,003 |
|
150 |
13 |
|||
с отставанием физического развития (МРИ<90% от д.) |
10,29±0,50 (0,16-17,92) |
15,86±0,72 (14,10-18,66) |
z=-2,73;p=0,006 |
|
106 |
6 |
|||
со снижением ФВД (<70% от д.) |
11,78±0,49 (5,16-18,00) |
15,59±0,94 (11,50-18,83) |
z=-2,35;p=0,019 |
|
66 |
7 |
|||
со снижением ФВД (<90% от д.) |
12,33±0,36 (5,16-18,00) |
14,79±0,81 (7,16-18,83) |
z=-2,24;p=0,025 |
|
113 |
13 |
|||
наличие мукоидной P.aeruginosa |
11,34±0,49 (0,58-18,00) |
14,09±0,99 (7,16-18,00) |
z =-1,72; p=0,084 |
|
95 |
10 |
Примечание: В скобках представлен диапазон значений, целыми числами - объем выборок.
Показана корреляция между CFTR генотипом и продолжительностью жизни, рассчитанной как функция выживания методом множительных оценок Каплана-Мейера: в течение всего периода наблюдения в группе с «мягкими» генотипами оценка выживаемости выше, чем в группе с «тяжелыми» генотипами (согласно тесту Вилкоксона, обобщенному Геханом, z=-2,38, p=0,017). К концу периода наблюдения (35 лет) кумулятивная доля выживших составляет 44,4% в группе с «мягкими» генотипами и около 11% в группе с «тяжелыми» генотипами.
Наблюдаемые различия клинической картины у больных из разных групп согласуются с гипотезой о разной чувствительности разных тканей к нарушениям проводимости хлорного канала CFTR. Легочная ткань более чувствительна к степени потери функции белка CFTR по сравнению с тканями органов пищеварительной системы, по крайней мере, поджелудочной железы. Поэтому у больных, имеющих, по крайней мере, одну «мягкую» мутацию, в первую очередь наблюдаются поражения со стороны бронхолегочной системы, а поражения органов пищеварения начинаются позже и отмечаются реже и, возможно, протекают в более мягкой форме, чем у больных с «тяжелыми» генотипами.
Итак, анализ гено-фенотипических корреляций при делении генотипов на «тяжелые» и «мягкие» в соответствии со степенью дефекта хлорного канала, зависящего от молекулярных последствий CFTR мутаций, позволил выявить ряд закономерностей в исследованной выборке российских больных МВ, свидетельствующих о более мягком течении и благоприятном прогнозе заболевания у больных, имеющих, по крайней мере, одну мутацию IV и/или V класса по сравнению с больными, имеющими две мутации I и/или II классов.
Анализ ряда генов как возможных модификаторов клинических проявлений муковисцидоза.
Следующим этапом исследования явилось изучение возможных генов-модификаторов клинической картины МВ, т.к. на практике известно, что даже у больных с одинаковыми генотипами наблюдаются различия в течении заболевания. В настоящее время для не менее 20 разных генов предполагается участие в модуляции выраженности тех или иных симптомов при МВ. Для анализа были выбраны 5 генов (eNOS, TNFA, LTA, MBL2, GSTM1), продукты которых задействованы в процессах иммуномодуляции, воспалительной реакции и детоксикации ксенобиотиков, а также ген HFE1 (гемохроматоза), для которого в ряде исследований показана ассоциация с частотой мекониального илеуса (табл. 7).
Таблица 7. Изученные полиморфизмы генов возможных модификаторов клинических проявлений муковисцидоза.
Ген |
Продукт гена |
Полиморфизмы и мутации |
аллели |
||
дикий тип |
мутантный |
||||
eNOS |
Эндотелиальная синтаза окиси азота |
VNTR 27 п.н. в 4 интроне |
В (5 повторов) |
А (4 повтора) |
|
TNFA |
Фактор некроза опухоли б |
-308G>A в промоторе |
1 (-308G) |
2 (-308A) |
|
LTA |
Лимфотоксин б |
+252A>G в 1 интроне |
B2 (+252A) |
B1 (+252G) |
|
MBL2 |
Маннозо-связывающий лектин |
G54D, G57E, R52C в 1 экзоне; |
A (G54, G57, R52) |
O (D54, E57 или C52) |
|
-221G>С в промоторе |
Y (-221G) |
X (-221C) |
|||
GSTM1 |
Глутатион-S-трансфераза М1 |
Делеционный полиморфизм 10 тыс.п.н. |
N |
O |
|
HFE |
HLA1-подобный белок |
C282Y в 4 экзоне H63D во 2 экзоне |
C282 H63 |
Y282 D63 |
Исследование ассоциаций бронхолегочных проявлений и проявлений со стороны пищеварительной системы при МВ с генотипом по шести генам проводили на выборке 148 больных МВ, гомозиготных по мутации F508del, для унификации влияния CFTR генотипа на характер течения заболевания.
Анализ ассоциаций полиморфизмов шести генов с функцией легких выявил ассоциацию аллеля А VNTR в 4 экзоне гена eNOS со снижением функции внешнего дыхания (ФВД) (p=0,032) и ассоциацию мутаций G54D, G57E, R52C и полиморфизма -221G>С гена MBL2 со снижением функции внешнего дыхания у детей дошкольного возраста (p=0,038), ранней колонизацией легких P.aeruginosa (p=0,017), ассоциацию мутации G54D с более частым высевом других патогенных микроорганизмов Al.xylosoxidans (p=0,037), St.maltophilia (p=0,049).
Оксид азота (NO) является важным биологическим медиатором многих физиологических процессов в организме. Он задействован в регуляции тонуса и структуры легочных сосудов, способствует мукоцилиарному клиренсу в легких, участвует в процессах воспаления и иммунной защите и, следовательно, его недостаточная выработка должна неблагоприятно отражаться на ФВД из-за снижения уровня бронходилятации и мукоцилиарного транспорта. Согласно данным литературы уровень синтеза NO у обладателей аллеля А снижен (Пай Г.В. и др., 2006; Tsukada T. et al., 1998; Hoffmann I.S. et al., 2005; Song J. et al., 2003). Поэтому недостаточность легочной функции будет в большей мере выражена у больных МВ, гетерозиготных или гомозиготных по аллелю А, нежели у пациентов, гомозиготных по аллею дикого типа В, как это и наблюдается в обследованной нами группе больных.
Выявленная ассоциация мутаций G54D, G57E, R52C и полиморфизма -221G>С гена MBL2 со снижением функции внешнего дыхания только у детей дошкольного возраста возможно объясняется тем, что функция иммуномодулятора, которую выполняет MBL, наиболее важна в раннем детском возрасте, когда система специфического иммунитета сформирована неполно. В более взрослом возрасте высокий уровень MBL может уже не иметь протективного значения и, напротив, оказывая провоспалительный эффект, усугублять развитие заболевания. Более раннее и частое поражение бронхолегочной системы больных МВ патогенной микрофлорой (например, P.aeruginosa) может являться следствием нарушения опсонной функции MBL у носителей мутантных аллелей гена MBL2, обусловливающих снижение уровня белка в крови.
Анализ ассоциаций полимофизмов шести генов с поражением органов пищеварения выявил ассоциацию аллеля А VNTR в 4 экзоне гена eNOS со снижением частоты цирроза печени (p=0,044) и ассоциацию мутации H63D гена HFE с ранним началом кишечного синдрома (p=0,04) и более высокой частотой мекониального илеуса и СДИО (p=0,034).
Для подтверждения диагноза билиарного цирроза, развивающегося при МВ, необходимо гистологическое заключение, однако больным МВ пункция печени не показана и у этого контингента больных диагноз ставится косвенно, по совокупности клинических, лабораторных показателей и данных УЗИ. Определяющим в постановке диагноза цирроза является наличие у больного портальной гипертензии и таких ее признаков, как наличие расширенной и извитой воротной вены, расширенных портокавальных анастомозов, увеличения кровенаполнения органов брюшной полости, в частности, увеличения размеров селезенки. В развитии этих признаков принимает участие eNOS: у больных с циррозами печени регистрируется увеличение экспрессии гена eNOS эндотелиоцитами сосудов в печени, что можно рассматривать как адаптацию эндотелиальных клеток к стойкому повышению давления в системе портальной вены (Goh B.J. et al., 2006; Mohammed N.A. et al., 2003). Повышенная продукция NO этим ферментом способствует дилятации портальной вены и ее притоков и реваскуляризации сосудистых коллатералей. Кроме того, NO увеличивает проницаемость сосудистой стенки, способствуя развитию асцита у больных МВ. Таким образом, NO содействует развитию осложнений цирроза печени, способствующих его выявлению, и низкая регистрация этого диагноза среди больных, несущих аллель А, укладывается в предположение о низкой активности eNOS у больных с генотипами А/А и А/В.
Обнаружение ассоциации между желудочно-кишечными осложнениями при МВ, обусловленными нарушением внешнесекреторной функции поджелудочной железы, и мутациями в гене HFE1 не является неожиданным, поскольку, как отмечает ряд авторов, прослеживается схожесть некоторых симптомов при наследственном гемохроматозе (НГ) и МВ: для клинической картины НГ, вызываемого мутациями в гене HFE1, также характерно нарушение экзокринной функции поджелудочной железы. Действительно, отмечена связь мутаций гена гемохроматоза (HFE1) с развитием мекониального илеуса и поражением печени у больных МВ, по крайней мере, для мутации C282Y (Rohlfs E.M. et al., 1998; Devaney J. et al., 2003; Salvatore F. et al., 2002). В нашем исследовании аллель D, при котором нарушена нормальная функция белка, кодируемого геном HFE1, ассоциирован с более ранним началом кишечного синдрома и более частыми осложнениями со стороны желудочно-кишечного тракта. Связи частоты и характера поражения гепатобилиарной системы с мутациями в гене HFE1 в исследованной выборке пациентов не выявлено.
У больных МВ, гомозиготных по мутации F508del, провели оценку и сравнение функции выживаемости в группах пациентов, имеющих разные генотипы по генам eNOS, TNFA, LTA, MBL2, GSTM1 и HFE1. Для сравнения выживаемости использовали критерий Вилкоксона, модифицированный по Гехану. Достоверные различия оценки выживаемости выявлены между группами пациентов с разными генотипами по гену HFE1. В группе больных с генотипом H/D по гену HFE1 кумулятивная выживаемость выше, чем в группе пациентов, имеющих генотип H/H, и к концу наблюдений, 18,64 годам, составляет 60% у пациентов с генотипом H/D против 41% у пациентов с генотипом H/H (t=-2,39; p=0,016), что согласуется с более высокими показателями ФВД у носителей аллеля D по сравнению с пациентами, имеющими оба аллеля дикого типа, как в среднем, так и в каждой возрастной группе, хотя при делении по возрастам различия достоверны только для пациентов среднего школьного возраста.
Таким образом, изученные полиморфизмы и мутации генов eNOS, MBL2 и HFE1 ассоциированы с тяжестью патологического процесса при МВ как со стороны бронхолегочной системы, так и со стороны системы пищеварения, по крайней мере, у российских больных, гомозиготных по мутации F508del, а в гене HFE1 - и с более высокой выживаемостью. Следовательно, вариабельность клинических проявлений при МВ определяется не только степенью нарушения хлорного канала, обусловленной мутациями в гене CFTR, но и модифицирующим действием других генов.
Медико-генетическое консультирование у российских семей с МВ
Основная задача медико-генетического консультирования с медицинской точки зрения заключается в составлении медико-генетического прогноза для обратившейся за консультацией семьи. Существенным компонентом генетического консультирования и тестирования является оценка генетического риска.
Для определения априорных и условных вероятностей необходимо учитывать частоту МВ, частоту гетерозиготного носительства мутантных аллелей МВ, долю выявляемых при ДНК-диагностике мутаций и относительные частоты МВ мутаций в регионах, а, по возможности, и этнических группах, к которым принадлежат консультируемые, поскольку известно, что данные показатели широко варьируют у разных этносов и в разных популяциях, а рассчитанные на их основе вероятности могут повлиять на репродуктивное поведение консультируемых.
В табл. 8 приведены частоты МВ, частоты носительства мутантных аллелей гена CFTR, доли анализируемых мутаций и относительные доли наиболее распространенных мутаций в разных регионах России. Расчет частоты носителей МВ в европейской части России проведен в соответствии с данными, полученными в настоящей работе. Расчет частоты мутантных аллелей и частоты носителей МВ для Федеральных Округов России проведен с учетом данных по результатам неонатального скрининга, представленным в работе В.Д. Толстовой с соавторами (Tolstova V.D. et al., 2008).
А). Расчеты риска МВ при неонатальном скрининге
В связи с введением в практику здравоохранения пресимптоматической диагностики МВ на каждом из этапов такой диагностики может возникнуть необходимость консультации врача-генетика, а, следовательно, и расчета риска МВ для положительно тестированного младенца. В основе неонатального скрининга на МВ лежит определение в сыворотке крови концентрации иммунореактивного трипсиногена (ИРТ), предшественника панкреатического фермента трипсина, уровень которого у пораженных младенцев повышен. Тест на ИРТ обладает почти 100% сензитивностью (чувствительностью), т.е. практически все больные МВ будут иметь положительный тест (условная вероятность - 1); но достаточно низкой специфичностью, т.е. помимо больных МВ положительно тестированными могут быть и здоровые индивиды, как носители, так и неносители мутаций. Вероятность таких индивидов быть положительно тестированными при первом определении ИРТ необходимо учитывать при расчетах риска: эти вероятности были определены в работе S. Ogino с соавторами и равны 0,041 для носителя одного мутантного аллеля и 0,011 для индивида, не являющегося носителем CFTR мутаций (Ogino S. et al., 2005).
Таблица 8. Частота муковисцидоза и относительные частоты распространенных CFTR мутаций в разных регионах России.
Европ. часть |
ЦФО |
СЗФО |
ЮФО |
ПФО |
УФО |
СФО |
ДФО |
||
Частота МВ |
1/10965 9,1•10-5 |
1/8879 1,1•10-4 |
1/17173 5,5•10-5 |
1/10269 9,7•10-5 |
1/10724 9,3•10-5 |
1/10140 9,9•10-5 |
1/8504, 1,2•10-4 |
1/8105, 1,2•10-4 |
|
Частота мутантных аллелей |
0,0095 |
0,0105 |
0,0076 |
0,0098 |
0,0096 |
0,0099 |
0,0110 |
0,0110 |
|
Частота носителей МВ |
1 / 53, 0,019 |
1 / 48, 0,0208 |
1 / 66, 0,0151 |
1 / 52, 0,0194 |
1 / 66, 0,0190 |
1 / 51, 0,0196 |
1 / 46, 0,0217 |
1 / 46, 0,0217 |
|
Доля выявленных мутаций среди всех мутантных CFTR аллелей |
0,755 |
0,739 |
0,78 |
0,66 |
0,673 |
0,72 |
0,60 |
0,73 |
|
Относительные частоты частых CFTR мутаций: F508del CFTRdele2,3(21kb) 2143delT 2184insA W1282X 3849+10kbC>T N1303K G542X 3821delT 1677delTA 394delTT R334W L138ins |
0,544 0,066 0,023 0,021 0,019 0,019 0,016 0,015 0,002 0,008 0,005 0,007 0,004 |
0,550 0,055 0,034 0,017 0,008 0,013 0,017 0,021 - 0,004 - 0,004 0,004 |
0,59 0,08 0,01 0,04 0,01 - 0,04 0,01 - - - - - |
0,47 0,05 - 0,01 0,04 0,03 0,02 - - 0,03 - 0,01 - |
0,550 0,050 0,008 - 0,008 0,015 0,004 0,015 0,004 - 0,011 0,004 - |
0,62 0,01 0,01 0,02 0,01 0,01 0,02 0,01 - 0,01 - - |
0,43 0,09 0,01 0,01 0,02 - - 0,01 0,01 - - - 0,01 |
0,50 0,08 0,02 - 0,02 - 0,05 0,02 - 0,02 - - - |
Примечание: ЦФО, СЗФО, ЮФО, ПФО, УФО, СФО, ДФО - Центральный, Северо-Западный, Южный, Поволжский, Уральский, Сибирский, Дальневосточный Федеральные округа России, соответственно; Европ.часть - европейская часть России.
До проведения ДНК-тестирования риск МВ для положительно тестированного младенца, если оба родителя происходят из европейской части России, относительно невелик (0,0078), хотя и превышает средне популяционный (0,000091) в 85 раз (табл. 9).
Таблица 9. Расчет вероятностей для новорожденного с положительным ИРТ тестом до проведения ДНК-тестирования.
Гипотеза для новорожденного |
поражен |
носитель |
неноситель |
|
Априорная вероятность |
0,000091 |
0,019 |
0,981 |
|
Условная вероятность положи-тельного результата теста на ИРТ |
?1 |
0,041 |
0,011 |
|
Совместная вероятность (0,011661) |
0,000091 |
0,000779 |
0,010791 |
|
Апостериорная вероятность |
0,0078 |
0,0668 |
0,9254 |
В зависимости от результата ДНК-тестирования возможны три ситуации, при которых риск МВ при положительном результате первого теста на ИРТ у младенца будет следующим:
1). Обнаружение двух CFTR мутаций является подтверждением диагноза МВ, т.к. согласно CFTR mutation database (http://www.genet.sickkids.on.ca/cftr/) все анализируемые мутации относятся к числу, обусловливающих классические симптомы при МВ. Но следует рекомендовать проведение ДНК-диагностики у родителей для подтверждения того, что они носители мутаций, обнаруженных у ребенка.
2). При обнаружении одной CFTR мутации риск МВ становится высоким (0,0541): в 7 раз выше, чем до проведения ДНК-анализа (0,0078), даже в популяции с относительно низкой частотой МВ (0,000091) и невысокой долей идентифицируемых CFTR мутаций (75,5%), как, например, если оба родителя происходят из европейской части России (табл. 10).
Таблица 10. Расчет вероятностей новорожденного с положительным ИРТ тестом и одной идентифицированной CFTR мутацией.
Гипотеза для новорожденного |
поражен |
носитель |
неноситель |
|
Априорная вероятность |
0,000091 |
0,019 |
0,981 |
|
Условная вероятность обнаружения одной анализируемой мутации |
0,544•0,245+ 0,544•0,245 = 0,26656 |
0,544•1 |
0 |
|
Условная вероятность положительного результата теста на ИРТ |
?1 |
0,041 |
0,011 |
|
Совместная вероятность 0,000448033 |
0,000024257 |
0,000423776 |
0 |
|
Апостериорная вероятность |
0,0541 |
0,9459 |
0 |
Для дальнейшего уточнения можно рекомендовать проведение ДНК-диагностики у родителей. Обнаружение мутаций у обоих родителей будет подтверждением того, что ребенок является носителем одной мутации.
3). При не обнаружении анализируемых мутаций риск МВ снижается на порядок (0,0005), чем до проведения ДНК-тестирования (0,0078) (табл. 11).
Таблица 11. Анализ вероятностей для новорожденного с положительным ИРТ тестом и не идентифицированными CFTR мутациями
Гипотеза для новорожденного |
поражен |
носитель |
неноситель |
|
Априорная вероятность |
0,000091 |
0,019 |
0,981 |
|
Условная вероятность отсутствия проанализированных мутаций |
0,245•0,245 = 0,060025 |
0, 245•1 |
1 |
|
Условная вероятность положительного результата теста на ИРТ |
?1 |
0,041 |
0,011 |
|
Совместная вероятность 0,01098731 |
0,00000546 |
0,00019085 |
0,010791 |
|
Апостериорная вероятность |
0,000497 ? 0,0005 |
0,0174 |
0,9821 |
Следует отметить, что различие между вероятностями до и после проведения ДНК-диагностики тем выше, чем большую долю составляют проанализированные мутации среди всех мутантных аллелей в регионе. В Сибирском и Дальневосточном округах частоты МВ практически одинаковы (1,18•10-4 и 1,23•10-4, соответственно), но доля идентифицируемых мутаций в Сибирском округе существенно ниже, чем в Дальневосточном (0,60 и 0,73, соответственно) (табл. 8). Апостериорная вероятность поражения МВ для положительно тестированного на ИРТ новорожденного при отрицательном результате ДНК-типирования в Дальневосточном округе в 17,5 раза выше, чем до проведения молекулярно-генетического анализа (0,01019 и 0,00058, соответственно), тогда как в Сибирском округе это соотношение составляет 5,9 раза (0,01019 и 0,00172, соответственно).
Б). Расчет риска МВ при обнаружении гиперэхогенности кишечника у плода во II-III триместре внутриутробного развития
Одним из факторов риска МВ является гиперэхогенность кишечника, выявляемая при ультразвуковом обследовании плода во II-III триместре внутриутробного развития. Согласно данным литературы аномалии кишечника у плода являются фактором высокого риска МВ с тяжелым течением, и в таком случае рекомендован скрининг на CFTR мутации семьям, у плодов которых при рутинном скрининге обнаружена эхогенность кишечника (Muller F. et al., 2002; Scotet V. et al., 2002; Simon-Bouy B. et al., 2003). При расчетах риска МВ следует учитывать не только разную популяционную частоту МВ, но и разные вероятности быть пораженным, носителем или неносителем при положительном УЗИ-тесте, определенные в работе S. Ogino с соавторами и равные 0,11, 0,00089 и 0,00035, соответственно (Ogino S. et al., 2004).
Если оба родителя происходят из европейской части России, риск МВ для плода составляет 0,0270, т.е. почти в 300 раз выше, чем среднепопуляционный (0,000091). Поэтому рекомендуется проведение ДНК-тестирования у родителей. Возможны три результата ДНК-тестирования.
А). Если у обоих родителей обнаружены CFTR мутации, риск МВ у плода с гиперэхогенностью кишечника составляет 0,99, т.е. практически равен 1.
...Подобные документы
Исследование молекулярно-цитологических основ мутационной изменчивости. Изучение разнообразия соматических и генеративных мутаций. Выявление причин возникновения мутаций. Значение мутаций в природе и жизни человека. Биологические и физические мутагены.
презентация [19,1 M], добавлен 24.04.2016Фенотипические последствия гибридизации животных. Молекулярные методы определения видов. Молекулярно-генетические исследования видов рода Aquila. Разработка специфических праймеров для полимеразной цепной реакции. Особенности секвенирования по Сэнгеру.
дипломная работа [3,7 M], добавлен 25.06.2017Особенности транскрипции генов оперонов на примере пластома ячменя. Структурно-термодинамические исследования генов. Поиск, картирование элементов геномных последовательностей. Анализ гена растительных изопероксидаз. Характеристика модифицированных генов.
реферат [23,2 K], добавлен 12.04.2010Способность организмов передавать свои признаки и особенности развития потомству на молекулярно-генетическом уровне. Изменчивость наследственного материала. Процесс возникновения мутаций. Результаты, причины и значение генетических мутаций у человека.
презентация [21,5 M], добавлен 03.10.2014Метод полимеразной цепной реакции в реальном времени, его использование в диагностике мутаций в генах, приводящих к возникновению рака молочной железы и яичника. Действие генов-супрессоров на формирование опухолевого процесса. Наследственные формы рака.
дипломная работа [306,1 K], добавлен 09.10.2013Особенности и этапы развития популяционной генетики животных. Характер наследования сцепленных с полом генов окраски меха у кошек. Механизмы наследования аутосомных генов влияющих на длину и цветовую вариацию меха у кошек. Геногеография данных животных.
курсовая работа [37,4 K], добавлен 11.09.2012Жизненный цикл ретровирусов. Инфекция клеток ретровирусами. Спонтанные и индуцированные мутации. Основные процессы, приводящие к возникновению мутаций. Классификация мутаций по различным критериям. Последствия мутаций для организма, перенос генов.
реферат [26,5 K], добавлен 21.05.2015Создание устойчивых к болезням сортов пшеницы, обеспечение длительного сохранения их свойств как актуальная задача селекции. Изучение биохимических механизмов, ответственных за устойчивость; генно-молекулярные технологии, ускоряющие процесс селекции.
курсовая работа [50,6 K], добавлен 16.01.2013Характеристика однонуклеотидных полиморфизмов, строение, функции и значение гена Fas. Первичная структура генов и их функциональные элементы. Выявление генотипов промоторной области гена Fas в клетках. Частоты генотипов однонуклеотидных полиморфизмов.
дипломная работа [877,9 K], добавлен 26.02.2013Общие закономерности развития старения. Гипотезы и теории старения. Проявление старения на молекулярном, клеточном, субклеточном и тканевом уровнях. Лимитированный митотический потенциал соматической клетки. Содержание и анализ теории случайных мутаций.
презентация [365,1 K], добавлен 28.04.2016Описания изменений в ДНК клетки, возникающих под действием ультрафиолета и рентгеновских лучей. Характеристика особенностей генных и хромосомных мутаций. Причины и передача цитоплазматических мутаций. Исследование мутаций в соматических клетках растений.
презентация [62,2 K], добавлен 17.09.2015Формы взаимодействия аллельных генов: полное и неполное доминирование; кодоминирование. Основные типы взаимодействия неаллельных генов: комплементарность; эпистаз; полимерия; гены-модификаторы. Особенности влияния факторов внешней среды на действие генов.
курсовая работа [601,5 K], добавлен 21.09.2010Эксперимент Менделя. Менделевская генетика. Мутации-изменения гена. Влияние мутаций на эффективное функционирование гена. Естественный отбор как подтверждение генетики или опровержения теории эволюции. Проблема истощения генофонда живых организмов.
реферат [19,7 K], добавлен 24.12.2007Внесение мутированного гена в наследственную информацию клеток с целью "препарирования" генетического заболевания. Определение роли метилирования ДНК и механизма его негативного воздействия организм. Содержание методики "программируемого нокаута генов".
реферат [608,3 K], добавлен 15.06.2010Ген как последовательность ДНК, несущая информацию об определенном белке. Идентификация генов по кластеру (группе) мутаций. Элементарный фактор наследственности: доминантные и рецессивные признаки. Независимость генов, роль хромосом в наследственности.
реферат [2,9 M], добавлен 26.09.2009Значимость ферментативных препаратов для лечения муковисцидоза. Очерк эволюции развития экзокринной ткани. Механизмы экзосекреции: секреция поджелудочной железы, энтеральная секреция. Показания к заместительной терапии ферментами. Oсложнения при лечении.
курсовая работа [63,7 K], добавлен 12.03.2008Рассмотрение разных наследственных форм мухи дрозофилы. Выведение Морганом закона о сцепленном наследовании генов, находящихся в одной хромосоме. Хромосомная теория наследственности. Изучение случаев нарушения сцепления генов в процессе кроссинговера.
презентация [1,9 M], добавлен 11.04.2013Изучение экспрессии генов и поиск мутаций в биомедицинских исследованиях. Электронные микросхемы, предназначенные для одновременного выявления множества определенных последовательностей ДНК. История изобретения, классификация и технология ДНК-микрочипов.
презентация [3,1 M], добавлен 27.01.2015Экспрессия генов - способность контролировать синтез белка. Структура и свойства генетического кода, его универсальность и просхождение. Передача генетической информации, транскрипция и трансляция. Митохондриальный и хлоропластный генетические коды.
реферат [41,5 K], добавлен 27.01.2010Генетический полиморфизм и его причины. Взаимодействие рецептора и гормона. Основные примеры полиморфных маркеров, ассоциированных с поведенческими реакциями. Анализ ассоциаций изученных полиморфных локусов с различными формами агрессивного поведения.
дипломная работа [667,1 K], добавлен 02.02.2018