Мікробна різноманітність прибережних вод Одеської затоки Чорного моря

Размещено на http://www.allbest.ru/

Мікробна різноманітність прибережних вод Одеської затоки Чорного моря

Н.Ю. Васильєва

К.Д. Крилова

Й.Б. Кристофферсен

О.А. Дубровіна

В.О. Іваниця

Анотації

Метою дослідження було визначення біорізноманітності прокаріотної мікробіоти прибережної води Одеської затоки Чорного моря шляхом метагеномного аналізу. Методи. Проби морської води відбирали в районі гідробіологічної станції ОНУ імені 1.1. Мечникова (46°26'28.2"N 30°46'20.0"E) з горизонту 100 см, фільтрували через 0,22 jum мембранні фільтри (Sartorius). Сумарну ДНК виділяли з зібраних мікроорганізмів за допомогою PowerWater DNA isolation kit (catalog no.14900-50-NF) згідно з інструкцією виробника (MO BioLaboratories). Для визначення мікробної різноманітності методами метагеномного аналізу використовували таргетне секвенування ділянки v4 гена 16S рРНК на платформі Illumina MiSeq. Отримані послідовності у форматі fastq аналізували в оболонці miniconda3 з послідовним використанням програм Fastqcv.0.11.2., Trimmomatic, Cutadapter, SPAdes, Centrifuge і Krona. Результати. В результаті метагеномного 16S рРНК аналізу в прибережних водах Одеської затоки було отримано 261197 анотованих послідовностей. Виявлено представників основних відділів домену Bacteria: Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, Verrucomicrobiota, Deferribacteres, Planctomycetes, Tenericutes, Aquificae, Deinococci, Thermotogae, Ignavibacteriales, Fibrobacteri. Найбільш поширеними відділами домену Bacteria є Proteobacteria (68,0%) і Bacteroidetes (19,0%). Серед відділу Proteobacteria переважають класи Gammaрroteobacteria (63,0%) і Alphaproteobacteria (31,0%). Показано присутність незначної кількості представників домену Archaea (менше 0,5%) класів Euryarchaeota, Thaumarchaeota, Crenarchaeota. Висновки. Порівняльний аналіз результатів, наведених і отриманих у попередніх дослідженнях біологічної різноманітності морської мікробіоти води Причорноморських лиманів і прибережних вод острова Зміїний дозволили визначити основні відмінності у їх складі. Показано, що здебільшого мікробіота морської води Одеської затоки як і Хаджибейського лиману та прибережної води острова Зміїний різноманітна і представлена в основному членами відділів Proteobacteria і Bacteroidetes, в той час як у Сухому і Дністровському лиманах переважають представники відділу Cyanobacteria.

Ключові слова: Одеська затока, Чорне море, морська вода, метагеномний 16SрРНК аналіз, мікробна біорізноманітність.

N. Yu. Vasyleva1, K. D. Krylova1, J. B. Kristoffersen2,

O. А. Dubrovina1, V. O. Ivanytsia1

1 Odesa National Mechnykov University, 2, Dvoryanska str., 65082, Odesa, Ukraine, прокаріотний мікробіота вода

2 Institute of Marine Biology, Biotechnology and Aquaculture, Hellenic Centre for Marine

Research, Gournes 71500, 71003 Heraklion, Greece

MICROBIAL DIVERSITY OF COASTAL WATERS OF ODESA BAY OF THE BLACK SEA

The aim ofthe study was to determine the biodiversity of the prokaryotic microbiota of the coastal water of Odesa Bay of the Black Sea with the help of metagenomics analysis. Methods. Sample of sea water was taken in the area of Hydrobiological station of Odesa 1.1. Mechnikov National University (46°26'28.2"N 30°46'20.0" E). Sample of sea water was taken from the horizon of 100 cm and filtered through 0.22 jim membrane filters (Sartorius). Total DNA was isolated from the collected microorganisms using the PowerWater DNA isolation kit (catalog no.14900-50- NF) according to the manufacturer's instructions (MO BioLaboratories). Total DNA extraction has been performed according to the manufacturer's instructions (MO BioLaboratories) from collected microorganisms using the PowerWater DNA isolation kit (catalog no.14900-50-NF). To determine the microbial diversity with the help of metagenomic analysis, there were carried out targeted sequencing performed on the Illumina MiSeq platform after amplify v4 region of the 16S rRNA gene. The obtained sequences in the fastq format were analyzed in the miniconda3 shell with used next programs: Fastqcv.0.11.2., Trimmomatic, Cutadapter, SPAdes, Centrifuge and Krona. Results. As a result of the metagenomics 16S rRNA gene analysis of the coastal waters of Odesa Bay about 261 197 annotated sequences were defined. The representatives of main departments of the domain Bacteria were identified: Proteobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria, Cyanobacteria, Tenericutes, Spirochaetia, Fusobacteria, Thermotogae, Deinococci, Aquificae, Chlorobia, Chloroflexi, Verrucomicrobia, Deferribacteres, Planctomycetes, Chlamydiia, Acidobacteria, Nitrospirae, Ignavibacteriae, Thermodesulfobacteria, Dictyoglomia, Elusimicrobia, Synergistia, Fibrobacteria, Gemmatimonadetes. The most common departments of Bacteria domain were Proteobacteria (68.0%) and Bacteroidetes (19.0%). The representatives of Gammaproteobacteria (63.0%) and Alphaproteobacteria (31.0%) were dominated among the Proteobacteria. The presence of small amount of representatives of the Archaea domain (less than 0.5%) as the classes Euryarchaeota, Thaumarchaeota, Crenarchaeota was shown. Conclusion. A comparative analysis of the presented results and those that were obtained during previous studies of the biological diversity of microbial communities in the Black Sea estuaries and in the region of the Zmiiniy Island made it possible to determine the main differences in their composition. As it was shown, microbial communities of the coastal water of Odesa Bay, water of the Khadzhybei estuary and in the region of the Zmiiniy Island is manifold and is represented mainly by the members of Proteobacteria and Bacteroidetes while representatives from Cyanobacteria phylum is dominate in the Dry and Dniester estuaries.

Key words: Odesa Bay, the Black Sea, seawater, 16S rRNA gene-based metagenomic analysis, microbial biodiversity.

Чорне море це унікальна морська екосистема, у якій мікробіота визначає біогеохімічні процеси у всій водній товщі та формує фізико-хімічні умови для існування інших гідробіонтів. Мікробіологічні дослідження, проведені в другій половині ХХ століття, не дали достатньої інформації про таксономічний склад мікроорганізмів, що населяють прибережні та глибинні води Чорного моря. Більшість сучасних досліджень присвячено вивченню донних осадів [5], сульфатредукувальних бактерій [8, 16], зелених сірчаних бактерій [11, 15] і метанокиснювальних бактерій [12, 13].

Застосування біоінформативного аналізу сумарного геному дало можливість отримати уявлення про розподіл прокаріотних мікроорганізмів, їх біологічну різноманітність та біогеохімічний потенціал морського мікробіому [6, 7, 14]. Так, наприклад, проведені метагеномні дослідження води Чорного моря пролили світло на таксономічний склад морських мікроорганізмів за горизонтального зонування [6]. Комплексними є дослідження Todorova с колегами, які присвячені вивченню мікробної різноманітності донних осадів Чорного моря біля берегів Болгарії були найбільш цікавили у цьому сенсі [17].

Роботами мікробіологів Одеського національного університету імені І. І. Мечникова показано, що у воді біля острова Зміїний домен Bacteria представлений переважно відділом Proteobacteria, а також виявлено представників Bacteroidetes, Cyanobacteria, Actinobacteria, Verrucomicrobiota, Planctomycetes, Tenericutes, SR1, Fusobacteria і Firmicutes. Досліджено склад мікробіоти причорноморських лиманів та показано, що в Хаджибейському лимані також переважали представники відділу Proteobacteria, в той час як в Сухому і Дністровському лиманах - представники відділу Cyanobacteria.

Метою даного дослідження було визначити біорізноманітність прока- ріотної мікробіоти в прибережній воді Одеської затоки Чорного моря шляхом метагеномного аналізу, що може дозволити з'ясувати основні тенденції у формуванні мікробних угруповань в залежності від території і супутніх умов, географічного розташування та антропогенного навантаження.

Матеріали та методи

Пробу морської води з горизонту 100 см відбирали в Одеській затоці Чорного моря в районі Гідробіологічної станції Одеського національного університету імені І. І. Мечникова (координати 46°26'28.2''N 30°46'20.0''E), фільтрували через 0,22 p,m мембранні фільтри (Sartorius) для збору мікроорганізмів. Сумарну ДНК зі зразка проби морської води виділяли з зібраних мікроорганізмів за допомогою Power Water DNA isolation kit (catalog no.14900- 50-NF) згідно з інструкцією виробника (MO Bio Laboratories).

Дизайн праймерів відповідав протоколу Kozich et al [9]. В результаті секвенування, яке проводили на платформі Illumina MiSeq, було отримано 8276830 сирих рідів. Як адаптери використовували наступні послідовності: R1- AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA і R2 - AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT.

Як праймери для регіону v4 16S рРНК використовували послідовності: F - GTGCCAGCMGCCGCGGTAA, R - GGACTACHVGG GTWTCTAAT.

ПЛР виконували з використанням наборів KAPA HiFi HotStart PCR kits (Kapa Biosystems). Кожна з сумішей складалася з 0,2 M Trehalose, 5 pl Fidelity buffer, 0,75 pl KAPA dNTP mix, 0,3 pM прямого і зворотного праймера, 0,5 одиниць KAPA HiFi полімерази, близько 25ng матричної ДНК, і доводили суміш до 25pl дейонізованою водою. Умови для теплових циклів були: 95 °С - 3 хв., потім 27 циклів при 98 °С - 20 сек, 61 °С - 10 сек, і 72 °С - 15 сек. Фінальну елонгацію виконували 5 хв при 72 °С.

Продукти ПЛР очищали за допомогою набору AMPure XP magnetic beads (Beckman Coulter). Остаточну концентрацію отриманої бібліотеки амп- лікон 16S rDNA обчислювали з використанням набору KAPA Universal qPCR kit (Kapa Biosystems) перед запуском секвенування. Демульплексування було вироблено автоматично програмою MiSeqReporter по завершенню секвену- вання.

Аналіз отриманих рідів здійснювали на комп'ютері Apple з операційною системою MacOSX 10.11 El Capitan та використанням оболонки miniconda3. Якість послідовності перевіряли за допомогою програми Fastqcv.0.11.2 (http:// www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/). Потім послідовно використовували програми Trimmomatic (http://www.usadellab.org/cms/ index. php?page=trimmomatic) і ^tadapt (https://github.com/marcelm/cutadapt) з метою виділити послідовності адаптерів, праймерів і високо повторюваних ділянок, після чого проводили повторний контроль їх якості.

Після процедури "очищення" послідовностей використовували асемблер SPAdes (http://bioinf.spbau.ru/en/spades.). У роботі використовували модуль metaSPAdes. Таксономічне профілювання здійснюється за допомогою Сєпіл^є (http://www.ccb.jhu.edu/software/centrifuge/index.shtml).

Візуалізацію результатів проводили за допомогою інтерактивного визу- алізатора Krona (https://github.com/marbl/Krona/wiki). Після проведення метагеномного асемблеру і таксономічного профілювання було отримано 261197 анотованих послідовностей.

Результати та їх обговорення

У результаті проведеного аналізу води Одеської затоки Чорного моря в районі Гідробіологічної станції Одеського національного університету імені І. І. Мечникова виявлені представники відділів домену Bacteria: Proteobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria, Cyanobacteria, Tenericutes, Spirochaetia, Fusobacteria, Thermotogae, Deinococci, Aquificae, Chlorobia, Chloroflexi, Verrucomicrobia, Deferribacteres, Planctomycetes, Chlamydiae, Acidobacteria, Nitrospirae, Ignavibacteriae, Thermodesulfobacteria, Dictyoglomia, Elusimicrobia, Synergistia, Fibrobacteria, Gemmatimonadetes та домену Archаea: Euryarchaeota, Thaumarchaeota, Crenarchaeota, що свідчить про широкий спектр прокаріотних мікроорганізмів у досліджуваній пробі морської води.

Слід відмітити, що основні відділи домену Bacteria були ідентифіковані також за метагеномного аналізу 16S рРНК проб води з акваторії острова Зміїний [3] і проб з чорноморських лиманів південного заходу України [4], але різнилися у кількісному вмісті ідентифікованих послідовностей. Так, в морській воді акваторії острова Зміїний кількість ідентифікованих послідовностей, що були віднесені до відділу Firmicutes склала лише 0,1% [4], а в морській воді з Одеської затоки в районі Гідробіологічної станції частка ідентифікованих послідовностей відділу Firmicutes склала 5,0% (табл. 1).

Таблиця 1

Кількісний розподіл представників домену Bacteria на рівні відділів

Найбільш поширений відділ Proteobacteria (68,0%) представлений класами y-Proteobacteria (63,0%) і a-Proteobacteria (31,0%). Кількість в-Proteobacteria склала 4,0% від усіх послідовностей, а ё-Proteobacteria близько 2,0% (рис. 1). Аналогічну картину спостерігали, у воді Чорного моря біля острова Зміїний [4]. При дещо меншій загальній кількості представників відділу Proteobacteria (51,4%) найбільш представленими були y-Proteobacteria і a-Proteobacteria. За даними Costantino et all [6] в зразках води, зібраних з глибини 20-40 м члени групи y-Proteobacteria були присутні на усіх глибинних ділянках і представляли собою панівний таксон.

Представники класу в-Proteobacteria представлені родинами Burkholderiaceae, Comamonadaceae, Alcaligenaceae, Oxalobacteraceae порядка Burkholderiales.

Серед бактерій класу ё-Proteobacteria визначені порядки Desulfovibrionales, Desulfobacterales і Desulfuromonadales, тобто сульфатредукувальні бактерії, які, як показали Costantino et all, переважно зустрічалися на глибинах нижче хемоклину [6].

Серед представників класу y-Proteobacteria, згідно отриманого нами таксономічному профілювання, ідентифіковані послідовності віднесені до порядків Alteromonadales (родини Pseudomonadaceae і Alteromonadaceae), Pseudomonadales (родини Pseudomonadaceae і Moraxellaceae), Enterobacterales (родини Enterobacteriaceae, Yersiniaceae, Erwiniaceae) та Vibrionales (родина Vibrionaceae).

Рис. 1. Таксономічний склад бактерій відділу Proteobacteria Fig. 1. Taxonomic composition of bacteria in Proteobacteria phylum

Другим за кількістю представленим відділом домену Bacteria є Bacteroidetes (19,0%). Ця таксономічна група включає неспороутворюваль- ні грамнегативні анаеробні бактерії, які дуже поширені в морському середовищі і донних відкладеннях. Згідно отриманим нами даних, представники класу Flavobacteria були найбільш чисельними серед відділу Bacteroidetes (89,0%). Кількість ідентифікованих послідовностей, що віднесені до класів Sphingobacteria, Cytophagia та Bacteroidia була набогато меншою (рис. 2), що співпадає з результатами отриманими для води з акваторії острова Зміїний [4].

Бактерії відділу Cyanobacteria, що відомі як типові морські мешканці, складають лише 2,0% від усіх виявлених послідовностей. Найбільш поширеними серед них були члени класів Synechococcales (67,0% Cyanobacteria) і Oscillatoriophycideae (17,0%). Представники порядків Nostocales, Gloeobacteria та Pleurocapsales присутні у незначній кількості (рис. 3). При цьому, у воді акваторії острова Зміїний кількість представників Cyanobacteria досягали 11,1% від усіх виявлених послідовностей [4].

Чисельність представників відділу Firmicutes була набагато більша ніж в воді акваторії острова Зміїний [4] і складала 5,0%. Серед представників цього класу ідентифіковані послідовності, що відносяться до порядків Bacillales і Lactobacillales.

Порядок Bacillales представлений родинами Bacillaceae, Staphylococcaceae, Paenibacillaceae, Listeriaceae, Planococcaceae, Alicyclobacillaceae (рис. 4), порядок Lactobacillales - родинами Lactobacillaceae, Streptococcaceae, Enterococcaceae, Leuconostocaceae, Aerococcaceae, Carnobacteriaceae, Streptococcaceae (рис. 5).

Рис. 3. Таксономічний склад бактерій відділу Cyanobacteria

Рис. 4. Таксономічний склад бактерій порядку Bacillales Fig. 4. Taxonomic composition of bacteria in the Bacillales order

Досить цікавим є визначення представників домену Archаea (відділи Euryarchaeota, Thaumarchaeota, Crenarchaeota) у прибережній воді (0,5%). Thaumarchaeota є хемолітотрофами, здатними окиснювати аміак, присутність якого часто відмічається у глибинних водах [2]. А Euryarchaeota у більшості залежить від кількості та якості органічних поживних ресурсів, що підтверджує їх гетеротрофний (або міксотрофний) тип метаболізму Euryarchaeota [10]. Crenarchaeota також відносяться до архей, та їх фізіолого-біохімічні властивості більш різноманітні: серед Crenarchaeota є ацидофіли і нейтрофіли, суворі і факультативні анаероби та суворі аероби, хемолітоавтотрофи і хемо- органотрофи. Вони можуть використовувати сірку у своєму метаболізмі [1].

Як видно з рисунку 7 таксономічна різноманітність прокаріотної спільноти води Хаджибейського лиману [3], акваторії острова Зміїний Чорного моря [4] та її прибережної частини Одеської затоки подібні між собою. Різниця для цих проб більш виражена у кількісному вимірі ніж у таксономічному і проявляється вже на рівні відділів.

Рис. 6. Таксономічний склад відділів домену Archaea Fig. 6. Taxonomic composition of the Archaea domain

Рис. 7. Порівняльна характеристика біологічної різноманітності прокаріот води акваторій острова Зміїний, Хаджибейського лиману та Одеської затоки Чорного моря

Отже, порівнянний аналіз результатів наведених у цій статті та отриманих у попередніх дослідженнях біологічної різноманітності морської мі- кробіоти води Причорноморських лиманів і прибережних вод острова Зміїний дозволили визначити основні відмінності у їх складі. Показано, що здебільшого мікробіота морської води Одеської затоки як і Хаджибейського лиману та прибережної води острова Зміїний різноманітна і представлена переважно членами відділів Proteobacteria і Bacteroidetes, в той час як у Сухому і Дністровському лиманах переважають представники відділу Cyanobacteria

Список використаної літератури

1. Воробьева Л.И. Археи: учебное пособие для вузов. - М.: ИКЦ "Академкнига", 2007. - 447 с.

2. Berg C., Listmann L., Vandieken V., et al. Chemoautotrophic growth of ammonia-oxidizing Thaumarchaeota enriched from a pelagic redox gradient in the Baltic Sea// Front. Microbiol. - 2015. - Vol. 15, № 5. - Article 786. https://doi. org/10.3389/fmicb.2014.00786

3. Bobrova O, Kristoffersen JB, Oulas A, Ivanytsia V. Metagenomic 16s rRNA investigation of microbial communities in the Black Sea estuaries in South-West of Ukraine// Acta Biochim Pol. 2016;63(2):315-9. doi: 10.18388/abp.2015_1145. Epub 2016 Feb 29.

4. Bobrova O. E., Kristofferssen J., Ivanytsia V. O. Metagenome 16S rRNA gene analysis of the Black Sea microbial diversity in the region of the Zmiiniy Island//

5. Microbiology & Biotechnology. - 2015. - Vol. 2. - P 6-9. doi: 10.18524/2307- 4663.2015.2(30).48066

6. Collins C. P, Carlsson J., Rowcroft P, Tibbies B. Ecosystem status of the deep Black Sea, soft sediment, benthic community//Marine Policy. - 2016. - Vol. 73. - P. 216-223. https://doi.org/10.1016/j.marpol.2016.07.016

7. Costantino V, Hiep V. T., Lee J. K. Fingerprinting Microbial Assemblages from the Oxic/Anoxic Chemocline of the Black Sea// Applied and environmental microbiology. - 2003. - Vol. 69, No. 11. - P. 6481-6488. doi: 10.1128/ AEM.69.11.6481-6488.2003

8. DeLong E. F, Preston C. M, Mincer T, Rich V, Hallam S. J, Frigaard N. U, et al. Community genomics among stratified microbial assemblages in the ocean's interior. Science. 2006; 311: 496-503. doi: 10.1126/science.1120250

9. Jannasch HW. Microbial processes in the Black Sea water column and top sediment: an overview// Black Sea oceanography. Kluwer Academic Publishers, Dordrecht,The Netherlands. - 1991. - P 271-286.

10. Kozich J. J., Westcott S. L., Baxter N. T., Highlander S. K., Schloss P D. Development of a Dual-Index Sequencing Strategy and Curation Pipeline for Analyzing Amplicon Sequence Data on the MiSeq Illumina Sequencing Platform // Applied and Environmental Microbiology. - 2013. - V 79, №2 17. - P 5112-5120. doi: 10.1128/AEM.01043-13

11. LloydK. G., Schreiber L., Petersen D. G. et al., Predominant archaea in marine sediments degrade detrital proteins // Nature. - 2013. - Vol. 496. - P. 215218 doi:10.1038/nature12033

12. Ludwig A. K., Henfige Uta, Glaeser J. Subfossil 16S rRNA Gene Sequences of Green Sulfur Bacteria in the Black Sea and Their Implications for Past Photic Zone Anoxia // Applied and Environmental Microbiology. - 2008. - Vol. 74, No.3. - P 624-632. doi:10.1128/AEM.02137-07

13. Mirko Basen, Martin Kruger, Jana Milucka. Bacterial enzymes for dissimilatory sulfate reduction in a marine microbial mat (Black Sea) mediating anaerobic oxidation of methane// Environmental Microbiology. - 2011. - Vol. 13, No. 5. - P 1370-1379. doi:10.1111/j.1462-2920.2011.02443.x

14. Michaelis W., Seifert R., Nauhaus K. Microbial reefs in the Black Sea fueled by anaerobic oxidation of methane//Science.-2002. - Vol. 297. - P 10131015 doi: 10.1126/science.1072502

15. Schauer R., Bienhold C., Ramette A, Harder J. Bacterial diversity and biogeography in deep-sea surface sediments of the South Atlantic Ocean// International Society for Microbial Ecology. - 2010. - Vol.4. - P 159-170. doi:10.1038/ismej.2009.106

16. Takao Iino, Koji Mori, Yoshihito Uchino, et al., Ignavibacterium album gen. nov., sp. nov., a moderately thermophilic anaerobic bacterium isolated from microbial mats at a terrestrial hot spring and proposal of Ignavibacteria classis nov., for a novel lineage at the periphery of green sulfur bacteria// International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2010. - Vol. 60. - P. 1376-1382 doi:10.1099/ijs.0.012484-0

17. Thamdrup B., Rossello-Mora R., Amann R. Microbial Manganese and Sulfate Reduction in Black Sea Shelf Sediments// Applied and environmental microbiology. - 2000. - Vol. 66, No. 7. - P. 2888-2897.

17. Todorova H. N., Mironova S. R., Karamfilov K. V. Comparative molecular analysis of bacterial communities inhabiting pristine and polluted with polycyclic aromatic hydrocarbons Black Sea coastal sediments// Marine Pollution Bulletin. - 2014. - Vol. 83. - P. 231-240. http://dx.doi.org/10.1016Zj.marpolbul.2014.03.047

References

1. Vorobeva LI. Arhei: uchebnoe posobie dlya vuzov.2007. Moskva:IKTs "Akademkniga". 447. - (in Russian).

2. Berg C, Listmann L, Vandieken V, et al. Chemoautotrophic growth of ammonia-oxidizing Thaumarchaeota enriched from a pelagic redox gradient in the Baltic Sea. Front. Microbiol. 2015;15(5):article 786. https://doi.org/10.3389/ fmicb.2014.00786

3. Bobrova O, Kristoffersen JB, Oulas A, Ivanytsia V. Metagenomic 16s rRNA investigation of microbial communities in the Black Sea estuaries in South-West of Ukraine. Acta Biochim Pol. 2016;63(2):315-319. doi: 10.18388/abp.2015_1145. Epub 2016 Feb 29.

4. Bobrova OE, Kristofferssen J, Ivanytsia VO. Metagenome 16S rRNA gene analysis of the Black Sea microbial diversity in the region of the Zmiiniy Island. Microbiology & Biotechnology. 2015;(2):6-19. doi: 10.18524/2307- 4663.2015.2(30).48066

5. Collins CP, Carlsson J, Rowcroft P, Tibbies B. Ecosystem status of the deep Black Sea, soft sediment, benthic community. Marine Policy. 2016;(73):216- 223. https://doi.org/10.1016/j.marpol.2016.07.016

6. Costantino V, Hiep VT, Lee JK. Fingerprinting Microbial Assemblages from the Oxic/Anoxic Chemocline of the Black Sea. Applied and environmental microbiology. 2003;69(11):6481-6488. doi: 10.1128/AEM.69.11.6481-6488.2003

7. DeLong EF, Preston CM, Mincer T, Rich V, Hallam SJ, Frigaard NU, et al. Community genomics among stratified microbial assemblages in the ocean's interior. Science. 2006;(311):496-503. doi: 10.1126/science.1120250

8. Jannasch HW. Microbial processes in the Black Sea water column and top sediment: an overview. Black Sea oceanography. 1991 Kluwer Academic Publishers, Dordrecht,The Netherlands.- P. 271-286.

9. Kozich JJ, Westcott SL, Baxter NT, Highlander SK, Schloss PD. Development of a Dual-Index Sequencing Strategy and Curation Pipeline for Analyzing Amplicon Sequence Data on the MiSeq Illumina Sequencing Platform. Applied and Environmental Microbiology. 2013;(79):5112-5120. doi: 10.1128/ AEM.01043-13

10. LloydKG, SchreiberL, PetersenDG, et al., Predominant archaea in marine sediments degrade detrital proteins. Nature. 2013;(496):215-218. doi:10.1038/ nature12033

11. Ludwig AK, HenЯge Uta, Glaeser J. Subfossil 16S rRNA Gene Sequences of Green Sulfur Bacteria in the Black Sea and Their Implications for Past Photic Zone Anoxia .Applied and Environmental Microbiology. 2008;74(3): 624-632. doi:10.1128/AEM.02137-07

12. Mirko Basen, Martin Krьger, Jana Milucka. Bacterial enzymes for dissimilatory sulfate reduction in a marine microbial mat (Black Sea) mediating anaerobic oxidation of methane. Environmental Microbiology. 2011;13(5):1370-- 1379. doi:10.1111/j.1462-2920.2011.02443.x

13. Michaelis W Seifert R, Nauhaus K. Microbial reefs in the Black Sea fueled by anaerobic oxidation of methane. Science.2002;(297):1013-1015 doi: 10.1126/science.1072502

14. Schauer R, Bienhold C, Ramette A, Harder J. Bacterial diversity and biogeography in deep-sea surface sediments of the South Atlantic Ocean. International Society for Microbial Ecology. 2010;(4):159-170. doi:10.1038/ ismej.2009.106

15. Takao Iino, Koji Mori, Yoshihito Uchino, et al., Ignavibacterium album gen. nov., sp. nov., a moderately thermophilic anaerobic bacterium isolated from microbial mats at a terrestrial hot spring and proposal of Ignavibacteria classis nov., for a novel lineage at the periphery of green sulfur bacteria. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2010;(60): 1376-1382. doi:10.1099/ ijs.0.012484-0

16. Thamdrup B, Rossello-Mora R, Amann R. Microbial Manganese and Sulfate Reduction in Black Sea Shelf Sediments. Applied and environmental microbiology. 2000;66(7): 2888-2897.

17. Todorova HN, Mironova SR, Karamfilov KV Comparative molecular analysis of bacterial communities inhabiting pristine and polluted with polycyclic aromatic hydrocarbons Black Sea coastal sediments. Marine Pollution Bulletin. 2014;(83):231-240. http://dx.doi.org/10.1016/j.marpolbul.2014.03.047

Размещено на Allbest.ru