Микросателлитная идентификация пород Felis Catus L.
Характеристика тандемно-повторяющихся последовательностей, располагающихся в интронах и разбросаных по всему геному. Анализ микросателлитных панелей различного состава, используемых для идентификации представителей Felis Catus L. из разных пород.
| Рубрика | Биология и естествознание |
| Вид | статья |
| Язык | русский |
| Дата добавления | 02.08.2020 |
| Размер файла | 20,4 K |
Отправить свою хорошую работу в базу знаний просто. Используйте форму, расположенную ниже
Студенты, аспиранты, молодые ученые, использующие базу знаний в своей учебе и работе, будут вам очень благодарны.
Размещено на http://www.Allbest.Ru/
Размещено на http://www.Allbest.Ru/
Размещено на http://www.Allbest.Ru/
Гомельский государственный университет им. Ф. Скорины
Биологический факультет
Кафедра зоологии, физиологии и генетики
Микросателлитная идентификация пород Felis Catus L.
Зятьков С.А. ст. преподаватель
Барановская А.В., магистрант
Гончаренко Г.Г., д.б.н., профессор,
член-корреспондент НАНБ
г. Гомель, Беларусь
Аннотация
В данной статье описаны микросателлитные панели различного состава, используемые для идентификации представителей F. catus L. из разных пород. Проведенный анализ показал, что наиболее оптимальной для микросателлитного анализа является 11-локусная панель с тетрануклеотидными повторами с вероятностью совпадения 10-6-10-8.
Ключевые слова: Felis catus, микросателлитная панель, мотив.
Микросателлиты - это тандемно-повторяющиеся последовательности, которые располагаются преимущественно в интронах и разбросаны по всему геному. Они являются уникальными для каждого организма, так как могут накапливать в своих локусах мутации, приводящие к возникновению аллельного разнообразия.
Помимо этого микросателлиты селективно нейтральны и на них не действует естественный отбор. Все перечисленное делает их удобными молекулярно-генетическими маркерами для дактилоскопии особей Felis catus из разных пород.
Целью работы являлось проанализировать микросателлитные панели, используемые для идентификации представителей F. catus из разных пород и подобрать наиболее оптимальную.
В ходе проведения работы, были проанализированы 3 микросателлитные панели, используемые для идентификации представителей F. catus из разных пород (таблицы 1-3).
Таблица 1
Микросателлитная панель с динуклеотидными локусами
|
Локус |
Мотив |
Размер ампликонов, н.п. |
Количество аллелей |
|
|
FCA 026 |
(CA)21 |
133-158 |
8 |
|
|
FCA 043 |
(CA)17 |
114-130 |
8 |
|
|
FCA 058 |
(CA)21 |
210-231 |
7 |
|
|
FCA 080 |
(CA)22 |
250-259 |
5 |
|
|
FCA 088 |
(CA)22 |
113-129 |
8 |
|
|
FCA 090 |
(CA)17 |
93-121 |
8 |
|
|
FCA 096 |
(CA)17 |
184-223 |
6 |
|
|
FCA 126 |
(CA)24 |
129-148 |
6 |
|
|
FCA 132 |
(CA)23 |
136-176 |
10 |
|
|
FCA 149 |
(CA)17 |
121-132 |
6 |
Данная панель (таблица 1) характеризуется тем, что локусы, используемые в ней, содержат только динуклеотидные мотивы. Эта панель была первой, которую Менотти-Раймонд с соавторами составили для генной дактилоскопии кошек F. catus и содержала 10 локусов [1, с. 1039].
При 8 аллелях в популяциях F. catus по локусу FCA 026 можно получить 36 различных генотипа. Если использовать для идентификации кошек еще один локус также с 8 аллелями, например FCA 043, это позволит различать (36х36) 1296 генотипов. В таблице Менотти-Раймондом, как уже было отмечено выше, использовалось 10 микросателлитных локусов, количество аллелей в каждом из которых варьировало от 5 до 10. Это означает, что количество возможных многолокусных генотипов по этим 10 генам у кошек составляет более 10 миллиардов (1010). Иными словами только у одной особи F. catus из 10 млрд. генотип при использовании этого набора локусов, может совпасть с какой любо другой особью. Таким образом, разработанная по 10 микросателлитным локусам идентификационная панель позволяет проводить точную генетическую дактилоскопию любой особи F. catus. [2, с. 23]. тандемный последовательность микросателлитный felis catus
В дальнейшем исследователи предложили для дактилоскопии кошек использовать набор из 11 микросателлитных локусов (таблица 2), содержащих тетрануклеотидные повторы с вероятностью совпадение генотипов у двух особей равной 10-6, а для непородистых - 10-8. Это означает, что на 1 миллион особей, только у двух из них будет идентичный набор тетрануклеотидных локусов [3, с. 1061].
Таблица 2
Микросателлитная панель с тетрануклеотидными локусами
|
Локус |
Мотив |
Размер ампликонов, н.п. |
Количество аллелей |
|
|
FCA 723 |
(GGAA)8 G (GAAA)15 |
243-317 |
20 |
|
|
FCA 731 |
(CCAT)8/(CCAT)11 |
337-401 |
6 |
|
|
FCA 733 |
(GATA)11 |
128-226 |
16 |
|
|
FCA 736 |
(ATAC)10 (CA)3 (ATAG)14 |
164-222 |
23 |
|
|
FCA 740 |
(GATA)11 |
308-336 |
7 |
|
|
FCA 742 |
(CTTT)11 |
122-175 |
15 |
|
|
FCA 749 |
(GATA)10/ (GATA)6 |
276-416 |
14 |
|
|
F124 |
(GAAA)15 |
255-367 |
20 |
|
|
F53 |
(GAAA)8 |
115-272 |
11 |
|
|
F85 |
(CTTT)10(CT)10(T)4(CTTT)15 |
183-301 |
32 |
|
|
FCA 441 |
(GATA)9 |
113-137 |
8 |
Предложенная 11-локусная микросателлитная панель (таблице 2), была поддержана следующими фелинологическими организациями: Ассоциацией любителей кошек - Cat Fancier's Association (CFA) и Международной ассоциацией кошек - The International Cat Association (TICA).
В 2007 году 17 коммерческих и научно-исследовательских лабораторий под эгидой Международного общества генетики животных -- International Society for Animal Genetics (ISAG) провели исследование 7 инбредных популяций из США, Европы и Бразилии и 8 чистопородных популяций из США. Изучение проводили по 19 наиболее используемым для дактилоскопии F. catus микросателлитных локусам [4, с. 371]. Полученные данные позволили разработать микросателлитную панель, включающую 9 микросателлитов с ди- и тетрануклеотидными повторами (таблица 3).
Таблица 3
Микросателлитная панель ISAG
|
Локус |
Мотив |
Размер ампликонов, н.п. |
Количество аллелей |
|
|
FCA 069 |
AC |
88-116 |
13 |
|
|
FCA 075 |
TG |
112-146 |
22 |
|
|
FCA 105 |
TG |
173-207 |
18 |
|
|
FCA 149 |
TG |
120-136 |
11 |
|
|
FCA 220 |
CA |
208-224 |
11 |
|
|
FCA 229 |
GT |
150-174 |
14 |
|
|
FCA 310 |
(CA)5TA(CA)7 TA(CA)8 |
112-138 |
15 |
|
|
FCA 441 |
TAGA |
133-173 |
15 |
|
|
FCA 678 |
AC |
222-236 |
11 |
Применение данной панели позволяет с точностью от 90,08% до 99,79% отличать между собой особей F. catus из разных пород, а особей полученных путем инбридинга - от 99,47% до 99,87%.
Проведя анализ микросателлитных панелей, использовавшихся в работах Менотти-Раймонд и ISAG, была выбрана наиболее оптимальная - 11 локусная тетрануклеотидная панель, т.к. она наиболее информативна с точки зрения совпадения геномов представителей F. catus. Иными словами, вероятность совпадения геномов у двух представителей рода F. catus чрезвычайно мала. Это позволяет с уверенностью сказать, что, данная панель позволяет проводить точнейшую дактилоскопии особей F. catus разной породной принадлежности.
Таким образом, были проанализированы микросателлитные панели локусов и выбрана наиболее оптимальная для генной дактилоскопии F. catus.
Список литературы
1. M. Menotti-Raymond, V.A. David, J.C. Stephens, L.A. Lyons, S.J. O'Brien Individualization of Domestic Cats Using Feline STR Loci for Forensic Applications // Journal Of Forensic Sciences. - 1997. - №42 (6). - P. 1039-1051.
2. Г.Г. Гончаренко, С.А. Зятьков Микросателлитные ДНК-маркеры в генетической дактилоскопии особей Felis catus и родственных видов семейства Кошачьи // Известия Гомельского государственного университета имени Ф. Скорины. - 2016. - №3. - С. 21-25.
3. M.A. Menotti-Raymond, V.A. David, L.A. Lyons, L. Wachter, J.M. Butler, S.J. O'Brien Menotti-Raymond, M. An STR Forensic Typing System for Genetic Individualization of Domestic Cat (Felis catus) Samples // J.Forensic.Sci., 2005. - №50 (5). - P. 1061-1070.
4. M.J. Lipinski, Y. Amigues, M. Blasi, T.E. Broad, C. Cherbonnel, G.J. Cho, S. Corley, P. Daftari, D.R. Delattre, S. Dileanis, J.M. Flynn, D. Grattapaglia, A. Guthrie, C. Harper, P.L. Karttunen, H. Kimura, G.M. Lewis, M. Longeri, J.C. Meriaux, M. Morita, R.C. Morrin-O'donnell, T. Niini, N.C. Pedersen, G. Perrotta, M. Polli, S. Rittler, R. Schubbert, M.G. Strillacci, H. Van Haeringen, W. Van Haeringen, L.A. Lyons An international parentage and identification panel for the domestic cat (Felis catus) // Anim Genet. - 2007. - №38(4). - P. 371-377.
Размещено на allbest.ru
...Подобные документы
Описание твердолиственных пород деревьев Амурской области - дуба, ясеня, берёзы, клёна - представителей охотско-камчатской флоры (каменные берёзы) и маньчжурской флоры. Значение твердолиственных пород в охотничьем хозяйстве (кормовая база для животных).
реферат [434,7 K], добавлен 24.01.2010Сравнительная характеристика декоративных пород собак. Основные достоинства пород: китайская хохлатая голая, йоркширского терьера, мальтийской болонки, миниатюрного шпица, чихуахуа. Личные наблюдения за выбранной породой, преимущества и недостатки.
реферат [22,5 K], добавлен 09.11.2010Партеногенетические виды позвоночных и их особенности размножения. Структура микросателлитных повторов эукариотических геномов. Монолокусный анализ микросателлитсодержащих локусов. Электрофорез дезоксирибонуклеиновой кислоты в полиакриламидном геле.
дипломная работа [706,2 K], добавлен 27.01.2018Характеристика и классификация микроорганизмов. Систематика, метаболизм и клиническое значение энтеробактерий. Сравнительный анализ традиционного и экспресс-метода биохимической идентификации при определении представителей семейства Enterobacteriaceae.
дипломная работа [8,9 M], добавлен 23.01.2018Инвентаризация посадок в учебно-опытном дендрарии. Экология древесных пород. Принципы формирования коллекций дендрариев. Морфология хвойных пород. Принципы организации ботанических садов и арборетрумов. Дендрологическое обследование парков города.
отчет по практике [38,0 K], добавлен 06.02.2011Фотографии из книги В. Масона "Породы всех наций", наглядно демонстрирующие, как за последнее столетие изменился вид всем нам известных пород собак. Пагубное влияние вековой селекционной работы по "улучшению" пород на внешнем виде и здоровье собак.
презентация [977,0 K], добавлен 10.09.2014Многообразие сортов культурных растений и пород домашних животных, выведение новых пород и сортов, творческая роль отбора. Борьба за существование и ее формы, сложные отношения между видами. Естественный отбор - движущая сила эволюции органического мира.
реферат [21,7 K], добавлен 02.10.2009История и общая характеристика группы, описание ее пород, отличительные особенности и свойства. Окраска собак и принципы ее наследования. Особенности генетики окрасов и других селекционно-важных признаков собак группы "Буль", психические особенности.
дипломная работа [10,3 M], добавлен 20.04.2012Вивчення геному людини в рамках міжнародної програми "Геном людини". Особливості гібридизації клітин у культурі, картування внутрішньо хромосомного і картування за допомогою ДНК-зондів. Можливості використання знань про структуру геному людини в медицині.
курсовая работа [354,6 K], добавлен 21.09.2010Преимущества использования методики выделения ДНК из волоса при помощи ионообменной смолы Chelex. Применение хлороформ-фенольной экстракции и последующих концентрирования и фильтрации экстракта на "Центриконе-100" для идентификации личности по волосам.
реферат [27,9 K], добавлен 23.09.2010История приручения кошки человеком. Особенности поведения и основные черты характера животного. Отношение человека к кошке в разных странах мира. Особенности внешнего вида семейства кошачьих. Основные особенности различных пород домашних кошек.
реферат [28,7 K], добавлен 09.03.2011История изучения рода Mycobacterium, особенности морфологии и физиологии. Антигенная структура микобактерий. Классификация и таксономия, виды микобактерий и их дифференциация. Внутривидовая и межвидовая идентификация, ветеринарное и медицинское значение.
курсовая работа [478,0 K], добавлен 11.01.2011Астровые - одно из самых больших семейств двудольных растений, распространенных по всему земному шару и представленных во всех климатических зонах. Характеристика строения представителей семейства астровых, состоящего из соцветия, венчика, корня, плода.
презентация [1,3 M], добавлен 04.04.2012Особенности систематики и биологии трематод рода Diplostomum. Главные проблемы идентификации и таксономии диплостом. Геномная вариабельность рДНК трематод. Анализ филогенетических связей в группе диплостомид на основании последовательностей ITS и cox1.
дипломная работа [2,0 M], добавлен 31.01.2018Анализ частоты встречаемости разных видов представителей семейства Сoccinelidea. Представители божиих коровок, собранных на территории Краснодарского края станицы Каневской и прилегающих к ней реках Мылый Челбас, Сухой Челбас, Мигуты, их разнообразие.
дипломная работа [888,4 K], добавлен 25.05.2015Классификация лесных сообществ по экотопу, составу, экологии древесных пород и этапам развития. Особенности распределения фитомассы на различных типах лугов. Характеристика рудерального фитоценоза. Флористический состав прибрежно-водной растительности.
контрольная работа [31,9 K], добавлен 01.02.2014Морфобиологическая характеристика отряда Грызуны, систематика и характеристика представителей, статистическая обработка результатов исследования. Анализ сообществ мышевидных грызунов разных типов биоценозов. Отличительные особенности мышевидных грызунов.
дипломная работа [98,9 K], добавлен 28.04.2014Систематика рыб - надкласса водных позвоночных животных. Характеристика рыб: скелета, пищеварительной, кровеносной, нервной и половой системы, органов газообмена и дыхания. Представители промысловых пород: речных, рыб стоячих вод и общепресноводных.
курсовая работа [1,3 M], добавлен 17.01.2013Определение карста с различных точек зрения. Описание карстующихся пород, условия развития карста. Анализ поверхностных, подземных карстовых форм. Механизм изучения и контроля карстовых процессов. Натечно-капельные и кристаллические образования в пещерах.
курсовая работа [37,7 K], добавлен 17.11.2009Изучение видового состава, экологической и трофической структуры рода Mycena на территории Вологодской области. Анализ распространения видов по типам местообитаний. Характеристика видов, редко встречающихся и охраняемых на территории регионов России.
дипломная работа [480,5 K], добавлен 17.06.2017
