Существенные изменения в налоговой политике Кыргызстана, получившие законодательное подтверждение, начали производиться в конце 1991, когда республика избрала курс перехода от административно-хозяйственной системы к рыночной экономике. Основа изменений в налоговой политике государства касалась действовавших в то время налогов, которые были присущи административно-командной системе, но не вполне приемлемы в рыночной экономике.

При централизованном планировании налоговые поступления в основном складывались из трёх источников:

налог с оборота,

налог на прибыль и

налог с заработной платы.

Существовали значительные льготы предприятиям. В ходе ре формирования были введены следующие принципиально новые виды налогов:

налог на добавочную стоимость (НДС),

акцизный налог,

налог на имущество предприятий,

налог за пользование автомобильными дорогами,

отчисления в фонд ликвидации чрезвычайных ситуаций.

Были упразднены налог с оборота, налог с фонда оплаты колхозников, затем временно действовавший 5% налог с оборота. В 1993 году Правительство Кыргызской Республики вместе с другими странами - членами СНГ понизило ставку НДС до 20%.

С 1 июля 1996 начал действовать Налоговый кодекс Кыргызской Республики, определяющий:

основные принципы налоговой системы,

методологию налогового учёта и налогообложения,

перечень общегосударственных и местных налогов,

полномочия центральных органов власти и местных властей по вопросам введения тех или иных налогов,

правовые основы взаимоотношений налоговых органов и налогоплательщиков,

ответственность налогоплательщиков, а также

единые методы налогообложения юридических и частных лиц.

Таким образом, принятый в 1996 году Налоговый Кодекс систематизировал и определил законоположения по всем налогам и их администрированию, действиям налогоплательщиков на территории Кыргызской Республики.

Основной целью налоговых реформ являлось формирование фискальной системы и госбюджета, контроль доходов и расходов государственных средств, устранение препятствий для развития бизнеса. В целом же налоговая политика не стала совершенной, так как разрабатывалась в сжатые сроки и в отсутствие практического опыта, а также в нее вносились многочисленные поправки, которые зачастую повышали роль фискальных органов.

Тем не менее, введение в действие Налогового Кодекса 1996 года позволило адаптировать к налогам предприятия и предпринимателей и проводить системную работу по формированию республиканского бюджета и улучшить собираемость налогов.

В последствии, с целью повышения роли налогов, были внесены изменения и поправки в Конституцию КР (в 1998 году), оговоренные в статье 11 п.2 и п.З. В этих статьях закреплено положение о том, что расходы республиканского бюджета формируются за счет устанавливаемых законом налогов, других обязательных платежей и утверждение о том, что на территории Кыргызской Республики действует единая налоговая система.

Кроме того, в Конституции однозначно сказано: "Право установления налогов принадлежит ЖогоркуКенешу КР. Законы, устанавливающие новые налоги и ухудшающие положения налогоплательщиков, обратной силы не имеют".

Все это позволило значительно улучшить законодательную основу налоговой политики и отношений налогоплательщика с государством.

В целях стимулирования хозяйствующих субъектов на погашение налоговой задолженности был принят Закон Кыргызской Республики "О реструктуризации задолженности по начисленным налогам, процентам, финансовым и штрафным санкциям", предусматривающий списание задолженности по процентам и финансовым санкциям хозяйствующих субъектов, погасивших основную задолженность по налогам.

Кроме того, в целях создания эффективных механизмов борьбы с коррупцией и злоупотреблением должностными полномочиями был принят Закон Кыргызской Республики "О декларировании и публикации сведений о доходах, обязательствах и имуществе лиц, замещающих политические и иные специальные государственные должности, а также их близких родственников", предусматривающий введение системы декларирования и публикации доходов и имущества лиц, занимающих высшие государственные должности.

13 января 2004 года в соответствии с распоряжением Президента Кыргызской Республики была образована Комиссия по подготовке проекта новой редакции Налогового кодекса Кыргызской Республики.

В целях исполнения вышеуказанного распоряжения, были созданы две группы исполнителей: Координаторы исполнения Рабочего плана и Исполнители на уровне экспертов. В эти группы входили не только работники государственных органов, но и представители бизнеса и профессиональных организаций, таких как Палата налоговых консультантов, Объединение бухгалтеров и аудиторов и другие.

Следует отметить, что если действовавший Налоговый кодекс Кыргызской Республики состоял из 207 статей, то проект новой редакции Налогового кодекса содержал уже 406 статей.

Разработка проекта новой редакции Налогового кодекса Кыргызской Республики проводилась в рамках задач и приоритетов, поставленных Комиссией перед Экспертной группой:

устранение противоречий в налоговом законодательстве;

приведение Налогового Кодекса в соответствие с другими действующими нормативно-правовыми актами Кыргызской Республики;

создание документа прямого действия, который являлся бы единым кодифицированным документом, охватывающим все виды налогов и налоговых действий, включающим в себя все налоговое поле республики, позволяющим налогоплательщикам знать свои права и обязанности в области налогообложения.

При работе над новой редакцией Налогового кодекса КР было выполнено следующее:

1. Проведено более 200 заседаний Рабочей комиссии по разработке проекта новой редакции НК КР по рассмотрению предложений и замечаний;

2. Проведено более 70 семинаров, круглых столов, встреч с заинтересованными лицами;

3. Проведено более 40 встреч с МВФ;

4. Подготовлено и проведено 9 выездных заседаний по обсуждению проекта новой редакции НК КР.

За период с февраля 2004 года по 2008 год в Экспертную группу поступило более двух тысяч предложений и замечаний от заинтересованных лиц и организаций, из которых около полутора тысяч предложений по предоставлению налоговых льгот, увеличению вычетов, предоставлению отсрочек, уменьшению процентов за просроченное налоговое обязательство и т.д. В процессе рассмотрения этих предложений и замечаний, они были проанализированы и учтены Экспертной группой в новой редакции Налогового кодекса. В октябре 2008 года был принят новый Налоговый кодекс, который вступил в силу с 1 января 2009 года. Количество налогов сокращено с 16 до 8.

2. Общие положения налоговой системы Кыргызской Республики