Изучение микрофлоры воды с помощью сканирующей зондовой микроскопии

Размещено на http://www.allbest.ru/

Изучение микрофлоры воды с помощью сканирующей зондовой микроскопии



1. История создания сканирующего зондового микроскопа

70 лет назад наш соотечественник Г. А. Гамов впервые описал процесс прохождения через потенциальный барьер микрочастицы, энергия которой меньше высоты барьера. Новое явление было названо туннелированием. Туннельный эффект -- квантовое явление проникновения микрочастицы из одной доступной области движения в другую, отделённую от первой потенциальным барьером.

Если взять два проводящих тела, расположить их на близком расстоянии друг от друга и приложить к ним определенную разность потенциалов, то между этими телами без взаимопроникновения атомов возникает туннельный электрический ток. При расстояниях между телами на уровне десятков нанометров это будет ток полевой эмиссии, причем его величина довольно будет довольно резко зависеть от расстояния между телами. Этот эффект был использован Р.Янгом, сотрудником Национального Института Стандартов США, для создания токового профилометра. Остроконечный металлический зонд подводился к исследуемой поверхности проводящего образца, пока между ними не начинал протекать ток полевой эмиссии заданной величины. После этого зонд начинал сканировать поверхность образца, при этом электромеханическая система обратной связи поддерживала заданную величину тока. Поскольку величина тока резко зависела от расстояния зонд-поверхность, то в процессе сканирования зонд перемещался вдоль поверхности с высокой точностью, при этом управляющие сигналы системы сканирования использовались для построения изображения рельефа поверхности.

Соответствующее устройство, названное Р. Янгом Topografiner, позволило достичь разрешения по вертикали на уровне3 А, при этом Р. Янг с соавторами указали, что использование туннельного тока, более круто, экспоненциально зависящего от расстояния зонд-поверхность, позволит еще больше улучшить разрешение.

После этого открытия ученые задались вопросом: что будет, если повторить предыдущий опыт, но к поверхности интересующего тела поднести острый предмет? В результате проведенных экспериментов выяснилось, что с помощью очень тонкой иглы(атом на ее конце являлся основным чувствительным элементом) можно получать информацию о строении материи изучаемого объекта на атомном уровне.

В1979 году швейцарские ученые Г. Биннинг и Г. Рорер, работающие в лаборатории Цюрихского отделения IBM, предложили новый принцип работы с физическими объектами: сканирующий зондовый микроскоп(СЗМ) [Лит. 4-1]. Причем исходная идея была не в создании микроскопа, а в осуществлении спектроскопических исследований участков поверхности размером менее100 ангстрем. Вскоре исследователи поняли, что могут создать не только локальный спектроскопический зонд, но и получать сканированием спектроскопические и топографические изображения.

Таким образом, открывалась возможность создания нового типа микроскопа. Через27 месяцев после разработки концепции сканирующего туннельного микроскопа (СТМ), он был создан. Принцип работы такого прибора заключался в том, что зонд подводили к исследуемой поверхности на очень близкое расстояние (доли ангстрема), подавали между зондом и образцом постоянное напряжение, вследствие чего между ними возникал туннельный ток. Его величина сильно зависела от промежутка зонд - образец и поддерживалась постоянной с помощью следящей системы, то опускающей, то поднимающей сканер в зависимости от рельефа исследуемой поверхности. Информацию об этом перемещении отслеживал компьютер, и после ее программной обработки можно было “увидеть” поверхность образца.

Опыт работы со сверхвысоковакуумными установками позволил получить первые изображения атомных структур- поверхности золота Au и структуры поверхности кремния Si. В конце 1983 года авторы начали изучать возможности нового метода применительно к биологии - рассматривали цепочку ДНК на поверхности углеродной пленки. Первые СТМ работали в условиях вакуума при пониженных температурах. В1984 году появились первые сообщение об исследованиях при атмосферном давлении, в дистиллированной воде, в солевых растворах. В1986 году ученые Г. Биннинг и Г. Рорер были удостоены Нобелевской премии по физики за изобретение СТМ.

Основной недостаток сканирующей туннельной микроскопии - возможность исследования только проводящих образцов- был преодолен в1986 году Гердом Биннигом, Кэлвином Куэйтом и Кристофером Гербером с созданием зондовых микроскопов нового поколения-- Атомно-Силовых Микроскопов(АСМ) [Лит. 4-2].

Принцип действия АСМ основан на использовании атомных сил, действующих между атомами вещества. Аналогичные силы действуют и между любыми сближающимися телами. В АСМ такими телами служат исследуемая поверхность и сканирующей ее зонд. Острую маленькую иголочку, используемую в качестве зонда, приклеивали к одному концу плоской упругой пружинки, кантилевера (cantilever англ. - консоль), сделанной из тонкой платиновой фольги, а другой ее конец крепили в держателе. Этот кантилевер с острийным зондом на конце- и являлся зондовым датчиком. В процессе сканирования зонд скользил по поверхности, огибая ее рельеф, при этом соответствующая система регистрации отслеживала изгибы кантилевера.

В 90-х годах появляется множество работ, доказывающих возможность успешного использования сканирующей зондовой микроскопии в исследованиях биологических объектов. СЗМ обеспечивает высокое разрешение (сопоставимое с разрешением электронной микроскопии), но при этом позволяет измерять рельеф поверхности и проводить исследования в жидких средах. Это дает возможность изучения нативных(не фиксированных, в том числе живых) структур, отслеживая динамические изменения физиологических и морфологических характеристик. Одним из существенных преимуществ СЗМ является исследование биологических объектов(прежде всего клеток) в режиме реального времени, что позволяет даже снимать микрофильмы о некоторых биологических процессах, например, гибридизации двух комплементарных молекул ДНК. Можно получать трехмерные изображения, точно определять латеральные размеры объектов и шероховатость поверхности.

2. Методы работы СЗМ

Существует много методов работы СЗМ. Они различаются использованием различных видов силового взаимодействия между зондом и образцом, алгоритмов перемещения зонда вдоль поверхности и способов обработки данных, чтобы получить отображение различных характеристик поверхности. Выбор соответствующего способа зависит от типа образца, наличия загрязнений и среды, в которой происходит сканирование.

Рис. 1 Зависимость силы взаимодействия зонд-образец от расстояния

В зависимости от характера силы, действующей между зондом и образцом, различают контактный, бесконтактный и прерывисто-контактный («полуконтактный») методы силовой микроскопии. Использование контактного метода предполагает, что зонд упирается в образец и находится в области действия сил отталкивания. При использование бесконтактного метода зонд удален от поверхности и находится в области действия дальнодействующих притягивающих сил. При работе по «полуконтактному» методу в процессе колебаний зонд периодически касается поверхности, находясь попеременно как в области притяжения, так и в области отталкивания.

Контактный метод работы

В этом методе работы взаимодействие зонда и образца осуществляется в области действия сил отталкивания. В этом случае кантилевер выгнут по направлению к образцу. Зонд находится в контакте с образцом, вследствие чего существует опасность возникновения повреждения поверхности образца и быстрого износа или даже поломки зонда. Поэтому используют кантилеверы с малой константой - жесткости-- k=0.03ч1 Н/м.

Рис. 2 Схема сканирующего атомно-силового микроскопа при контактном методе работе: 1- зонд; 2 - кантилевер; 3 - сканер; 4 - лазер; 5 - четырехсекционный фотодетектор; 6 - компаратор; 7 - блок высоковольтных усилителей

Измерение силы, действующей между поверхностью и зондом, осуществляется по изгибу кантилевера от положения равновесия. Атомно-силовой датчик, представляющий собой пружинный кантилевер с острийным зондом на конце, обладает настолько высокой чувствительностью, что позволяет регистрировать силы взаимодействия между отдельным атомами.

При малых изгибах кантилевера соотношение между силой взаимодействия зонд-образец и смещением зонда z определяется законом Гука:



где - константа жесткости кантилевера

При изменении силы, действующей между поверхностью и зондом, кантилевер, на котором он закреплен, отклоняется от положения равновесия, и такое отклонение регистрируется специальным устройством (рис. 2), состоящим из полупроводникового лазера 4 и четырехсекционного фотодиода 5. При изгибе кантилевера отраженный от него луч лазера смещается относительно центра четырехсекционного фотодетектора. Таким образом, величина изгиба кантилевера может быть определена по относительному изменению освещенностей верхней и нижней половинок фотодетектора.

Компаратор 6 сравнивает текущий сигнал устройства регистрации с изначально заданным (характеризующим величину силы взаимодействия зонд-образец) и при его отклонении от заданного значения вырабатывает корректирующий сигнал . Величина взаимодействия зонда с образцом поддерживается постоянной за счет приближения и отвода зондового датчика от поверхности системой обратной связи 7. Обратная связь отрабатывает изменение положения зондового датчика, управляя пьезоприводом (сканером) таким образом, чтобы сила взаимодействия между зондом и образцом была постоянной. Сигнал о высоте Z в каждой точке поля сканирования(x, y) берется из канала Z-пьезопривода.

Метод латеральных сил

Кроме рельефа поверхности в контактном режиме сканирования можно получить информацию о трибологических свойствах поверхности в нанометровом масштабе, используя канал регистрации латеральной силы, действующей на зонд в процессе сканирования (Lateral Force Microscopy, LFM).

При использовании метода латеральных сил исследуются силы трения между поверхностью и скользящим по ней зондом. Принцип работы зондового датчика при этом подобен принципу работы АСМ-датчика, где изображение рельефа формируется путем регистрации разностного сигнала между верхним и нижним секторами фотодетектора (T-B). Для получения карты распределения латеральных сил выделяется разностный сигнал левого и правого секторов фотодетектора (L-R). Действующая в процессе сканирования на зонд со стороны поверхности образца латеральная сила трения равна

где - сила реакции, действующая на зонд со стороны образца, - локальный коэффициент трения.

Кантилевер испытывает деформацию кручения в вертикальной плоскости, что приводит к разбалансировке освещенности левого и правого секторов фотодетектора (рис. 3). Чем больше коэффициент трения м между зондом и участком поверхности, которого непосредственно касается зонд, тем больше торсионный изгиб кантилевера и тем больше разностный сигнал L-R. Таким образом, участки с большим коэффициентом трения на СЗМ изображении выглядят светлыми, а с меньшим-- темными. Обычно канал измерения латеральных сил включается одновременно с исследованием рельефа, сигнал от всех секторов фотодетектора регистрируется одновременно.

На рис. 4 показано изображение рельефа поверхности (а) и карта распределения сил трения (б) на поверхности буккального эпителиоцита здорового донора. В данном случае метод латеральных сил позволил выявить наличие бактерий на шероховатой поверхности эпителиальной клетки.



Рис. 3 Схема работы датчика литеральных сил

Рис. 4 Рельеф участка поверхности буккального эпителиоцита (слева) и изображения сил трения (справа)

Метод модуляции силы

Одновременно с регистрацией рельефа поверхности можно получить информацию и о микротвердости поверхности образца в нанометровом масштабе.

В этом методе наZ-пьезопривод(сканер) кроме постоянного напряжения, обеспечивающего перемещение зонда по вертикали и отслеживание топографии, подается переменная составляющая частотой около5 кГц, значительно меньшей собственной резонансной частоты кантилевера, так что зонд совершает колебания по вертикали с амплитудой2-20 А(зонд как бы пробует поверхность под ним на податливость).

На зонд, таким образом, действует переменная сила, пропорциональная упругости материала образца, приводящая к изгибу кантилевера относительно равновесного положения и к возникновению переменной составляющей разностного сигналаT-B. Эта переменная составляющая выделяется, детектируется и подается в канал Z-Modulation, из которого формируется изображение карты микротвердости поверхности.

Рис. 5 Изменение изгибов кантилевера при работе по методу модуляции силы: а) в случае мягкого образца, б) в случае твердого образца

Если поверхность образца мягкая, зонд проникает в образец без затруднений. В этом случае Z-перемещения сканера и зонда будут иметь примерно одинаковую амплитуду, так что разностный сигнал на фотодиоде окажется мал (рис. 5 а). При сканировании поверхности твердого образца зонд будет испытывать сопротивление при внедрении в образец и кантилевер при этом будет сильно выгибаться, что приведет к увеличению разностного сигнала на фотодиоде (рис. 5 б).

Таким образом, изменение твердости поверхности вызовет изменение амплитуды сигнала с фотодиода. Большей амплитуде будет соответствовать более твердая поверхность (светлые участки), а меньшей амплитуде - более мягкая поверхность (темные участки).

Таким образом, по карте микротвердости можно различить контраст, обусловленный разным фазовым составом приповерхностного слоя образца (рис. 6).

Рис. 6 Схема изменения амплитуды сигнала с фотодиода (степени изгибов кантилевера) в зависимости от упругих свойств поверхности образца

Рис. 7 Рельеф поверхности (слева) и карта микротвердости (справа) участка поверхности буккального эпителиоцита

Следует отметить, что в данной методике амплитуда модуляции по Z мала, так что зонд колеблется внутри области сил отталкивания. Это позволяет одновременно реализовать контактный метод АСМ для исследования рельефа поверхности образца и получать карту распределение микротвердости поверхности образца. На рис. 7 показаны изображение рельефа поверхности (а) и карта распределения твердости в нанометровом масштабе (б) участка поверхности эпителиальной клетки щеки здорового донора.

Полуконтактный метод работы

В этом методе работы взаимодействие зонда и образца осуществляется в области действия сил притяжения.

Обычно для полуконтактного метода используются жесткие I-образные кремниевые кантилеверы с константой жесткости k=10ч100 Н/м.

При использовании полуконтактного метода на z-секцию пьезосканера подается переменное напряжение (рис. 8), которое вызывает изменение ее геометрических размеров. Частоту переменного напряжения выбирают равной собственной частоте колебаний кантилевера (лежащей обычно в пределах150ч250 кГц, амплитуда колебаний при этом составляет несколько десятков ангстрем). Вследствие этого кантилевер колеблется над образцом с резонансной частотой :

где m - масса системы зонд-кантилевер, k- силовая константа.

При приближении зонда к поверхности образца характер колебаний кантилевера изменяется, наличие градиента силы взаимодействия зонд-образец приводит к изменению резонансной частоты колебаний кантилевера. В области сил притяжения это приводит к смещению амплитудно-частотной характеристики(АЧХ) колебаний кантилевера влево по сравнению с АЧХ, измеренной вдали от поверхности (рис. 8). Так как частота вынуждающих колебаний кантилевера поддерживается постоянной и равной частоте колебаний в свободном состоянии щ0, то при приближении зонда к поверхности амплитуда колебаний свободного конца кантилевера уменьшается. Эта амплитуда колебаний регистрируется с помощью оптической системы и может быть определена по относительному изменению переменной освещенности верхней и нижней половинок фотодетектора. Далее с помощью синхронного детектора7 выделяется постоянный сигнал V(t), пропорциональный амплитуде колебаний кантилевера при сканировании. При этом на синхронный детектор7 подается синхросигнал от генератора напряжения, подающегося на сканер, чтобы раскачивать кантилевер с его резонансной частотой (рис. 9).



Рис. 8 Изменение частоты колебаний кантилевера при приближении к поверхности образца

Рис. 9 Схема сканирующего атомно-силового микроскопа при полуконтактом методе: 1 - зонд; 2 - кантилевер; 3 - сканер; 4 - источник переменного напряжение; 5 - лазер; 6 - четырехсекционный фотодетектор; 7 - синхронный детектор; 8 - компаратор; 9 - электронная цепь обратной связи

Компаратор 8 сравнивает текущий сигнал в цепи регистрирующего устройства с изначально заданным сигналом V_{опорное} (характеризующим силу взаимодействия зонд-образец) и, при его отклонении от величины V опорное вырабатывает корректирующий сигнал V_корр. Степень взаимодействия зонда с образцом поддерживается постоянным за счет приближения и отвода зондового датчика от поверхности системой обратной связи 9. Обратная связь отрабатывает изменение положения зонда, управляя пьезоприводом таким образом, чтобы сила взаимодействия зонд-образец была постоянной. Сигнал о высоте Z в каждой точке изображения(x, y) берется из канала Z-пьезопривода.

Этот метод идеален для сканирования с высоким разрешением мягких и "липких" образцов(полимеры, клетки, биологические молекулы) или слишком твердых образцов, т.к. контакт с твердой поверхностью может привести к затуплению или поломке зонда.

Метод отображения фазового контраста

Одновременно с регистрацией изменения амплитуды колебаний зонда, отражающей рельеф поверхности исследуемого образца, возможно и детектирование изменения фазы колебаний.

Когда в процессе колебаний кончик зонда касается поверхности образца, он испытывает влияние не только отталкивающих, но и адгезионных, капиллярных и ряда других сил. В результате взаимодействия зонда с поверхностью образца происходит сдвиг не только частоты, но и фазы колебаний. Если отдельные участки поверхности имеют, например, различные адсорбционные свойства, то изображение будет иметь дополнительный контраст, зависящий от природы материала образца на различных участках. Он проявляется в изменении фазы колебаний зонда. Поскольку детектирование фазы колебаний происходит одновременно с получением рельефа поверхности, то из сравнения амплитудного и фазового изображения можно получить информацию о фазовом составе образца. На рис. 10 представлено изображение поверхности титанового зубного имплантанта и изображение, полученное по методу отображения фазового контраста. Из картины фазового состава можно заметить, что поверхность титана имеет пористую структуру, что необходимо для прорастания костной ткани в имплантант.

Рис. 10 Рельеф поверхности (справа) и картина фазового состава (слева) участка титанового зубного имплантанта



Метод фазового контраста позволяет получать ценную информацию в широкой области применений, в некоторых случаях отображая неочевидные контрасты свойств материалов. Этот метод используется, например, для исследований биологических объектов, образцов с магнитными и электрическими характеристиками, и т.д.

Факторы, влияющие на СЗМ-изображение

Влияние геометрических параметров зонда на разрешение

Максимальная разрешающая способность СЗМ по каждой из осей X, Y, Z

определяется различными факторами.

Разрешение по оси Z ограничивается:

- чувствительностью оптической системы регистрации изгибов кантилевера;

- амплитудой колебаний зонда относительно поверхности образца.

Максимальное разрешение в плоскости XY определяется, прежде всего, точностью позиционирования зонда. Важное значение имеют геометрические характеристики острия зонда. При сканировании атомарно плоских поверхностей разрешение ограничивается размером атома на самом кончике зонда (так называемый эффект последнего атома, Рис. 4-11). Таким образом, макроскопическая форма зонда не является определяющей для атомного разрешения.

Рис. 11 Эффект последнего атома



Рис. 12

3. Влияние свойств зонда

В атомно-силовом микроскопе сила взаимодействия зонд-образец измеряется по изгибу упругого кантилевера. Наиболее важными характеристиками кантилевера являются силовая константа (коэффициент жесткости) и резонансная частота. Силовая константа определяет величину силы взаимодействия между зондом и образцом при их непосредственном контакте, и, в свою очередь, определяется материалом, из которого изготовлен кантилевер, и его формой. Для контактного метода используются очень мягкие кантилеверы с очень малой силовой константой. Жесткие кантилеверы(с большим значением силовой константы) для полуконтактного метода работы имеют большую резонансную частоту, чем мягкие. Резонансная частота зависит от размеров и материала кантилевера. Кантилеверы, используемые для АСМ, имеют резонансную частоту в диапазоне15ч500 кГц.

Влияние адсорбционного слоя на поверхности образца на взаимодействие с СЗМ зондом

На воздухе поверхность образца всегда покрыта тонким слоем адсорбированных атомов. Этот слой состоит из воды и других компонентов воздуха, а также следов веществ, с которыми образец находился в контакте в процессе изготовления, загрязнений и т.п. Толщина слоя может меняться в пределах2ч50 нм в зависимость от многих обстоятельств, например, от влажности воздуха. При соприкосновении кончика зонда с адсорбционным слоем возникает сильная притягивающая компонента силы вследствие капиллярного притяжения. Эффект капиллярного притяжения также очень сильно проявляется при отведении иглы от образца. Часто капиллярные силы в этом случае настолько крепко удерживают зонд вблизи поверхности, что скорее можно сломать кантилевер, чем оторвать зонд от образца(говорят, что образец“клейкий”).

Рис. 13 Взаимодействие зонда с адсорбционным слоем на поверхности образца

Форма кончика зонда также оказывает сильное влияние на характер взаимодействия зонда и адсорбционного слоя. Силы капиллярного взаимодействия сильнее проявляются в случае использования зондов с большим радиусом закругления R и малым отношением L/W. Напротив, острые зонды с малым R испытывают меньшее влияние капиллярных сил вследствие меньшей площади контакта с адсорбционным слоем, и их легче оторвать от поверхности. Влияние материала образца Материал образца также оказывает большое влияние на характер сил взаимодействия между зондом и поверхностью. Так, разные материалы имеют разные константы адсорбции и, следовательно, разную склонность к образованию адсорбционного слоя. Кроме того, некоторые материалы склонны накапливать статическое электричество, которое может оказывать значительное влияние на взаимодействие между иглой и поверхностью и существенно затруднять ACМ измерения.

Подготовка и исследование препарата на СЗМ

В данной работе предлагается использование сканирующей зондовой микроскопии для исследования микробиоценозов водных сред: водопроводной идистиллированной воды.

Подготовка образца:

Пробы воды наливают в чашки Петри, на дно которых предварительно помещают чистые обезжиренные покровные стекла, экспозиция1 - 2 недели. Чашки Петри закрывают и инкубируют при температуре от17 до22 С°. Затем стекла вынимают, аккуратно промывают (несколько раз опуская препарат в стакан с дистиллированной водой) и высушивают.

Затем проводят обзорные сканирования в нескольких участках препарата, поскольку микробиота воды отличается чрезвычайным разнообразием.

I. Дистиллированная вода. На Рис. 4-15, Рис. 4-16 представлены обзорные сканированные изображения препаратов, полученных из дистиллированной воды при инкубации в течение1 и2 недель. По сравнению со стеклами, инкубированными в проточной воде, покровные стекла получились достаточно “чистыми”, отмечались локальные скопления микроорганизмов.



Рис. 14

Получив несколько обзорных сканированных изображений, мы заметили, что на препаратах из дистиллированной воды встречаются микроорганизмы4-х типов:

- микроорганизмы палочковидной формы с выростом;

- кольцеобразные микроорганизмы, лежащие цепочками;

- отдельно лежащие клетки правильной палочковидной формы;

- вытянутые микроорганизмы спиралевидной формы.

Мы уменьшили размер области сканирования и просканировали каждый из интересующих нас микроорганизмов(таблица1), после чего, используя инструменты программыNanoEducator определили размеры клеток:

№	СЗМ-изображение	Форма	Средний размер микроорганизма
1		микроорганизмы палочковидной формы со слегка изогнутым выростом, плавно сужающимся и с «почкой» на конце	Вся клетка 0.8 Ч7.5 мкм диаметр простеки 450 мкм
2		кольцеобразные микроорганизмы лежащие цепочками	От 1.3 до 1.6 мкм
3		отдельно лежащие клетки правильной палочковидной формы	0.8 Ч 2 мкм
4		вытянутые микроорганизмы спиралевидной формы	0.5 Ч 13 мкм

Найденная в дистиллированной воде микробиота представлена преимущественно бактериальными формами. Для определения групповой и видовой принадлежности бактерий мы использовали определитель Берджи 2 [Лит. 4-3]. Поскольку с помощью сканирующего зондового микроскопа можно увидеть уникальные морфологические структуры бактерий и точно определить их размеры, то в классификации мы опирались преимущественно на бактериальную морфологию (форму и размеры бактерий). Кроме того, учитывалась среда обитания микроорганизмов и температурный режим (вода, бедная органическими соединениями, и температура от 17 до 22°С).

На основании этих критериев получены следующие результаты: 1. Бактерии палочковидной формы с выростом, оканчивающимся «почкой». По форме эти клетки относятся в 13 группу “Почкующиеся или обладающие выростами бактерии”. Исходя из размеров бактериальной клетки и выроста, количества простек (палочковидный, плавно сужающийся к концу вырост без поперечных перетяжек) и среды обитания делаем вывод, что найденный микроорганизм принадлежит к виду Prostecobacter fusiformis: клетки имеют веретеновидные или вибриоидные формы, 0.5ч0.9 Ч 2ч5 мкм без учета выростов. Каждая клетка образует хотя бы одну полярную простеку. Простеки 0.1 ч 0.2 мкм в диаметре, плавно сужаются от полюса клетки, но с утолщением на конце.

Хорошо растут на среде, содержащей ? 0.1 % органического вещества. Температура роста от 1 до 40°С. Обнаруживаются в воде, почве и сточных водах.

Рис. 15

Для более подробного исследования структуры поверхности бактериальной клетки мы применили метод отображения фазового контраста. На фазово-контрастном изображении четко видно, что структура клеточной стенки является неоднородной

Рис. 16



Микроорганизмы, изогнутые и замкнутые в характерные кольца, образующие цепочки по форме тела и диаметру завитка относятся к группе 3 “Неподвижные грамотрицательные изогнутые бактерии”. По определителю Берджи с учетом среды обитания эти бактерии принадлежат к видам Ancylobacter aquaticus или Runella slithyformis. Для более точной идентификации требуется применение дополнительных методов, например, биохимических тестов. В результате исследований выявлены как уникальные для водной среды микроорганизмы (табл. 1: 1, 2), так и бактерии, встречающиеся в других средах обитания, например, входящие в состав нормальной микрофлоры человека или почвенные сапрофиты (табл. 1: 3). Интересным примером является бактерия (3), представляющая из себя делящуюся бактерию правильной палочковидной формы с отложениями запасенных питательных веществ на концах клеток, которые особенно четко идентифицируются при использовании метода фазового контраста



Рис. 17

Поскольку бактерии не являются уникальными для водной среды, и размеры их могут подходить к большому количеству групп, перечисленных в определителе Берджи, то для групповой, родовой и видовой классификации бактерий требуется проведение многочисленных дополнительных исследований (например, окраску по Грамму, биохимические тесты и т.д.) 4. Вытянутые микроорганизмы спиралевидной формы относятся к группе “Спирохет”. Верхним покровом спиралевидной клетки служит многослойная наружная мембрана, покрывающая протоплазматический цилиндр - цитоплазму с ядерной оболочкой, окруженную цитоплазматической

Жгутики служат компонентами двигательного аппарата клетки. В отличие от жгутиков других бактерий, периплазматические жгутики спирохет обвиты вокруг тела клетки и, будучи окружены наружной мембраной, локализованы полностью внутри клетки. Исходя из формы и размера клетки, найденный микроогранизм можно причислись к Spirocheta plicatilis - спиралевидным клеткам диаметром 0.2 ч 0.75 мкм и длиной 5 ч250 мкм, обитающим в водных средах.



Рис. 18

Можно отметить, что по сравнению с препаратом дистиллированной воды стекла получились однородно загрязненными. Наблюдались большие скопления вещества желтоватого цвета (при наблюдении в оптический микроскоп), при сканировании эти скопления обладали значительной вязкостью, прилипали к зонду и мешали исследованию (Рис. 4-22). Морфологически они представляли собой образования неправильной формы. Эти загрязнения могут быть как органического, так и неорганического характера (микрочастицы каких то неорганических веществ: оксиды железа, песок или прочая неорганическая грязь).

Рис. 19

На фоне “липких” скоплений, мы обнаружили бактериальные клетки 2-х типов:

№	СЗМ-изображение	Форма	Средний размер микроорганизма
1		Длинные вытянутые палочки	0.5 Ч 3 мкм
2		Короткие ровные палочки с закругленными концами	0.6Ч1.6 мкм

Бактериальные клетки, представленные в таблице 2 имеют морфологию, характерную для огромного количества бактерий палочковидной формы. Можно лишь предположить, что эти бактерии относятся к типу бактерий имеющих капсулы. Для того, чтобы идентифицировать данные типы клеток, требуется проведение дополнительных исследований (окраска по Грамму, исследование комплекса биохимических признаков и т.д.), что не входит в рамки данной лабораторной работы.

При самостоятельной подготовке студентами образцов микрофлоры можно использовать кипяченую воду для сравнения с водопроводной, аквариумную воду или другие различные среды. Например, можно исследовать кристаллы, образованные на покровном стекле при высыхании различных солевых растворов



Рис. 20

Получение СЗМ - изображения

После вызова программы NanoEducator на экране компьютера появляется главное окно. Программа позволяет осуществлять просмотр и обработку данных параллельно с измерениями.

Рис. 21



Подготовку к измерениям рекомендуется проводить, используя окно Подготовка к сканированию. Окно открывается кнопкой на панели основных операций.

Рис. 22

Если контроллер прибора был включен до запуска программы NanoEducator, то при запуске программы произойдет автоматический выбор контроллера. Если программа была запущена до включения контроллера, то будет выбран режим эмуляции. В этом случае, после включении контроллера, его название следует выбрать в списке Выбор контроллера. Для работы прибора в режиме атомно-силового микроскопа, в меню Выбор

режима выберите конфигурацию АСМ.

Проведение измерений на учебном СЗМ NanoEducator заключается в выполнении следующих операций:

1. Установка образца

ВНИМАНИЕ! Перед установкой образца необходимо снять датчик

с зондом, чтобы не повредить зонд

Образец прикрепляется к магнитной подложке и устанавливается на магнитный столик.

ВНИМАНИЕ! Соблюдайте осторожность при установке

держателя образца, чтобы не повредить прибор.

2. Установка зондового датчика ВНИМАНИЕ! Устанавливать датчик с зондом следует всегда после

3. установки образца. Эту операцию рекомендуется выполнять при верхнем положении держателя датчика. Датчик переводится в верхнее положение поворотом винта ручного подвода 1 по часовой стрелке

Выбрав нужный зондовый датчик (держите датчик за металлические кромки основания), ослабьте винт фиксации зондового датчика 2 на крышке измерительной головки, вставьте датчик в гнездо держателя до упора, зафиксируйте зондовый датчик стопорным винтом, повернув его по часовой стрелке до легкого упора.

Рис. 23



3. Выбор места сканирования

При выборе на образце участка для исследования используйте винты перемещения двухкоординатного столика, расположенного в нижней части прибора. зондовый микроскоп вода

4. Предварительный подвод зонда к образцу

Операция предварительного подвода не является обязательной для каждого измерения, необходимость ее выполнения зависит от величины расстояния между образцом и острием зонда. Операцию предварительного сближения желательно производить, если расстояние между кончиком зонда и поверхностью образца превышает 0,5-1 мм. При использовании автоматизированного подвода зонда к образцу с большого расстояния между ними процесс подвода займет очень много времени.

Воспользуйтесь винтом ручного подвода для опускания зонда, контролируя расстояние между ним и поверхностью образца визуально либо на видеокамере.

4. Построение резонансной кривой и установка рабочей частоты

Поиск резонанса и установку рабочей частоты колебаний зонда рекомендуется выполнять перед началом каждого измерения, более того, в процессе измерений иногда возникают ситуации, требующие повторного выполнения этой операции (например, при потере контакта).

Окно Резонанс открывается кнопкой на панели основных операций главного окна программы.



Рис. 24

Выполнение операции поиска резонанса предусматривает измерение амплитуды колебаний зонда при изменении частоты вынужденных колебаний, задаваемых генератором.

Запуск автоматического поиска резонансной частоты осуществляется кнопкой Старт.

В результате измерения амплитуды колебаний зонда, автоматически устанавливается частота генератора, равная частоте, при которой наблюдалась максимальная амплитуда.

В процессе поиска резонансной частоты при необходимости автоматически подстраивается амплитуда выходного сигнала генератора и коэффициент усиления таким образом, чтобы амплитуда колебаний зондового датчика на резонансной частоте была не менее 2 V.

Если резонансный пик недостаточно ярко выражен, или амплитуда при частоте резонанса мала (менее 1V),

Для установки рабочей частоты вручную, выполните следующие действия:

1. Установите флажок Настройки. В результате справа от окна программы откроется панель параметров поиска резонанса

2. Убедитесь, что флажок точно сброшен.

Рис. 25

3. Щелкните на кнопке Старт для грубого поиска резонанса. В результате будет измерена АЧХ зонда и приблизительно установлена резонансная частота (Рис. 4-27).

4. Убедитесь, что резонансная кривая симметрична и максимум не менее 2 В. Если резонансный пик имеет искаженную форму, или амплитуда колебаний зонда на частоте резонанса мала (менее 2 В), измените параметры

5. Амплитуда колебаний и Усиление амплитуды, после чего повторно проведите определение резонансной частоты.

6. Установите флажок точно. Щелкните на кнопке Старт для точного поиска резонанса. В результате в области максимума, найденного при грубом поиске, будет измерена АЧХ зонда и рабочая частота генератора (параметр Частота) будет установлена равной резонансной частоте зонда.



Рис. 26

7. Захват взаимодействия.

Для захвата взаимодействия выполняется процедура контролируемого сближения зонда и образца с помощью механизма автоматизированного подвода.

Окно Подвод открывается кнопкой на панели основных операций главного окна программы.

Рис. 27



Окно Подвод содержит элементы управления подводом зонда, а также индикации параметров, которые позволяют анализировать ход выполнения процедуры.

В окне Подвод пользователь имеет возможность наблюдать за следующими величинами:

- вытянутость сканера (индикатор Сканер) по оси Z относительно максимально возможной, принятой за единицу. Величина относительного удлинения сканера характеризуется уровнем заполнения левого индикатора цветом, соответствующим зоне, в которой находится сканер в текущий момент: зеленый цвет - рабочая зона, красный - вне рабочей зоны, желтый - переходная зона. Если индикатор красного цвета и сканер втянут, это означает, что сканер подошел слишком близко к поверхности образца, что может повлечь деформацию зонда. Если индикатор красного цвета и сканер вытянут, это означает отсутствие контакта с поверхностью.

- амплитуда колебаний зонда (индикатор Амплитуда) относительно амплитуды его колебаний в отсутствии силового взаимодействия, принятой за единицу. Величина относительной амплитуды колебаний зонда показана на правом индикаторе уровнем его заполнения зеленым цветом.

- количество шагов (Шаги), пройденных в заданном направлении.

Чтобы подвести зонд к образцу, щелкните на кнопке . В результате:

- замкнется цепь обратной связи, и Z-сканер выдвинется на максимальную длину, что отобразится на индикаторе Z Сканер;

- включится шаговый двигатель, выполняющий подвод образца к зонду;

- Индикатор Шаги начнет отсчитывать пройденные шаги.



Рис. 28

Подвод закончится, когда амплитуда колебаний зонда уменьшится до значения параметра Амплитуда останова (устанавливается в окне Свойства). Это уменьшение будет отражено на индикаторе Амплитуда. По окончании подвода индикатор Z Сканер займет промежуточное положение, что соответствует середине полного диапазона удлинения сканера.

Для вывода зонда из области взаимодействия и увеличения расстояния между зондом и образцом используется кнопка . Зонд отводится от образца на расстояние, заданное в поле Шаги.

8. Сканирование

После выполнения процедуры подвода прибор готов к сканированию.

ВНИМАНИЕ! Перед сканированием следует закрыть окна Резонанс и Подвод.

В режиме сканирования необходимо установить параметры сканирования. Эти параметры сгруппированы на панели сканирования, открывающейся кнопкой в правой части окна программы

X0, Y0	Координаты начальной точки сканирования.
Быстрый	Меню выбора направления оси быстрого сканирования.
Размер	Размер области сканирования.
Квадрат	Если на панели параметров измерений установлен флажок Квадрат, то выбор области сканирования возможен только в форме квадрата. В противном случае возможен выбор области сканирования прямоугольной формы.
Шаг	Шаг сканирования - расстояние между точками измерений.
Разрешение	Количество точек измерений.
Режим	Меню выбора метода сканирования.
Скорость	Скорость сканирования при прямом (вперед) и обратном (назад) ходе сканера.
Равные	Прямой и обратный ход при сканировании могут осуществляться с разными скоростями. В случае если на панели параметров измерений установлен флажок Равные, скорость сканирования можно установить только равной для обоих направлений, в противном случае скорости можно изменять независимо друг от друга.
Усиление ОС	Коэффициент усиления в петле обратной связи.
Рабочая точка	Величина силового взаимодействия между зондом и образцом в рабочем режиме.
Z	Индикатор выдвижения Z-сканера
Сброс настроек	Возвращает исходные настройки параметров.

Область сканирования можно выбрать в пределах максимально доступной области. Для этого нажмите кнопку на панели инструментов главного окна программы и при помощи мыши с нажатой основной кнопкой выделите нужный участок.

Запуск сканирования осуществляется кнопкой в главном окне программы. В результате начнется построчное сканирование поверхности образца и в области измерений, строчка за строчкой, будет появляться изображение сканируемой поверхности



Рис. 29

При проведении измерений все данные сохраняются в оперативной памяти. Просмотреть полученные данные можно в окне сессии, открывающемся кнопкой на панели основных операций.

Для сохранения результатов измерений выполните следующие действия:

1. В главном меню выберите Файл-> Сохранить, как.

2. В открывшемся диалоговом окне выберите папку, в которой будут храниться полученные данные. Введите название файла и сохраните его с расширением *.mdt.

В полученном файле будут содержаться фреймы представленные в окне сессии в момент сохранения.

4.3. Методические указания

Прежде чем приступить к работе на сканирующем зондовом микроскопе NanoEducator следует изучить руководство пользователя прибора [Лит. 4-4].

4.4. Техника безопасности

Прибор управляется напряжением 220 В. Эксплуатацию сканирующего зондового микроскопа NanoEducator производить в соответствии с ПТЭ и ПТБ электроустановок потребителей напряжением до 1000 В.

4.5. Задание

1. Выберите интересующие Вас среды и подготовьте самостоятельно биологические образцы для СЗМ исследования.

2. Изучите на практике общую конструкцию прибора NanoEducator и познакомьтесь с программой управления прибором NanoEducator.

3. Используя систему оптического контроля NanoEducator, выберите интересующий участок поверхности образца и получите несколько обзорных СЗМ - сканов.

4. Выберите интересующий вас микроорганизм или простейшее и проведите сканирование поверхности с применением метода фазового контраста.

5. Проведите обработку и анализ полученных изображений, постарайтесь

4.6. Контрольные вопросы

1. Назовите основные разновидности СЗМ. 2. Опишите основные методы работы АСМ и их назначение. 3. Назовите факторы, влияющие на СЗМ - изображение. 4. Для чего используется метод измерения фазового контраста. 5. Какие преимущества дают СЗМ исследования биологических объектов.



Литература

1. Лит. 4-1. Г.Бинниг, Г.Рорер. Сканирующая туннельная микроскопия -- от рождения к юности -- Нобелевские лекции по физике - 1996. УФН, т. 154 (1988), вып.2, с. 261

2. Лит. 4-2. G. Binnig, C.F. Quate, Ch. Gerber. Atomic force microscope.// Phys. Rev. Lett., 1986, Vol. 56, № 9, p. 930 - 933.

3. Лит. 4-3. Хоулт Дж., Криг Н., П. Снит, Дж. Стейли, С. Уильямс. // Определитель бактерий Берджи. М.:Мир, 1997. Т.№ 2.

4. Лит. 4-4.. Руководство пользователя прибора NanoEducator.

Размещено на Allbest.ru

...