Особенности молекулярного, кристаллического и электронного строения 1,5-дизамещенных пент-1-ен-4-ин-3-онов
Метод рентгеноструктурного анализа. Этапы установления структуры кристалла. Характеристика межмолекулярных взаимодействий. Квантовая теория Бейдера. Синтез винилацетиленовых кетонов. Взаимосвязь между кристаллической структурой и температурой плавления.
Рубрика | Химия |
Вид | дипломная работа |
Язык | русский |
Дата добавления | 19.03.2016 |
Размер файла | 3,3 M |
Отправить свою хорошую работу в базу знаний просто. Используйте форму, расположенную ниже
Студенты, аспиранты, молодые ученые, использующие базу знаний в своей учебе и работе, будут вам очень благодарны.
Размещено на http://www.allbest.ru/
федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования
ТОЛЬЯТТИНСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ
Институт химии и инженерной экологии
Кафедра «Химия и химические процессы и технологии»
«особенности молекулярного, кристаллического и электронного строения 1,5-дизамещенных пент-1-ен-4-ин-3-онов»
Выпускная квалификационная работа
Выполнила студентка
5 курса, группы ХИМ-0901 Воронова Евгения Дмитриевна
Научный руководитель
к.х.н. Писарева В. С.
Научный консультант
к.х.н. Вологжанина А. В.
Допустить к защите
и. о. Зав. кафедры
к.х.н. Голованов А.А.
Тольятти 2014
АННОТАЦИЯ
Представленная выпускная квалификационная работа посвящена изучению кристаллической структуры и поиску/сравнению характерных супрамолекулярных синтонов для 1,5-диарилзамещенных пентенинонов, их гомологов и изомеров, а также оценке энергии данных супрамолекулярных синтонов в рамках теории Р. Бейдера «Атомы в Молекулах».
В работе представлены молекулярные структуры шести 1,5-диарилзамещенных пент-1-ен-4-ин-3-онов, полученные при помощи рентгеноструктурного анализа, а так же изучено из молекулярное и кристаллическое строение. С помощью квантово-химических расчетов проведена оценка прочности межмолекулярных взаимодействий в изученных кристаллах в рамках метода атом-атомных потенциалов и квантово-топологической теории Р. Бейдера. Установлена линейная зависимость между энергией кристаллической решетки и температурой плавления, которая может быть предложена к использованию для получения информации о супрамолекулярной архитектуре аналогичных объектов. Выявлены факторы, позволяющие сузить круг объектов, для которых ожидаются нелинейно-оптические свойства.
В дипломной работе содержится 6 таблиц, 23 рисунка, 11 схем, использовано 68 источников литературы. Объем дипломной работы составил 75 страницы.
СОДЕРЖАНИЕ
ПРИНЯТЫЕ СОКРАЩЕНИЯ
ВВЕДЕНИЕ
1 ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР
1.1 ФИЗИЧЕСКИЕ ОСНОВЫ МЕТОДА РЕНТГЕНОСТРУКТУРНОГО АНАЛИЗА
1.1.1 ОСНОВНЫЕ ЭТАПЫ УСТАНОВЛЕНИЯ СТРУКТУРЫ КРИСТАЛЛА
1.2 ХАРАКТЕРИСТИКА МЕЖМОЛЕКУЛЯРНЫХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ
1.2.1 ПОВЕРХНОСТИ ХИРШФЕЛЬДА
1.2.2 КВАНТОВАЯ ТЕОРИЯ БЕЙДЕРА. АТОМЫ В МОЛЕКУЛАХ
1.3 ОБЪЕКТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
1.3.1 ВИНИЛАЦЕТИЛЕНОВЫЕ КЕТОНЫ
1.3.2 СИНТЕЗ ВИНИЛАЦЕТИЛЕНОВЫХ КЕТОНОВ
1.3.3 ХИМИЧЕСКИЕ СВОЙСТВА ВИНИЛАЦЕТИЛЕНОВЫХ КЕТОНОВ
2 ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
2.1 МОЛЕКУЛЯРНОЕ СТРОЕНИЕ ИЗУЧЕННОГО РЯДА СОЕДИНЕНИЙ
2.2 ЭЛЕКТРОННОЕ И КРИСТАЛЛИЧЕСКОЕ СТРОЕНИЕ ИЗУЧЕННОГО РЯДА СОЕДИНЕНИЙ
2.3 ПОИСК ВЗАИМОСВЯЗИ МЕЖДУ КРИСТАЛЛИЧЕСКОЙ СТРУКТУРОЙ И ТЕМПЕРАТУРОЙ ПЛАВЛЕНИЯ
3 ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
3.1 РЕНТГЕНОСТРУКТУРНЫЙ И РЕНТГЕНОФАЗОВЫЙ АНАЛИЗ
3.2 ТОПОЛОГИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ФУНКЦИИ ЭЛЕКТРОННОЙ ПЛОТНОСТИ
4 ТЕХНИКА БЕЗОПАСНОСТИ В ЛАБОРАТОРИИ РСИ
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ
ПРИНЯТЫЕ СОКРАЩЕНИЯ
ВАК - винилацетиленовый кетон
ДЭП - деформационная электронная плотность
НЛО материалы - нелинейно-оптические материалы
НЭП - неподеленная электронная пара
Тпл. - температура плавления
РСА - рентгеноструктурный анализ
ЭСП - молекулярный электростатический потенциал
Ar - арил
Ph - фенил
de - Расстояние от точки на молекулярной поверхности Хиршфельда до ближайшего атома вне поверхности
di - Расстояние от точки на молекулярной поверхности Хиршфельда до ближайшего атома внутри поверхности
с(r) - функция распределения электронной плотности
2с(r) - Лапласиан с(r), квадрат градиента функции электронной плотности
Ve(r) - плотность потенциальной энергии в критической точке связи
е - эллиптичность связи [е = л1/л2 - 1; л1 > л2], где лi - компонент кривизны с(r) в критической точке связи
he(r) - плотность локальной энергии в критической точке связи
ЕAIM - энергия межмолекулярного взаимодействия, вычисленная в рамках т. Бейдера [EAIM ? -1/2 Ve(r)], ккал/моль
ЕUNI - энергия межмолекулярного взаимодействия, вычисленная с помощью метода атом-атомных потенциалов
ВВЕДЕНИЕ
Одной из основных задач химии является поиск взаимосвязей между составом, строением и свойствами соединений. В частности, задачи современной органической кристаллохимии включают в себя предсказание кристаллического строения соединения по структурной формуле, поиск факторов, обуславливающих появление полиморфизма, кристаллизацию в нецентросимметричных группах, возможность образования сокристаллов, в том числе кристаллосольватов, а также классификацию слабых межмолекулярных взаимодействий и поиск взаимосвязей между кристаллическим строением и практически важными свойствами (оптическими, биологическими и др.). В настоящее время для малых органических молекул считается, что строение кристалла определяется наличием прочных межмолекулярных взаимодействий, однако надежное предсказание кристаллических упаковок продолжает оставаться нерешенной задачей. В связи с этим для соединений с однотипными функциональными группами ведется поиск так называемых супрамолекулярных синтонов или ассоциатов - характерных межмолекулярных взаимодействий, позволяющих соединять молекулы запрограммированным и воспроизводимым путем. В то время как ассоциаты, отвечающие прочным водородным связям и галоген-галогенным взаимодействиям, хорошо изучены, ассоциаты, образованные за счет более слабых взаимодействий, изучены хуже. В связи с этим несомненную актуальность имеет поиск структурных мотивов, характерных для малых органических молекул, в которых отсутствуют «кислые» протоны, их вариации для изомерных соединений и гомологов, для последующего их применения в целенаправленном синтезе кристаллических твердых форм с заранее заданной структурой и свойствами.
Объектами исследования в данной работе являются полиненасыщенные карбонильные соединения, а именно 1,5-диарилзамещенные винилацетиленовые кетоны. Во-первых, для них существует изомерия положения карбонильной группы, во-вторых, это квазипланарные соединения, в которых нарушение планарности должно увеличивать возможность их кристаллизации в нецентросимметричных группах. Это делает эти соединения перспективными в качестве исследования их как соединений проявляющих нелинейно-оптические свойства. Кроме того, известно, что эти вещества и продукты их взаимодействия проявляют биологическую активность, и изучение характерных для них межмолекулярных взаимодействий может показать предпочтительные направления присоединения молекул к биополимеру.
Целью данной работы является изучение молекулярного, кристаллического и электронного строения 1,5-диарилзамещенных пент-1-ен-4-ин-3-онов. Основными задачами работы являлось:
1. Определение молекулярного строения 1,5-диарилзамещенных пент-1-ен-4-ин-3-онов методом РСА;
2. Оценка электронных эффектов в молекуле на основании рассчитанной мультипольным уточнением, с помощью комплекса программ XD, функции электронной плотности и ее производных.
3. Топологический анализ функции электронной плотности с помощью комплекса программ WinPRO, с помощью которого будут определены межмолекулярные контакты и оценена их энергия в рамках теории Р. Бейдера «Атомы в молекулах». Таким образом для изучаемых ароматических пентенинонов будут выявлены характерные супрамолекулярные синтоны;
4. Определение корреляции структура-свойство.
1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР
1.1 физические основы метода рентгеноструктурного анализа
Рентгеновские лучи были открыты в 1895 г. В. Рентгеном, как электромагнитные колебания с малой длиной волны (л = 10-0,1 Е), и получили широкое распространение в науке и технике. В 1912г. немецкими физиками М. Лауэ, В. Фридрихом и П. Книппингом была открыто явление дифракции рентгеновских лучей на кристаллах. Лауэ разработал теорию, которая позволила связать длину волны излучения (л), параметры элементарной ячейки кристалла (а, b и с), углы падающего и дифракционного лучей (б 0, в 0, г 0 и б, в, г соответственно) соотношениями:
a (cosб -- cosб 0) = hб,
b (cosв -- cosв 0) = kв, (1)
c (cosг -- cosг 0) =lг,
где h, k, l -- целые числа (миллеровские индексы).
Чуть позже, в 1913г. У. Л. Брэггом и Г. В. Вульфом была предложена более наглядная трактовка явления дифракции рентгеновских лучей в кристалле. Ими было показано, что любой из дифракционных лучей рассматривается как отражение падающего луча от одной из систем кристаллографических плоскостей (дифракционное отражение). В том же году впервые были исследованы атомные структуры простейших кристаллов с помощью рентгеновских дифракционных методов [1].
Условие Вульфа-Брэгга определяет направление максимумов дифракции, упруго рассеянного на кристалле рентгеновского излучения как:
2dsinи = nл (2)
где d - межплоскостное расстояние, и - угол скольжения (брэгговский угол), n - порядок дифракционного максимума, л - длина волны. Это условие позволяет определить межплоскостные расстояния d в кристалле, так как л обычно известна, а углы и измеряются экспериментально.
Каждое кристаллическое вещество имеет индивидуальную решетку, химический состав и, соответственно, определенное распределение атомов в элементарной ячейке решетки. Геометрия решетки характеризуется набором межплоскостных расстояний (а, следовательно, брегговских углов и при дифракции на заданном излучении), а индивидуальность и распределение атомов в решетке определяется интенсивностью дифрагированных лучей. Теоретически, два совершенно разных вещества могут иметь одинаковую решетку, однако, на практике не существует двух разных по химическому составу соединений, которые содержали бы в геометрически равных ячейках одинаково расположенные и идентичные (в точности до подобия в рассеивающей способности) атомы (за исключением некоторых неупорядоченных твердых растворов). Другими словами, можно представить вещества, дающие рентгенограммы, одинаковые по расположению рефлексов, но вряд ли рентгенограммы этих веществ будут совпадать одновременно и по направлениям, и по относительной интенсивности всех отражений. Из этого следует, что по дифракционной картине можно определить, с каким именно из известных на данный момент времени соединений имеет дело исследователь. В случае смеси индивидуальных химических соединений, на рентгенограмме наблюдается наложение дифракционных эффектов, которые характеризуют отдельные фазы. Таким образом, анализируя полученную дифракционную картину, можно определить фазовый и химический состав вещества [2].
1.1.1 основные этапы установления структуры кристалла
В рентгеноструктурном анализе традиционно существовали четыре основных метода получения дифракционной картины:
1. Метод Лауэ -- съемка неподвижного монокристалла в «белом» излучении, представляющем собой непрерывный спектр;
2. Метод вращения -- съемка вращающегося монокристалла в параллельном пучке монохроматического (характеристического) излучения;
3. Метод Косселя -- съемка неподвижного монокристалла в широко расходящемся пучке монохроматического излучения;
4. Метод Дебая-Шерера или метод порошка -- съемка поликристаллического агрегата (например, порошка) в параллельном пучке монохроматического излучения.
В настоящее время широкое распространение получили второй и четвертый способы. Различают и способы регистрации дифракционных картин. Если данные рассеивания рентгеновских лучей веществом фиксируются на чувствительную к рентгеновскому излучению пленку с помощью специальных рентгеновских камер, то такие методы называют фотографическими, а снимки дифракционной картины -- рентгенограммами. А если регистрация дифракционной картины проходит с помощью различных счетчиков квантов рентгеновского излучения, съемку проводят с помощью специальных приборов - дифрактометров, соответственно зафиксированная на них картина рассеивания называется дифрактограммой, а сам метод именуется дифрактометрическим. [3, стр. 218-219]
Расшифровку кристаллической структуры вещества, а именно, определение элементарной ячейки, проводят по интенсивности рефлексов, полученных на рентгенограмме. Из полученных данных по интегральной интенсивности находят квадрат модуля структурной амплитуды и ее модуль |F(K)| или |F(g)|. Любая функция может быть определена по данным о размерах и форме элементарной ячейки, дифракционной симметрии и набору значений F2, которые можно найти по формуле Эйлера в экспонциальной форме:
Fhkl = Уfjeia (3)
где fj - атомный фактор, i - интенсивность отражения, а - начальная фаза. На практике измеряется именно интенсивность волны, равная квадрату модуля структурной амплитуды и являющаяся комплексной величиной. В связи с этим, основной проблемой структурного анализа является расчет фазы. Ее решение возможно путем сложных прямых расчетов с применением компьютерных технологий или на основе модели структуры вещества.
Полное определение структуры кристалла предполагает следующее:
· нахождение формы и величины элементарной ячейки;
· вычисление числа структурных единиц в одной элементарной ячейке (а именно атомов, ионов или комплексов);
· определение решетки Бравэ (трансляционной симметрии) исследуемого кристалла;
· определение дифракционного класса симметрии исследуемого кристалла;
· определение индексов интерференции всех дифракционных максимумов рентгенограммы;
· определение пространственной группы, совместимой с найденной трансляционной и дифракционной симметрией;
· проверка найденной пространственной группы по найденным индексам интерференции и по кратностям правильных систем точек, совместимых с числом структурных единиц, подлежащих размещению в ячейке;
· грубая оценка координат структурных единиц в элементарной ячейке из топологических кристаллохимических данных;
· уточнение координат структурных единиц в элементарной ячейке из совместимости их с интенсивностью дифракционных максимумов, экспериментально установленных для данного кристалла.
В простейших случаях, когда имеем дело с кристаллами неорганических соединений высших и средних сингоний или с кристаллами малых органических молекул, можно расшифровать структуру порошковым методом. Однако при определении более сложной структуры, от десятка структурных единиц на ячейку, расшифровку можно выполнить только на монокристаллах. В этом случае обычно применяется метод вращения. По данным полученных рентгенограмм находят величину и форму элементарной ячейки, число структурных единиц в этой ячейке, а также ее трансляционную симметрию. Все эти данные -- это сведения о кристалле, составляющие цель первого начального этапа определения структуры вещества. Они могут быть выявлены без индицирования всех интерференционных максимумов и без оценки их интенсивности. Затем анализируют поле индексов присутствующих максимумов, уточняют тип ячейки Бравэ по систематическим погасаниям и определяют другие систематические погасания.
Однако определить пространственную группу из известных индексов интерференций по законам погасаний так, чтобы выявилось одно единственное решение, не так-то просто. Это обусловлено тем, что, во-первых, отсутствие или наличие центра инверсии по дифрактограмме определить нельзя, а во-вторых, лишенные трансляции элементы симметрии не оказывают никакого влияния на индексы интерференции.
Из этого следует, что второй этап определения структуры связан с анализом симметрии рентгенограмм и индицированием всех дифракционных максимумов. Устанавливается пространственная группа, к которой принадлежит исследуемое вещество, а именно действующая в решетке система элементов симметрии. По известным элементам симметрии определяют в свою очередь системы идентичных положений, которые элемент структуры может занимать в решетке соответствующей симметрии.
После этого, используя сведения о симметрии решетки, взятые из дифракционного класса, о радиусах атомов и ионов, о числе и направлении химических связей, можно построить приближенную модель структуры. При этом руководствуются следующими положениями:
· окружение иона должно состоять из максимально плотного венца ионов противоположного знака.
· Атом или ион должен располагаться или вне плоскостей, осей и центров симметрии, но не ближе к ним, чем на радиус элемента структуры, или лежать точно на оси, в плоскости или в центре симметрии. К плоскостям и осям с трансляцией это не относится, так как для них отражение или поворот смещены с переносом, так что элементы структуры не сталкиваются при симметричном преобразовании, будучи ближе к элементу симметрии, чем их радиус.
Этим действием начинается заключительный этап определения структуры. Далее рассчитывается структурная амплитуда Fhkl для всех отражений и вычисляется R-фактор (фактор достоверности)
R = (4)
Если , то структура считается определенной достоверно.
Применяя быстродействующие ЭВМ, возможно проведение расшифровки, не прибегая к построению приближенной модели структуры. Выбирается группа десяти «опорных» амплитуд и проводится прямой перебор всех допустимых вариантов фаз у амплитуд этой группы. Для каждого из множества вариантов вычисляются фазы нескольких сотен сильнейших амплитуд и по специальным критериям из всех вариантов выбираются 20-30 лучших, которые и исследуются в дальнейшем. Анализ варианта заключает построение по найденным фазам приближенного распределения, локализацию максимумов этого распределения и попытку отожествления с ними атомов структуры.
Критериями правильности решения структуры являются число и сортность размещения атомов, согласованность межатомных расстояний с атомными радиусами элементов, составляющих кристалл, величина R-фактора.
В заключение можно сказать, что определение структуры тем точнее, чем больше число проанализированных значений |Fhkl|, а именно чем жестче применяемое излучение. Для уменьшения влияния тепловых колебаний на значения |Fhkl| их измерения лучше проводить при низких температурах, например при температурах жидкого азота. [3, стр. 289-292]
1.2 характеристика межмолекулярных взаимодействий
Схема 1
Рентгеноструктурный анализ дает нам возможность определить координаты атомов в кристалле и, следовательно, геометрию молекул в нем. Кроме того, сравнением длин межатомных расстояний с суммой Ван-дер-Ваальсовых радиусов можно выявить структурообразующие контакты и характерные супрамолекулярные синтоны.
Вологжанина и др. [4] показали, что для халконов реализуется четыре основных ассоциата (i, ii, iii, iv), причем первые два реализуются исключительно в центросимметричных кристаллах, остальные же возникают как в хиральных, так и в ахиральных пространственных группах. Для (Е)-1,5-дифенилпент-4-ен-2-ин-1-она обнаружен супрамолекулярный синтон ii [5], 1-арил-5-фенилпент-2-ен-4-ин-1-оны кристаллизуются с образованием синтона iii, остальные 1,5-диарилпент-2-ен-4-ин-1-оны образуют синтоны iv. Синтоны ii - iv также наблюдались в полиен-1-онах (например, 1,5-дифенил-2,4-пентадиен-1-оне [6] и 1-(4-метилфенил)-5-фенилпента-2,4-диен-1-оне [7]), 1,5-диарил-3-бензилтиопент-4-ин-1-онах [8] и (Е, Z)-1-(4-хлорфенил)-5-фенил-5-(фенилсульфанил)пента-2,4-диен-1-оне [9]). Установлено, что вращение Ar(2) - вращение арила при тройной связи - вдоль Csp-Ar(2) связи способствует кристаллизации (E)-1,5-диарил-пент-2-ен-4-ин-1-ов в ацентричных пространственных группах. Для изомерных им (E)-1,5-диарил-пент-4-ен-2-ин-1-ов характерна квази-планарная конформация, ожидаемая за счет заторможенного вращения для Csp2-Ar(2) вращения. Как в случае 1,5- диарил-пент-4-ен-2-ин-1-ов (В), так и для 1,5-диарил-пент-2-ен-4-ин-1-ов (А) образование димеров за счет С-Н...О взаимодействий стерически затруднено.
Схема 2
Поскольку в структуре 1,5-диарилпент-1-ен-4-ин-3-онов (С) двойная и тройная связи разделены кето-группой, то из трех изомеров пентенинов именно эти соединения наиболее близки к халконам и для них образование ассоциатов i, ii должно быть более характерно. С другой стороны, 1,5-диарилпент-1-ен-4-ин-3-оны (С) с 1,5-диарил-пент-2-ен-4-ин-1-ами (А) сближает облегченное вращение Ar(2) вдоль Csp-Ar(2), которое может способствовать образованию непланарности соединений (и, следовательно, с вероятностью кристаллизации в нецентросимметричных группах).
Отметим, что, помимо C-H...О взаимодействий, химический состав данной группы соединений предполагает возможность реализации еще более слабых Hal…Hal, C-H…Hal, C-H…р и р...р взаимодействий. Выделение данных контактов и сравнительный анализ прочности на основании соответствующих длин межатомных связей ненадежен. Более точные методы определения наличия или отсутствия некоторого контакта реализуются в рамках разбиения кристаллического пространства на молекулярные области (например, с помощью поверхностей Хиршфельда), а наиболее точно доказать присутствие контакта и оценить его энергию можно с помощью теории Р. Бейдера «Атомы в молекулах».
1.2.1 ПОВЕРХНОСТИ ХИРШФЕЛЬДА
Поверхность Хиршфельда - это способ разбиения кристаллического пространства на области, занимаемые молекулами, на основании функции распределения электронной плотности с(r) [10], получаемой из парциальных вкладов электронной плотности сmol(r) отдельных молекул. Поверхность Хиршфельда ограничивает область кристаллического пространства, внутри которой вклад в общую электронную плотность с(r) кристалла от сферически-симметричных атомов данной молекулы, превышает вклад от атомов других молекул. Поверхности Хиршфельда были названы в честь Флорида Хиршфельда, который первоначально предложил эту схему для локализации атомных доменов (областей кристаллического пространства, отвечающих положениям атомов) в молекуле [11] и расширенную позже на кристалл. В большинстве случаев поверхности Хиршфельда используют для определения некоторых интегральных параметров (например, заряда и объема), соответствующим различным молекулярным фрагментам.
Предложенная Хиршфельдом весовая функция для каждого атома в молекуле,
wa(r) = сata(r)/Усati(r) (5)
где индивидуальные сati(r) - это сферически усредненные электронные плотности различных атомов, позволяет определить электронную плотность некоторого атомного фрагмента как
сata(r) = wa(r)сmol(r). (6)
Из-за того, что плотности электрона в атоме резко достигают максимума вблизи ядер и спадают экспоненциально, весовая функция для атома а, wa(r) в уравнении (5) является непрерывной трехмерной скалярной функцией, ограниченной значениями 1.0 на ядре а, и нулем на расстояниях, далеких от ядра. Поскольку знаменатель в уравнении (5) является суммой сферически-усредненной атомной электронной плотности молекулы, сумма всех атомных весовых функций в любой точке в пространстве обязательно равна единице и, следовательно, сумма атомных фрагментов сata(r) в уравнении (5) зависит только от сmol(r). Это означает, что с математической точки зрения поверхности Хиршфельда атомов полностью заполняют объем молекул, не оставляя пустот. По аналогии с идеей Хиршфельда, весовую функцию можно определить и для молекулы в кристалле. Использование поверхностей Хиршфельда позволяет рассчитать объем молекулы, площадь ее поверхности, а также ряд количественных характеристик, определяющих способ упаковки молекул в кристалле и типы межмолекулярных взаимодействий (Табл. 1).
Первыми функциями, карты которых были нанесены на молекулярные поверхности Хиршфельда, стали величины de, di, dnorm, а также 2D-развертки поверхностей [12]. Рассмотрим в качестве примера молекулу бензола (рис. 1). Для каждой точки поверхности определяется величина dе - расстояние до ближайшего атома окружения. Красные и оранжевые области на карте позволяют локализовать ближайшие молекулы, а синие - места наименьшей электронной плотности (рис. 1). С помощью dnorm из всех кратчайших межмолекулярных расстояний можно выделить те, которые короче суммы Ван-дер-Ваальсовых радиусов соответствующей пары атомов.
Таблица 1. Обзор некоторых количественных характеристик поверхностей Хиршфельда
Функция |
Символ и определение |
Диапазон |
|
Расстояние от точки на поверхности до ближайшего атома вне поверхности |
de |
Красный (короткие расстояния) через зеленый на синий (на большие расстояния) |
|
Расстояние от точки на поверхности до ближайшего атома внутри поверхности |
di |
Красный (короткие расстояния) через зеленый до синего (большие расстояния) |
|
Индекс формы S, мера вогнутости, определяется с точки зрения главных кривых k1 и k2 |
-1.0 (Вогнутая) через 0.0 (минимальная поверхность) в +1,0 (выпуклая) |
||
Индекс формы C, мера кривизны, определяется с точки зрения главных кривых k1 и k2 |
C = |
4.0 (плоская) через 0.0 (сферическая), до +0,4 (вырожденная) |
|
Нормализованные расстояния между контактами, определяется в терминах de, di Ван-дер-Ваальсовых радиусов атомов |
Красный (расстояния короче суммы В-д-В радиусов) через белый до синего (расстояния больше, чем суммы В-д-В радиусов) |
Рисунок 1. Карты de (справа) и dnorm (слева), нанесенные на молекулярную поверхность Хиршфельда бензола [13].
2D-развертки поверхности Хиршфельда представляют собой уникальный способ обработки информации, содержащейся в молекулярной кристаллической структуре в виде полноцветной карты, своего рода «отпечатка» межмолекулярных взаимодействий в кристалле. Эти развертки отражают частоту реализации каждой комбинации de и di для точек на поверхности молекулы, поэтому они показывают не только, какие межмолекулярные взаимодействия присутствуют, но также относительную площадь поверхности, соответствующую каждому виду взаимодействия и частоту встречаемости точек с данной комбинацией de и di [14]. Например, два пика с координатами (de = 0.6 и di = 1.0) и (de = 1.0 и di = 0.6) на 2D развертках являются характеристичными для О-Н...О связанных димеров карбоновых кислот (в качестве примера на рис. 2 представлена развертка поверхности Хиршфельда для молекулы 2-хлор-4-нитробензойной кислоты в полиморфе I [15]).
Рисунок 2. Молекула 2-хлор-4-нитробензойной кислоты (справа) и 2D-развертка ее поверхности Хиршфельда (слева).
Алгоритм построения 2D-развертки следующий. Для каждой точки на поверхности Хиршфельда определяются de и di. Каждая точка участка на 2D-развертке соответствует единственной (de и di) паре, и цвет каждой точки соответствует относительной площади поверхности, которая характеризуется (de и di) парой. Точки на участке без вклада в поверхность остаются неокрашенными, а точки с некоторым вкладом в поверхность окрашены в синий цвет (редкая встречаемость) через зеленый до красного для точек с наибольшей встречаемостью. Шкала частотности единая для всех поверхностей Хиршфельда, поэтому некоторые развертки не имеют красных точек [16].
На рис. 3 представлены парциальные вклады различных типов взаимодействий в образование молекулярной поверхности для двух полимофов 2-хлор-4-нитробензойной кислоты. Полиморф I содержит одну молекулу в ячейке, полиморф II - четыре, но во всех случаях водородные взаимодействия образуют почти 50% площади поверхности. Из них (что неудивительно) O...H контакты являются доминантными. Хотя Cl...H контакты присутствуют в обеих формах, в полиморфе II они занимают примерно в два раза больше площади поверхности, чем в структуре I.
Рисунок 3. Парциальный вклад различных межмолекулярных контактов в площадь поверхности Хиршфельда (в %) для двух полиморфов 2-хлор-4-нитробензойной кислоты.
При этом на долю взаимодействий с участием атомов хлора, которые было бы проблематично обнаружить другими методами, приходится около 10% молекулярной поверхности. Также из рис. 3 видна принципиальная разница в типах межмолекулярных взаимодействий, обнаруженных в двух полиморфах, которая касается C...C контактов (которым соответствуют р...р взаимодействия). Плоско-параллельная укладка молекул в полиморфе II приводит к тому, что почти 10% молекулярной поверхности может быть отнесена к С...С взаимодействиям, тогда как в полиморфе I таким взаимодействиям отвечает всего 0.4 % поверхности.
Поскольку форма молекулярной поверхности зависит от конформации молекулы и природы образующих ее атомов, а набор межмолекулярных взаимодействий - от минимальных изменений в упаковке молекул, молекулярные поверхности Хиршфельда широко используются для изучения явлений полиморфизма [17-19], сокристаллизации [20-21], включения малых молекул в полости макромолекул [22-23], поиска корреляций между прочностью взаимодействий и температурой плавления [24]. Отметим, что наличие общей межмолекулярной поверхности может быть вынужденным (особенно, в случае дальних взаимодействий), а для пары контактирующих молекул не всегда возможно однозначное определение точной пары (или нескольких пар) взаимодействующих атомов. Наиболее строгое доказательство существования межмолекулярного контакта в кристалле возможно в рамках теории «атомы в молекулах», рассмотренной в следующем разделе.
1.2.2 квантовая теория бейдера. АТОМЫ В МОЛЕКУЛАХ
В большинстве случаев исследование молекул в расчетных методах исследования рассматривается как единое целое. Это происходит в связи с тем, что ряд ключевых характеристик для молекулы, таких как заряд, дипольный момент, энергия и т. д., не может быть определен для ее отдельных частей. Поэтому химиков всегда интересовали схемы, которые позволяли бы разложить свойства молекулы на вклады отдельных фрагментов. Достаточно популярными являются методы Вороного-Дирихле и метод поверхностей Хиршфельда, рассмотренный нами выше. Однако стоит отметить, что их существенно превосходит теория Ричарда Бейдера «атомы в молекулах» (Atoms in molecules, AIM [25]), так как у этой теории спектр применений намного шире [26-27].
Данная теория основана на топологическом анализе функции распределения электронной плотности с(r), которая может быть получена как с помощью квантово-химических расчетов, так и экспериментальным путем. Хоть рассчитанная функция с(r) и не является абсолютно точной, было доказано, что этой точности вполне достаточно для оценки функции плотности потенциальной энергии и для определения энергии кристаллической решетки, что, несомненно, является объектом интереса многих ученых, так как это позволяет связать экспериментальные данные с теоретическими расчетами методами теории Бейдера.
Рассмотрим основы теории AIM. Значительным достижением данной теории является распространение квантово-механического принципа стационарного действия Швингера на открытую подсистему. Этот принцип возможен лишь в случае, если выполняется граничное условие, а именно наличие поверхности S(Щ, r), являющейся границей подсистемы, в каждой точке которой поток функции электронной плотности обращается в нуль:
(7)
где n(r) - единичный нормальный вектор к поверхности S в каждой точке, задаваемой радиус-вектором r, Щ - область пространства, отвечающая атому. При этом квантовая подсистема задается в реальном пространстве.
Проинтегрировать любую функцию Ai(r) по объему, ограниченному поверхностью S(Щ, r), то получится ее значение:
(8)
( - элемент объема).
Учитывая, что принцип стационарного действия выполняется для подсистемы и системы в целом, любое среднее значение компонента А в изучаемой многоэлектронной системе, возможно представить в виде суммы вкладов подсистем .
Основываясь на огромном количестве теоретических исследований, доказавших что молекулы и кристаллы можно представлять как совокупности фрагментов, содержащих только по одному ядру, Бейдер пришел к выводу, что открытые подсистемы многоэлектронной системы соответствуют понятию атома в молекуле или кристалле.
Чтобы описать основное состояние многоэлектронной системы, можно воспользоваться одночастичной плотностью, связанной с функцией с(r) основного состояния следующим образом:
L(r) = 2с(r) = 2g(r) + v(r), (9)
где g(r) и v(r) - локальные плотности кинетической и потенциальной энергии соответственно.
Если проанализировать знак лапласиана скалярной функции, можно выявить области ее концентрации (2с(r) < 0) и разряжения (2с(r) > 0). Исходя из выражения (8) можно выделить в молекуле области пространства, в которых стабилизирующий вклад потенциальной энергии является наиболее значимым, что соответствует накоплению электронной плотности.
Электронную энергию he(r) можно определить из следующего уравнения:
he(r) = g(r) + v(r) = - К(r), (10)
где К(r) является иным определением кинетической энергии, на основе матрицы плотности первого порядка с(r, rґ), и может принимать как положительные, так и отрицательные значения.
Так как функция электронной плотности с(r) и ее производные играют значительную роль в формировании и определении молекулярной структуры [25], Бейдер провел топологический анализ этой функции, что привело его к выводу о том, что структура молекул при ядерной конфигурации {R} полностью определяется набором и типом критических (нулевых) точек электронной плотности {rc}, в которых градиент с(r) равен нулю (с(r) = 0). Графическое изображение с(r) для конкретной молекулы дает возможность визуализировать ее атомы и ее молекулярный граф, не прибегая при этом к сложным расчетам. Тип критических точек обусловлен знаками с(r) (матрицы Гессе или просто гессиана A(rc)), вычисленных в этих критических точках:
. (11)
Вычислив собственные значения лi данной матрицы (главные компоненты кривизны с(r) в критических точках), можно определить тип критической точки, который обозначается как (щ, л), где щ - ранг матрицы (число ненулевых собственных значений), а л - сигнатура (алгебраическая сумма знаков собственных значений). Когда действующие на ядра силы равны нулю, критические точки с(r) в молекуле имеют ранг равный трем, если щ < 3, критическая точка является вырожденной и неустойчивой.
Критическая точка отвечает локальному максимуму с(r), если все собственные значения матрицы A(rc) отрицательны, и, соответственно, локальному минимуму при A(rc) > 0. Принято считать, что существует четыре вида критических точек, а именно, критические точки типа (3, -3), отвечающие положениям ядер, (3, +1) - образованию цикла, (3, +3) - образованию полиэдрической структуры и (3, -1) - являющиеся индикатором химической связи, и представляющие наибольший интерес для химиков. Далее будут рассматриваться критические точки (3, -1).
Изучение лi матрицы гессиана дает возможность определения характера взаимодействия атомов. В критической точке (3, -1) л1 и л2 являются мерой сжатия электронной плотности критической точки (3, -1) вдоль связевого пути, а л3, наоборот, является мерой смещения электронной плотности от критической точки (3, -1) в сторону ядер атомов. При цилиндрической симметрии связи в критической точке (3, -1) л1 = л2, но при значительном вкладе р-компоненты это равенство нарушается. Соотношение л1 и л2 дает возможность дать оценку степени отклонения электронной плотности в критической точке от цилиндрической [28]. Для численной оценки вклада р-компоненты связи используется параметр эллиптичности (е):
е = . (12)
Так же, с помощью отношения собственных взаимодействий, а именно л1/л3, можно описать характер взаимодействия атомов. | л1/л3| > 1 (2с(r) < 0) - называется обобществленным взаимодействием. При этом взаимодействии преобладает сжатие электронной плотности вдоль связи, направленное к критической точке, что влечет к обобществлению электронной плотности обоими атомами и характерно для ковалентных связей, а значения |2с(r)| и с(r) в критической точке достаточно высокие. Если же | л1/л3| < 1 (2с(r) > 0), то взаимодействие называется взаимодействием закрытых оболочек. В этом взаимодействии, наоборот, преобладает разряжение электронной плотности в области критической точки в сторону, где электронная плотность больше сконцентрирована в бассейнах атомов. Данное взаимодействие характерно для ионных, сильнополярных ковалентных и водородных связей, а также ван-дер-ваальсовых и специфических межмолекулярных взаимодействий. Значения |2с(r)| и с(r) в критической точке намного меньше, чем для ковалентных связей.
Отрицательное значение 2с(r) всегда говорит о взаимодействии закрытых оболочек. Но для ряда гомополярных связей, ковалентных полярных связей, р-комплексов металлов, координационных связей и прочных водородных связей, несмотря на данный фактор в критической точке, электронная плотность в связевой критической точке достаточно высока. В связи с этим, в качестве численного значения критерия ковалентной связи, используется значение плотности локальной электронной энергии he(r). Как показала практика [29-31], ковалентные связи характеризуются ее отрицательным значением. Обратим внимание, что даже при положительных значениях, согласно Кремеру и Кракке, величины лаплассиана электронной плотности в критической точке, связь будет ковалентной при выполнении условия:
2с(r) < |v(r)|. (13)
На картах поля вектора градиента электронной плотности в плоскости, каждая линия представляет траекторию с(r). Каждая траектория заканчивается произвольным образом на поверхности малого круга вокруг ядра. Набор этих траекторий определяет бассейн аттрактора, а положение критических точек на таких диаграммах выделяется жирной точкой.
Таким образом, мы видим, что топология электронной плотности определяет структуру молекулы, а векторное поле ее градиента может использоваться для квантового определения подсистем и для картографии элементов молекулярной структуры.
Несомненный практический интерес представляет тот факт, что энергия парных взаимодействий (Eint), относящихся к взаимодействиям закрытых оболочек или промежуточного типа, может быть проведена оценка по формуле Эспинозы - Молинса - Лекомта [32] как:
EAIM ? -1/2 Ve(r), ккал/моль. (14)
Данное выражение применимо только для водородных связей.
1.3 ОБЪЕКТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
В качестве объектов исследования в данной работе выступают различные 1,5-диарилзамещенные пент-1-ен-4-ин-3-оны. Рассмотрим подробнее свойства этих веществ и особенностях их строения.
1.3.1 ВИНИЛАЦЕТИЛЕНОВЫЕ КЕТОНЫ
Полиненасыщенные карбонильные соединения представляют большой интерес для химиков, так как они участвуют в реакциях получения многих биологически активных соединений, а также обладают биологической активностью различного действия. В данной работе наш интерес направлен на изучение винилацетиленовых кетонов. В молекулах данного типа соединений возможны три вида взаимного расположения функциональных групп ениноновой пентады (А, В, С, схема 2) [33].
Соединения типа А и В имеют сопряженную систему связей, со смещением электронной плотности к карбонильной группе, характерной для непредельных кетонов:
Схема 3
Хотя, естественно, в связи с различными электронными эффектами этиленовой и ацетиленовой связи, реакционная способность соединений А и В будет разной [34].
Соединение С в значительной степени отличается о соединений А и В. Именно группу соединений данного строения мы и будем рассматривать в этой работе.
В связи с тем, что кетогруппа находится непосредственно между ацетиленовой и этиленовой связями, может возникнуть конкуренция сопряжения данных связей с карбонильной группой, что, несомненно, найдет отражение в физико-химических свойствах соединений. В таких кетонах, в зависимости от типа заместителя при кратной связи, возможно участие в реакциях различных структурных фрагментов молекулы [35]:
Схема 4
Наличие в структуре винилацетиленовых кетонов трех реакционоспособных непредельных фрагментов, приводит к широкому спектру разнообразных химических свойств этих соединений. Еноновая система является наиболее активной частью молекулы. Направление превращений обуславливается в том числе и распределением электронной плотности в молекуле.
1.3.2 синтез винилацетиленовых кетонов
Высоконенасыщенные кетоны можно получить множеством способов, рассмогтрим некоторые из них.
Для соединений типа (А) самым доступным методом синтеза является кротоновая конденсация ацетиленовых альдегидов с метилкетонами в кислой или щелочной среде [36]:
Схема 5
При синтезе соединений типа (В) чаще всего применяется мягкое окисление полученных из винилацетилена или 1-R-1-бутен-3-ина альдегидов [35] :
Схема 6
Винилацетиленовые кетоны типа (С), представляющие наибольший интерес в данной работе, можно получить по методике, описанной в статье [37], где авторы предлагают синтезировать 1,5-дифенилпент-1-ен-4-ин-3-он в реакции фенилацетилена, триэтиламина и хлорангидрида коричной кислоты в бензоле, при добавлении к суспензии Cu2Cl2 в бензоле при перемешивании при 60 °С:
Схема 7
1.3.3 ХИМИЧЕСКИЕ СВОЙСТВА ВИНИЛАЦЕТИЛЕНОВЫХ КЕТОНОВ
Соединения группы (С) могут реагировать с диалкиламинами и анилином, образуя аминодиеновые кетоны. Реакция всегда проходит по в-углеродному атому ацетиленовой связи с образованием транс-аминодиенов. Кетоны типа (А) ведут себя аналогичным образом, хотя, в зависимости от природы реагентов присоединение может проходить как по тройной, так и по двойной связи (см. ссылки в статье [37]).
На кафедре химии в Тольяттинском государственном университете были проведены многочисленные исследования в области изучения винилацетиленовых кетонов. Ими было обнаружено, что при кипячении кетонов с аминами в полярных растворителях (MeOH, EtOH, t-BuOH, MeCN), во всех рассмотренных случаях реакция проходит по тройной связи, с выходом диенона до 93% [38]:
Схема 8
Также из винилацетиленовых кетонов можно получить гетероциклические соединения, такие как фураны, азолы. В этом случае в реакции участвует еноновый фрагмент. Например, в реакции 1,5-дифенил-пент-1-ен-4-ин-3-она с фенилгидразином продуктом реакции является 1,5-дифенил-3-фенилэтинилпиразол [37]:
Схема 9
Проведя тем же способом реакцию 1,5-дифенил-1-пентен-4-ин-3-она с 2,4-динитрофенилгидразином, авторы не смогли получить пиразол. Реакция остановилась на этапе формирования гидразона в виде смеси Е и Z изомеров в соотношении ~ 3 : 1[37]:
Схема 10
Взаимодействием транс-1-фенил-2-нонен-4-ин-1-она с трибутилфосфином и бензальдегидом в CH2Cl2 [39] удалось получить 1,2-(1-бутил-2-фенилэтенил)-5-фенилфуран:
Схема 11
2. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
2.1 МОЛЕКУЛЯРНОЕ СТРОЕНИЕ ИЗУЧЕННОГО РЯДА СОЕДИНЕНИЙ
Молекулярное строение изученных 1,5-диарилпент-1-ен-4-ин-3-онов было изучено с помощью рентгеноструктурного анализа.
Данные рентгеноструктурного анализа 1,5-дифенилпент-1-ен-4-ин-3-она (далее 1), 1-(2-фторфенил)-5-фенилпент-1-ен-4-ин-3-она (далее 2), 1-(3-бромфенил)-5-фенилпент-1-ен-4-ин-3-она (далее 3), 1-(4-N,N-диметиламинофенил)-5-фенилпент-1-ен-4-ин-3-она (далее 4), 1-(фуран-2-ил)-5-фенилпент-1-ен-4-ин-3-она (далее 5), 1-(тиофен-2-ил)-5-фенилпент-1-ен-4-ин-3-она (далее 6), показывают, что в кристаллическом состоянии они имеют Е-конфигурацию связи С=С и транс-конформацию енонового фрагмента. Общий вид изученных нами молекул представлен на рисунке 1 Приложения. Торсионные углы (см. табл. 2) С(3)-С(2)=С(1)-С(6) (-173.5ч-178,8) и О(1)=С(3)-С(2)=С(1) (-176.3ч-176,7) подтверждают транс-конфигурацию еноновых фрагментов исследуемых образцов.
Молекулы имеют плоское строение, что позволяет предположить наличие общей сопряженной р-системы. Однако длины связей в изучаемых соединениях практически совпадают со средними значениями [40], кроме связи С(5)-С(12), которая заметно короче среднего значения одинарной связи (1.50 Е) (см. табл. 3).
Это говорит о том, что, делокализация в данных системах не реализуется или незначительна, в отличие от ранее изученных 1,5-дизамещенных пент-2-ен-4-ин-1-онов, у которых имеется делокализация между кратными связями, находящимися в непосредственной близости друг от друга [5]. Заметное укорочение формально одинарной связи С(5)-С(12), находящейся при тройной связи и фенильном кольце, наблюдается у всех представленных соединений и это вызвано акцепторным влиянием ацетиленовой группы. Ее длина варьируется в диапазоне 1.434ч1.441 Е, в отличие от формально одинарной связи С(1)-С(6), находящейся при двойной связи и ариле, длина которой варьируется в диапазоне 1.441-1.467 Е. В то же время, копланарность между арильными заместителями и винилацетиленовыми фрагментами в молекулах отсутствует. Так, значения углов между фрагментами арильных и фенильных заместителей варьируются в диапазонах значений 0.91-10.19° и 2.86-136.95° для углов Ph-C(5) и Ar-C(1), соответственно. Интересно отметить, что наибольшие отклонения наблюдаются в подобных друг другу и изоструктурных соединениях 5 и 6. Очевидно, что выигрыш в энергии межмолекулярных взаимодействий (рассмотрены в разделе 2.3) позволяет компенсировать проигрыш в энергии при вращении арильного заместителя относительно одинарной связи. При этом основная пентада во всех случаях остается практически плоской, и среднее отклонение атомов от плоскости не превышает 0.03(1) Е.
Таблица 2. Некоторые валентные и торсионные углы в изученных молекулах, °
Угол |
Соединение 1 |
Соединение 2 |
Соединение 3 |
Соединение 4 |
Соединение |
Соединение 6 |
|
О(1)С(3)С(2) |
122.43(10) |
122.6(2) |
121.3(3) |
122.28(12) |
122.0(3) |
122.40(19) |
|
О(1)С(3)С(4) |
119.25(10) |
119.6(2) |
121.3(3) |
119.64(12) |
119.8(3) |
120.66(18) |
|
С(1)С(2)С(3) |
122.92(10) |
123.2(2) |
124.3(3) |
123.19(12) |
122.6(3) |
122.69(19) |
|
С(2)С(3)С(4) |
118.30(9) |
117.8(2) |
117.3(3) |
118.08(12) |
118.1(2) |
116.65(18) |
|
С(2)С(1)С(6) |
126.46(10) |
126.7(2) |
126.1(3) |
127.45(12) |
125.9(3) |
127.36(19) |
|
С(4)С(5)С(12) |
179.05(11) |
178.8(2) |
176.8(3) |
176.83(14) |
178.6(3) |
177.8(2) |
|
С(3)С(4)С(5) |
177.01(11) |
177.0(2) |
177.5(3) |
179.62(15) |
176.7(3) |
175.5(2) |
|
О(1)С(3)С(2)С(1) |
-176.35(11) |
-176.3(2) |
-176.7(3) |
172.57(13) |
178.5(3) |
-176.4(2) |
|
С(3)С(2)С(1)С(6) |
-177.01(9) |
-178.4(2) |
-178.8(3) |
-177.77(12) |
-174.4(3) |
-173.5(2) |
|
Ar(Het)-ВАК |
4.24(3) |
0.91(7) |
2.29(9) |
10.04(4) |
8.38(11) |
10.19(7) |
|
Ph-ВАК |
6.21(3) |
5.14(8) |
2.86(8) |
11.86(4) |
138.13(9) |
136.95(7) |
Таблица 3. Некоторые геометрические параметры (Е, °) изученных молекул.
Связь |
Соединение 1 |
Соединение 2 |
Соединение 3 |
Соединение 4 |
Соединение 5 |
Соединение 6 |
|
С(1)-С(6) |
1.4655(15) |
1.466(3) |
1.467(4) |
1.4449(18) |
1.421(4) |
1.441(3) |
|
С(1)-С(2) |
1.3360(14) |
1.329(3) |
1.337(4) |
1.3489(18) |
1.351(4) |
1.346(3) |
|
С(2)-С(3) |
1.4649(15) |
1.466(3) |
1.469(4) |
1.4477(18 |
1.459(4) |
1.466(3) |
|
С(3)-С(4) |
1.4573(15) |
1.459(3) |
1.451(4) |
1.4612(19) |
1.450(4) |
1.463(3) |
|
С(4)-С(5) |
1.1979(15) |
1.198(3) |
1.198(4) |
1.2018(19) |
1.207(4) |
1.206(3) |
|
С(5)-С(12) |
1.4344(15) |
1.441(3) |
1.436(4) |
1.4358(19) |
1.429(4) |
1.441(3) |
|
С(3)-O(1) |
1.2287(12) |
1.220(3) |
1.228(4) |
1.2343(17) |
1.220(3) |
1.224(3) |
|
Д |
0.017 |
0.02 |
0.015 |
0.032 |
0.019 |
0.026 |
Д - Среднее отклонение атомов от плоскости винилацетиленового кетона.
2.2 ЭЛЕКТРОННОЕ И КРИСТАЛЛИЧЕСКОЕ СТРОЕНИЕ ИЗУЧЕННОГО РЯДА СОЕДИНЕНИЙ
Для того, чтобы исследовать электронное строение изучаемого ряда соединений, с помощью мультипольного уточнения по теоретическим структурным факторам были получены значения функции электронной плотности для всех изученных соединений.
Топологический анализ функции распределения электронной плотности в кристаллах соединений 1-6 подтвердил наличие всех ожидаемых связевых критических точек и точек циклов. В качестве примера на рисунке 4 приведен молекулярный граф соединения 3. Связевые точки (3, -1) (обозначены красным) расположены строго между атомами и сдвинуты в сторону менее электроотрицательного атома (см. Приложение 2). Критические точки цикла (зеленые) наблюдаются в середине арильного и гетероциклического колец. Кроме того в структурах 1, 3 и 4 наблюдаются дополнительные критические точки (3, -1), отвечающие образованию внутримолекулярных Н...Н связей.
Рисунок 4. Молекулярный граф соединения 3. Красные точки и зеленые кубы обозначают соответственно критические точки (3; -1) и (3; +1).
Значения he(r) > 0 и ?2?(r) > 0 свидетельствуют о том, что Н…Н связи относится к взаимодействиям закрытых оболочек, что позволяет оценить энергию данных взаимодействий по формуле (14). Полученные энергии (1.9 - 2.3 ккал/моль) характерны для слабых Н...Н взаимодействий. Подобные внутримолекулярные контакты ранее наблюдали в дифениле, фенантрене, циклобутадиене и некоторых других углеводородах [41].
Все остальные внутримолекулярные связи, за исключением С-Br, относятся к ковалентным связям, а связь С-Br является взаимодействием промежуточного типа. Наибольшее накопление электронной плотности наблюдается, как и следовало ожидать, в области кратных связей. Это и отражает их большую прочность, в сравнении с одинарными связями. Существенно ненулевые значения эллиптичности для связей в арильных и гетероциклических заместителях, карбонильной и двойной С=С связей отражают накопление электронной плотности в направлении, перпендикулярном направлению связи. При этом для тройной связи эллиптичность е почти равна нулю, несмотря на то, что электронная плотность в ее критической точке выше, чем для двойной связи. Это не удивительно, поскольку в этом случае накопление выражено в обоих перпендикулярных направлениях (см. так же изоповерхности деформационных электронных плотностей в Приложении 3). Для связи С-Br значение е почти в два раза выше, чем для связи С-F, что говорит о присутствии р-донорного эффекта атома брома. Аналогичные эффекты перераспределения электронной плотности наблюдаются в арил-еноновом фрагменте. Для sp-гибридизованых атомов наоборот, все связи имеют сферическое сечение, что на практике отражается в уменьшении препятствий к вращению фенильного кольца относительно одинарной связи находящейся при тройной связи. Действительно, для широкого ряда квази-планарных соединений вращение арильного заместителя относительно тройной связи более выражено, чем для заместителя при двойной связи [42]. Подобная картина наблюдалась в случае изомерных для изучаемых нами кетонов 1,5-диарилпент-2-ен-4-ин-1-онов [4-5]. В то же время, за исключением гетероциклических соединений 5 и 6, молекулы рассмотренного нами ряда почти планарные (хотя и для остальных соединений углы между плоскостями фенила и основной пентады превышают таковые между плоскостями арила и основной пентады, Табл. 3).
Это можно видеть также на картах деформационной электронной плотности (ДЭП) представленных на рисунках 5 и 6.
Под деформационной плотностью понимается разность
дс(r) = с(r) - Усi(r - ri), (15)
где с(r) - распределение электронной плотности в кристалле,
Усi(r - ri) - сумма сферически симметричных плотностей свободных (невзаимодействующих) атомов структуры.
Во всех случаях основное сечение было проведено через атомы С(1)-С(5)-О(1), при этом для молекул 1-4 плоскости арильных заместителей также попадают на карту, в отличие от соединений 5 и 6. Поэтому для последних двух карты ДЭП были построены так же в плоскости атома гетероцикла.
Рисунок 5. Сечения ДЭП в плоскости пент-1-ен-4-ин-3-онов 1-4. Изолинии проведены с шагом 0.1 еЕ-3, отрицательные значения показаны пунктиром.
Рисунок 6. Сечения ДЭП в плоскости гетероциклов (слева) и пент-1-ен-4-ин-3-оновых фрагментов (справа) 5-6. Изолинии проведены с шагом 0.1 еЕ-3, отрицательные значения показаны пунктиром.
Анализ карт деформационной плотности показывает, что характер распределения электронов в области фрагмента основной пентады молекул 1,5-диарилзамещенных пент-1-ен-4-ин-3-онов характеризуется обычными для ковалентных связей особенностями. На всех связях наблюдается накопление электронной плотности, которое наиболее выражено на кратной связи С(4)?С(5), а возле атома кислорода О(1) локализованы две неподеленные электронные пары (НЭП) (рис. 5, 6), которые находится в той же плоскости, что и весь фрагмент. Так же НЭП на атоме кислорода видно в плоскости сечения фуранового фрагмента в соединении 5 (рис. 6). В тоже время, в отличие от атома кислорода О(2), на атоме серы в тиофенильном кольце в структуре 6 явное накопление электронной плотности отсутствует (рис. 6). В случае соединения 3 накопление электронной плотности на атоме брома также слабо выражено (рис. 5). В связи с этим, для того чтобы изучить особенности распределения электронной плотности в области атомов галогена и в гетероциклах, для этих соединений были построены трехмерные изоповерхности ДЭП (Приложение 3).
...Подобные документы
Рентгеновский структурный анализ. Основные экспериментальные методы рентгеноструктурного анализа: метод Лауэ, порошка, вращения кристалла, малоуглового рассеяния, Дебая-Шеррера. Определение атомной структуры по данным дифракции рентгеновских лучей.
курсовая работа [1,2 M], добавлен 28.12.2015Общая последовательность расчёта электронного строения молекулы по методу МО ЛКАО. Простой метод Хюккеля. Примеры молекулярных структур для метода МОХ. Аллил в методе МОХ. Общие свойства электронного распределения в системе хюккелевского углеводорода.
реферат [441,8 K], добавлен 01.02.2009Парные потенциалы взаимодействия между молекулами в вакууме. Разделение межмолекулярных взаимодействий по типам. Электростатические, индукционные, дисперсионные взаимодействия. Вода как диэлектрик. Теоретические модели и параметры. Теория Дебая-Хюккеля.
контрольная работа [829,0 K], добавлен 06.09.2009Атом как мельчайшая частица элемента, характеристика его структуры. Сущность и главные этапы развития науки о строении атома. Квантовая теория света. Основные положения современной концепции строения атома. Волновое уравнение Шредингера. Квантовые числа.
презентация [744,7 K], добавлен 22.04.2013Грань между органическими и неорганическими веществами. Синтезы веществ, ранее вырабатывавшихся только живыми организмами. Изучение химии органических веществ. Идеи атомистики. Сущность теории химического строения. Учение об электронном строении атомов.
реферат [836,2 K], добавлен 27.09.2008Общие сведения о гетерополисоединениях. Экспериментальный синтез капролактамовых гетерополисоединений, условия их получения. Изучение структурных особенностей соединений методами рентгеноструктурного анализа, масс-спектрометрии, ИК- и ЯМР-спектроскопии.
дипломная работа [501,6 K], добавлен 05.07.2017Дибензальацетон - бесцветное или светло-желтое кристаллическое вещество в виде пластинок. Его свойства, температура плавления, растворимость. Применение дибензальацетона. Методика синтеза. Получение альдегидов и кетонов, реакции с аминосоединениями.
курсовая работа [733,1 K], добавлен 08.01.2009Кристаллическая структура гидроксилапатита. Структура элементарной ячейки В-ТКФ. Основные методы синтеза фосфатов кальция. Проведение рентгеноструктурного анализа. Синтез (получение) гидроксилапатита на основе реакции осаждения из водных растворов.
контрольная работа [3,3 M], добавлен 12.09.2012Способы получения и свойства альдегидов и кетонов. Окисление, дегидрирование спиртов. Гидроформилирование алкенов. Синтез альдегидов и кетонов через реактивы Гриньяра. Присоединение воды и спиртов. Кислотный катализ. Присоединение синильной кислоты.
реферат [158,8 K], добавлен 21.02.2009Строение и схема получения малонового эфира. Синтез ацетоуксусного эфира из уксусной кислоты, его использование для образования различных кетонов. Таутомерные формы и производные барбитуровой кислоты. Восстановление a,b-Непредельных альдегидов и кетонов.
лекция [270,8 K], добавлен 03.02.2009Принципы и синтетические возможности метода молекулярного наслаивания. Синтез монослоя, химически связанного с поверхностью силикагеля и оксидного слоя заданной толщины. Геометрические соотношения на поверхности при синтезе хромоксидного слоя.
дипломная работа [24,1 K], добавлен 06.02.2009История открытия дифракции рентгеновских лучей на кристаллах. Экспериментальные методы рентгеноструктурного анализа, их характеристика. Расшифровка дифрактограмм и обработка результатов анализа. Определение атомной структуры по данным дифракции.
курсовая работа [811,3 K], добавлен 30.10.2014Рассмотрение трех основных методов получения 4,4'-дизамещенных бифенилов. Синтезирование 4-бром-4'-гидроксибифенила с общим выходом по трем стадиям. Исследование методики ускоренного выделения свободного 4-бром-4'-аминобифенила из его гидрохлорида.
курсовая работа [440,7 K], добавлен 29.01.2011Сущность и характеристика методов синтеза, способов химического, спектрального и термогравиметрического анализов состава и строения комплексных соединений металлического рения (IV) с аминокислотами, этапы их термического разложения и особенности свойств.
статья [29,6 K], добавлен 26.11.2010Фазовые равновесия, режимы синтеза и свойства стронция, барийсодержащих твёрдых растворов состава (Sr1-xBax) 4М2O9 (М-Nb, Ta) со структурой перовскита. Характеристика исходных веществ и их подготовка. Методы расчета электронной структуры твёрдых тел.
курсовая работа [3,7 M], добавлен 26.04.2011Общая характеристика бензальацетона: его свойства, применение и методика синтеза. Способы получения альдегидов и кетонов. Химические свойства бензальацетона на примере различных реакций образования соединений, конденсации, восстановления и окисления.
курсовая работа [723,0 K], добавлен 09.11.2008Механизмы процессов плавления и новой рекристаллизации кристаллических полимеров. Природа явлений, происходящих при нагревании в области плавления полимера. Подробное рассмотрение температурного режима плавления как этапов рекристаллизации полимеров.
статья [484,3 K], добавлен 22.02.2010Твердофазный синтез в стекле. Осаждение из растворов. Гидротермальный метод. Метод MOVPE. Синтез нанокристаллических PbS в растворе поливинилового спирта. Синтез нанокристаллов в стеклянной матрице. Оптические измерения.
контрольная работа [261,0 K], добавлен 08.12.2003Реакции альдегидов и кетонов. Нуклеофильное присоединение и углеродных нуклеофилов. Присоединение реактивов Гриньяра. Присоединение литийорганических соединений. Присоединение ацетиленидов металлов. Циангидринный синтез. Реакция Реформатского.
реферат [162,0 K], добавлен 01.02.2009Основные операции при работе в лаборатории органической химии. Важнейшие физические константы. Методы установления строения органических соединений. Основы строения, свойства и идентификация органических соединений. Синтезы органических соединений.
методичка [2,1 M], добавлен 24.06.2015