Молекулярно-генетические аспекты эпидемиологии внутрибольничных инфекций, вызванных представителями вида Staphylococcus Aureus, устойчивыми к метициллину/оксациллину

Таблица 8

Молекуляро-генетические характеристики идентифицированных эпидемических штаммов MRSA

Примечание: набор тестируемых включал гены sea, seb, sec, tst.

Эпидемический штамм REMRSA-2 (spa t-008) доминировал в стационарах Москвы, а также был идентифицирован среди изолятов MRSA, выделенных в стационарах Санкт-Петербурга и Оренбурга. Первые изоляты, с генетическими характеристиками, характерными для этого штамма, представленными в таблице 8, выявили среди изолятов MRSA, выделенных в нескольких московских стационарах в 1998 г. Это свидетельствовало об эпидемическом распространении REMRSA-2 к этому времени на региональном уровне. Мы идентифицировали два варианта этого штамма, различавшихся содержанием генов энтеротоксинов. Штамм REMRSA-4, идентифицированный среди изолятов MRSA, выделенных от пациентов (материалом для исследования служили экссудат брюшной полости и мокрота), персонала (со слизистой передних отделов носа) и из воздуха палаты отделения реанимации одной из московских больниц, по-видимому, сформировался в этом стационаре. Выявленная в структуре гена spa обширная делеция нескольких нуклеотидных повторов позволяет допустить, что предшественником этого штамма был циркулирующий в этом же стационаре штамм REMRSA-2. Штамм REMRSA-4, так же как и REMRSA-2, содержит композитный элемент SCCmeс и несет ген sea. Дополнительным доказательством появления REMRSA-4 в этом стационаре служит отсутствие в базе данных spa сервера данных об изолятах с таким же профилем spa повторов.

Выделенные в родильном доме г. Омска изоляты принадлежали к эпидемическому штамму, обозначенному нами как REMRSA-5. Молекулярно-генетические особенности строения вариабельной области гена spa, наличие кассеты mec аллотипа IVb и гена seb, помимо sea, дали основание заключить, что этот штамм не является предшественником штаммов REMRSA-2 и REMRSA-4.

Использование мультилокусного анализа генома MRSA в системе эпидемиологического надзора

Эпидемический процесс стафилококковой инфекции проявляется в виде спорадической и вспышечной заболеваемости. Основным резервуаром и источником инфекции в госпитальной среде являются как инфицированные, так и колонизованные пациенты. Эпидемический очаг включает не только пациентов с манифестными формами инфекции, но и носителей, в том числе медицинских работников. Показано, что колонизация пациента MRSA в 30-60% случаев приводит к развитию инфекции (Kluytmans J., van Belcum A., Verbruch H., 1997). В этих условиях вполне оправданными являются рекомендации считать вспышкой возникновение двух и более эпидемически связанных случаев заболеваний, вызванных MRSA (Kerr S., Kerr G.E., Makintosh C.A, and Marples R.R., 1990; O'Neil G.L. et al., 2001).

Система управления эпидемическим процессом инфекционной или паразитарной болезни включает две организационные подсистемы: эпидемиологический надзор и эпидемиологический контроль. В отличие от эпидемиологического контроля, который представляет систему профилактических и противоэпидемических мероприятий, эпидемиологический надзор (ЭН) является сугубо информационной системой, целью которой является получение объективной эпидемиологической информации для обеспечения рационального планирования, осуществления и корректировки мероприятий по профилактике и борьбе с инфекционными болезнями. В настоящее время предложены несколько структурных моделей эпиднадзора за ВБИ (Методические указания по эпидемиологическому надзору за внутрибольничными инфекциями, 1987; Черкасский Б.Л., 1988; 2001; Акимкин В.Г., 2003), каждая из которых, как необходимое звено, предусматривает получение информации, характеризующей возбудитель ВБИ, и, прежде всего, данные об его лекарственной чувствительности. Вместе с тем, только одна из предложенных концепций ЭН (Черкасский Б.Л., 1988) предполагает проведение молекулярно-генетического мониторинга для оценки возможной внутривидовой гетерогенности популяции госпитальных микроорганизмов. Однако ни одна из существующих моделей эпиднадзора не предусматривает молекулярно-генетический мониторинг MRSА, целью которого является выявление эпидемических штаммов патогена, обладающего множественной лекарственной устойчивостью, путей и механизмов их распространения в стационаре.

Использование разработанного мультилокусного анализа генома MRSA позволило решить ряд задач, как теоретического характера (идентифицировать эпидемические штаммы MRSA и выявить их возможные механизмы появления в стационарах РФ); так имеющих практическую значимость (провести ретроспективный эпидемиологический анализ случаев заболеваний, вызванных MRSA, в стационарах различного профиля).

Филогенетические связи идентифицированных в РФ и эпидемических штаммов MRSA, выделенных в других странах мира

Одной из основных задач настоящего исследования являлось определение возможных генетических связей идентифицированных эпидемических штаммов с международными штаммами и клонами и определение их места в процессе глобального распространения MRSA. С этой целью полученные результаты молекулярно-генетического типирования эпидемических штаммов EMRSA-1,-2,-3,-12 и клинических изолятов MRSA, выделенных в стационарах РФ, сопоставили с данными, представленными на web-сайтах, и с опубликованными результатами исследования эпидемических штаммов MRSA, выделенных в стационарах как европейских, так и некоторых других cтран мира.

Согласно данным spa сервера, база данных которого к настоящему времени содержит около 2500 типов гена spa, доля изолятов MRSA, несущих ген spa типа t-008, составляет более 5%, и они занимают третье место по частоте распространения в стационарах европейских стран. Несколько меньше частота выделения изолятов со spa типом t-037. Она чуть превышает 2%. Еще реже обнаруживаются изоляты, характеризующиеся spa типами t-030 и t-622, т.е. как и в РФ, циркуляция этих штаммов MRSA ограничивается только отдельными стационарами (рис. 6).

Рис. 6. Наиболее часто выявляемые типы гена spa у клинических изолятов MRSA

Сопоставление результатов изучения структурного полиморфизма двух генов хромосомного «ядра», детерминирующих факторы патогенности, позволило нам выявить генетическое родство российских штаммов MRSA с международными эпидемическими штаммами и клонами, входящими в группу клонального комплекса CC8, сформированную согласно результатам секвенирования 7-ми генов домашнего хозяйства у тестируемых штаммов, и построить молекулярно-генетическую модель происхождения REMRSA-1,-2,-3,-4,-5, представленную на рис. 7.

Согласно предложенной модели идентифицированные эпидемические штаммы можно разделить на две группы. Первую группу составили штаммы REMRSA-1 и REMRSA-3. Эпидемический штамм REMRSA-1 (spa тип t-037), как показали проведенные исследования, имеет генетическое родство с эпидемическими штаммами EMRSA-1,-4,-7,-9,-11 (Enright M. C. et al., 2002), впервые идентифицированными английскими исследователями, а также с Бразильским и Венгерским эпидемическими клонами, охарактеризованными группой американских исследователей (Oliveira D. et al., 1998). Эти штаммы и клоны представляют самостоятельную генетическую линию внутри CC8. Так же, как и названные международные эпидемические штаммы и клоны, REMRSA-1 содержит SCCmec аллотипа Ш, но отличается от эпидемических штаммов, выделенных в Великобритании, отсутствием гена sea. Как эпидемическая, эта генетическая линия, включающая многочисленные эпидемические штаммы и клоны MRSA, впервые появилась в Австралии в конце 70-х годов, а затем распространилась в Великобританию, где и получила название EMRSA-1 (Coombs G.W. et al., 2004). В настоящее время эта генетическая линия MRSA доминирует в стационарах стран Юго-Восточной Азии и Саудовской Аравии, присутствует в стационарах Южной Америки (Oliveira D.C., Tomasz A, and de Lencastre H., 2002; Alakere G. et al., 2005; Deurenberg R.H., 2005; Ko K.S. et al., 2005; Hsu Li-Y. et al., 2005). Вследствие широкого распространения ее считают пандемической (Chongtrakool P. et al., 2006). Штамм spa типа t-030 является ее потомком, т.к. содержит кассету SCCmec типа III и ген sea. Для идентификации этой группы эпидемических штаммов весьма ценным оказалось сочетание coa и spa типирования, которое позволило выявить их отличие от штаммов группы CC30.

Другую группу составили штаммы REMRSA-2,-4,-5 (см. рис. 7). Штамм REMRSA-2, в отличие от международных эпидемических штаммов, характеризующихся таким же типом гена spa, содержащих SCCmec либо аллотипа I, либо аллотипа IV, несет новый композитный элемент SCCmec и, по-видимому, сформировалcя именно в одном из стационаров России в середине 90-х годов. Безусловно, сходный в большинстве стран мира социально-экологический характер условий, создаваемых в лечебно-профилактических учреждениях, и, прежде всего, широкое повсеместное использование в-лактамных антибиотиков, определяют и общность механизмов воздействия на возбудитель и однотипность направленности их изменения. Тем не менее, ряд выявленных нами молекулярно-биологических характеристик этого штамма и, в частности, особенности строения элемента SCC-CI служат в качестве доказательств его появления именно в стационарах РФ. Этот элемент несет молекулярные маркеры, характерные для кассет двух типов: I и IVb. Генетическая область JIb композитного элемента, так же как и данная область у дефектного элемента IVb, не несущего генов комплекса mec и обнаруженного нами у некоторых изолятов spa t-037, по своим размерам превышает таковую в охарактеризованном ранее генетическом элементе SCCmec IVb на 200 н.п. Эта область является своеобразным маркером данного генетического элемента, который не описан другими исследователями. Поскольку гены рекомбиназ у кассеты SCC типа I функционально малоактивны (Ito T. et al., 2001), то можно предположить, что в штамм, содержащий кассету типа I, дополнительно интегрировала кассета IVbd, что и привело к образованию нового генетического элемента, который стабильно наследуется микробными клетками. Штамм REMRSA-4 является прямым потомком этого штамма, т.к. несет тот же самый композитный генетический элемент SCCmec-CI, ген sea и дополнительно ген sec.

Полученные данные позволили сформулировать гипотезу, согласно которой основным механизмом появления эпидемических штаммов MRSA в стационарах России явился их занос из стационаров европейских стран. Вероятно имелось несколько эпизодов таких заносов, приведших к появлению эпидемических штаммов spa типов t-037, t-030 и t-008. Занос двух последних штаммов, по-видимому, произошел после 90-го года, когда существенно увеличились миграционные потоки и расширились возможности для деловых и туристических поездок в Западную Европу.

Дальнейшая микроэволюция эпидемических штаммов оказалась различной. Эпидемический штамм spa типа t-037 утратил находящийся в геноме профага ген sea, тогда как штамм t-008 приобрел дополнительную кассету mec, а некоторые его изоляты и ген sec. Формирование штамма, содержащего композитную форму SCCmес и его дальнейшее распространение в стационарах различных регионов РФ, свидетельствует о появлении нового эпидемического штамма в широко диверсифицированном семействе эпидемических штаммов, принадлежащих к СС8. Штамм REMRSA-2 претерпевает быстрые генетические изменения, и его микроэволюция направлена как на приобретение генов антибиотикорезистентности, так и генов патогенности.

Молекулярно-генетический мониторинг MRSA в стационарах

В данном разделе работы продемонстрированы возможности мультилокусного анализа для расследования вспышек ВБИ, вызванных MRSA, в стационарах различных типов.

За период наблюдения, равный одному году, в отделении реанимации детской больницы, рассчитанном на 20 коек, произошли две вспышки заболеваний, одна из которых имела место в мае - июне, а другая - в сентябре - октябре. Динамика вспышек представлена на рис. 8. Интервалы между заболеваниями колебались от 1 до 17 дней. Всего заболели 18 новорожденных, в возрасте от 3 до 20 дней. Среди клинических форм заболеваний преобладали инфекции дыхательных путей: бронхиолит и пневмония. Кроме того, были зарегистрированы менингит и несколько случаев пиодермии. Выделенные изоляты MRSA были чувствительными к макролидам, линкомицину, офлоксацину, рифампицину, фузидину, ванкомицину. Некоторые изоляты несли детерминанты устойчивости к хлорамфениколу, гентамицину, доксициклину. Небольшая часть изолятов оказалась резистентной к ципрофлоксацину. Все изоляты типировались фагом 77 Международного набора. Отсутствие корреляции чувствительности к антибиотикам и бактериофагам не позволяло сделать однозначных выводов о числе циркулирующих штаммов, источников возбудителя и определить причину эпидемической ситуации, возникшей в отделении.

Рис. 7. Предполагаемая молекулярно-генетическая модель происхождения REMRSA-1,-2,-3,-4,-5 (схема)

Примечание: тип гена spa представлен согласно номенклатуре В. Kreiswirth

Проведенное молекулярно-генетическое типирование показало, что все изоляты характеризуются идентичным типом гена coa, выявленным по результатам ПЦР-ПДРФ, имеют одинаковое число нуклеотидных повторов в структуре гена spa (тип t-008), содержат композитный элемент SCCmec и несут ген sea. Это позволило заключить, что обе вспышки были вызваны одним эпидемическим штаммом. Преобладание в структуре заболеваний инфекций дыхательных путей свидетельствовало о том, что аспирационный механизм передачи возбудителя являлся ведущим.

Примечание: по оси ординат отмечено число заболевших детей

Рис. 8. Динамика вспышек внутрибольничной инфекции, вызванной MRSA, в отделении реанимации детской больницы

Вероятно, источником инфекции оказался работник отделения - носитель MRSA, поскольку 2-ая вспышка возникла после того, как все новорожденные, инфицированные во время первой вспышки, были выписаны из стационара. Появление изолятов, устойчивых к ципрофлоксацину, который не используется в педиатрической практике, свидетельствует о попытке санации данного носителя с использованием указанного препарата.

В крупном многопрофильном стационаре за период наблюдения (1 год) вспышки заболеваний, вызванных MRSA, наблюдали в отделениях реанимации, хирургии и травматологии.

В хирургическом отделении выявлены две вспышки инфекций, вызванных MRSA. Первая из них имела место в августе - сентябре, когда в течение 20 дней произошли нагноения хирургических ран у 4 пациентов. Вторая вспышка произошла январе - марте следующего года. В течение 40 дней после оперативных вмешательств у одного из пациентов произошло нагноение операционной раны, у трех пациентов развилась бактериемия и у двух - пневмония. Случаи заболеваний имели место в июле (бактериемия) и апреле (нагноение хирургической раны). Общее число инфицированных пациентов составило 12 человек (возраст пациентов колебался от 23 до 65 лет). Возбудитель был выделен из отделяемого хирургических ран, крови и дыхательных путей.

За этот период времени в отделении травматологии также произошли вспышки заболеваний, вызванных MRSA. Всего заболели 14 пациентов (средний возраст составил 43,5 года). Первая вспышка наблюдалась в июне-июле, когда в результате оперативного вмешательства в связи с перенесенной травмой у двух пациентов появились нагноения операционных ран, и у трех пациентов развился синдром системной воспалительной реакции. В конце января у двух пациентов возникла пневмония, вызванная MRSA, а у одного пациента на рентгенограмме были выявлены признаки остеомиелита. Изоляты MRSA были выделены из крови и дыхательных путей пациентов. Единичные случаи бактериемии, вызванной MRSA, имели место в феврале и марте. В первой половине апреля месяца заболевания, вызванные MRSA, возникли у 5 пациентов. Признаки системной воспалительной реакции отмечались у двух пациентов. Остеомиелит был диагностирован у одного пациента. Еще у двух пациентов имели место пневмония и нагноение пролежня соответственно.

В отделении реанимации в ноябре - декабре произошла вспышка, охватившая 5 пациентов. После перенесенного оперативного вмешательства у одного пациента развилась пневмония, у двух пациентов перитонит, и у двух пациентов отмечались признаки системной воспалительной реакции. Возраст пациентов колебался от 37 до 49 лет. Изоляты MRSA были выделены из мокроты, крови и сальниковой сумки пациентов. В течение последующих нескольких месяцев в этом отделении отмечались единичные случаи инфицирования MRSA.

Выделенные изоляты MRSA, помимо в-лактамов, обладали устойчивостью к аминогликозидам, макролидам, линкомицину, хлорамфениколу и были избирательно чувствительными к фторхинолонам, доксициклину и рифампицину. Были идентифицированы как нечувствительные, так и чувствительные к бактериофагам Ш группы изоляты. Все типируемые бактериофагами изоляты проявляли чувствительность к фагу 77, многие из них дополнительно были чувствительными к фагам 75, 84 и 85 в различных сочетаниях.

Молекулярно-генетическое типирование выявило циркуляцию в стационаре только двух эпидемических штаммов spa типа t-008 и spa типа t-n. Было установлено, что вспышка, возникшая в августе - сентябре в хирургическом отделении была вызвана штаммом spa типа t-008, содержащим композитный элемент SCCmec и ген sea. Вспышке предшествовало выделение этого же штамма MRSA со слизистой передних отделов носа двух медицинских работников, обследованных в июне в плановом порядке. Санация медицинских работников не проводилась.

Возникшая в ноябре вспышка в отделении реанимации была вызвана штаммом spa типа t-008 и t-n, содержащим композитный элемент SCCmec, гены sea и sec. Этот же штамм был выделен из воздуха палаты отделения и от носителя из числа медицинских работников.

Во время вспышек заболеваний, вызванных MRSA, имевших место в следующем году, как в отделении хирургии, так и в отделении травматологии, выделялись оба штамма. Выделенные из дыхательных путей пациентов изоляты MRSA принадлежали к spa типу t-n, выделенные из крови и ран изоляты принадлежали к spa типу t-008. Это свидетельствовало о существовании различных источников инфицирования и механизмов передачи возбудителя в стационаре. Учитывая, что изоляты MRSA были выделены из раневого отделяемого и крови пациентов, можно предположить, что артифициальный механизм передачи инфекции являлся основным, и заражение происходило при обработке хирургических ран или непосредственно во время оперативного вмешательства. Аспирационный механизм передачи также имел место, т.к. в течении вспышек MRSA выделялись либо из воздуха, либо из дыхательных путей пациентов и медицинских работников.

Проведенные исследования показали отсутствие сезонности в возникновении вспышек ВБИ, вызванных MRSA, и выявили клональность возбудителя.

Новой тревожной тенденцией, наблюдаемой в последние годы, является появление заболеваний, вызванных MRSA, среди пациентов и во внебольничной среде. Показано, что такие внебольничные или «популяционные» MRSA генетически неоднородны. Представлялось важным провести молекулярно-генетическое типирование изолятов MRSA, выделенных от пациентов в течение первых 48 часов пребывания в стационаре. Обследовали 30 пациентов, поступивших в один из московских стационаров с инфекциями кожи и мягких тканей. MRSA были выделены из биоптата гнойных ран у 12 пациентов. Все выделенные изоляты являлись мультирезистентными, обладали устойчивостью к 5-6 классам антимикробных препаратов, помимо оксациллина. Молекулярно-генетическое типирование выявило, что они имеют следующие характеристики: ген coa - тип 5, ген spa -тип t-008, содержат композитный элемент SCCmec и ген sea. Анализ сопроводительных документов показал, что большинство пациентов страдали хроническими трофическими язвами. Очевидно, выявленный контингент пациентов может являться источником распространения эпидемического штамма, как в стационаре, так и во внебольничной обстановке: в семье, в рабочем коллективе и т.п. Возможность внутрисемейной передачи золотистого стафилококка, в том числе и MRSA, описана в ряде зарубежных исследований.

Разработанный мультилокусный анализ генома MRSA позволил проследить генетические связи идентифицированных в стационарах России эпидемических штаммов MRSA c международными эпидемическими штаммами и клонами, расшифровать механизмы их появления в стационарах РФ, эпидемического распространения и дальнейшей микроэволюции. Он также явился эффективным инструментом для анализа вспышек внутрибольничной инфекции, вызванной MRSA, в стационарах различного профиля и позволил сформулировать основные положения ЭН за ВБИ, вызванными MRSA. Как составная часть эпидемиологического надзора за ВБИ эпидемиологический надзор за заболеваниями, вызванными MRSA в стационаре, должен включать следующие составные элементы:

· выявление, учет и регистрацию всех случаев ВБИ, вызванных MRSA, подтвержденных результатами микробиологических исследований;

· эпидемиологический анализ заболеваемости и смертности от ВБИ, вызванных MRSA;

· контроль состояния здоровья медицинского персонала (носительство эпидемически значимых штаммов, заболеваемость);

· выявление пациентов, колонизованных MRSA (по эпидемическим показаниям);

· определение спектра устойчивости изолятов MRSA к антибиотикам, антисептикам, дезинфектантам и чувствительности к бактериофагам;

· санитарно-бактериологические исследования объектов окружающей среды на наличие MRSA;

· проведение молекулярно-генетического мониторинга, целью которого является получение данных о структуре госпитальных изолятов, выявление среди них эпидемически значимых, а также расшифровка механизмов их циркуляции и распространения в стационаре.

Молекулярно-генетический мониторинг свойств возбудителя должен стать центральным звеном эпидемиологического надзора. Полученные на его основе данные позволяют сделать научно-обоснованное заключение об источниках, путях и факторах передачи возбудителя, условиях способствующих инфицированию MRSA, правильно оценить и спрогнозировать эпидемические ситуации, посредством заблаговременных противоэпидемических мероприятий предотвращать вспышки ВБИ, вызванные эпидемическими штаммами MRSA.

Таким образом, полученные результаты показали, что в стационарах России циркулируют эпидемически значимые штаммы MRSA, способные вызывать разнообразные, в том числе и генерализованные, формы внутрибольничной гнойно-септической инфекции.

Основной теоретический вывод, который можно сделать на основании представленных в работе данных, это доказательство того, что появление таких штаммов в стационарах РФ является частью глобального распространения MRSA. Выявленные молекулярно-генетические особенности идентифицированных эпидемических штаммов свидетельствуют о дальнейшей дивергенции эпидемических штаммов, циркулирующих на отдельных территориях. Появление среди госпитальных эпидемического штамма, несущего вариант кассеты SCCmec типа IV, способной подвергаться многочисленным генетическим перестройкам и распространяться между штаммами, принадлежащими различным генетическим «бэкграундам», позволяет предположить, что в дальнейшем может происходить формирование новых эпидемических штаммов MRSA в стационарах России. Достаточно высокая частота выделения MRSA в лечебно-профилактических учреждениях РФ, которая в ряде стационаров достигла 70% и более, очевидно, будет способствовать «выносу» госпитальных штаммов в популяцию. Сходство некоторых молекулярно-генетических характеристик REMRSA-1 и REMRSA-2 c таковыми у Aus-2(3) и USA300 - эпидемическими штаммам MRSA, вызывающими заболевания у пациентов вне стационаров в других странах мира, свидетельствует о потенциальной способности выявленных в стационарах РФ эпидемических штаммов MRSA циркулировать и во внебольничной среде.

Включение в мультилокусный анализ секвенирования гена spa, выполнение которого доступно научно-исследовательским центрам нашей страны, позволяет проследить филогенетические связи идентифицированных эпидемических штаммов MRSA и формировать национальную базу таких штаммов. Создание такой базы данных предоставит новые возможности для обмена информацией о циркулирующих эпидемических штаммах с использованием Интернет технологий, позволит фиксировать появление новых эпидемических штаммов и предупреждать их распространение. Оптимизация эпидемиологического надзора за ВБИ на основе компьютерной техники становится в настоящее время важнейшим научно-организационным принципом, обеспечивающим принятие оперативных организационных решений с учетом сложившейся эпидемиологической обстановки.

Исследование структурного полиморфизма гена coa методом ПЦР-ПДРФ в сочетании с SCCmec типированием и изучением профиля генов патогенности, расположенных на мобильных генетических элементах, позволяет использовать мультилокусный анализ в клинических лабораториях и осуществлять молекулярно-генетический мониторинг в стационаре.

ВЫВОДЫ

1. Эпидемический процесс стафилококковой инфекции в стационарах обусловлен фенотипически и генотипически гетерогенной популяцией возбудителя. Выявлены достоверные различия в частоте встречаемости детерминант антибиотикоустойчивости и фагочувствительности у метициллинрезистентных и метициллинчувствительных S. aureus, которые указывают на существование различий в темпах и/или механизмах их генетической изменчивости в организме больных в условиях стационара. Установлено, что только некоторые генотипические варианты возбудителя способны формировать множественную резистентность к антибиотикам.

2. Разработан мультилокусный анализ генома метициллинрезистентных Staphylococcus aureus (MRSA), включающий изучение молекулярных маркеров двух типов: генов, в составе хромосомного «ядра», имеющих в своей структуре вариабельные нуклеотидные последовательности, и генов, являющихся структурными компонентами геномных островов различных типов: mec кассет, «островов патогенности» и профагов.

3. С использованием мультилокусного анализа выявлена клональность госпитальных изолятов MRSA, идентифицированы эпидемически значимые штаммы, циркулирующие как в стационарах нескольких регионов страны, так и в отдельных стационарах.

4. Установлено, что геномы эпидемических штаммов MRSA различаются: специфичностью нуклеотидных последовательностей генов хромосомного «ядра», детерминирующих синтез факторов патогенности (коагулазу и/или протеин А); содержат разные аллотипы стафилококковых хромосомных кассет (SCC) и различный набор генов, кодирующих энтеротоксины А, В и С, продукты которых обладают суперантигенной активностью.

5. Доказана генетическая общность идентифицированных эпидемических штаммов с эпидемическими штаммами MRSA, один из которых циркулирует в стационарах европейских стран (соа тип IV, spa тип t-030, SCCmec тип Ш), а другой имеет межконтинентальное распространение (coa тип IV, spa тип t-037, SCCmec тип Ш).

6. Идентифицирован новый эпидемический штамм MRSA, характеризующийся полиморфизмом структуры гена spa t-008, который, в отличие от других эпидемических штаммов этой группы, циркулирующих в стационарах Европы и США, содержит композитный генетический элемент SCCmec.

7. Сформулирована гипотеза, согласно которой основным механизмом появления эпидемических штаммов MRSA в стационарах РФ является занос из европейских стран. Установлено, что в процессе распространения метициллинрезистентных штаммов на отдельных территориях происходит дальнейшая дивергенция эпидемических штаммов за счет изменения набора генов в составе мобильного генетического пула микробной клетки.

8. Обнаружены новые представители геномных островов золотистого стафилококка семейства стафилококковых хромосомных кассет (SCC). Выявлено одновременное присутствие в геноме MRSA генетических элементов SCC различных аллотипов.

9. Доказано распространение эпидемических метициллинрезистентных/оксациллинрезистентных штаммов S. аureus в крупных многопрофильных и специализированных стационарах Центрального, Северо-Западного и Уральского регионов РФ. В структуре заболеваний, вызванных MRSA, нагноения хирургических и ожоговых ран составили 37,7%, инфекции дыхательных путей, включая пневмонию и трахеобронхит - 30,1%, бактериемии - 19,6%, другие нозологические формы - 12,6%.

Случаи внутрибольничной инфекции, вызванной MRSA, не выявлены в отдельных многопрофильных стационарах Южного, Приволжского и Сибирского регионов РФ согласно результатам скринингового исследования.

10. Установлено, что увеличение частоты выделения антибиотико-резистентных изолятов S.aureus в стационарах, является следствием распространения эпидемичеcких штаммов MRSA. Частота устойчивых к оксациллину изолятов S. aureus в стационарах составила в среднем 27,68% (0,06-80%), мультирезистентными среди них являлись 80%-100% изолятов. Среди метициллинчувствительных изолятов S.aureus мультирезистентных выявлено не было.

11. Выявлен контингент больных, страдающих трофическими язвами, которые могут являться резервуаром и источником госпитальных эпидемических штаммов MRSA как в условиях стационара, так и за его пределами, т.е. в популяции.

12. Создан музей клинических изолятов MRSA, выделенных при различных формах внутрибольничной инфекции, который может служить основой для проведения дальнейших генетических исследований S.aureus. Сформирован банк ДНК эпидемических штаммов MRSA.

13. Основные элементы мультилокусного анализа рекомендованы для включения в блок микробиологического мониторинга MRSA в системе эпиднадзора за внутрибольничными инфекциями и создания национальной базы данных эпидемических штаммов MRSA.

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

1. Зуева В.С., Дмитренко О.А, Нестеренко Л.Н., Беликов Н.Г., Witte W., Акатов А.К. Метициллинорезистентные стафилококки // ЖМЭИ. - 1988. - №4. - С.100-108.

2. Зуева В.С., Дмитренко О.А., Акатов А.К. Экспериментальные фаги для дифференцирования нетипируемых метициллинрезистентных Staphylococcus aureus // ЖМЭИ. - 1988. - №9. - С.19-24.

3. Зуева В.С., Дмитренко О.А., Крупина Е.А., Беликов Н.Г., Нестеренко Л.П. К механизму устойчивости метициллинрезистентных Staphylococcus aureus к фагам Международного набора // ЖМЭИ. - 1990. - №10. - С. 11-15.

4. Зуева В.С., Дмитренко О.А., Зуева Е.А. Дифференциация метициллинрезистентных Staphylococcus aureus по специфичности профагов // Антибиотики и химиотерапия. - 1991. - №10. - С. 11-15.

5. Akatov A.K., Zueva V.S., Dmitrenko O.A. A new Approach to Establishing the Set of Phages for Typing Methicillin-resistant Staphylococcus aureus // J. Chemother. - 1991. - V 3. - №5. - P. 275-278.

6. Зуева В.С., Дмитренко О.А., Зуева Е.А., Акатов А.К. Новый принцип коллекции фагов для дифференцирования метициллин-резистентных Staphylococcus aureus» // Микробиологические аспекты иммунобиотехнологии: современное состояние, перспективы, М. - 1992. - С. 135-147.

7. Зуева В.С., Дмитренко О.А., Акатов А.К., Крупина Е.С. Метициллинрезистентные стафилококки - возбудители внутрибольничной инфекции // Госпитальные инфекции и лекарственная устойчивость микроорганизмов. Сб. научн. трудов: Москва,1992. - С. 61-63.

8. Зуева В.С., Дмитренко О.А., Гладкова К.К., Зуева Е.А. Новая коллекция фагов для типирования метициллин-резистентных Staphylococcus aureus // ЖМЭИ. - 1994. - №2. - С. 20-23.

9. Дмитренко О.А., Зуева В.С. Новая схема дифференцирования метициллинрезистентных золотистых стафилококков // Материалы VII съезда Всероссийского общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов - Москва,1997. - Т.2. - С.341-342.

10. Зуева В.С., Дмитренко О.А., Шагинян И.А., Акатов А.К. Система поэтапного дифференцирования метициллинрезистентных штаммов Staphylococcus aureus // Антибиот. химиотер. - 1997. - Т. 42. - №9. - С.20-26.

11. Dmitrenko O.A., Zueva V.S., Shaginyan I.A. New phage collection for differentiation methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains // Abst. Book 9^th Intern. Symposium on Staphylococci and staphylococcal Infections - Kolding, Denmark, 2000. - P.101.

12. Дмитренко О.А., Сидоренко С.В., Терехова Р.В., Жуховицкий В.Т., Тарасевич Н.М. Расширенная коллекция фагов для типирования метициллинрезистентных штаммов золотистого стафилококка // Клинич. лаборат. диагн. - 2001. -№ 11. - C. 34-35.

13. Дмитренко О.А., Прохоров В.Я., Шагинян И.А., Сидоренко С.В., Жуховицкий В.Г., Карабак В.И., Терехова Р.В., Васильева Е.И. Особенности современных метициллинрезистентных штаммов Staphylococcus aureus (MRSA) как возбудителей внутрибольничных инфекций. Идентификация эпидемических клонов, выделенных в стационарах города Москвы // Сб. Материалы VIII съезда Всероссийского общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов - Москва, 2002. - Т.4. - С. 83.

14. Дмитренко О.А. Шагинян И.А., Прохоров В.Я., Волков И.И., Дерябин Д.Г. Значение фенотипических и генотипических методов типирования в системе эпидемиологического мониторинга метициллинрезистентных штаммов Staphylococcus aureus // Генодиагностика инфекционных заболеваний: сб. материалов IV Всероссийской научно-практической конференции / Под ред. Покровского В.И. - Москва, 2002. - С. 208-210.

15. Дмитренко О.А., Флуер Ф.С., Шагинян И.А., Прохоров В.Я. Характеристика эпидемических штаммов MRSA, выделенных в стационарах г. Москвы. // Клин. микробиол. антимикроб. химиотер. - 2002. - т. 4. - прилож. 1. - С. 18.

16. Дмитренко О.А., Сидоренко С.В., Жуховицкий В.Г., Терехова Р.В., Карабак В.И., Н.Н. Тарасевич, Васильева Е.И., Прохоров В.Я. Сравнительная эффективность типирования тремя коллекциями бактериофагов штаммов метициллинрезистетных Staphylococcus aureus, выделенных в стационарах г. Москвы // ЖМЭИ. - 2003. - №1. - С. 3-9.

17. Шагинян И.А, Дмитренко О.А. Молекулярная эпидемиология инфекций, вызываемых метициллинустойчивыми стафилококками // ЖМЭИ. - 2003. - №3. - С. 99-109.

18. Дмитренко О.А., Прохоров В.Я., Шагинян И.А., Волков И.И., Суборова Т.Н., Карабак В.И., Жуховицкий В.Г., Гинцбург А.Л. Фенотипические и генотипические свойства метициллинрезистетных Staphylococcus aureus, выделенных в стационарах в 1998-2001 гг. // Ликвидация и элиминация инфекционных болезней - прогресс и проблемы: Сб. Материалы международного конгресса / Россия, Санкт-Петрбург, 2003 г. - С. 160.

19. Дмитренко О.А., Флуер Ф.С., Прохоров В.Я., Шагинян И.А.,Волков И.И., Суборова Т.Н., Дерябин Д.Г., Клименко Е.В., Стрижак В.В., Коломиец В.В., Карабак В.И., Щугорова Н.Г., Гинцбург А.Л. Особенности эпидемического распространения метициллинрезистентных штаммов Staphylococcus aureus в стационарах различных регионов Российской Федерации (результаты мультицентрового исследования) // Сб. Материалы VI Российского съезда врачей - инфекционистов. Санкт-Петербург, 2003. - С. 110.

20. Флуер Ф.С., Дмитренко О.А., Прохоров В.Я., Вертиев Ю.В., Охлопкова К.А. Энтеротоксигенность штаммов стафилококков, выделенных от больных сепсисом, пневмонией и ожоговой болезнью // - Там же. - С. 408.

21. Дмитренко О.А., Шагинян И.А., Ванюшева О.В., Шилов И.А., Прохоров В.Я., Лунин В.Г., Гинцбург А.Л. Генотипирование метициллинрезистетных штаммов Staphylococcus aureus методами исследования полиморфизма коагулазного гена и типа mecДНК // Генодиагностика инфекционных болезней: сб. науч. тр. 5-ой Всероссийской научно-практической конференции - Москва, 2004. - Т. 2. - C. 20-23.

22. Дмитренко О.А., Прохоров В.Я., Железнова Н.И., Гинцбург А.Л. Мониторинг антибиотикорезистентности метициллинрезистентных Staphylococcus aureus, выделенных в стационарах России в 1998-2002 гг. // Роль клинической микробиологии в профилактике внутрибольничных инфекций: сб. докладов Российской научно-практической конференции с международным участием - Москва, 2004. - С. 40-41.

23. Дмитренко О.А., Шагинян И.А., Ванюшева О.В., Шилов И.А., Прохоров В.Я., Лунин В.Г., Гинцбург А.Л. Молекулярно-генетический мониторинг метициллинрезистентных Staphylococcus aureus, выделенных в стационарах России и Беларуси в 1986-2002 гг. // Там же. - С. 42-43.

24. Дмитренко О.А., Прохоров В.Я., Шагинян И.А., Волков И.И., Суборова Т.Н., Гинцбург А.Л. Метициллинрезистентные Staphylococcus aureus - возбудители внутрибольничных инфекций в стационарах России. Роль факторов патогенности // Узловые вопросы борьбы с инфекцией: сб. материалов Российской научно-практической конференции - Санкт-Петербург, 2004. - С. 76-77.

25. Дмитренко О.А., Шагинян И.А., Прохоров В.Я., Гинцбург А.Л. Геномный полиморфизм метициллинрезистентных Staphylococcus aureus - возбудителей внутрибольничных инфекций в стационарах России // Клин. микробиол. антимикроб. химиотерап. - 2005. - Т.7. - №2. - Прил. 1. - С.22.

26. Дмитренко О.А., Шагинян И.А., Прохоров В.Я., Гинцбург А. Л. Эпидемиология нозокомиальных инфекций, вызванных метициллинрезистетными Staphylococcus aureus, в стационарах России // Там же. - С. 23.

27. Дмитренко О.А., Шагинян И.А., Гинцбург А.Л. Исследование полиморфизма mecДНК у метициллинрезистетных штаммов золотистого стафилококка, выделенных в стационарах разных регионов России // Мол. генетика, микробиол. и вирусол. - 2005. - №3. - С. 11-17. Дмитренко О.А., Шагинян И.А., Прохоров В.Я., Матвеев С.М., Аляпкина Ю., Ванюшева О.В., Гинцбург А.Л., Шилов И.А., Лунин в В.Г. Исследование полиморфизма коагулазного гена методом секвенирования у метициллинрезистентных штаммов Staphylococcus aureus, выделенных в стационарах различных регионов России и Беларуси // ЖМЭИ. - 2005. - №3. - С. 27-33.

28. Дмитренко О.А., Шагинян И.А., Прохоров В.Я., Матвеев С.М., Гинцбург А.Л. Молекулярно-генетическое типирование метициллинрезистентных штаммов Staphylococcus aureus, выделенных в разных регионах Российской Федерации, на основании изучения размеров продукта амплификации и последующего рестрикционного анализа коагулазного гена ЖМЭИ. - 2005. - №4. - С. 46-52.

29. Флуер Ф.С., В.Я. Прохоров, В.М. Бондаренко, Дмитренко О.,А., Лашенкова Н.Н., Меньшикова Е.Д., Вертиев Ю.В. Частота выделения энтеротоксигенных стафилококков среди больных сепсисом, пневмонией и ожогам // ЖМЭИ. - 2005. - №5. - С. 3-6.

30. Dmitrenko O.A., Prohorov V.Ya., Shilov I.A., Lavrova N.V., Ginzburg A.L. Identification epidemic methicillin-resistant S.aureus in Russian hospitals: multicentre study 1998-2002. Clinical. Microbiol. Infect. - 2006. - №12. - Suppl. 4. - P 468. [Электронный ресурс].

31. Дмитренко О.А., Белокрысенко С.С., Лаврова Н.В., Прохоров В.Я., Гинцбург А.Л. Идентификация госпитального эпидемического метициллинрезистентного штамма Staphylococcus aureus, у амбулаторных пациентов при поступлении в стационар // Клин. микробиол. антимикроб. химиотер. - 2006. - Т 8. - №2. - Прилож. 1. - С. 15.

32. Белокрысенко С.С., Дмитренко О.А., Шилов И.А., Прохоров В.Я., Гинцбург А.Л. Характеристика метициллинрезистентных Staphylococcus aureus, выделенных от здоровых новорожденных в акушерском стационаре // Там же. - С. 11.

33. Дмитренко О.А., Прохоров В.Я., Шагинян И.А., Флуер Ф.С., Суборова Т.Н., Волков И.И., Карабак В.И., Гинцбург А.Л. Определение генов пирогенных токсинов суперантигенов у клинических изолятов метициллинрезистентных Staphylococcus aureus // ЖМЭИ. - 2006. - №2. - С. - 36-42.

34. Лазикова Г.Ф., Мельникова А.А., Фролова Н.В., Дмитренко О.А., Прохоров В.Я., Гинцбург А.Л. Метициллинрезистентные стафилококки - возбудители внутрибольничных инфекций: идентификация и генотипирование: Методические рекомендации - М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2006. - 43 с.

35. Дмитренко О.А., Прохоров В.Я., Шилов И.А., Лаврова Н.В., Гинцбург А.Л. Современные особенности эпидемиологии стафилококковых инфекций. В сб. Материалы IX cъезда Всероссийского научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов. М. - 2007. - Т. 1. - С. 143.

36. Дмитренко О.А., Прохоров В.Я., Шилов И.А., Лаврова Н.В. Гинцбург А.Л. Изучение распространенности и свойств метициллинрезистентных Staphylococcus aureus (MRSA) в стационарах различных регионов Российской Федерации // Там же. - Т.2. - С.28.

37. Флуер Ф.С., Меньшиков Д.Д., Прохоров В.Я., Бондаренко В.М., Дмитренко О.А., Н.Н. Лашенкова, Ю.В. Вертиев. Индикация штаммов стафилококков, продуцирующих энтеротоксины типов А и В, выделенных от больных в стационарах разного профиля // Внутрибольничные инфекции в стационарах различного профиля, профилактика, лечение осложнений: Сб.Материалы пятой научно-практической конференции - Москва, 2007. - С. 53-54.

Размещено на Allbest.ru