Принципы и организационно-методическое обеспечение качества молекулярной диагностики урогенитальных инфекций

Показано, что нвCT по своим биологическим свойствам не отличается от дикого типа (Unemo M. et al., 2010), поэтому полагают, что через некоторое время нвCT достигнет равновесия с диким типом и постепенно распространится в другие страны. Так как нвСТ находится сейчас в стадии ранней трансмиссии, и так как его штаммы являются стабильными клонами, нвСТ предоставляет уникальную возможность для изучения динамики распространения микроорганизма в популяции. Возможность широкого распространения нвСТ в нашей стране обосновывает необходимость использования тестов, способных его выявлять, а также перспективность включения нвCT в контрольные панели ФСВОК.

2.3. Диагностические характеристики теста для выявления клинически значимого количества ВПЧ высокого онкогенного риска

Практически все ключевые исследования, доказавшие диагностическую ценность теста на онкогенные типы ВПЧ в скрининге РШМ были проведены с использованием теста HC2 (Cuzick J. et al., 2008), поэтому группой международных экспертов было предложено, что все новые скрининговые ВПЧ-тесты должны иметь диагностические характеристики, сравнимые с характеристиками этого теста (Meijer C.J. et al., 2009). Чувствительность ВПЧ-теста для выявления CIN2+ должна быть не ниже 90%, специфичность - не ниже 98% по сравнению с тестом HC2.

С помощью теста HC2 ДНК ВПЧ высокого онкогенного риска была обнаружена у 13% (107 из 823) пациентов. CIN2+ были выявлены у 6 женщин.

Уровень совпадения результатов оцениваемого и референтного тестов был высоким: одинаковые результаты были получены для 769 образцов (94,3%), из них 86 положительных и 683 отрицательных (табл. 14).

Таблица 14 Результаты исследования цервикальных образцов на ВПЧ высокого онкогенного риска

Оцениваемый тест АмплиСенс, в отличие от референтного теста HC2, обладает внутренним контролем, позволяющим оценивать качество взятия и хранения клинического материала. В 21 пробе при использовании теста АмплиСенс не определялся внутренний контроль; данные пробы были исключены из анализа.

Для 12 проб были получены положительные результаты с применением теста АмплиСенс и отрицательные - с применением теста HC2. Анализ методом ПЦР с праймерами MY11/ MY09 и GP5+/GP6+ подтвердил наличие ДНК ВПЧ в данных образцах. Концентрация вируса в данных образцах варьировала от 1Ч10³ до 2Ч10⁴ (средняя концентрация 5Ч10³) копий на 10⁵ клеток, т.е. была несущественно выше порога клинической значимости.

В 19 образцах, отрицательных при анализе тестом АмплиСенс и положительных при анализе тестом HC2, ПЦР с праймерами MY11/ MY09 и GP5+/GP6+ подтвердила наличие ДНК ВПЧ. С помощью секвенирования в 5 пробах была обнаружена ДНК ВПЧ 68 типа (данный тип не выявляется тестом АмплиСенс). Еще 6 проб содержали 16 тип (n=2), 33 тип (n=1), 51 тип (n=1), 58 тип (n=1) и смесь типов (n=1). Следует отметить, что в 4 из этих 6 проб при использовании теста АмплиСенс регистрировался ПЦР-сигнал, однако вирусная нагрузка была ниже порога клинической значимости, и поэтому результат был интерпретирован как отрицательный. В 8 пробах были обнаружены типы неопределенного онкогенного риска, а именно, 32, 66 и 70 типы (1, 3 и 4 пробы, соответственно); эти 8 проб были исключены из анализа.

В двух пробах, которые были отрицательными при использовании теста АмплиСенс и положительными при использовании теста HC2, ПЦР с праймерами MY11/MY09 и GP5+/GP6+ не подтвердила наличие ДНК ВПЧ. Эти две пробы также были исключены из анализа.

В итоге в анализ были включены 792 пробы - 97 положительных и 695 отрицательных. С помощью теста АмплиСенс было правильно идентифицировано 86 из 97 положительных проб (чувствительность 89%; 95% ДИ [81-94]). Оба ВПЧ-теста показали положительные результаты во всех 6 случаях CIN2+ (чувствительность 100%; 95% ДИ [54-100]). Из 695 отрицательных проб с применением теста АмплиСенс было правильно идентифицировано 683, и специфичность теста составила 98% (95% ДИ [97-99]). Таким образом, оцененный тест по критериям чувствительности и специфичности соответствует требованиям, предъявляемым к скрининговым ВПЧ-тестам.

2.4. Сравнение методов диагностики гонококковой инфекции

Данное исследование должно было оценить качество традиционной микробиологической диагностики гонореи в учреждениях Санкт-Петербурга и продемонстрировать диагностические возможности молекулярных методов выявления N. gonorrhoeae. В соответствии с этой задачей, микроскопическая и культуральная диагностика осуществлялась в КВД на рутинной основе. ДНК N. gonorrhoeae была обнаружена в образцах от 13 женщин и 4 мужчин. Чувствительность культурального метода выявления N. gonorrhoeae была равна 31% и 50% у женщин и мужчин, соответственно. Чувствительность микроскопического метода составила 31% и 75% у женщин и мужчин, соответственно. Чувствительность метода NASBA была равна 91% и 100% у женщин и мужчин, соответственно. Специфичность всех методов составила 100% (табл. 15). ПЗПР всех методов также равнялись 100%. ПЗОР варьировала от 96 до 100%.

Таблица 15 Диагностические характеристики методов диагностики гонореи

Таким образом, микроскопический и культуральный методы, являющиеся регламентированными методами диагностики гонореи в нашей стране, обладают очень низкой чувствительностью, особенно у женщин. Использование микроскопического метода в случаях иных, чем установление предварительного диагноза гонореи у мужчин с уретритом, может быть оправдано только отсутствием доступа к другим диагностическим методам. Необходима оптимизация культурального метода, незаменимого при мониторинге антибиотикорезистентности циркулирующих штаммов N. gonorrhoeae. В то же время, повышение качества культуральных исследований не решает полностью проблему диагностики гонококковой инфекции. Даже при соблюдении всех необходимых условий культивирования в ряде случаев не удается выделить N. gonorrhoeae из клинического материала (Luijt D.S. et al., 2005). В этой связи необходимость внедрения валидированных молекулярных методов в диагностику гонококковой инфекции не вызывает сомнений.

2.5. Модель обеспечения качества аналитического этапа микробиологической диагностики с применением методов амплификации нуклеиновых кислот

Результаты проведенных нами исследований, в совокупности с анализом международного и отечественного опыта в области качества лабораторных исследований, позволили нам разработать и обосновать модель обеспечения аналитического качества молекулярной диагностики инфекционных заболеваний, компоненты которой, действуя комплементарно друг другу, призваны нивелировать и контролировать риски возникновения лабораторных ошибок, связанных как со свойствами МАНК, так и со свойствами аналитов - нуклеиновых кислот инфекционных агентов (рис. 1). Основными компонентами системы обеспечения аналитического качества диагностики инфекционных заболеваний являются контроль качества и оценка качества. Контроль качества включает процедуры внутреннего контроля качества и контроля качества аналитических систем. Применительно к молекулярной диагностике, к процедурам внутреннего контроля относятся контроль взятия материала, контроль выделения ДНК/РНК, контроль амплификации, контроль ингибирования амплификации, контроль контаминации. Процедуры внутреннего контроля качества должны быть включены в стандартный протокол лабораторного исследования.

К мере контроля качества аналитических систем относится, в первую очередь, клиническая оценка тестов. Любой тест, коммерческий или некоммерческий, перед внедрением в рутинную диагностику должен пройти надлежащую клиническую оценку. Если предполагается внедрить тест, аналитические и диагностические параметры которого описаны в литературе и соответствуют задачам лаборатории, достаточно провести валидацию теста, например, с использованием панели охарактеризованных образцов биологического материала, как положительных (содержащих разные концентрации возбудителя), так и отрицательных. Если планируется использовать тест, информация об аналитических и диагностических параметрах которого недоступна или была получена для популяций, существенно отличающихся от той, в которой предполагается использовать тест, необходимо провести его клиническую оценку. Основные этапы оценки тестов для молекулярной диагностики урогенитальных инфекций представлены ниже.

Рис. 1. Модель обеспечения качества молекулярной диагностики инфекционных заболеваний

Выбор обследуемой популяции. Оценка теста должна установить соответствие его характеристик клиническим задачам. Клинические задачи определяют выбор обследуемой популяции - для оценки теста следует выбирать популяцию, в которой предполагается использовать данный тест. В зависимости от предназначения теста - для скрининга, подтверждения, установления диагноза, контроля излеченности - требования к характеристикам теста будут различаться. Так, скрининговые тесты должны обладать высокой чувствительностью и высокой ПЗОР. Приоритетом при выборе подтверждающего теста должна быть высокая специфичность и высокая ПЗПР. Тесты, предназначенные для установления диагноза, должны обладать как высокой чувствительностью, так и высокой специфичностью. Требования к характеристикам теста также различаются в зависимости от характера инфекции. Тесты для выявления облигатных патогенов должны обладать максимально высокой аналитической чувствительностью и специфичностью, чтобы обеспечить адекватную клиническую чувствительность и специфичность, тогда как тесты для выявления условно-патогенных микроорганизмов должны выявлять только клинически значимое количество микроорганизма.

Выбор референтного стандарта. Выбор референтного стандарта, по отношению к которому определяются диагностические характеристики оцениваемого теста, имеет критическое значение для валидности результатов оценки. Ввиду высокой чувствительности МАНК адекватным выбором для оценки внедряемых молекулярных тестов могут считаться клинически валидированные молекулярные тесты. Предпочтение следует отдавать коммерческим тестам, которые в высокой степени стандартизированы.

Определение размера выборки. Для расчета необходимого размера выборки нужно знать распространенность возбудителя в обследуемой популяции. Показатель распространенности можно определить в пилотном исследовании или по данным литературы.

Получение и тестирование клинических проб. Клинические пробы следует собирать в транспортную среду, поставляемую/рекомендуемую производителем теста. Для оценки теста следует использовать типы клинического материала, используемые в рутинной практике и указанные в инструкции производителя теста. Порядок взятия проб для тестирования с помощью референтного и оцениваемого тестов необходимо рандомизировать. Для оценки теста допускается использовать архивные образцы, что обеспечивает определенную быстроту и экономичность. Основным недостатком такого подхода является вероятность деградации нуклеиновых кислот при хранении, особенно в пробах с их низкой концентрацией. Для объективной оценки тестирование клинических проб с помощью оцениваемого теста следует проводить вслепую относительно результатов референтного теста.

Анализ дискордантных результатов. Учитывая, что чувствительность и специфичность референтного теста в реальной ситуации не равны 100%, в случае получения дискордантных результатов проводят их анализ. Чаще всего для разрешения дискордантных результатов используют третий тест, который по чувствительности и специфичности сопоставим с референтным тестом.

Определение аналитической чувствительности (предела детекции) теста. Аналитическую чувствительность (предел детекции) тестов на основе МАНК определяют путем тестирования серийных разведений количественных стандартов ДНК, коммерческих или приготовленных из чистой культуры возбудителя. Для более точной оценки рекомендуется тестирование как минимум 20 проб каждого разведения, близкого к пределу детекции. Пределом детекции считают минимальную концентрацию возбудителя, давшую не менее 95% положительных результатов (как минимум 19 из 20 образцов данного разведения).

Определение аналитической специфичности теста. Аналитическую специфичность теста определяют путем тестирования панелей микроорганизмов, которые могут встречаться в данном биотопе. Определение аналитической специфичности тестов особенно актуально в тех случаях, когда в клинических материалах, применяемых для тестирования, могут содержаться близкородственные виды микроорганизмов.

Определение диагностических характеристик оцениваемого теста. Диагностические характеристики тестов (диагностическую чувствительность, специфичность) определяют с помощью таблицы сопряженности 2 Ч 2:

Чувствительность оцениваемого теста представляет собой долю истинно положительных результатов в группе инфицированных пациентов (a/(a+c)). Специфичность - это доля истинно отрицательных результатов в группе неинфицированных пациентов (d/(b+d)). ПЗПР - это доля истинно положительных результатов среди всех положительных результатов (a/(a+b)). ПЗОР - это доля истинно отрицательных результатов среди всех отрицательных результатов (d/(b+d)). ПЗПР и ПЗОР зависят не только от чувствительности и специфичности теста, но также от распространенности инфекции в данной популяции.

Оценка качества диагностики служит для установления точности результатов исследований, а также меж- и внутрилабораторной воспроизводимости, и включает меры внешней и внутренней оценки качества. Лаборатория должна на регулярной основе участвовать в межлабораторных сравнениях, организуемых системами внешней оценки качества, как национальными, так и международными. К процедурам внешней оценки качества относится тестирование зашифрованных контрольных панелей микроорганизмов. Для адекватной оценки чувствительности используемых тестов для выявления облигатных патогенов в состав панели должны быть включены образцы с предельно низким содержанием возбудителя. При создании контрольных панелей необходимо учитывать генетический полиморфизм циркулирующих штаммов анализируемого инфекционного агента, а также степень гомологии нуклеотидных последовательностей тестируемого и близкородственных ему микроорганизмов. В качестве меры внутренней оценки качества может служить периодическое повторное тестирование зашифрованных клинических проб.

Таким образом, качество молекулярной диагностики урогенитальных инфекций обеспечивается комплексом мер, важнейшей из которых является надлежащая клиническая оценка тестов. Точность результатов исследований, а также сопоставимость результатов, полученных в разных лабораториях, можно обеспечить только при использовании тестов, диагностическая эффективность которых обоснована с позиций доказательной медицины.

ВЫВОДЫ

1. Для оцененных отечественных тестов, предназначенных для диагностики гонореи, хламидийной инфекции и трихомониаза, установлена удовлетворительная диагностическая чувствительность в сравнении с референтными тестами (67-100%, 86-100%, 67-100%, соответственно). Чувствительность оцененных тестов для выявления M. genitalium существенно варьирует (0-100%) и уступает чувствительности референтных тестов.

2. Точность оценки диагностической чувствительности тестов подтверждена показателями аналитической чувствительности, определенной с использованием контрольных материалов (1-6, 2-6, 1-5, 5-300 копий на реакцию для N. gonorrhoeae, C. trachomatis, T. vaginalis, M. genitalium, соответственно).

3. Для всех оцененных отечественных тестов для диагностики инфекций, передаваемых половым путем, установлена высокая диагностическая специфичность в сравнении с референтными тестами (99-100%).

4. Высокая специфичность тестов для выявления N. gonorrhoeae подтверждена отсутствием ложноположительных результатов при тестировании экстрагенитальных образцов. При оценке аналитической специфичности тестов для выявления M. genitalium для одного теста зарегистрирована перекрестная реактивность с ДНК M. pneumoniae в концентрации 100 копий/мкл.

5. Диагностические параметры оцененного Российского теста для определения клинически значимого количества ДНК вируса папилломы человека высокого онкогенного риска соответствуют требованиям, предъявляемым к тестам для скрининга рака шейки матки (чувствительность для выявления цервикальных интраэпителиальных неоплазий высокой степени тяжести - 100%, чувствительность и специфичность по отношению к результатам референтного теста - 89% и 98%, соответственно).

6. Частота выявления нового варианта C. trachomatis в популяции пациентов гинекологических и урологических клиник составляет 0,01%, доля нового варианта по отношению к дикому типу C. trachomatis - 0,4%. Не все отечественные тесты для диагностики хламидийной инфекции могут выявлять новый вариант. В связи с возможностью дальнейшего распространения данного варианта C. trachomatis необходимо использовать тесты, способные его идентифицировать.

7. Тестирование клинических материалов, полученных неинвазивным путем (отделяемое влагалища у женщин, первая порция мочи у женщин и мужчин), при диагностике инфекций, передаваемых половым путем, с использованием методов амплификации нуклеиновых кислот не уступает в информативности тестированию материалов, полученных инвазивным методом (соскобы эпителиальных клеток цервикального канала у женщин и уретры у мужчин).

8. Микроскопический и культуральный методы диагностики гонореи, являющиеся регламентированными методами диагностики этого заболевания в нашей стране, обладают низкой чувствительностью, особенно при тестировании клинических материалов от женщин (31% для обоих методов). Микроскопический метод следует использовать только в случаях уретрита у мужчин. Культуральный метод, необходимый для мониторинга антибиотикорезистентности гонококков, требует оптимизации. Необходимо внедрение методов амплификации нуклеиновых кислот в протоколы диагностики гонореи.

9. Разработана и обоснована структурно-функциональная модель обеспечения аналитического качества молекулярной диагностики инфекционных заболеваний, компоненты которой, действуя совместно, призваны минимизировать риски возникновения лабораторных ошибок на аналитическом этапе диагностики.

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

Клиническим диагностическим лабораториям, применяющим методы амплификации нуклеиновых кислот для диагностики инфекционных заболеваний, рекомендуется использовать разработанную в данном исследовании модель обеспечения аналитического качества при планировании лабораторной системы качества.

Все тесты на основе методов амплификации нуклеиновых кислот для диагностики урогенитальных инфекций перед внедрением в рутинную диагностику должны проходить оценку соответствия их характеристик клиническим задачам. В качестве референтных стандартов рекомендуется использовать международные или Российские валидированные тесты на основе методов амплификации нуклеиновых кислот.

В диагностике гонококковой, хламидийной, трихомонадной инфекций и инфекции, ассоциированной с M. genitalium, рекомендуется использовать охарактеризованные в данном исследовании тесты с оптимальными диагностическими параметрами.

Оцененный тест для выявления клинически значимого количества вируса папилломы человека высокого онкогенного риска отвечает требованиям, предъявляемым к тестам для скрининга рака шейки матки.

При диагностике инфекций, передаваемых половым путем, с использованием методов амплификации нуклеиновых кислот наряду с материалами, полученными инвазивным методом, рекомендуется использовать клинические материалы, полученные неинвазивным путем.

В связи с возможностью широкого распространения нового варианта C. trachomatis рекомендуется использовать тесты, способные его выявлять.

В связи с низкой чувствительностью микроскопического метода диагностики гонореи его рекомендуется использовать только для установления предварительного диагноза гонореи у мужчин с уретритом. Культуральный метод необходим для определения чувствительности гонококков к антибиотикам, поэтому его следует оптимизировать. Необходимо внедрить валидированные тесты на основе методов амплификации нуклеиновых кислот в протоколы диагностики гонореи.

Перспективы разработки темы исследования заключаются в дальнейшей стандартизации лабораторной диагностики инфекционных заболеваний: разработке нормативной базы по обеспечению качества лабораторных исследований с применением неколичественных тестов, включая разработку процедур клинической оценки тестов и требований к их аналитическим и диагностическим характеристикам, а также создании референтной системы (референтной лаборатории, референтных методов) для клинико-лабораторных микробиологических исследований.

СПИСОК ПУБЛИКАЦИЙ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

1. Шипицына, Е.В. Папилломавирусная инфекция: факторы риска цервикальной неопластической прогрессии / Е.В. Шипицына, К.А. Бабкина, Е.А. Оржесковская, А.М. Савичева // Ж. акуш. и жен. болезн. - 2004. - T. LIII, № 3. - C. 38-45.

2. Шипицына, Е.В. Определение вирусной нагрузки и статуса ДНК вируса папилломы человека 16 типа методом ПЦР в реальном времени / Е.В. Шипицына, Е.А. Оржесковская, К.А. Бабкина, А.М. Савичева, Н.А. Микая, О.О. Орлова, И.К. Юркова // Ж. акуш. и жен. болезн. - 2004. - Т. LIII, № 4. - С. 26-32.

3. Ширшова, Н.Ю. Особенности микрофлоры гениталий у женщин с эндоцервицитом / Н.Ю. Ширшова, Е.В. Шипицына, А.М. Савичева, А.А. Полянин // Ж. акуш. и жен. болезн. - 2004. - T. LIII, № 4. - C. 47-52.

4. Шипицына, Е.В. Метод амплификации нуклеиновых кислот NASBA (Nucleic Acid Sequence-Based Amplification) и возможности его применения в акушерско-гинекологической практике / Е.В. Шипицына, О.В. Будиловская, А.М. Савичева // Ж. акуш. и жен. болезн. - 2005. - Т.LIV, № 2. - C. 83-89.

5. Шипицына, Е.В. Применение метода Nucleic Acid Sequence-Based Amplification в реальном времени (NASBA-REAL-TIME) для диагностики урогенитальной хламидийной инфекции / Е.В. Шипицына, К.А. Бабкина, Е.А. Оржесковская, А.М. Савичева // Ж. акуш. и жен. болезн. - 2005. - Т.LVI, № 4. - C. 17-21.

6. Шипицына, Е.В. Тестирование на вирус папилломы человека в скрининге рака шейки матки / Е.В. Шипицына, Е.А. Золотоверхая, Е.С. Юшманова, А.М. Савичева // Ж. акуш. и жен. болезн. - 2006. - Т. LV, № 4. - С. 80-86.

7. Шипицына, Е.В. Mycoplasma genitalium как возбудитель инфекций урогенитального тракта: патогенез, клиника, диагностика и лечение / Е.В. Шипицына, А.М. Савичева, А.С. Бенькович, Е.В. Соколовский // Ж. акуш. и жен. болезн. - 2008. - Т. LVII, № 2. - С. 111-120.

8. Золотоверхая, Е.А. Маркеры папилломавирусной инфекции в скрининге рака шейки матки / Е.А. Золотоверхая, Е.В. Шипицына, Е.С. Юшманова, А.М. Савичева // Ж. акуш. и жен. болезн. - 2008. - T. LVII, № 4. - C. 31-39.

9. Савичева, А.М. Генитальные микоплазмы / А.М. Савичева, Е.В. Шипицына // Врач. - 2009. - № 1. - С. 9-12.

10. Шипицына, Е.В. Оценка методов амплификации нуклеиновых кислот для диагностики трихомониаза / Е.В. Шипицына, Е.А. Золотоверхая, А.Н. Григорьев, О.С. Рыжкова, К.В. Шалепо, О.А. Ломакина, Е.П. Протасова, С.Ю. Романцева, Е.М. Тангатарова, И.В. Литвиненко, Т.С. Смирнова, А.М. Савичева // Ж. акуш. и жен. болезн. - 2011. - T. LX, № 3. - С. 73-79.

11. Shalepo, K. Diagnosis of Chlamydia trachomatis in Russia - in-house PCR assays may be effective but overall optimization and quality assurance are urgently needed / K. Shalepo, A. Savitcheva, E. Shipitsyna, M. Unemo, M. Domeika // APMIS. - 2006. - Vol. 114, № 7-8. - P. 500-507.

12. Shipitsyna, E. Pooling samples: the key to sensitive, specific and cost-effective genetic diagnosis of Chlamydia trachomatis in low-resource countries / E. Shipitsyna, K. Shalepo, A. Savicheva, M. Unemo, M. Domeika // Acta Derm. Venereol. - 2007. - Vol. 87. - P. 140-143.

13. Shipitsyna, E. Comparison of microscopy, culture and in-house PCR and NASBA assays for diagnosis of Neisseria gonorrhoeae in Russia / E. Shipitsyna, A. Guschin, A. Maximova, M. Tseslyuk, A. Savicheva, E. Sokolovsky, G. Shipulin, M. Domeika, M. Unemo // APMIS. - 2008. - Vol.116; № 2. - P. 133-138.

14. Shipitsyna, E. Evaluation of six nucleic acid amplification tests (NAATs) used for diagnosis of Neisseria gonorrhoeae in Russia to an international strictly validated real-time porA pseudogene PCR / E. Shipitsyna, E. Zolotoverkhaya, S.O. Hjelmevoll, A. Maximova, A. Savicheva, E. Sokolovsky, V. Skogen, M. Domeika, M. Unemo // J. Eur. Acad. Dermatol. Venereol. - 2009. - Vol. 23, № 11. - P. 1246-1253.

15. Shipitsyna, E. First evaluation of polymerase chain reaction (PCR) assays used for diagnosis of Mycoplasma genitalium in Russia / E. Shipitsyna, E. Zolotoverkhaya, B. Dohn, A. Benkovich, A. Savicheva, E. Sokolovsky, J.S. Jensen, M. Domeika, M. Unemo // J. Eur. Acad. Dermatol. Venereol. - 2009. - Vol. 23, № 10. - P. 1164-1172.

16. Shipitsyna, E. First evaluation of six nucleic acid amplification tests (NAATs) widely used in the diagnosis of Сhlamydia trachomatis in Russia / E. Shipitsyna, E. Zolotoverkhaya, I. Agnй-Stadling, A. Krysanova, A. Savicheva, E. Sokolovsky, M. Domeika, M. Unemo // J. Eur. Acad. Dermatol. Venereol. - 2009. - Vol. 23, № 3. - P. 268-276.

17. Smelov, V. Сhlamydia trachomatis serovar distributions in Russian men and women: a comparison with Dutch serovar distributions/ V. Smelov, K.D. Quint, J. Pleijster, P.H. Savelkoul, K. Shalepo, E. Shipitsyna, M. Domeika, A. Gorelov, A. Savicheva, W.G. Quint, H.J. de Vries, S. Ouburg, S.A. Morrй // Drugs Today (Barc). - 2009. - Vol. 45, Suppl. B. - P. 33-38.

18. Domeika, M. Guidelines for the laboratory diagnosis of Chlamydia trachomatis infections in East European countries / M. Domeika, A. Savicheva, E. Sokolovsky, N. Frigo, T. Brilene, A. Hallйn, A. Unemo M, R. Ballard, M. Ward, K. Babayan, R. Ismailov, I. Shimanskaya, O. Pankratov, L. Zhurauskaya, O. Kudina, K. Chudomirova, G. Galdava, O. Kvlividze, G. Askarova, A. Karibajeva, D. Yusupova, N. Danilenko, A. Rubins, I. Jacobsone, J. Pirsko, V. Kucinskiene, E. Shipitsyna, A. Ignatovsky, A. Guschin, S. Sidorenko, A. Kasimov, O. Kasimov, G. Mavrov, N. Kochetova, S. Ibragimov, O. Izvekova // J. Eur. Acad. Dermatol. Venereol. - 2009. - Vol. 23, № 12. - P. 1353-1356.

19. Shipitsyna, E. Guidelines for the laboratory diagnosis of Mycoplasma genitalium infections in East European countries / E. Shipitsyna, A. Savicheva, E. Solokovskiy, R.C. Ballard, M. Domeika, M. Unemo, J.O. Jensen // Acta Derm. Venereol. - 2010. - Vol. 90, № 5. - P. 461-467.

20. Domeika, M. Guidelines for the laboratory diagnosis of trichomoniasis in East European countries // M. Domeika, L. Zhurauskaya, A. Savicheva, N. Frigo, E. Sokolovsky, A. Hallйn, M. Unemo, R. Ballard, K. Babayan, E. Manukian, R. Ismailov, I. Shimanskaya, O. Pankratov, N. Kolomiec, O. Kudina, K. Chudomirova, T. Brilene, G. Galdava, O. Kvivlidze, J. Deak, G. Askarova, A. Utegenova, D. Usupova, E. Al-Kilani, A. Rubins, V. Kucinskiene, E. Shipitsyna, T. Krasnoselskich, A. Guschin, A. Kasimov, O. Kasimov, G. Mavrov, N. Kochetova, G. Bondarenko, S. Ibragimov, O. Izvekova, T. Nabiev // J. Eur. Acad. Dermatol. Venereol. - 2010. - Vol. 24, № 10. - P. 1125-1134.

21. Shipitsyna, E. Prevalence of high-risk human papillomavirus types and cervical squamous intraepithelial lesions in women over 30 years of age in St. Petersburg, Russia / E. Shipitsyna, E. Zolotoverkhaya, D. Kuevda, V. Nasonova, T. Romanyuk, A. Khachaturyan, O. Orlova, E. Abashova, I. Kostyuchek, O. Shipulina, A. Anttila, A. Savicheva // Cancer Epidemiol. - 2010. - Vol. 35, № 2. - P. 160-164.

22. Unemo, M. Recommended antimicrobial treatment of uncomplicated gonorrhoea in 2009 in 11 East European countries: implementation of a Neisseria gonorrhoeae antimicrobial susceptibility programme in this region is crucial / M. Unemo, E. Shipitsyna, M. Domeika // Sex. Transm. Infect. - 2010. - Vol. 86, № 6. - P. 442-444.

23. Unemo, M. Gonorrhoea surveillance, laboratory diagnosis and antimicrobial susceptibility testing of Neisseria gonorrhoeae in 11 countries of the eastern part of the WHO European region / M. Unemo, E. Shipitsyna, M. Domeika // APMIS. - 2011. - Vol. 119, № 9. - P. 643-649.

24. Shipitsyna, E. Evaluation of polymerase chain reaction assays for diagnosis of Trichomonas vaginalis infection in Russia / E. Shipitsyna, E. Zolotoverkhaya, C.Y. Chen, K.H. Chi, A. Grigoryev, A. Savicheva, R. Ballard, M. Domeika, M. Unemo // J. Eur. Acad. Dermatol. Venereol. - 2012. - Vol. 27. - P. e217-e223.

25. Tjalma, W.A. Differences in human papillomavirus type distribution in high-grade cervical intraepithelial neoplasia and invasive cervical cancer in Europe / W.A. Tjalma, A. Fiander, O. Reich, N. Powell, A.M. Nowakowski, B. Kirschner, R. Koiss, J. O'Leary, E.A. Joura, M. Rosenlund, B. Colau, D. Schledermann, K. Kukk, V. Damaskou, M. Repanti, R. Vladareanu, L. Kolomiets, A. Savicheva, E. Shipitsyna, J. Ordi, A. Molijn, W. Quint, A. Raillard, D. Rosillon, S.C. De Souza, D. Jenkins, K. Holl // Int. J. Cancer. - 2012. - Vol. 132, № 4. - P. 854-867.

26. Shipitsyna, E. First reported case of the Swedish new variant of Chlamydia trachomatis (nvCT) in Eastern Europe (Russia), and evaluation of Russian nucleic acid amplification tests regarding their ability to detect nvCT // E. Shipitsyna, R. Hadad, O. Ryzhkova, A. Savicheva, M. Domeika, M. Unemo // Acta Derm. Venereol. - 2012. -Vol. 92, № 3. - P. 330-331.

27. Shipitsyna, E. Sexual behaviours, knowledge and attitudes regarding safe sex, and prevalence of non-viral sexually transmitted infections among attendees of youth clinics in St. Petersburg, Russia / E. Shipitsyna, T. Krasnoselskikh, E. Zolotoverkhaya, A. Savicheva, P. Krotin, M. Domeika, M. Unemo // J. Eur. Acad. Dermatol. Venereol. - 2012. - Vol. 27. - P. e75-e84.

28. Статьи, тезисы докладов и статей, научные издания, методические руководства

29. Шипицына, Е.В. Факторы риска развития рака шейки матки: интеграция ДНК вируса папилломы человека / Е.В. Шипицына, Е.А. Оржесковская, Н.А. Микая, И.К. Юркова, О.О. Орлова, М.Г. Чхартишвили, Н.К. Селимян, Н.Ю. Ширшова, К.А. Бабкина, А.М. Савичева // Патология шейки матки. Генитальные инфекции. - 2005. - №1. - C. 54-59.

30. Ширшова, Н.Ю. Роль возбудителей инфекций, передаваемых половым путем, в возникновении цервицита / Н.Ю. Ширшова, Е.В. Шипицына, А.М. Савичева, А.А. Полянин // Патология шейки матки. Генитальные инфекции. - 2005. - №1. - С. 60-64.

31. Шипицына, Е.В. Диагностика папилломавирусной инфекции в скрининге рака шейки матки / Е.В. Шипицына, Е.А. Золотоверхая, Е.С. Юшманова, А.М. Савичева // Материалы конференции «Охрана репродуктивного здоровья в рамках реализации национального проекта «Здоровье». - Санкт-Петербург, 2007. - Ж. акуш. и жен. болезн. - Т. LVI, спецвыпуск. - C.72-75.

32. Шипицына, Е.В. Научные исследования по оптимизации методов лабораторной диагностики инфекций, передаваемых половым путем / Е.В. Шипицына, К.В. Шалепо, А.М. Савичева, М. Домейка // Материалы конференции «Охрана репродуктивного здоровья в рамках реализации национального проекта «Здоровье». - Санкт-Петербург, 2007. - Ж. акуш. и жен. болезн. - Т. LVI, спецвыпуск. - C. 32-35.

33. Савичева, А.М. Оптимизация методов диагностики и терапии репродуктивно значимых инфекций / A.M. Савичева, E.B. Шипицына Н.Е. Воробьева // Mатериалы конгресса «Новые технологии в акушерстве и гинекологии», посвященного 210-летию НИИ акушерства и гинекологии им. Д.О. Отта РАМН. - Санкт-Петербург, 2007. - Ж. акуш. и жен. болезн. - Т. LVII, спецвыпуск. - C. 87-88.

34. Шипицына, Е.В. Сравнение методов амплификации нуклеиновых кислот, применяемых в России для выявления Neisseria gonorrhoeae / Е.В. Шипицына, Е.А. Золотоверхая, С. Хьелмеволл, А. Бенькович, А. Крысанова, А. Савичева, Е. Соколовский, В. Скоген, М. Домейка, М. Унемо // Материалы 6-ой Всероссийской научно-практической конференции «Молекулярная диагностика 2007». - Москва, 2007. - Т. II. - С. 199-201.

35. Гущин, А.Е. Совершенствование диагностики уретрита, вызванного Mycoplasma genitalium, при исследовании первой порции мочи / А.Е. Гущин, Е.В. Шипицына, А.М. Савичева, М. Домейка, Г.А. Шипулин // Материалы 6-ой Всероссийской научно-практической конференции «Молекулярная диагностика 2007». - Москва, 2007. - Т. II. - С. 289-290.

36. Савичева, А.М. Лабораторная диагностика инфекции, вызванной Neisseria gonorrhoeae. Методические рекомендации / А.М. Савичева, З.М. Мартикайнен, О.В. Будиловская, Е.В. Шипицына, Е.В. Соколовский, Т.С. Смирнова, И.В. Литвиненко, Г.В. Гриненко, Т. Брилене, Д. Дэак, Р. Баллард, К. Айсон, А. Халлен, М. Домейка. - Санкт-Петербург: Н-Л, 2009. - 80 с.

37. Савичева, А.М. Лабораторная диагностика урогенитальной хламидийной инфекции. Методические рекомендации / А.М. Савичева, Е.В. Шипицына, Е.В. Соколовский, М.А. Башмакова, Т.С. Смирнова, А.А. Крысанова, В.В. Назарова, Г.В. Гриненко, А.В. Игнатовский, Т.В. Красносельских, И.В. Литвиненко, Н.В. Фриго, С.В. Сидоренко, Т. Брилене, Р. Баллард, А. Халлен, М. Унемо, М. Ворд, Домейка М. - Санкт-Петербург: Н-Л, 2009. - 56 с.

38. Савичева, А.М. Лабораторная диагностика инфекции, вызванной Mycoplasma genitalium. Методические рекомендации. // А.М. Савичева, Е.В. Шипицына, Е.А. Золотоверхая, М.А. Башмакова, Е.В. Соколовский, В.И. Кисина, Т.С. Смирнова, Г.В. Гриненко, Т.В. Красносельских, А.В. Игнатовский, И.В. Литвиненко, Р. Баллард, А. Халлен, М. Унемо, М. Домейка. - Санкт-Петербург: Н-Л, 2010. - 35 с.

39. Шипицына, Е.В. Эпидемиология инфекций, передаваемых половым путем, среди пациентов молодежных клиник Санкт-Петербурга / Е.В. Шипицына, Т.В. Красносельских, Е.А. Золотоверхая, А.М. Савичева, М. Домейка, М. Унемо // Материалы VII Всероссийской научно-практической конференции «Молекулярная диагностика 2010». - Москва, 2010. - T. III. - P. 283-287.

40. Куевда, Д.А. Сравнение тестов АмплиCенс ВПЧ ВКР cкрин титр FL и Hybrid Сapture 2 для выявления вируса папилломы человека высокого канцерогенного риска / Д.А. Куевда, О.Ю. Шипулина, Е.В. Шипицына, А.М. Савичева, Г.А. Шипулин // Материалы 7-ой Всероссийской научно-практической конференции «Молекулярная диагностика 2010». - 2010. - Москва, 2010. - Т. III. - С. 376-379.

41. Савичева, А.М. Лабораторная диагностика урогенитального трихомониаза. Методические рекомендации / А.М. Савичева, Т.В. Красносельских, Е.В. Соколовский, В.И. Кисина, Т.С. Смирнова, М.А. Башмакова, З.М. Мартикайнен, А.Н. Григорьев, Е.В. Рыбина, Е.В. Шипицына, С.Л. Зациорская, Л. Журавская, Г.В. Гриненко, А.В. Игнатовский, И.В. Литвиненко, Р. Баллард, А. Халлен, М. Унемо, М. Домейка. - Санкт-Петербург: Н-Л, 2011. - 36 с.

42. Сухих, Г.Т. Профилактика рака шейки матки. Руководство для врачей / Г.Т. Сухих, В.Н. Прилепская, Т.Н. Бебнева, М.Г. Галицкая, Н.В. Зароченцева, В.П. Козаченко, Л.А. Коломиец, М.Н. Костава, В.И. Краснопольский, Д.А. Куевда, Р.Я. Мешкова, Г.Н. Минкина, Л.С. Намазова-Баранова, Н.М. Подзолкова, С.И. Роговская, А.М. Савичева, В.К. Таточенко, А.Ф. Урманчеева, С.М. Харит, И.П. Шабалова, И.Л. Шаханина, Е.В. Шипицына, О.Ю. Шипулина. - Москва: МЕДпресс-информ, 2012. - 192 с.

43. Домейка, М. Руководство по лабораторной диагностике инфекций урогенитального тракта / М. Домейка, А.М. Савичева, Е.В. Соколовский, Р. Баллард, М. Унемо, М. Ворд, К. Айсон, Й. Сков-Йенсен, Е.В. Шипицына, Т. Брилене, Т. Красносельских. - Санкт-Петербург: Н-Л, 2012. - 288 с.

44. Shipitsyna, E. Comparison of microscopy, culture and polymerase chain reaction used for laboratory diagnosis of Neisseria gonorrhoeae in St. Petersburg, Russia / E. Shipitsyna, Z. Martikainen, A. Kirpicheva, M. Unemo, A. Savicheva, S. Sahartseva, I. Afonona, E. Sokolovsky, M. Domeika // Proceedings of the 22^nd IUSTI-Europe Conference on STI's. - Versailles, France, 2006. - Int. J. STD/AIDS. - Vol. 17, Suppl. 1. - P. 35.

45. Shipitsyna, E. Type-specific persistence of high-risk human papillomavirus DNA as a factor of cervical neoplastic progression / E. Shipitsyna, E. Orzheskovskaya, E. Yushmanova, A. Savicheva // Proceedings of the 6th International Multidisciplinary Congress Eurogen. - Paris, France, 2006. - P. 137.

46. Shipitsyna, E. Evaluation of nucleic acid amplification tests (NAATS) for diagnosis of Neisseria gonorrhoeae in Russia / E. Shipitsyna, M.Unemo, A. Guschin, A. Maximova, P. Ryzhikh, A. Savicheva, E. Sokolovsky, M. Domeika // Proceedings of the 17^th ISSTDR and 10^th IUSTI World congress. - Seattle, USA, 2007. - P. 184-185.

47. Shipitsyna, E. Evaluation of PCR assays for diagnosis of Chlamydia trachomatis in Russia / E. Shipitsyna, E. Zolotoverkhaya, I. Agne-Stadling, A. Krysanova, A. Benkovich, A. Savicheva, E. Sokolovsky, M. Unemo, M. Domeika // Proceedings of the 23^rd IUSTI-EUROPE Conference on STI's and HIV/AIDS. - Cavtat/Dubrovnik, Croatia, 2007. - P. 98.

48. Guschin, A. Development and clinical evaluation of a new real-time NASBA assay for the diagnosis of genital Chlamydia trachomatis infection / A. Guschin, E. Shipitsyna, P. Ryzhikh, A. Krysanova, G. Shipulin, N. Vorobyova, A. Savicheva, M. Domeika // Proceedings of the 6^th meeting of Europe Society for Chlamydia research. - Arhus, Denmark, 2008. - P. 213-214.

49. Shipitsyna, E. Evaluation of five PCR assays used for diagnosis of Mycoplasma genitalium in Russia / E. Shipitsyna, E. Zolotoverkhaya, A. Krysanova, A. Benkovich, B. Dohn, A. Savicheva, E. Sokolovsky, J. Jensen, M. Domeika, M. Unemo // Proceedings of the 24^th IUSTI-Europe Conference on STI and HIV/AIDs. - Milan, Italy, 2008. - P. 70.

50. Shipitsyna, E. Evaluation of six nucleic acid amplification tests (NAATs) used for diagnosis of Neisseria gonorrhoeae in Russia to an internationally validated real-time porA pseudogene PCR / E. Shipitsyna, E. Zolotoverkhaya, S.O. Hjelmevoll, A. Benkovich, A. Krysanova, A. Savicheva, E. Sokolovsky, V. Skogen, M. Domeika, M. Unemo // Proceedings of the 24^th IUSTI-Europe Conference on STI and HIV/AIDs. - Milan, Italy, 2008. - P. 69.

51. Zolotoverkhaya, E. Epidemiology of high-risk human papillomavirus infections and associated cervical lesions in women over 30 years of age in St. Petersburg, Russia / E. Zolotoverkhaya, E. Shipitsyna, D. Kuevda, O. Shipulina, I. Kostyuchek, A. Savicheva // Proceedings of the 20^th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. - Vienna, Austria, 2010. - Clin. Microbiol. Infect. - Vol. 16, Suppl. 2. - P. S327.

52. Savicheva, A. First quality validation of diagnostic system for STIs produced in Eastern Europe using internationally acknowledged standards / A. Savicheva, E. Shipitsyna, M. Domeika, M. Unemo // Proceedings of the 25^th IUSTI-Europe conference. - Tbilisi, Georgia, 2010. - P. 28

53. Shipitsyna, E. Prevalence and predictors of genital Chlamydia trachomatis infection among attenders of youth centres in St. Petersburg, Russia / E. Shipitsyna T. Krasnoselskikh, E. Zolotoverkhaya, A. Savicheva, E. Sokolovsky, M. Domeika, M. Unemo. // Proceedings of the 12^th International Symposium on Human Chlamydial Infections. - Salzburg, Austria, 2010. - P. 421-424.

Размещено на Allbest.ru