Молекулярные аспекты функционирования рибосомных РНК
Разработка методологии изучения функций модифицированных нуклеотидов. Выделение субчастиц с помощью аффинной хроматографии. Способы определения эффективности отдельных стадий трансляции. Изучение механизма направленного мутагенеза компонентов рибосомы.
| Рубрика | Химия |
| Вид | автореферат |
| Язык | русский |
| Дата добавления | 27.02.2018 |
| Размер файла | 8,5 M |
Отправить свою хорошую работу в базу знаний просто. Используйте форму, расположенную ниже
Студенты, аспиранты, молодые ученые, использующие базу знаний в своей учебе и работе, будут вам очень благодарны.
Несколько нуклеотидных остатков, чья реакционная способность по отношению к химическим реагентам изменилась в результате мутации InsC1030/G1124 были расположены на значительном удалении от места мутации, GAC и спирали 89 23S рРНК (Рис. 24б,в). Эта группа нуклеотидов либо входила в состав петли спирали 96, либо участвовала в третичных взаимодействиях со спиралью 96 (Рис. 24, 25). Как могла измениться конформация этих нуклеотидов 23S рРНК? Мы обратили внимание на то, что спирали 96 и 97 образуют монолитный спиральный элемент, скрепленный коаксиальным стекинг-взаимодействием (Рис. 24в). Верхняя часть этого спирального элемента находится под “сгибом” спирали 42, образованном К-поворотом. Со стороны спирали 97, во взаимодействии со спиралью 42 участвует нуклеотид G2751. Его реакционная способность по отношению к кетоксалю меняется у нескольких типов мутантных рибосом. Видимо, при образовании “закрытой” конформации GAC спираль 42 “давит” на спиральный элемент, образованный спиралями 97 и 96 23S рРНК. При этом разрываются контакты петли спирали 96 с ее окружением. Спирали 97 и 96 служат своеобразным “ограничителем” и “амортизатором” движения GAC. Заметим, что SRL (спираль 95) присоединена к этому спиральному элементу. Таким образом, конформация SRL оказывается зависимой от положения GAC, что мы можем наблюдать при помощи химической модификации (Рис. 24, 25).
Рисунок 26. Оценка эффективности отдельных стадий элонгационного цикла с помощью пошаговой трансляции in vitro.
Компоненты, участвующие в образовании функционального комплекса подписаны сверху от авторадиограммы. WT - дикий тип, Ins - вставка в спираль 42 23S рРНК. Цифры соответствуют расстоянию (в нуклеотидах) места остановки обратной транскрипции от А в инициаторном AUG кодоне. Использовали олигонуклеотид, комплементарный нуклеотидам 50-76 мРНК считая от инициаторного кодона.
Рисунок 27. Оценка влияния вставки пары нуклеотидов в спираль 42 23S рРНК на связывание и функционирование EF-Tu.
А. Зависимость от времени степени гидролиза GTP фактором элонгации Tu. Черные значки соответствуют комплексам рибосом дикого типа, а серые - комплексам рибосом, со вставкой в спирали 42 23S рРНК. Использовали комплексы Phe-тРНКPhe*EF-Tu*GTP (круги), соответствующие, и Lys-тРНКLys*EF-Tu*GTP (квадраты), не соответствующие кодону мРНК в А участке.
Б. Оценка взаимодействия EF-Tu с SRL и влияние на нее вставки в спираль 42 23S рРНК. A, C, G, U - дорожки определения нуклеотидной последовательности.
Модификацию проводили DMS, К - без модификации. Компоненты, функциональных комплексов, подписаны сверху от авторадиограммы. WT - дикий тип, Ins - вставка в спираль 42 23S рРНК. Нуклеотиды А2660 и А2665 отмечены стрелками. Использовали олигонуклеотид, комплементарный нуклеотидам 2730-2749 23S рРНК.
Влияет ли перемещение GAC к спирали 89 23S рРНК на активность факторов элонгации и передачу аллостерического сигнала от Р/Е участка к GAC и SRL? Мы использовали метод тоупринтинга для того, чтобы найти ту стадию цикла элонгации, на которую оказывает влияние летальная мутация InsC1030/G1124 23S рРНК (Рис. 26).
В опыте, результаты которого показаны на рисунке 26, мы связывали тРНКfMet с Р участком рибосомы, затем связывали AcPhe-тРНКPhe с А участком.
Добавление EF-G*GTP вызвало транслокацию в случае рибосом дикого типа. Эффективность транслокации была снижена для мутантных рибосом (Рис. 26). Последующее добавление Lys-тРНКLys*EF-Tu*GTP приводило к образованию AcPheLys-тРНКLys в А участке рибосом дикого типа и ее транслокации.
Рибосомы, содержащие вставку пары оснований в спирали 42 23S рРНК оставались в претранслокационном состоянии (Рис. 26).
Для рибосом, несущих мутацию, после 10 минут инкубации, вообще не видно продукта, содержащего в Р участке AcPheLys-тРНКLys . Из результатов приведенных опытов мы сделали вывод, что образование “закрытой” конформации GAC препятствует транслокации.
Рисунок 28. Оценка влияния вставки пары нуклеотидов в спираль 42 23S рРНК на связывание и функционирование EF-G.
А. Оценка взаимодействия EF-G с SRL. A, C, G, U - дорожки определения нуклеотидной последовательности. Модификацию проводили DMS, К - без модификации. Компоненты функциональных комплексов, подписаны сверху. WT - дикий тип, Ins - вставка в спираль 42 23S рРНК. Нуклеотид А2660 отмечен стрелкой. Использовали олигонуклеотид, комплементарный нуклеотидам 2730-2749 23S рРНК. Б. Оценка взаимодействия EF-G с GAC и влияние на нее вставки пары нуклеотидов в спираль 42 23S рРНК. Обозначения те же, что и для панели А. Нуклеотид А1067 отмечена стрелкой. Использовали олигонуклеотид, комплементарный нуклеотидам 1121-1140 23S рРНК.
В. Зависимость от концентрации EF-G скорости не сопряженного с транслокацией гидролиза GTP, стимулированного рибосомами дикого типа (черные квадраты), рибосомами, несущими вставку пары нуклеотидов в спираль 42 23S рРНК (серые квадраты), комплексами рибосом дикого типа с polyU и тРНКPhe (черные круги) и комплексами рибосом, несущими вставку пары нуклеотидов в спираль 42 23S рРНК, с polyU и тРНКPhe (серые круги).
Поскольку при проведении реакции in vitro, связывание аа-тРНК с А участком рибосомы возможно и без посредства EF-Tu, необходимо было удостовериться, что EF-Tu может способствовать связыванию аа-тРНК с А участком мутантных рибосом.
Мы образовали комплекс рибосомы с мРНК, кодирующей пептид MFK и fMet-тРНКfMet, так же, как мы делали это в опытах, описанных в предыдущем разделе.
В декодирующем центре малой субчастицы оказывался кодон UUC, кодирующий фенилаланин. Далее, мы проводили связывание Phe-тРНКPhe*EF-Tu*GTP или Lys-тРНКLys*EF-Tu*GTP с А участком и измеряли уровень гидролиза GTP (Рис. 27а).
Как рибосомы дикого типа, так и рибосомы, несущие мутацию InsC1030/G1124 23S рРНК, способствовали кодон-зависимому гидролизу GTP элонгационным фактором Tu. Для того, чтобы оценить, не изменилось ли сродство EF-Tu к рибосоме в результате мутации InsC1030/G1124 23S рРНК, мы использовали метод защиты нуклеотидов 23S рРНК от химической модификации.
Связывание комплекса Phe-тРНКPhe*EF-Tu*GDPNP с рибосомами, содержащими мРНК, кодирующую пептид MFK, и fMet-тРНКfMet снижало реакционную способность нуклеотидов А2660 и А2665 по отношению к DMS (Рис. 27б).
При этом не было обнаружено никакого различия между рибосомами дикого типа и рибосомами, несущими мутацию InsC1030/G1124 23S рРНК, в степени связывания Phe-тРНКPhe*EF-Tu*GDPNP. Мы пришли к выводу о том, что образование “закрытого” состояния GAC никак не влияет на функционирование EF-Tu.
Поскольку применение тоупринтинга показало, что мутация InsC1030/G1124 23S рРНК нарушает процесс транслокации, мы изучили взаимодействие EF-G с мутантными рибосомами (Рис. 28).
Эффективность связывания EF-G с рибосомами оценивалась с помощью защиты нуклеотидов 23S рРНК от химической модификации при образовании комплекса рибосомы с EF-G (Рис. 28а,б).
Реакционная способность нуклеотидов А2660 (Рис. 28а) и А1067 (Рис. 28б) при взаимодействии рибосомы с EF-G снижается. Оказалось, что смещение GAC к спирали 89 сильно ингибирует связывание EF-G с рибосомой. Мы также изучили влияние мутации InsC1030/G1124 23S рРНК на эффективность передачи аллостерического сигнала от Р/Е участка к EF-G.
Для этого измеряли то, как связывание деацилированной тРНК с Р/Е участком рибосомы стимулирует не сопряженную с транслокацией GTPазную активность EF-G (Рис. 28в).
Оказалось, что вставка пары оснований в спираль 42 23S рРНК полностью подавляет передачу аллостерического сигнала. Даже когда деацилированная тРНК связана с Р/Е участком рибосомы, несущей мутацию, EF-G этого “не видит”.
Мы показали, что если GAC находится в “закрытом” состоянии, это не препятствует связыванию и функционированию EF-Tu, но препятствует связыванию и функционированию EF-G. На основании этого результата мы сделали вывод, что положение GAC определяет, какой из факторов элонгации может связаться с рибосомой. “Закрытое” состояние GAC способствует связыванию тройного комплекса аа-тРНК*EF-Tu*GTP, а “открытое” - связыванию EF-G*GTP.
Как перемещение GAC (Рис. 29а) может регулировать выбор EF-Tu или EF-G? Эти белки имеют весьма сходное строение.
Сходство структур аа-тРНК*EF-Tu*GTP (Рис. 29б) и EF-G*GDP (Рис. 29в) легло в основу гипотезы молекулярной мимикрии.
Структура G-доменов обоих факторов очень похожа. Участок связывания GTP/GDP имеет консервативную структуру и взаимодействует, согласно результатам, полученным с помощью криоЭМ, с SRL. В отличие от GAC, SRL не меняет своего положения в пространственной структуре 50S субчастицы (Рис. 29а).
В строении комплексов аа-тРНК*EF-Tu*GTP (Рис. 29б) и EF-G*GDP (Рис. 29в) можно увидеть важные различия. Так, EF-G содержит дополнительный минидомен - G'. Именно с G'-доменом перед гидролизом GTP взаимодействует С-домен L7/L12 и N-домен L11, образуя “арку”, существование которой было показано с помощью криоЭМ.
Белки L7/L12 связаны со спиралью 42 посредством белка L10, а белок L11 напрямую связан с GAC. Переход GAC в “закрытое” состояние может быть необходим для изменения положения С-домена L7/L12 и N-домена L11. У белка EF-Tu нет G'-домена и взаимодействие с С-доменом L7/L12 осуществляется спиралью D G-домена EF-Tu.
Спираль А G'- домена EF-G расположена практически параллельно спирали D EF-Tu при выравнивании структур факторов элонгации в пространстве (Рис. 29б,г).
Рисунок 29. Модель селективного связывания факторов элонгации в зависимости от конформации GAC рибосомы.
А. Фрагменты структуры 23S рРНК H. marismortui (GAC показан оранжевым) и D. radiodurans (GAC показан желтым). Зеленый кружок обозначает приблизительное место контакта нуклеотид-связывающего кармана факторов элонгации с рРНК. Красный кружок показывает приблизительное место взаимодействия тройного комплекса EF-Tu с GAC, синий - место взаимодействия EF-G с GAC.
Б. Структура тройного комплекса аа-тРНК*EF-Tu*GTP. Зеленым показан GTP, красным - спираль D G-домена EF-Tu, взаимодействующая с белком L7/L12, прикрепленным к месту соединения спирали 42 и GAC.
В. Структура комплекса EF-G*GDP. Зеленым показан GDP, синим - спираль А G'-домена EF-G, взаимодействующая с белком L7/L12, прикрепленным к месту соединения спирали 42 и GAC. Г. Модель взаимодействия факторов элонгации с рибосомой. Крупная полусфера - большая, маленькая - малая субчастицы. “Рука” обозначает GAC и присоединенные к нему белки L11 и L7/L12. Закрытая и открытая конформации GAC показаны в виде “длинной” и ”короткой” “руки”. А, Р и Е - тРНК, связанные с соответствующими участками. EF-Tu и EF-G подписаны. Обозначены претранслокационное (PRE) и посттранслокационное (POST) состояния рибосомы.
Модель селекции факторов элонгации при прохождении рибосомой по циклу элонгации представлена на рисунке 29г. Согласно модели, движение GAC изменяет взаиморасположение двух участков связывания факторов элонгации - GAC и SRL (Рис. 29а). Большее расстояние между GAC и SRL необходимо для связывания и функциональной активности EF-G. Этот фактор взаимодействует с белками, ассоциированными с GAC, A спиралью G'-домена при “закрытой” конформации GAC и, после перемещения GAC в “открытую” конформацию может взаимодействовать с SRL участком связывания нуклеотида (Рис. 29). Такой переход невозможен для рибосом, несущих мутацию InsC1030/G1124 23S рРНК. Напротив, EF-Tu связывается при “открытой” конформации GAC, с помощью D спирали G-домена. Для дальнейших шагов в функционировании EF-Tu необходим переход GAC в “закрытую” конформацию. При этом SRL вступает в контакт с участком связывания нуклеотида EF-Tu. По-видимому, комплекс аа-тРНК*EF-Tu*GTP может связываться напрямую с рибосомами, у которых GAC находится в “закрытой” конформации из-за мутации InsC1030/G1124 23S рРНК. При таком взаимодействии и GAC и SRL образуют контакты с аа-тРНК*EF-Tu*GTP одновременно.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
В работе удалось разработать комплекс методов, позволяющий определять функциональную роль элементов рРНК в трансляции.
Сейчас, после определения пространственной структуры рибосомы, появилась возможность рационально планировать направленный мутагенез рРНК.
Если раньше мутагенезу подвергали нуклеотиды, взаимодействие которых с лигандами рибосомы было показано с помощью пришивок и химической модификации, то сейчас стало возможным направленно изменять третичные контакты, поддерживающие архитектуру функциональных центров и осуществляющие их взаимодействие.
Разработан метод выделения рибосом, несущих летальные мутации. Дополняя использование штаммов, в которых рРНК кодируется только на плазмиде, этот метод позволяет выделять рибосомы, несущие любые мутации.
Метод тоупринтинга позволяет выявить стадию трансляции, на которую влияет мутация.
При этом, взаимодействие факторов элонгации с рибосомой может быть изучено с помощью тестирования GTPазной активности и с помощью химической модификации комплекса фактора и рибосомы.
Тот же метод химической модификации позволяет оценить изменения структуры рРНК, вызванные мутацией.
Нам удалось доказать, а в ряде случаев опровергнуть, гипотезы о функциональной роли элементов рРНК.
Мы получили ответы на вопросы о поддержании структуры декодирующего центра, о роли желоба, по которому аа-тРНК поступает в А участок, о роли Е и Р/Е участков связывания тРНК и о передаче аллостерического сигнала к участку связывания факторов элонгации.
Собранный нами набор методов может быть использован и в будущем, для изучения тех молекулярных механизмов работы рибосомы, которые еще не были изучены.
Выводы:
1. Гены yhhF, ybiN, ygjO и ycbY кодируют ферменты, метилирующие нуклеотиды G966 16S рРНК, A1618, G1835 и G2445 23S рРНК Escherichia coli.
Субстратом для YhhF служит 30S субчастица, для YbiN - рибонуклеопротеид, промежуточный в процессе сборки 50S субчастиц, и депротеинизированная 23S рРНК для YgjO и YcbY.
Делеции генов yhhF, ybiN, ygjO и ycbY приводят к замедлению роста клеток, но не летальны.
2. Третичные взаимодействия нуклеотидов A1201 и А1191 спирали 34 16S рРНК, способствуют ассоциации субчастиц и обеспечения точности трансляции.
3. Сужение, образованное нуклеотидами U2492, C2556 и C2573 23S рРНК на пути перемещения аминоацил-тРНК в А участок не влияет на скорость этого перемещения.
4. Перемещение деацилированной тРНК из Р в Р/Е участок способствует взаимодействию EF-G*GTP с рибосомой, повышает эффективность и точность транслокации.
5. Межсубчастичный мостик В1а не важен для транслокации, но способствует формированию структуры 50S субчастицы.
6. Мутации нуклеотида А960 23S рРНК стабилизируют конформацию рибосомы, в которой нуклеотиды, образующие Р участок 50S субчастицы защищены от действия модифицирующих реагентов.
7. Взаимодействие петель спиралей 89 и 91 23S рРНК не важно для элонгации трансляции, но способствует функционированию фактора инициации 2.
8. Прочное взаимодействие EF-G с SRL не важно для GTPазной активности EF-G, но необходимо для транслокации.
9. Вставка пары нуклеотидов в спираль 42 23S рРНК, предположительно сближающая GAC и SRL, нарушает аллостерическое взаимодействие между Р/Е участком связывания тРНК и участком связывания факторов элонгации, благоприятно для связывания и функциональной активности EF-Tu и ингибирует связывание и функциональную активность EF-G.
СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ
Статьи в научных журналах
1. Bogdanov A., Dontsova O., Rinke-Appel J., Dokudovskaya S., Lavrik I., Alekseeva K., Spanchenko O., Sergiev P., Baranov P., Shirokova E., Nierhaus K., and Brimacombe R. Thio-substituted derivatives of RNA: application in protein biosynthesis studies. // Nucl. Acids Symp. Ser. - 1994 - v. 31. - p. 273-274.
2. Sergiev P.V., Lavrik I.N., Wlasoff V.A., Dokudovskaya S.S., Dontsova O.A., Bogdanov A.A. and Brimacombe R. The path of mRNA through the bacterial ribosome: A site-directed cross-linking study using new photoreactive derivatives of guanosine and uridine. // RNA. - 1997-v. 3. - p. 464-475.
3. Sergiev P.V., Dokudovskaya S.S., Topin A., Petrov A., Shpanchenko O.V., Dontsova O.A., Brimacombe R. and Bogdanov A.A. The environment of 5S rRNA in the Escherichia coli ribosome: a cross-linking study.// Nucl. Acids Symp. Ser. - 1997 - v. 36. - p. 181-183.
4. Baranov P.V., Sergiev P.V., Dontsova O.A., Bogdanov A.A. and Brimacombe R. The Database of Ribosomal Cross links (DRC). // Nucl. Acids Res. - 1998- v. 26. - p. 187-189.
5. Sergiev P., Dokudovskaya S., Romanova E., Topin A., Bogdanov A., Brimacombe R. and Dontsova O. The environment of 5S rRNA in the ribosome: cross-links to the GTPase-associated area of 23S rRNA. // Nucl. Acids Res. - 1998 - v. 26. - p. 2519-2525.
6. Сергиев П.В., Лаврик И.Н., Докудовская С.С., Донцова О.А. и Богданов А.А. Структура декодирующего центра рибосомы. // Биохимия - 1998 - т.63 - вып. 8. - с. 1129-1143.
7. Леонов А.А., Сергиев П.В., Донцова О.А. и Богданов А.A. Направленное введение фотоаффинных реагентов во внутренние участки РНК. // Молекулярная биология - 1999 - т.33 - с. 1063-1073.
8. Bogdanov A.A., Sergiev P.V., Lavrik I.N., Spanchenko O.V., Leonov A.A., and Dontsova O.A. Modern Site-Directed Cross-Linking Approaches: Implications for Ribosome Structure and Functions. //In The Ribosome; Structure, Function, Antibiotics, and Cellular Interactions/ Eds: Garrett R.A., Douthwaite S.R., Liljas A., Matheson A.T., Moore P.B., and Noller H.F.- 2000 - ASM Press. Washington D.C. - pp.245-255.
9. Sergiev P.V., Bogdanov A.A., Dahlberg A.E., Dontsova O. Mutations at position A960 of E. coli 23 S ribosomal RNA influence the structure of 5 S ribosomal RNA and the peptidyltransferase region of 23S ribosomal RNA. // J. Mol. Biol. - 2000 - v.299. - p.379-389.
10. Matadeen R, Sergiev P, Leonov A, Pape T, van der Sluis E, Mueller F, Osswald M, von Knoblauch K, Brimacombe R, Bogdanov A, van Heel M, Dontsova O. Direct Localization by Cryo-electron Microscopy of Secondary Structural Elements in Escherichia coli 23 S rRNA which Differ from the Corresponding Regions in Haloarcula marismortui. // J. Mol. Biol. - 2001 -v.307. - p.1341-1349.
11. Сергиев П.В., Донцова О.А., Богданов А.А. Изучение структуры прокариотической рибосомы биохимическими методами: Судный день. // Молекулярная биология - 2001 - т.35 - с. 559-583.
12. Kubarenko A.V., Sergiev P.V., Bogdanov A.A., Brimacombe R. and Dontsova O.A. A protonated base pair participating in rRNA tertiary structural interactions. // Nucleic Acids Res. - 2001 - v. 29. - p. 5067-5070.
13. Smith M.W., Meskauskas A., Wang P., Sergiev P., and Dinman J.D. Saturation mutagenesis of 5S rRNA in Saccharomyces cerevisiae. // Mol Cell Biol. - 2001 - v. 21. - p. 8264-8275.
14. Avdeeva O.N., Myasnikov A.G., Sergiev P.V., Bogdanov A.A., Brimacombe R. and Dontsova O.A. The construction of the “minimal” SRP interacting with the translating ribosome but not with specific membrane receptor in E. coli. // FEBS Lett. - 2002 - v. 514. - p. 70-73.
15. Rinke-Appel J., Osswald M., von Knoblauch K., Mueller F., Brimacombe R., Sergiev P., Avdeeva O., Bogdanov A., and Dontsova O. Crosslinking of 4.5S RNA to the Escherichia coli ribosome in the presence or absence of the protein Ffh. // RNA - 2002 - v. 8. - p. 612-625.
16. Sergiev P., Leonov A., Dokudovskaya S., Shpanchenko O., Dontsova O., Bogdanov A., Rinke-Appel J., Mueller F., Osswald M., von Knoblauch K., and Brimacombe R. Correlating the X-ray structures for halo- and thermophylic ribosomal subunits with biochemical data for the Escherichia coli ribosome. // Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology, v. LXVI - The Ribosome, CSH Laboratory Press - 2001 - p.87-100.
17. Leonov A.A., Sergiev P.V., Bogdanov A.A., Brimacombe R., Dontsova O.A. Affinity purification of ribosomes with a lethal G2655C mutation in 23 S rRNA that affects the translocation. // J. Biol. Chem. - 2003 - v. 278 - p. 25664-25670.
18. Кубаренко А.В., Лаврик И.Н., Сергиев П.В., Хойпль М., Роднина М., Винтермаер В., Богданов А.А., Донцова О.А. Метод фотоаффинного химического сшивания как способ выявления контактов фактора элонгации G с малой субчастицей рибосомы. // Доклады Академии Наук - 2003 - т.393 - вып.1 - с.124-127.
19. Лаврик И.Н., Сергиев П.В., Богданов А.А., Zimmermann R.A., и Донцова О.А. Рибосома Escherichia coli как модель для апробации новых фотоаффинных аналогов тРНК, содержащих остатки 6-тиогуанозина. // Молекулярная биология - 2004 - т.38 - вып. 5. - с. 937-944.
20. Кубаренко А.В., Сергиев П.В., Роднина М.В. GTPазы аппарата трансляции. // Молекулярная биология - 2005 - т.39 - вып. 5. - с. 746-751.
21. Kiparisov S, Petrov A, Meskauskas A, Sergiev P.V., Dontsova O.A., Dinman J.D. Structural and functional analysis of 5S rRNA in Saccharomyces cerevisiae. // Mol Genet Genomics. - 2005 - v. 274 - pp.235-247.
22. Sergiev P.V., Lesnyak D.V., Burakovsky D.E., Kiparisov S.V., Leonov A.A., Bogdanov A.A., Brimacombe R., Dontsova O.A. Alteration in location of a conserved GTPase-associated center of the ribosome induced by mutagenesis influences the structure of peptidyltransferase center and activity of elongation factor G. // J. Biol. Chem. - 2005 - v. 280 - pp.31882-31889.
23. Sergiev P.V., Kiparisov S.V., Burakovsky D.E., Lesnyak D.V., Leonov A.A, Bogdanov A.A., Dontsova O.A. The conserved A-site finger of the 23 S rRNA: just one of the intersubunit bridges or a part of the allosteric communication pathway? // J. Mol. Biol. - 2005 - v. 353 - pp.116-123.
24. Sergiev P.V., Bogdanov A.A., Dontsova O.A. How can elongation factors EF-G and EF-Tu discriminate the functional state of the ribosome using the same binding site? // FEBS Lett. - 2005 - v. 579 - pp.5439-5442.
25. Sergiev P.V., Lesnyak D.V., Kiparisov S.V., Burakovsky D.E., Leonov A.A, Bogdanov A.A., Brimacombe R., Dontsova O.A.
Function of the ribosomal E-site: a mutagenesis study. // Nucleic Acids Res. - 2005 - v. 33 - pp.6048-6056.
26. Kovalskaya O.N., Sergiev P.V., Bogdanov A.A., Dontsova O.A. // Does a deficiency of the signal recognition particle (SRP)-pathway affect the biosynthesis of its components in Saccharomyces cerevisiae and Escherichia coli? Biochemistry (Mosc). - 2006 - v. 71 - pp.723-729.
27. Кипарисов С.В., Сергиев П.В., Богданов А.А., Донцова О.А. // Конформационные изменения рибосомы в процессе элогнационного цикла. Молекулярная биология - 2006 - т.40 - вып. 4. - с. 1-14.
28. Kubarenko A., Sergiev P., Wintermeyer W., Dontsova O., Rodnina M.V. // Involvement of helix 34 of 16S rRNA in decoding and translocation on the ribosome. J. Biol. Chem. - 2006 - v. 281 - pp. 35235-35244.
29. Lesnyak D.V., Sergiev P.V., Bogdanov A.A., Dontsova O.A. // Identification of Escherichia coli m(2)G methyltransferases: I. The ycbY gene encodes a methyltransferase specific for G2445 of the 23S rRNA. J. Mol. Biol. - 2006 - v. 364 - pp. 20-25.
30. Sergiev P.V., Lesnyak D.V., Bogdanov A.A., Dontsova O.A. // Identification of Escherichia coli m(2)G methyltransferases: II. The ygjO gene encodes a methyltransferase specific for G1835 of the 23S rRNA. J. Mol. Biol. - 2006 - v. 364 - pp.26-31.
31. Sergiev P.V., Bogdanov A.A., Dontsova O.A. // Ribosomal RNA guanine-(N2)-methyltransferases and their targets. Nucleic Acids Res. - 2007 - v. 35 - pp. 2295-2301.
32. Lesnyak D.V., Osipiuk J., Skarina T., Sergiev P.V., Bogdanov A.A., Edwards A., Savchenko A., Joachimiak A., Dontsova O.A. // Methyltransferase that modifies guanine 966 of the 16 S rRNA: functional identification and tertiary structure. J. Biol. Chem. - 2007 - v. 282 - pp. 5880-5887.
33. Ковальская, О.Н., Сергиев, П.В., Богданов, А.А., Донцова, О.А. // Структурно-функциональная анатомия сигнал-узнающей частицы: от бактерий до млекопитающих. Успехи. Биол. Химии. - 2007 - т. 47 - с. 129-188.
34. Бураковский Д. Е., Смирнова А. С., Лесняк Д. В., Кипарисов С. В., Леонов А. А., Сергиев П. В., Богданов А. А., Донцова О. А. // Взаимодействие спиралей 89 и 91 23S рибосомной РНК Escherichia coli способствует функционированию IF2, но не важно для работы факторов элонгации. - 2007 - Молекулярная биология - т. 41 - вып. 6 - с. 1031-1041.
35. Sergiev, P.V., Serebryakova, M.V., Bogdanov, A.A., Dontsova, O.A. // The ybiN gene of E. coli encodes adenine-N6 methyltransferase specific for modification of A1618 of 23S ribosomal RNA, a methylated residue located close to the ribosomal exit tunnel. J. Mol. Biol., принято к печати
Избранные тезисы конференций
36. A.A. Bogdanov, P.V. Sergiev, A.A. Leonov, R. Brimacombe, A. Dahlberg, and O.A. Dontsova. Interaction between functional centers of the ribosome. LXVI Cold Spring Harbor Symposium on Quantitative Biology. The Ribosome. Cold Spring Harbor, 2001. Abstracts of papers presented. p. 11.
37. P.V. Sergiev, R. Matadeen, A.A. Leonov, T. Pape, E. van der Sluis, F.Mueller, M. Osswald, K. von Knoblauch, R. Brimacombe, A. Bogdanov, M. van Heel, O. Donstova. Cryo-electron microscopy localization of artificially extended helical elements of the 23S rRNA. RNA2001. 6th Annual Meeting of the RNA Society. 2001. Abstract book. p. 482.
38. P.V. Sergiev, O.N. Avdeeva, A.A. Bogdanov, R. Brimacombe. Study of the interaction of Escherichia coli signal recognition particle with the ribosome. Meeting of International Research Scholars. Vancouver. Canada. 2001. Program and Abstract. p. 37.
39. O.A. Dontsova, P.V. Sergiev, O.N. Avdeeva, O.V. Shpanchenko, M.I. Zvereva, P. V. Ivanov, N.I. Topilina, G. Aglyamova, A.A. Bogdanov, M. Kalkum, Y. Teraoka, K.H. Nierhaus and R. Brimacombe. Interaction of RNP with the E.coli ribosome. International conference in honour of Alexander Spirin. Protein synthesis. Pushchino.Russia.2001. Abstract book. p.12.
40. P.Sergiev, R.Matadeen, A.Leonov, T. Pape, E. van der Sluis, F.Mueller, M. Osswald, K. von Knoblauch, R. Brimacombe, A. Bogdanov, M. van. Heel, O. Donstova. Localization of helical elements of E.coli 23S rRNA that differ from the H marismortui. 23S rRNA. International conference in honour of Alexander Spirin. Protein synthesis. Pushchino.Russia. 2001. Abstract book. p. 85.
41. O.A.Dontsova, P.V.Sergiev, A.A.Leonov, R.Brimacombe, A.Dahlberg, A.A.Bogdanov. Interaction between functional centers of the ribosome. The Dynamics of Ribosome Structure and Function. Queenstown, New Zealand. 27th January-1st February 2002. Abstracts.Programme. p.43.
42. P.V. Sergiev, O.N. Avdeeva, R. Brimacombe, A.A. Bogdanov, O.A. Dontsova. Interaction of SRP with the E.coli ribosome. Interaction between functional centers of the ribosome. The Dynamics of Ribosome Structure and Function. Queenstown, New Zealand. 27th January-1st February 2002. Abstracts.Programme. p.45.
43. P.V. Sergiev, A.A. Leonov, A.A. Bogdanov, R. Brimacombe, O.A. Dontsova. Isolation of ribosomes with a lethal G2655C mutation in 23S rRNA that affects the translocation. 8th Annual Meeting of the RNA Society “RNA 2003”. July 1-July 6, 2003. Vienna, Austria. p.707.
44. P. Sergiev, D. Lesnyak, D. Burakovsky, S. Kiparisov, A. Leonov, A. Bogdanov, and O. Dontsova. Communication Between the Ribosomal P- and E-sites and Elongation Factor Binding Sites. - Eleventh Annual Meeting of the RNA Society "RNA 2006", Seattle, Washington, June 20-25, 2006, p. 274.
45. P.V. Sergiev, D.V. Lesnyak, D.E. Burakovsky, S.V. Kiparisov, A.A. Leonov, A.A. Bogdanov, and O.A. Dontsova. Communication between the functional centers of the ribosome. - The 8th International Engelhardt Conference on Molecular Biology "RNA - Protein Interactions", Buran Conference Center, Moscow, August 19-24, 2006, p. 23.
46. P. Sergiev, D. Lesnyak, D. Burakovsky, A. Smirnova, A. Bogdanov, O. Dontsova. Conformation signals that determine the activity of translational factors: site-directed mutagenesis and biochemical studies. “Ribosome: form & function”, North Falmouth, USA, 3-8 June, 2007, Abstract book, p. 22.
47. P. Sergiev, D. Lesnyak, A. Bogdanov, O. Dontsova. Escherichia coli m2G methyltransferases. Identification of the new enzymes and mystery of their functional role. “Ribosome: form & function”, North Falmouth, USA, 3-8 June, 2007, Abstract book, p. 171.
Размещено на Allbest.ru
...Подобные документы
Способы идентификации компонентов, регистрация пиков в хроматографии. Изучение образца для постулирования присутствия конкретных веществ. Идентификация нехроматографическими методами, спектральный анализ непосредственно в хроматографической системе.
реферат [37,3 K], добавлен 12.01.2010Синтез и изучение свойств модифицированных силикагелей. Применение модифицированных кремнеземов в аналитической химии. Методика фотометрического определения металлов в водной фазе. Изучение сорбционных характеристик модифицированного силикагеля.
дипломная работа [1,5 M], добавлен 14.10.2013Основы метода обращенной газовой хроматографии. Газовая хроматография - универсальный метод качественного и количественного анализа сложных смесей и способ получения отдельных компонентов в чистом виде. Применение обращенной газовой хроматографии.
курсовая работа [28,9 K], добавлен 09.01.2010Выбор компонентов разрабатываемых композиций с пониженной горючестью. Кинетика отверждения модифицированных композиций. Физико-механические свойства модифицированных эпоксидных композиций. Влияние замедлителей горения на горение эпоксидных композиций.
статья [60,2 K], добавлен 05.04.2009Явления, происходящие при хроматографии. Два подхода к объяснению - теория теоретических тарелок и кинетическая теория. Газовая, жидкостная, бумажная хроматография. Ионообменный метод. Случаи применения ионообменной хроматографии. Гельхроматографирование.
реферат [69,4 K], добавлен 24.01.2009Получение смешанных алюмооксидных носителей. Состояние комплексов алюминия в спиртовых растворах. Дегидратация бутанола на модифицированных оксидах алюминия. Гидролиз бинарных систем. Исследование каталитической активности. Получение алкоголятов алюминия.
дипломная работа [1,5 M], добавлен 10.10.2012Комплектные приборы с высокой степенью автоматизации для жидкостной хроматографии. Принципиальная схема жидкостного хроматографа. Современные насосы для жидкостной хроматографии. Устройства для формирования градиента. Инжекторы для ввода пробы, детекторы.
контрольная работа [210,5 K], добавлен 12.01.2010Основные требования к растворителям. Элюирующая сила растворителя и элюотропные ряды. Элюотропные серии для адсорбционной хроматографии на силикагеле. Вопрос о чистоте растворителя, адсорбционная очистка методом классической колоночной хроматографии.
реферат [41,5 K], добавлен 12.01.2010Сущность метода хроматографии, история его разработки и виды. Сферы применения хроматографии, приборы или установки для хроматографического разделения и анализа смесей веществ. Схема газового хроматографа, его основные системы и принцип действия.
реферат [130,2 K], добавлен 25.09.2010Понятие и структура полимерных сорбентов, история их создания и развития, значение в процессе распределительной хроматографии. Виды полимерных сорбентов, возможности их использования в эксклюзионной хроматографии. Особенности применения жестких гелей.
реферат [29,6 K], добавлен 07.01.2010Сущность и содержание ионно-парной хроматографии, ее использование в жидкостной хроматографии и экстракции для извлечения лекарств и их метаболитов из биологических жидкостей в органическую фазу. Варианты ионно-парной хроматографии, отличительные черты.
реферат [28,7 K], добавлен 07.01.2010Получение и особенности применения полистиролов в хроматографии и в качестве адсорбентов. Механизмы удерживания в условиях высокоэффективной жидкостной хроматографии. Структурные особенности кислородо- и азотосодержащих гетероциклических соединений.
дипломная работа [871,4 K], добавлен 10.03.2013Способ определения группового и компонентно-фракционного состава нестабильного газового конденсата методами газоадсорбционной и капиллярной газовой хроматографии с прямым вводом пробы НГК, находящейся под давление без предварительного разгазирования.
дипломная работа [1,1 M], добавлен 24.11.2015Применение консервантов для наиболее важных групп продуктов. Сущность метода определения сорбиновой и бензойной кислот в пищевых продуктах. Подготовка средств измерений, оборудования и реактивов. Приготовление подвижной фазы хроматографической системы.
презентация [1,1 M], добавлен 01.11.2016Общая характеристика процесса хроматографии. Физико-химические основы тонкослойной хроматографии, классификация методов анализа. Варианты хроматографии по фазовым состояниям. Контроль качества пищевых продуктов посредством метода ТСХ, оборудование.
курсовая работа [371,8 K], добавлен 27.12.2009Основные достоинства и недостатки теории валентных связей. Приближенные квантовохимические способы расчета волновых функций, энергетических уровней и свойств молекул. Метод молекулярных орбиталей Хюккеля. Связывающие и разрыхляющие молекулярные орбитали.
презентация [180,6 K], добавлен 31.10.2013Синтез 4-нитробензоилазида в несколько стадий из 4-нитробензальдегида. Изучение реакции ГМЦГ-аниона с азидом n-нитробензойной кислоты. Установление структуры полученных соединений на основании данных масс-спектрометрии. Описание и схема механизма реакции.
курсовая работа [700,8 K], добавлен 11.05.2015Общие принципы препаративной химии белков, особенности их выделения. Удаление небелковых примесей, разделение между собой собственно белковых компонентов. Характерные свойства белков, на которых основано разделение, гель-хроматография (гель-фильтрация).
научная работа [1,8 M], добавлен 17.12.2009Способы получения коллоидных систем; факторы, влияющие на скорость отдельных стадий процесса, правила коагуляциии. Астабилизирующее действие низкомолекулярных примесей в коллоидных растворах, методы их удаления: диализ, электродиализ и ультрафильтрация.
презентация [1,1 M], добавлен 17.09.2013Основы формальной кинетики. Понятия и определения. Гипотеза и определения (по Вант-Гоффу). Химический элементарный акт в теориях активации. Активационное уравнение Аррениуса. Молекулярные модели химического элементарного акта. Теория Активных Соударений.
реферат [143,5 K], добавлен 29.01.2009
