Полногеномное сравнение распределения ретроэлементов в ДНК человека и шимпанзе
Краткая характеристика и классификация мобильных элементов ДНК человека. Общая характеристика ретроэлементов. Эволюция автономных ретроэлементов. Появление метода репрезентативного дифференциального анализа и метода супрессионной вычитающей гибридизации.
Рубрика | Биология и естествознание |
Вид | диссертация |
Язык | русский |
Дата добавления | 18.11.2018 |
Размер файла | 4,6 M |
Отправить свою хорошую работу в базу знаний просто. Используйте форму, расположенную ниже
Студенты, аспиранты, молодые ученые, использующие базу знаний в своей учебе и работе, будут вам очень благодарны.
500. Sallie, R., Isolation of candidate genes by subtractive and sequential (Boolean) hybridization: an hypothesis. Med Hypotheses, 1995. 45(2): p. 142-6.
501. Chen, H., J.C. Pulido, and G.M. Duyk, MATS: a rapid and efficient method for the development of microsatellite markers from YACs. Genomics, 1995. 25(1): p. 1-8.
502. Zeschnigk, M., B. Horsthemke, and D. Lohmann, Detection of homozygous deletions in tumors by hybridization of representational difference analysis (RDA) products to chromosome- specific YAC clone arrays. Nucleic Acids Res, 1999. 27(21): p. e30.
503. Frohme, M., et al., Directed gap closure in large-scale sequencing projects. Genome Res, 2001. 11(5): p. 901-3.
504. Rosenberg, M., M. Przybylska, and D. Straus, "RFLP subtraction": a method for making libraries of polymorphic markers. Proc Natl Acad Sci U S A, 1994. 91(13): p. 6113-7.
505. Sasaki, H., et al., Highly efficient method for obtaining a subtracted genomic DNA library by the modified in-gel competitive reassociation method. Cancer Res, 1994. 54(22): p. 5821-3.
506. Diatchenko, L., et al., Suppression subtractive hybridization: a method for generating differentially regulated or tissue-specific cDNA probes and libraries. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1996. 93(12): p. 6025-6030.
507. Jin, H., et al., Differential screening of a subtracted cDNA library: a method to search for genes preferentially expressed in multiple tissues. Biotechniques, 1997. 23(6): p. 1084-6.
508. Akopyants, N.S., et al., PCR-based subtractive hybridization and differences in gene content among strains of Helicobacter pylori. Proc Natl Acad Sci U S A, 1998. 95(22): p. 13108-13.
509. Bonaldo, M.F., G. Lennon, and M.B. Soares, Normalization and subtraction: two approaches to facilitate gene discovery. Genome Res, 1996. 6(9): p. 791-806.
510. Rebrikov, D.V., et al., Mirror orientation selection (MOS): a method for eliminating false positive clones from libraries generated by suppression subtractive hybridization. Nucleic Acids Res, 2000. 28(20): p. E90.
511. Pardinas, J.R., et al., Differential subtraction display: a unified approach for isolation of cDNAs from differentially expressed genes. Anal Biochem, 1998. 257(2): p. 161-8.
512. Yang, G.P., et al., Combining SSH and cDNA microarrays for rapid identification of differentially expressed genes. Nucleic Acids Res, 1999. 27(6): p. 1517-23.
513. Carulli, J.P., et al., High throughput analysis of differential gene expression. J Cell Biochem Suppl, 1998. 31: p. 286-96.
514. Ying, S.Y. and S. Lin, High-performance subtractive hybridization of cDNAs by covalent bonding between specific complementary nucleotides. Biotechniques, 1999. 26(5): p. 966-8, 970-2, 979 passim.
515. Kuvbachieva, A.A. and A.M. Goffinet, A modification of Representational Difference Analysis, with application to the cloning of a candidate in the Reelin signalling pathway. BMC Mol Biol, 2002. 3(1): p. 6.
516. Laman, A.G., et al., Subtractive hybridization of biotinylated DNA in phenol emulsion. J Biochem Biophys Methods, 2001. 50(1): p. 43-52.
517. Low, R.K., et al., Lambda exonuclease-based subtractive hybridization approach to isolate differentially expressed genes from leaf cultures of Paulownia kawakamii. Anal Biochem, 2001. 295(2): p. 240-7.
518. Schibler, U., D. Rifat, and D.J. Lavery, The Isolation of differentially expressed mRNA sequences by selective amplification via biotin and restriction-mediated enrichment. Methods, 2001. 24(1): p. 3-14.
519. Chernov, I.P., et al., Identification and mapping of nuclear matrix-attachment regions in a one megabase locus of human chromosome 19q13.12: long-range correlation of S/MARs and gene positions. J Cell Biochem, 2002. 84(3): p. 590-600.
520. Sheen, F.M., et al., Reading between the LINEs: human genomic variation induced by LINE-1 retrotransposition. Genome Res, 2000. 10(10): p. 1496-508.
521. Carroll, M.L., et al., Large-scale analysis of the Alu Ya5 and Yb8 subfamilies and their contribution to human genomic diversity. J Mol Biol, 2001. 311(1): p. 17-40.
522. Lukyanov, K.A., et al., Inverted terminal repeats permit the average length of amplified DNA fragments to be regulated during preparation of cDNA libraries by polymerase chain reaction. Anal Biochem, 1995. 229(2): p. 198-202.
523. Siebert, P.D., et al., An improved PCR method for walking in uncloned genomic DNA. Nucleic Acids Res, 1995. 23(6): p. 1087-8.
524. Lavrentieva, I., et al., High polymorphism level of genomic sequences flanking insertion sites of human endogenous retroviral long terminal repeats. FEBS Lett., 1999. 443(3): p. 341-347.
525. Matz, M., et al., Amplification of cDNA ends based on template-switching effect and step- out PCR. Nucleic Acids Res, 1999. 27(6): p. 1558-60.
526. Hames, B.D. and S.J. Higgins, Nucleic acid hybridisation. 1985: p. eds. IRL Press (Oxford, Washington DC), pp. 4-10.
527. Kurdyukov, S.G., et al., Full-sized HERV-K (HML-2) human endogenous retroviral LTR sequences on human chromosome 21: map locations and evolutionary history. Gene, 2001. 273(1): p. 51-61.
528. Nadezhdin, E.V., et al., Identification of paralogous HERV-K LTRs on human chromosomes 3, 4, 7 and 11 in regions containing clusters of olfactory receptor genes. Mol Genet Genomics, 2001. 265(5): p. 820-5.
529. Domansky, A.N., et al., Solitary HERV-K LTRs possess bi-directional promoter activity and contain a negative regulatory element in the U5 region. FEBS Lett., 2000. 472(2-3): p. 191-195.
530. Sverdlov, E.D., [RNA interference-- a novel mechanism of gene expression regulation and a novel method for study of their functions]. Bioorg Khim, 2001. 27(3): p. 237-40.
531. Lynch, M. and J.S. Conery, The evolutionary fate and consequences of duplicate genes. Science, 2000. 290(5494): p. 1151-5.
532. Vinogradova, T.V., et al., Solitary human endogenous retroviruses-K LTRs retain transcriptional activity in vivo, the mode of which is different in different cell types. Virology, 2001. 290(1): p. 83-90.
533. Lum, L.S., et al., A cloned human CCAAT-box-binding factor stimulates transcription from the human hsp70 promoter. Mol Cell Biol, 1990. 10(12): p. 6709-17.
534. Moran, J.V., R.J. DeBerardinis, and H.H. Kazazian, Jr., Exon shuffling by L1 retrotransposition. Science, 1999. 283(5407): p. 1530-4.
535. Jurka, J., Sequence patterns indicate an enzymatic involvement in integration of mammalian retroposons. Proc Natl Acad Sci U S A, 1997. 94(5): p. 1872-7.
536. Negroni, M. and H. Buc, Mechanisms of retroviral recombination. Annu Rev Genet, 2001. 35: p. 275-302.
537. Thompson, J.D., D.G. Higgins, and T.J. Gibson, CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res., 1994. 22(22): p. 4673-4680.
538. Felsenstein, J., PHYLIP (Phylogeny Inference Package) version 3.6a2, in distributed by the author. Department of Genetics, University of Washington, Seattle. 1993.
Приложение 1
Структура уникальных геномных праймеров, использованных для амплификации локусов, содержащих интеграции LTR HERV-K(HML-2), найденных с помощью метода TGDA.
Номер праймера |
Последовательность (5'-3') |
Код GenBank |
|
1F1R |
cctcccggcttgaaattccctattgctatcccaaacaatc |
AC079034 |
|
2F2R |
gaggccgagaagagcactatcaccctggagaatgaagcaggc |
AC062008 |
|
3F3R |
ttgcagccactaagtcaagggtgatttaaagtgaggccagg |
AC010267 |
|
4F4R |
atagccttagggcttggtgattctcctgcaggttaaggattg |
AC005867 |
|
5F5R |
catccaggctaagggcaccaactaccacccttggaaaggc |
AC003023 |
|
6F6R |
ttacgatgactctagcaattgtgctacgcttaaacccatgcc |
AC009858 |
|
7F7R |
gtggtagaaacatgagctgtccacacttaagacccctctaagactg |
AL139022 |
|
8F8R |
cacgtgtggacataagcaaccgctgagtcgtcctgattcttg |
AL158039 |
|
9F9R |
ctcacacacaagcgcaggtctgcattaatgggtgtctgcc |
AC012146 |
|
10F10R |
gatgttcagtcttctttaggttatgttataacatcagccctcttgcatag |
AC068510 |
|
11F11R |
cttccctcatcctggttgctcacagcaccactagatatttcc |
AC022567 |
|
12F12R |
cctgatgcatagtaagtgaacaatccacacgcacaaatcactctgg |
AC027778 |
|
13F13R |
ggattagagcagtggaagtgttgaacagcttctatgaagtatgagctac |
AL139421 |
|
14F14R |
atactgccttctcaggtgtggacccggccttctacgtct |
AB047240 |
|
15F15R |
agataacattcttcctctcagagagtaataattcgcttctcaataaggtc |
AC013633 |
|
16F16R |
atatgaaatcatctgcacagccctagccacatttcaagtgcatac |
AC006029 |
|
17F17R |
attcggcctcactacgctgtctcagataaattgttggcct |
AC008553 |
|
18F18R |
gcagcattgtcatcttgggtgcacccttgcctttcc |
AL356736 |
|
19F19R |
catacaagctggatctgcaccatcgtgccttactcacactgg |
AP001184 |
|
20F20R |
atgctggatttggtttacctgagaacagaaattataacagattgtctc |
AC068566 |
|
21F21R |
catggatgtgtatcacggatggctcagacgctgggagc |
AC068014 |
|
22F22R |
cccatacctggcttcgatgccagtggctgatggacacac |
AC074117 |
|
23F |
aagagcagacagagacaaaagac |
AF370125 |
|
24F24R |
agcctgtcttcctaatacgcctgttctgtttgcggttcctg |
AC024884 |
|
25F25R |
tactttgctctttacattacatagtcgattttgtcgaaggactacaag |
AL162412 |
|
26F26R |
gacctgtggtgtggaggaggtgtgtggaacctccaattacg |
AL139090 |
|
27F27R |
aacagtgaccatctcgtcaatatctgttctgatccacgcaatcc |
AL359703 |
|
28F28R |
ccttgaggaaggactgcactcagatgggagagtcgaacag |
AC009167 |
|
29F29R |
tgcctttggcgtagacacacttctgctgagtcgtcctgattc |
AL158039 |
|
30F30R |
tgattagcttgattagcctgatagttgtcctcaactcttactctcaag |
AL157379 |
|
31F31R |
tgctttctgcgctttgtgaggagcaactgatgtggaatagaagg |
AJ239320 |
|
32F32R |
tggcagaacgtttgaagtgagatacaccagtacatgtataggatg |
AC032016 |
|
33F33R |
tctcaagcagcaaccctaggacgactaagccaccgcaagcc |
AC026957 |
|
34F34R |
gtcctattggtctgccagcccaaggacaccacaccttc |
AC023559 |
|
35F35R |
tggaactcctgggatggacggagcggaccttcatcttc |
AC004840 |
|
36F36R |
tgtggatggcctggttctccgacagtctctcataatgcacc |
AC021294 |
|
39F39R |
cgagccacctctgaagactgggcaccttaatctgcgatacc |
AL139404 |
|
40F40R |
ttggtaaggaatccaagagagtgctacatattaagtggaatatcttggtg |
AC084028 |
|
LTR50-b |
ttcaagcaggaagtcacc |
L47334 |
|
22-19for |
tcactcttggctctgtcttgg |
AF042089 |
Приложение 2
Структура уникальных геномных праймеров, использованных для амплификации локусов, содержащих интеграции L1, найденных с помощью метода TGDA.
Номер праймера |
Последовательность (5'-3') |
Код GenBank |
|
1G1 1G2 |
gcaaccttcctggtgtcgct tctaacaggtacacgagactccatc |
AL138764 |
|
2G1 2G2 |
tgtttattgctactgtataggagat cagtgttgcgcttcagtgt |
AL589982 |
|
3G1 3G2 |
tatcctccatctgagctgacc ttgcttaacaaatctttatcgc |
AL157765 |
|
4G1 4G2 |
catgctatacacaaattctgccac ttgattaccacacaagcagtcg |
AC020892 |
|
5G1 5G2 |
agaacaacagaggccacacc aatatctgttcaattatgagattaagg |
AJ271735 |
|
6G1 6G2 |
ttatgaacaacctggctactgc ccaatcatcactagttacatacagag |
AC007512 |
|
7G1 7G2 |
ggagatctcagactctaacatctagt atctagctgttgttctaactgcc |
AC027296 |
|
8G1 8G2 |
cagaagagatacttatagctgtgagtc gctatggagtcaaggtacatgc |
AC025757 |
|
9G1 9G2 |
gagcttgggaatactgagactg gaaatcctctacggctcttcc |
AL022153 |
|
10G1 10G2 |
gattatctaaatgacctacttgcac ccagaagaagtatagcatgttcac |
AC037430 |
|
11G1 11G2 |
tgcaattaggagccatgga cggcattactgccactcac |
AL354987 |
|
12G1 12G2 |
tactaatcgagtgttgagacttgg caaatcattgcatcctggttag |
AC005105 |
|
13G1 13G2 |
cttagacttccacacaataataacg cctgttattggtctattcagagtca |
AC025097 |
|
14G1 14G2 |
aagtactataatctgtcttctcaacct cctcaaattgcctagcaatg |
AC016429 |
|
15G1 15G2 |
tgccacacaagtaagttgaagtc cctagttcactgcctcgactg |
AL590646 |
|
16G1 16G2 |
aatatcatgaggagaatcttcctg gccaaaccatatcagacttacc |
AL049792 |
|
17G1 17G2 |
ggcctcttgttccacctcc gacctgagctcaaggctacac |
AC007671 |
|
18G1 18G2 |
accagcacttcccagcct actaactcatctaatctcaacaacttc |
AC034130 |
|
19G1 19G2 |
tagaactactctcttgattcttccag atggatgcagtaacttctggc |
AL591438, AC032021 |
|
20G1 20G2 |
tttaagggtggtgtacttggta ccaatatctgcaacaatactgtact |
AL139115 |
|
21G1 21G2 |
aacagtaggttaggtccgagc aagggcatgatccacattct |
AC074281 |
|
22G1 22G2 |
ggtcctgacatatgaacctctt cccagattatgctgtattatacct |
AC108516 |
|
23G1 23G2 |
ttaagtcatctagtgatggacatagt taagtattagattataaaggataagca |
AC093527 |
|
24G1 24G2 |
ctgtgagttcaagtctggtctaagt gcttccgaagccttctctga |
AC060231 |
|
25G1 25G2 |
atctcaagagaagctaattctaagtg agtgagaggcagtgtaccacag |
AL162731 |
|
26G1 26G2 |
ccaagtctttgacattctaacttg tgaacatcattttaacaattgtgt |
AC026169 |
|
27G1 27G2 |
gctcatcttaagtaatggcga tgagtcttagagccaagtcctg |
AL158058 |
|
28G1 28G2 |
aacctgagttggcgcactg ctcttgcatctgtgccacc |
AC079773 |
|
29G1 29G2 |
acacaggaatcacaacttgtatgtc attgaacctacatagtaactagaatcc |
AL353751 |
Приложение 3
Структура уникальных геномных праймеров, использованных для амплификации локусов, содержащих отобранные для анализа интеграции LTR HERV-K(HML-2), принадлежащих семейству HS.
Номер праймера |
Последовательность (5'-3') |
Код GenBank |
|
1F1R |
taacagtgcctaacacttagtgctacagcaagtggacctggac |
AC007390 |
|
2F2R |
ggtctcctgaagctgactgccacctgcttagatatgagtcgg |
AL121753 |
|
3F3R |
gaccttggtgtgtgtatgccgccacctaccatatccagct |
AL135927 |
|
4F4R |
ccactttggataccagccttttcacacagccattaggttgc |
AC006432 |
|
5F5R |
acatacaggttgaggccaggccacataccaagtacctacagcta |
AC016577 |
|
6F6R |
ggctggtgctctcagaaggtagtaggcactgagctcatgaac |
AC008648 |
|
7F7R |
agggataacacacaatgagaggggatgggataggaggatgac |
AC068887 |
|
8F8R |
cctatcataacttggcatgagcccagagtggcctcagcttg |
AC025548 |
|
9F9R |
cctcaatgtccttggctgtgggcgagctccttgaaggtag |
AC027750 |
|
10F10R |
ttcctctcagggtaaggacagcgctacttgccaatcaagatcac |
AC069420 |
|
11F11R |
tgcaagacttagatacggtacaactgaagactgctgattcatctctg |
AC015640 |
|
12F12R |
actttctcaaccgtaacattcaggaagcagagagatgtgatcagg |
AL352982 |
|
13F13R |
acatatgcacacagtcactaatctcagacataatcatatcagatgtgtcag |
AC055844 |
|
14F14R |
attgaaatgaagatagaacagccgtaatagaaagattactgaacctacaag |
AC023201 |
|
15F15R |
ctggatgtggcatcatgttcaccatcactatccctcctgc |
AC022148 |
Размещено на Allbest.ru
...Подобные документы
Общая характеристика отряда приматов: образ жизни, строение. Особенности подотряда полуобезьян. Характеристика высших приматов - семейств широконосых, узконосых и человекообразных обезьян. Сравнение кисти руки гориллы и человека, стопы гориллы и шимпанзе.
презентация [869,9 K], добавлен 16.05.2012Развитие взглядов на происхождение человека. Центр происхождения человека. Доказательства происхождения человека от животных. Влияние окружающей среды на появление человека. Эволюция гоминид. Биологический, социальный и трудовой факторы эволюции.
реферат [37,7 K], добавлен 26.04.2006Анализ влияния мозга человека на его деятельность и чувства, с указанием многочисленных примеров из жизни, а также его основные отличия от мозга шимпанзе. Сравнение мужского и женского пространственного мышления. Сущность развития мышления человека.
реферат [50,8 K], добавлен 24.11.2009Сущность генеалогического метода и его применение в генетике человека. Особенности наследования различных признаков. Гипотеза и ход исследования родословной. Генетические закономерности наследования признаков человека и сравнение результатов с гипотезой.
практическая работа [90,5 K], добавлен 20.05.2009Характеристика изменений, которые происходят в геноме клетки, и возникают при вставке мобильных генетических элементов в геном. Мобильные генетические элементы в геноме Drosophila Melanogaster (дрозофила чернобрюхая). Мобильные элементы гетерохроматина.
курсовая работа [72,8 K], добавлен 29.05.2015Тайна происхождения человека и его расселения на территории Земли. Путь гоминизации многих видов приматов. Теория африканского происхождения человека. Родословная человека, факторы антропогенеза. Основные этапы эволюции человека. Современный тип людей.
презентация [1,3 M], добавлен 21.05.2015Эволюция человека, ее отличие от эволюции животных и движущие силы. Гипотезы естественного происхождения человека. Признаки человека и его место в системе животного мира. Основные этапы антропогенеза и характерные черты развития предков человека.
контрольная работа [27,6 K], добавлен 03.09.2010Систематическое положение человека. Род гиббонов, орангутангов, горилл, шимпанзе: виды, места обитания, строение тела, образ жизни. Биологическая теория происхождения человека Ч. Дарвина. Основные группы доказательств происхождения человека от животных.
презентация [8,7 M], добавлен 18.05.2010Возраст человека: абсолютный, биологический, паспортный, психический, социальный. Критерии биологического возраста. Эволюция человека. Характеристика австралопитека. Расизм, его социальные корни. Прогрессивная общественность в борьбе против расизма.
реферат [33,0 K], добавлен 31.10.2008Характеристика радиочастотных (РЧ) воздействий. Выводы ученых по исследованию популярных марок телефонов и их влияния на здоровье человека, системы организма человека, наиболее подверженные вредному влиянию. Меры по защите населения от РЧ-излучения.
научная работа [21,5 K], добавлен 09.02.2009Основные признаки этапов эволюции человека. Размер и образ жизни дриопитеков. Отличия австралопитеков от человека умелого, период его появления и размер мозга. Внешний вид человека прямоходящего. Ареал обитания неандертальцев. Орудия труда кроманьонца.
презентация [2,2 M], добавлен 06.04.2015Начало научного представления о происхождении человека. Идеи Дарвина и их революционная роль в учении об антропогенезе. Австралопитек как прямой предок рода Homo. Эволюция приматов до человека, ее движущие силы. Виды рода Homo и появление Homo sapiens.
реферат [613,2 K], добавлен 09.09.2012Механизм эволюции прокариотического и эукариотического геномов. Свойства, отбор и динамика рисунка локализации мобильных генетических элементов. Роль мобильных генетических элементов и горизонтального переноса генетического материала в эволюции генома.
курсовая работа [84,5 K], добавлен 30.09.2009Представления о происхождении человека в Европейском средневековье. Современные взгляды на проблему происхождения человека. Предположения Ч. Дарвина о происхождении человека. Проблема прародины современного человека. Особенности хода эволюции человека.
реферат [36,8 K], добавлен 26.11.2010Вопросы происхождения и сущности жизни издавна стали предметом интереса человека в его стремлении разобраться в окружающем мире. Гипотезы возникновения жизни. Доказательство родства человека и животных. Эволюция человека. Теории появления человека.
реферат [33,0 K], добавлен 05.06.2008Исследование различных версий о происхождении человека: появление во Вселенной, сотворение, рождение, прибытие из других миров, метаморфоз. Портреты пращуров. Закономерности эволюции предков людей. О прямохождении (причины формирования "двуногости").
реферат [27,3 K], добавлен 01.06.2010Характеристика и классификация микроорганизмов. Систематика, метаболизм и клиническое значение энтеробактерий. Сравнительный анализ традиционного и экспресс-метода биохимической идентификации при определении представителей семейства Enterobacteriaceae.
дипломная работа [8,9 M], добавлен 23.01.2018Розвиток палеонтологічних, ембріологічних, гістологічних досліджень; порівняльна анатомія та її значення. Співвідношення обсягу мозку з вагою тіла як найбільш поширений показник рівня інтелекту. Характерні відмінності в будові черепів людини та шимпанзе.
реферат [363,9 K], добавлен 16.08.2010Первый экологический кризис – смена анаэробной атмосферы на аэробную. Особенности биосинтеза органических соединений при хемосинтезе. Нюансы фотосинтеза, цикл превращения солнечной энергии в углеводы. Эволюция живых организмов, появление человека.
реферат [35,8 K], добавлен 18.11.2009Разработка метода рекомбинантных ДНК. Анализ наследования семейных заболеваний и изучение генетического сцепления у человека в случаях, когда возникают осложнения: генетическая гетерогенность и фенокопии. Карта генетического сцепления генома человека.
учебное пособие [2,0 M], добавлен 11.08.2009