Полногеномное сравнение распределения ретроэлементов в ДНК человека и шимпанзе

Краткая характеристика и классификация мобильных элементов ДНК человека. Общая характеристика ретроэлементов. Эволюция автономных ретроэлементов. Появление метода репрезентативного дифференциального анализа и метода супрессионной вычитающей гибридизации.

Рубрика Биология и естествознание
Вид диссертация
Язык русский
Дата добавления 18.11.2018
Размер файла 4,6 M

Отправить свою хорошую работу в базу знаний просто. Используйте форму, расположенную ниже

Студенты, аспиранты, молодые ученые, использующие базу знаний в своей учебе и работе, будут вам очень благодарны.

500. Sallie, R., Isolation of candidate genes by subtractive and sequential (Boolean) hybridization: an hypothesis. Med Hypotheses, 1995. 45(2): p. 142-6.

501. Chen, H., J.C. Pulido, and G.M. Duyk, MATS: a rapid and efficient method for the development of microsatellite markers from YACs. Genomics, 1995. 25(1): p. 1-8.

502. Zeschnigk, M., B. Horsthemke, and D. Lohmann, Detection of homozygous deletions in tumors by hybridization of representational difference analysis (RDA) products to chromosome- specific YAC clone arrays. Nucleic Acids Res, 1999. 27(21): p. e30.

503. Frohme, M., et al., Directed gap closure in large-scale sequencing projects. Genome Res, 2001. 11(5): p. 901-3.

504. Rosenberg, M., M. Przybylska, and D. Straus, "RFLP subtraction": a method for making libraries of polymorphic markers. Proc Natl Acad Sci U S A, 1994. 91(13): p. 6113-7.

505. Sasaki, H., et al., Highly efficient method for obtaining a subtracted genomic DNA library by the modified in-gel competitive reassociation method. Cancer Res, 1994. 54(22): p. 5821-3.

506. Diatchenko, L., et al., Suppression subtractive hybridization: a method for generating differentially regulated or tissue-specific cDNA probes and libraries. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1996. 93(12): p. 6025-6030.

507. Jin, H., et al., Differential screening of a subtracted cDNA library: a method to search for genes preferentially expressed in multiple tissues. Biotechniques, 1997. 23(6): p. 1084-6.

508. Akopyants, N.S., et al., PCR-based subtractive hybridization and differences in gene content among strains of Helicobacter pylori. Proc Natl Acad Sci U S A, 1998. 95(22): p. 13108-13.

509. Bonaldo, M.F., G. Lennon, and M.B. Soares, Normalization and subtraction: two approaches to facilitate gene discovery. Genome Res, 1996. 6(9): p. 791-806.

510. Rebrikov, D.V., et al., Mirror orientation selection (MOS): a method for eliminating false positive clones from libraries generated by suppression subtractive hybridization. Nucleic Acids Res, 2000. 28(20): p. E90.

511. Pardinas, J.R., et al., Differential subtraction display: a unified approach for isolation of cDNAs from differentially expressed genes. Anal Biochem, 1998. 257(2): p. 161-8.

512. Yang, G.P., et al., Combining SSH and cDNA microarrays for rapid identification of differentially expressed genes. Nucleic Acids Res, 1999. 27(6): p. 1517-23.

513. Carulli, J.P., et al., High throughput analysis of differential gene expression. J Cell Biochem Suppl, 1998. 31: p. 286-96.

514. Ying, S.Y. and S. Lin, High-performance subtractive hybridization of cDNAs by covalent bonding between specific complementary nucleotides. Biotechniques, 1999. 26(5): p. 966-8, 970-2, 979 passim.

515. Kuvbachieva, A.A. and A.M. Goffinet, A modification of Representational Difference Analysis, with application to the cloning of a candidate in the Reelin signalling pathway. BMC Mol Biol, 2002. 3(1): p. 6.

516. Laman, A.G., et al., Subtractive hybridization of biotinylated DNA in phenol emulsion. J Biochem Biophys Methods, 2001. 50(1): p. 43-52.

517. Low, R.K., et al., Lambda exonuclease-based subtractive hybridization approach to isolate differentially expressed genes from leaf cultures of Paulownia kawakamii. Anal Biochem, 2001. 295(2): p. 240-7.

518. Schibler, U., D. Rifat, and D.J. Lavery, The Isolation of differentially expressed mRNA sequences by selective amplification via biotin and restriction-mediated enrichment. Methods, 2001. 24(1): p. 3-14.

519. Chernov, I.P., et al., Identification and mapping of nuclear matrix-attachment regions in a one megabase locus of human chromosome 19q13.12: long-range correlation of S/MARs and gene positions. J Cell Biochem, 2002. 84(3): p. 590-600.

520. Sheen, F.M., et al., Reading between the LINEs: human genomic variation induced by LINE-1 retrotransposition. Genome Res, 2000. 10(10): p. 1496-508.

521. Carroll, M.L., et al., Large-scale analysis of the Alu Ya5 and Yb8 subfamilies and their contribution to human genomic diversity. J Mol Biol, 2001. 311(1): p. 17-40.

522. Lukyanov, K.A., et al., Inverted terminal repeats permit the average length of amplified DNA fragments to be regulated during preparation of cDNA libraries by polymerase chain reaction. Anal Biochem, 1995. 229(2): p. 198-202.

523. Siebert, P.D., et al., An improved PCR method for walking in uncloned genomic DNA. Nucleic Acids Res, 1995. 23(6): p. 1087-8.

524. Lavrentieva, I., et al., High polymorphism level of genomic sequences flanking insertion sites of human endogenous retroviral long terminal repeats. FEBS Lett., 1999. 443(3): p. 341-347.

525. Matz, M., et al., Amplification of cDNA ends based on template-switching effect and step- out PCR. Nucleic Acids Res, 1999. 27(6): p. 1558-60.

526. Hames, B.D. and S.J. Higgins, Nucleic acid hybridisation. 1985: p. eds. IRL Press (Oxford, Washington DC), pp. 4-10.

527. Kurdyukov, S.G., et al., Full-sized HERV-K (HML-2) human endogenous retroviral LTR sequences on human chromosome 21: map locations and evolutionary history. Gene, 2001. 273(1): p. 51-61.

528. Nadezhdin, E.V., et al., Identification of paralogous HERV-K LTRs on human chromosomes 3, 4, 7 and 11 in regions containing clusters of olfactory receptor genes. Mol Genet Genomics, 2001. 265(5): p. 820-5.

529. Domansky, A.N., et al., Solitary HERV-K LTRs possess bi-directional promoter activity and contain a negative regulatory element in the U5 region. FEBS Lett., 2000. 472(2-3): p. 191-195.

530. Sverdlov, E.D., [RNA interference-- a novel mechanism of gene expression regulation and a novel method for study of their functions]. Bioorg Khim, 2001. 27(3): p. 237-40.

531. Lynch, M. and J.S. Conery, The evolutionary fate and consequences of duplicate genes. Science, 2000. 290(5494): p. 1151-5.

532. Vinogradova, T.V., et al., Solitary human endogenous retroviruses-K LTRs retain transcriptional activity in vivo, the mode of which is different in different cell types. Virology, 2001. 290(1): p. 83-90.

533. Lum, L.S., et al., A cloned human CCAAT-box-binding factor stimulates transcription from the human hsp70 promoter. Mol Cell Biol, 1990. 10(12): p. 6709-17.

534. Moran, J.V., R.J. DeBerardinis, and H.H. Kazazian, Jr., Exon shuffling by L1 retrotransposition. Science, 1999. 283(5407): p. 1530-4.

535. Jurka, J., Sequence patterns indicate an enzymatic involvement in integration of mammalian retroposons. Proc Natl Acad Sci U S A, 1997. 94(5): p. 1872-7.

536. Negroni, M. and H. Buc, Mechanisms of retroviral recombination. Annu Rev Genet, 2001. 35: p. 275-302.

537. Thompson, J.D., D.G. Higgins, and T.J. Gibson, CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res., 1994. 22(22): p. 4673-4680.

538. Felsenstein, J., PHYLIP (Phylogeny Inference Package) version 3.6a2, in distributed by the author. Department of Genetics, University of Washington, Seattle. 1993.

Приложение 1

Структура уникальных геномных праймеров, использованных для амплификации локусов, содержащих интеграции LTR HERV-K(HML-2), найденных с помощью метода TGDA.

Номер праймера

Последовательность (5'-3')

Код GenBank

1F

1R

cctcccggcttgaaattc

cctattgctatcccaaacaatc

AC079034

2F

2R

gaggccgagaagagcactatca

ccctggagaatgaagcaggc

AC062008

3F

3R

ttgcagccactaagtcaagg

gtgatttaaagtgaggccagg

AC010267

4F

4R

atagccttagggcttggtgat

tctcctgcaggttaaggattg

AC005867

5F

5R

catccaggctaagggcacc

aactaccacccttggaaaggc

AC003023

6F

6R

ttacgatgactctagcaattgtg

ctacgcttaaacccatgcc

AC009858

7F

7R

gtggtagaaacatgagctgtcca

cacttaagacccctctaagactg

AL139022

8F

8R

cacgtgtggacataagcaacc

gctgagtcgtcctgattcttg

AL158039

9F

9R

ctcacacacaagcgcaggtc

tgcattaatgggtgtctgcc

AC012146

10F

10R

gatgttcagtcttctttaggttatgtt

ataacatcagccctcttgcatag

AC068510

11F

11R

cttccctcatcctggttgc

tcacagcaccactagatatttcc

AC022567

12F

12R

cctgatgcatagtaagtgaacaatc

cacacgcacaaatcactctgg

AC027778

13F

13R

ggattagagcagtggaagtgttg

aacagcttctatgaagtatgagctac

AL139421

14F

14R

atactgccttctcaggtgtgg

acccggccttctacgtct

AB047240

15F

15R

agataacattcttcctctcagagagt

aataattcgcttctcaataaggtc

AC013633

16F

16R

atatgaaatcatctgcacagcc

ctagccacatttcaagtgcatac

AC006029

17F

17R

attcggcctcactacgct

gtctcagataaattgttggcct

AC008553

18F

18R

gcagcattgtcatcttggg

tgcacccttgcctttcc

AL356736

19F

19R

catacaagctggatctgcacc

atcgtgccttactcacactgg

AP001184

20F

20R

atgctggatttggtttacctg

agaacagaaattataacagattgtctc

AC068566

21F

21R

catggatgtgtatcacggatg

gctcagacgctgggagc

AC068014

22F

22R

cccatacctggcttcgatg

ccagtggctgatggacacac

AC074117

23F

aagagcagacagagacaaaagac

AF370125

24F

24R

agcctgtcttcctaatacgcc

tgttctgtttgcggttcctg

AC024884

25F

25R

tactttgctctttacattacatagtc

gattttgtcgaaggactacaag

AL162412

26F

26R

gacctgtggtgtggaggagg

tgtgtggaacctccaattacg

AL139090

27F

27R

aacagtgaccatctcgtcaatatc

tgttctgatccacgcaatcc

AL359703

28F

28R

ccttgaggaaggactgcact

cagatgggagagtcgaacag

AC009167

29F

29R

tgcctttggcgtagacacac

ttctgctgagtcgtcctgattc

AL158039

30F

30R

tgattagcttgattagcctgatag

ttgtcctcaactcttactctcaag

AL157379

31F

31R

tgctttctgcgctttgtgag

gagcaactgatgtggaatagaagg

AJ239320

32F

32R

tggcagaacgtttgaagtg

agatacaccagtacatgtataggatg

AC032016

33F

33R

tctcaagcagcaaccctaggac

gactaagccaccgcaagcc

AC026957

34F

34R

gtcctattggtctgccagc

ccaaggacaccacaccttc

AC023559

35F

35R

tggaactcctgggatggac

ggagcggaccttcatcttc

AC004840

36F

36R

tgtggatggcctggttctc

cgacagtctctcataatgcacc

AC021294

39F

39R

cgagccacctctgaagactg

ggcaccttaatctgcgatacc

AL139404

40F

40R

ttggtaaggaatccaagagagtg

ctacatattaagtggaatatcttggtg

AC084028

LTR50-b

ttcaagcaggaagtcacc

L47334

22-19for

tcactcttggctctgtcttgg

AF042089

Приложение 2

Структура уникальных геномных праймеров, использованных для амплификации локусов, содержащих интеграции L1, найденных с помощью метода TGDA.

Номер праймера

Последовательность (5'-3')

Код GenBank

1G1

1G2

gcaaccttcctggtgtcgct

tctaacaggtacacgagactccatc

AL138764

2G1

2G2

tgtttattgctactgtataggagat

cagtgttgcgcttcagtgt

AL589982

3G1

3G2

tatcctccatctgagctgacc

ttgcttaacaaatctttatcgc

AL157765

4G1

4G2

catgctatacacaaattctgccac

ttgattaccacacaagcagtcg

AC020892

5G1

5G2

agaacaacagaggccacacc

aatatctgttcaattatgagattaagg

AJ271735

6G1

6G2

ttatgaacaacctggctactgc

ccaatcatcactagttacatacagag

AC007512

7G1

7G2

ggagatctcagactctaacatctagt

atctagctgttgttctaactgcc

AC027296

8G1

8G2

cagaagagatacttatagctgtgagtc

gctatggagtcaaggtacatgc

AC025757

9G1

9G2

gagcttgggaatactgagactg

gaaatcctctacggctcttcc

AL022153

10G1

10G2

gattatctaaatgacctacttgcac

ccagaagaagtatagcatgttcac

AC037430

11G1

11G2

tgcaattaggagccatgga

cggcattactgccactcac

AL354987

12G1

12G2

tactaatcgagtgttgagacttgg

caaatcattgcatcctggttag

AC005105

13G1

13G2

cttagacttccacacaataataacg

cctgttattggtctattcagagtca

AC025097

14G1

14G2

aagtactataatctgtcttctcaacct

cctcaaattgcctagcaatg

AC016429

15G1

15G2

tgccacacaagtaagttgaagtc

cctagttcactgcctcgactg

AL590646

16G1

16G2

aatatcatgaggagaatcttcctg

gccaaaccatatcagacttacc

AL049792

17G1

17G2

ggcctcttgttccacctcc

gacctgagctcaaggctacac

AC007671

18G1

18G2

accagcacttcccagcct

actaactcatctaatctcaacaacttc

AC034130

19G1

19G2

tagaactactctcttgattcttccag

atggatgcagtaacttctggc

AL591438,

AC032021

20G1

20G2

tttaagggtggtgtacttggta

ccaatatctgcaacaatactgtact

AL139115

21G1

21G2

aacagtaggttaggtccgagc

aagggcatgatccacattct

AC074281

22G1

22G2

ggtcctgacatatgaacctctt

cccagattatgctgtattatacct

AC108516

23G1

23G2

ttaagtcatctagtgatggacatagt

taagtattagattataaaggataagca

AC093527

24G1

24G2

ctgtgagttcaagtctggtctaagt

gcttccgaagccttctctga

AC060231

25G1

25G2

atctcaagagaagctaattctaagtg

agtgagaggcagtgtaccacag

AL162731

26G1

26G2

ccaagtctttgacattctaacttg

tgaacatcattttaacaattgtgt

AC026169

27G1

27G2

gctcatcttaagtaatggcga

tgagtcttagagccaagtcctg

AL158058

28G1

28G2

aacctgagttggcgcactg

ctcttgcatctgtgccacc

AC079773

29G1

29G2

acacaggaatcacaacttgtatgtc

attgaacctacatagtaactagaatcc

AL353751

Приложение 3

Структура уникальных геномных праймеров, использованных для амплификации локусов, содержащих отобранные для анализа интеграции LTR HERV-K(HML-2), принадлежащих семейству HS.

Номер праймера

Последовательность (5'-3')

Код GenBank

1F

1R

taacagtgcctaacacttagtgc

tacagcaagtggacctggac

AC007390

2F

2R

ggtctcctgaagctgactgc

cacctgcttagatatgagtcgg

AL121753

3F

3R

gaccttggtgtgtgtatgcc

gccacctaccatatccagct

AL135927

4F

4R

ccactttggataccagccttt

tcacacagccattaggttgc

AC006432

5F

5R

acatacaggttgaggccagg

ccacataccaagtacctacagcta

AC016577

6F

6R

ggctggtgctctcagaagg

tagtaggcactgagctcatgaac

AC008648

7F

7R

agggataacacacaatgagagg

ggatgggataggaggatgac

AC068887

8F

8R

cctatcataacttggcatgagc

ccagagtggcctcagcttg

AC025548

9F

9R

cctcaatgtccttggctgtg

ggcgagctccttgaaggtag

AC027750

10F

10R

ttcctctcagggtaaggacagc

gctacttgccaatcaagatcac

AC069420

11F

11R

tgcaagacttagatacggtacaac

tgaagactgctgattcatctctg

AC015640

12F

12R

actttctcaaccgtaacattcag

gaagcagagagatgtgatcagg

AL352982

13F

13R

acatatgcacacagtcactaatctc

agacataatcatatcagatgtgtcag

AC055844

14F

14R

attgaaatgaagatagaacagcc

gtaatagaaagattactgaacctacaag

AC023201

15F

15R

ctggatgtggcatcatgttc

accatcactatccctcctgc

AC022148

Размещено на Allbest.ru

...

Подобные документы

  • Общая характеристика отряда приматов: образ жизни, строение. Особенности подотряда полуобезьян. Характеристика высших приматов - семейств широконосых, узконосых и человекообразных обезьян. Сравнение кисти руки гориллы и человека, стопы гориллы и шимпанзе.

    презентация [869,9 K], добавлен 16.05.2012

  • Развитие взглядов на происхождение человека. Центр происхождения человека. Доказательства происхождения человека от животных. Влияние окружающей среды на появление человека. Эволюция гоминид. Биологический, социальный и трудовой факторы эволюции.

    реферат [37,7 K], добавлен 26.04.2006

  • Анализ влияния мозга человека на его деятельность и чувства, с указанием многочисленных примеров из жизни, а также его основные отличия от мозга шимпанзе. Сравнение мужского и женского пространственного мышления. Сущность развития мышления человека.

    реферат [50,8 K], добавлен 24.11.2009

  • Сущность генеалогического метода и его применение в генетике человека. Особенности наследования различных признаков. Гипотеза и ход исследования родословной. Генетические закономерности наследования признаков человека и сравнение результатов с гипотезой.

    практическая работа [90,5 K], добавлен 20.05.2009

  • Характеристика изменений, которые происходят в геноме клетки, и возникают при вставке мобильных генетических элементов в геном. Мобильные генетические элементы в геноме Drosophila Melanogaster (дрозофила чернобрюхая). Мобильные элементы гетерохроматина.

    курсовая работа [72,8 K], добавлен 29.05.2015

  • Тайна происхождения человека и его расселения на территории Земли. Путь гоминизации многих видов приматов. Теория африканского происхождения человека. Родословная человека, факторы антропогенеза. Основные этапы эволюции человека. Современный тип людей.

    презентация [1,3 M], добавлен 21.05.2015

  • Эволюция человека, ее отличие от эволюции животных и движущие силы. Гипотезы естественного происхождения человека. Признаки человека и его место в системе животного мира. Основные этапы антропогенеза и характерные черты развития предков человека.

    контрольная работа [27,6 K], добавлен 03.09.2010

  • Систематическое положение человека. Род гиббонов, орангутангов, горилл, шимпанзе: виды, места обитания, строение тела, образ жизни. Биологическая теория происхождения человека Ч. Дарвина. Основные группы доказательств происхождения человека от животных.

    презентация [8,7 M], добавлен 18.05.2010

  • Возраст человека: абсолютный, биологический, паспортный, психический, социальный. Критерии биологического возраста. Эволюция человека. Характеристика австралопитека. Расизм, его социальные корни. Прогрессивная общественность в борьбе против расизма.

    реферат [33,0 K], добавлен 31.10.2008

  • Характеристика радиочастотных (РЧ) воздействий. Выводы ученых по исследованию популярных марок телефонов и их влияния на здоровье человека, системы организма человека, наиболее подверженные вредному влиянию. Меры по защите населения от РЧ-излучения.

    научная работа [21,5 K], добавлен 09.02.2009

  • Основные признаки этапов эволюции человека. Размер и образ жизни дриопитеков. Отличия австралопитеков от человека умелого, период его появления и размер мозга. Внешний вид человека прямоходящего. Ареал обитания неандертальцев. Орудия труда кроманьонца.

    презентация [2,2 M], добавлен 06.04.2015

  • Начало научного представления о происхождении человека. Идеи Дарвина и их революционная роль в учении об антропогенезе. Австралопитек как прямой предок рода Homo. Эволюция приматов до человека, ее движущие силы. Виды рода Homo и появление Homo sapiens.

    реферат [613,2 K], добавлен 09.09.2012

  • Механизм эволюции прокариотического и эукариотического геномов. Свойства, отбор и динамика рисунка локализации мобильных генетических элементов. Роль мобильных генетических элементов и горизонтального переноса генетического материала в эволюции генома.

    курсовая работа [84,5 K], добавлен 30.09.2009

  • Представления о происхождении человека в Европейском средневековье. Современные взгляды на проблему происхождения человека. Предположения Ч. Дарвина о происхождении человека. Проблема прародины современного человека. Особенности хода эволюции человека.

    реферат [36,8 K], добавлен 26.11.2010

  • Вопросы происхождения и сущности жизни издавна стали предметом интереса человека в его стремлении разобраться в окружающем мире. Гипотезы возникновения жизни. Доказательство родства человека и животных. Эволюция человека. Теории появления человека.

    реферат [33,0 K], добавлен 05.06.2008

  • Исследование различных версий о происхождении человека: появление во Вселенной, сотворение, рождение, прибытие из других миров, метаморфоз. Портреты пращуров. Закономерности эволюции предков людей. О прямохождении (причины формирования "двуногости").

    реферат [27,3 K], добавлен 01.06.2010

  • Характеристика и классификация микроорганизмов. Систематика, метаболизм и клиническое значение энтеробактерий. Сравнительный анализ традиционного и экспресс-метода биохимической идентификации при определении представителей семейства Enterobacteriaceae.

    дипломная работа [8,9 M], добавлен 23.01.2018

  • Розвиток палеонтологічних, ембріологічних, гістологічних досліджень; порівняльна анатомія та її значення. Співвідношення обсягу мозку з вагою тіла як найбільш поширений показник рівня інтелекту. Характерні відмінності в будові черепів людини та шимпанзе.

    реферат [363,9 K], добавлен 16.08.2010

  • Первый экологический кризис – смена анаэробной атмосферы на аэробную. Особенности биосинтеза органических соединений при хемосинтезе. Нюансы фотосинтеза, цикл превращения солнечной энергии в углеводы. Эволюция живых организмов, появление человека.

    реферат [35,8 K], добавлен 18.11.2009

  • Разработка метода рекомбинантных ДНК. Анализ наследования семейных заболеваний и изучение генетического сцепления у человека в случаях, когда возникают осложнения: генетическая гетерогенность и фенокопии. Карта генетического сцепления генома человека.

    учебное пособие [2,0 M], добавлен 11.08.2009

Работы в архивах красиво оформлены согласно требованиям ВУЗов и содержат рисунки, диаграммы, формулы и т.д.
PPT, PPTX и PDF-файлы представлены только в архивах.
Рекомендуем скачать работу.